Ligand clusters for UniProt code Q8RQE8

Ligand clusters for Q8RQE8: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' from Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

		Top 6 (of 186) ligand clusters Cluster 1. 21 ligand types 98 ligands Cluster 2. 3 ligand types 5 ligands Cluster 3. 1 ligand type 3 ligands Cluster 4. 2 ligand types 2 ligands Cluster 5. 1 ligand type 1 ligand Cluster 6. 3 ligand types 71 ligands
Representative protein: 3dxjD

Structures

PDB		Schematic diagram
3dxjD
3wodD
5xj0D
6m6aD
6m6bD
		more ...

Cluster 1 contains 21 ligand types (of which only 20 are listed. Click for all)

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file. Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
_Mg		1. Metal: _MG × 61 PDB codes: 1iw7(D), 1smy(D), 1zyr(D), 2a68(D), 2a69(D), 2a6e(D), 2a6h(D), 2be5(D), 2cw0(D), 2o5i(D), 2o5j(D), 2ppb(D), 3dxj(D), 3eql(D), 4g7h(D), 4g7o(D), 4g7z(D), 4gzy(D), 4gzz(D), 4mq9(D), 4oin(D), 4oio(D), 4oip(D), 4oiq(D), 4oir(D), 4q4z(D), 4q5s(D), 4wqt(D), 5d4c(D), 5d4d(D), 5d4e(D), 5e17(D), 5e18(D), 5i2d(D), 5tmc(D), 5tmf(D), 5voi(D), 5x21(D), 5x22(D), 6asg(D), 6kqe(D), 6kqf(D), 6kqg(D), 6kqh(D), 6kql(D), 6kqm(D), 6kqn(D), 6lts(D), 6p70(D).
		2. Ligand: G4P × 1 Guanosine-5',3'-Tetraphosphate PDB code: 1smy(D).
		3. Ligand: APC × 2 Diphosphomethylphosphonic acid adenosyl ester PDB codes: 2o5j(D), 2ppb(D).
		4. Ligand: TGT × 1 Tagetitoxin PDB code: 2be5(D).
		5. Ligand: POP × 5 Pyrophosphate 2- PDB codes: 5vo8(D), 6ovr(D), 6ovy(D), 6ow3(D), 6oy7(D).
		6. Ligand: 2RA-DSN-DVA-R2T-2TL-0QZ-FGL × 3 2RA=3-Amino-D-Alanine, DSN=D-Serine, DVA=D-Valine, R2T=Beta,Gamma-Dihydroxyglutamine, 2TL=D-Allothreonine, 0QZ=D-Isoserine, FGL=2-Aminopropanedioic acid. PDB codes: 4mq9(D), 4oin(D), 4oiq(D).
		7. Ligand: 2TM × 3 5'-O-[(S)-Hydroxy{[(s)-Hydroxy(phosphonooxy) phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine PDB codes: 4oio(D), 4q4z(D), 5x22(D).
		8. Ligand: ATP × 3 Adenosine-5'-Triphosphate PDB codes: 4oio(D), 4oip(D), 4q4z(D).
		9. Ligand: __C × 3 PDB codes: 5d4c(D), 5d4d(D), 5d4e(D).
		10. Ligand: __G-__A × 3 PDB codes: 4g7o(D), 5x21(D), 5x22(D).
		11. Ligand: CTP × 2 Cytidine-5'-Triphosphate PDB codes: 5d4c(D), 5d4d(D).
		12. Ligand: G4P × 1 Guanosine-5',3'-Tetraphosphate PDB code: 5tmc(D).
		13. Ligand: GTP × 2 Guanosine-5'-Triphosphate PDB codes: 6oy5(D), 6oy6(D).
		14. Ligand: CH1 × 1 3'-Deoxy-Cytidine-5'-Triphosphate PDB code: 6woy(D).
		15. Ligand: DCP × 1 2'-Deoxycytidine-5'-Triphosphate PDB code: 6wox(D).
		16. Ligand: DPO × 1 Diphosphate PDB code: 5d4e(D).
		17. Ligand: GTP-__A × 1 GTP=Guanosine-5'-Triphosphate. PDB code: 6l74(D).
		18. Ligand: GTP-__G × 1 GTP=Guanosine-5'-Triphosphate. PDB code: 6oy5(D).
		19. Ligand: NAD × 1 Nicotinamide-Adenine-Dinucleotide PDB code: 5d4d(D).
		20. Ligand: PUM × 1 (1s)-1,4-Anhydro-5-[(N-Carbamimidoylglycyl-N~2~- Hydroxy-L-Glutaminyl)amino]-5-Deoxy-1-(2,4-Dioxo- 1,2, 3,4-Tetrahydropyrimidin-5-Yl)-D-Ribitol PDB code: 5x21(D).
+ more. Press for full list

Cluster 2 contains 3 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
_Mg		1. Metal: _MG × 2 PDB codes: 1iw7(D), 1smy(D).
		2. Ligand: NE6 × 2 Methyl [(1e,5r)-5-{(3s)-3-[(2e,4e)-2,5-Dimethylocta-2, 4-Dienoyl]-2,4-Dioxo-3,4-Dihydro-2h-Pyran-6- Yl}hexylidene]carbamate PDB codes: 3dxj(D), 5tmf(D).
		3. Ligand: MXP × 1 Myxopyronin b PDB code: 3eql(D).

Cluster 3 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: STD × 3 Streptolydigin PDB codes: 1zyr(D), 2a6h(D), 2ppb(D).

Cluster 4 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: MPD × 1 (4s)-2-Methyl-2,4-Pentanediol PDB code: 3dxj(D).
		2. Ligand: PO4 × 1 Phosphate ion PDB code: 5tmf(D).

Cluster 5 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: PO4 × 1 Phosphate ion PDB code: 3dxj(D).

Cluster 6 contains 3 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
_Zn		1. Metal: _ZN × 69 PDB codes: 1smy(D), 1zyr(D), 2a68(D), 2a69(D), 2a6e(D), 2a6h(D), 2be5(D), 2cw0(D), 2o5i(D), 2o5j(D), 2ppb(D), 3aoh(D), 3aoi(D), 3dxj(D), 3eql(D), 3wod(D), 4g7h(D), 4g7o(D), 4g7z(D), 4gzy(D), 4gzz(D), 4mq9(D), 4oin(D), 4oio(D), 4oip(D), 4oiq(D), 4oir(D), 4q4z(D), 4q5s(D), 4wqs(D), 4wqt(D), 5d4c(D), 5d4d(D), 5d4e(D), 5e17(D), 5e18(D), 5i2d(D), 5tmc(D), 5tmf(D), 5vo8(D), 5voi(D), 5x21(D), 5x22(D), 5xj0(D), 6asg(D), 6kqd(D), 6kqe(D), 6kqf(D), 6kqg(D), 6kqh(D), 6kql(D), 6kqm(D), 6kqn(D), 6l74(D), 6lts(D), 6m6a(D), 6m6b(D), 6m6c(D), 6ovr(D), 6ovy(D), 6ow3(D), 6oy5(D), 6oy6(D), 6oy7(D), 6p70(D), 6p71(D), 6wox(D), 6woy(D).
_Mg		2. Metal: _MG × 1 PDB code: 1smy(D).
_Pb		3. Metal: _PB × 1 PDB code: 1iw7(D).