Ligand clusters for UniProt code Q8DIN8

Ligand clusters for Q8DIN8: Photosystem II reaction center protein L from Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

		4 ligand clusters Cluster 1. 10 ligand types 216 ligands Cluster 2. 3 ligand types 28 ligands Cluster 3. 1 ligand type 1 ligand Cluster 4. 1 ligand type 1 ligand
Representative protein: 1s5lL

Structures

PDB		Schematic diagram
1s5lL
7nhqL
5tisL
5e79L
5e7cL
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Cluster 1 contains 10 ligand types

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file. Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: CLA × 68 Chlorophyll a PDB codes: 1s5l(L), 2axt(L), 3bz1(L), 3bz2(L), 3kzi(L), 3prq(L), 3prr(L), 4fby(L), 4ixq(L), 4ixr(L), 4pbu(L), 4pj0(L), 4rvy(L), 4tnh(L), 4tni(L), 4tnj(L), 4tnk(L), 5e79(L), 5e7c(L), 5h2f(L), 5kaf(L), 5kai(L), 5mx2(L), 5tis(L), 5zzn(L), 7nho(L), 7nhp(L), 7nhq(L),
		2. Ligand: LMG × 61 1,2-Distearoyl-Monogalactosyl-Diglyceride PDB codes: 3bz1(L), 3bz2(L), 3kzi(L), 3prq(L), 3prr(L), 4fby(L), 4ixq(L), 4ixr(L), 4pj0(L), 4rvy(L), 4tnh(L), 4tni(L), 4tnj(L), 4tnk(L), 5h2f(L), 5kaf(L), 5kai(L), 5mx2(L), 5tis(L), 5zzn(L), 7nho(L), 7nhp(L), 7nhq(L),
		3. Ligand: LHG × 33 1,2-Dipalmitoyl-Phosphatidyl-Glycerole PDB codes: 4pbu(L), 4pj0(L), 4rvy(L), 5e79(L), 5e7c(L), 5h2f(L), 5kaf(L), 5kai(L), 5mx2(L), 5tis(L), 5zzn(l),
		4. Ligand: PL9 × 28 2,3-Dimethyl-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-Nonamethyl-2, 6,10,14,18,22,26,30,34- Hexatriacontanonaenyl-2,5- Cyclohexadiene-1,4-Dione-2,3-Dimethyl-5-Solanesyl-1,4- Benzoquinone PDB codes: 1s5l(L), 3bz1(L), 3bz2(L), 3kzi(L), 3prq(L), 3prr(L), 4fby(L), 4ixq(L), 4ixr(L), 4pbu(L), 4pj0(L), 4rvy(L), 4tnh(L), 4tni(L), 4tnj(L), 4tnk(L), 5e79(L), 5e7c(L), 5h2f(L), 5kaf(L), 5kai(L), 5mx2(L), 5tis(L), 5zzn(L), 7nho(L), 7nhp(L), 7nhq(L).
		5. Ligand: SQD × 18 1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol PDB codes: 2axt(L), 4fby(L), 4ixq(L), 4ixr(L), 4pbu(L), 4pj0(L), 4tnh(L), 4tni(L), 4tnj(L), 4tnk(L), 5e79(L), 5e7c(L), 5h2f(L), 5kaf(L), 5kai(L), 5mx2(L), 5tis(L).
		6. Ligand: MGE × 3 (1s)-2-(Alpha-L-Allopyranosyloxy)-1-[(Tridecanoyloxy) methyl]ethyl palmitate PDB codes: 2axt(L),
		7. Ligand: LMT × 2 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 5zzn(L),
		8. Ligand: DGD × 1 Digalactosyl diacyl glycerol (dgdg) PDB code: 3kzi(L).
		9. Ligand: SQD-SQD × 1 SQD=1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol. PDB code: 4rvy(L).
		10. Ligand: UNK × 1 PDB code: 2axt(L).

Cluster 2 contains 3 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: SQD × 25 1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol PDB codes: 2axt(L), 3bz1(L), 3bz2(L), 3kzi(L), 3prq(L), 3prr(L), 4fby(L), 4ixq(L), 4ixr(L), 4pbu(L), 4pj0(L), 4rvy(L), 4tnh(L), 4tni(L), 4tnj(L), 4tnk(L), 5e79(L), 5e7c(L), 5h2f(L), 5kaf(L), 5kai(L), 5mx2(L), 5tis(L).
		2. Ligand: LMT × 2 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 5zzn(L),
		3. Ligand: LMG × 1 1,2-Distearoyl-Monogalactosyl-Diglyceride PDB code: 7nho(L).

Cluster 3 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 1 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB code: 5h2f(L).

Cluster 4 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 1 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB code: 5zzn(L).