Ligand clusters for UniProt code Q8CM25

Ligand clusters for Q8CM25: Photosystem II D2 protein from Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

		Top 6 (of 12) ligand clusters Cluster 1. 17 ligand types 722 ligands Cluster 2. 4 ligand types 15 ligands Cluster 3. 1 ligand type 1 ligand Cluster 4. 2 ligand types 2 ligands Cluster 5. 3 ligand types 45 ligands Cluster 6. 1 ligand type 3 ligands
Representative protein: 1w5cD

Structures

PDB		Schematic diagram
1w5cD
7nhoD
7nhqD
7nhpD
5kafD
		more ...

Cluster 1 contains 17 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: BCR × 30 beta carotene Beta-Carotene PDB codes: 1izl(D), 1s5l(D), 1w5c(D), 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D), 7nhp(D), 7nhq(D).
		2. Ligand: DMS × 3 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 5h2f(D), 5zzn(D),
		3. Ligand: CLA × 243 Chlorophyll a PDB codes: 1izl(D), 1s5l(D), 1w5c(D), 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D), 7nhp(D), 7nhq(D),
		4. Ligand: LMG × 99 1,2-Distearoyl-Monogalactosyl-Diglyceride PDB codes: 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D), 7nhp(D), 7nhq(D),
		5. Ligand: LHG × 71 1,2-Dipalmitoyl-Phosphatidyl-Glycerole PDB codes: 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D), 7nhq(D).
		6. Ligand: PHO × 60 Pheophytin a PDB codes: 1izl(D), 1s5l(D), 1w5c(D), 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D), 7nhp(D), 7nhq(D),
		7. Ligand: SQD × 60 1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol PDB codes: 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D),
		8. Ligand: DGD × 53 Digalactosyl diacyl glycerol (dgdg) PDB codes: 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D),
		9. Ligand: PL9 × 48 2,3-Dimethyl-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-Nonamethyl-2, 6,10,14,18,22,26,30,34- Hexatriacontanonaenyl-2,5- Cyclohexadiene-1,4-Dione-2,3-Dimethyl-5-Solanesyl-1,4- Benzoquinone PDB codes: 1s5l(D), 1w5c(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D), 7nhp(D), 7nhq(D).
		10. Ligand: LMT × 27 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 1s5l(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5h2f(D), 5zzn(D).
		11. Ligand: UNL × 10 Unknown ligand PDB codes: 4pj0(D), 5h2f(D), 5tis(D), 5zzn(D),
		12. Ligand: UNK × 6 PDB codes: 2axt(D),
		13. Ligand: LFA × 4 Eicosane PDB codes: 5mx2(D),
		14. Ligand: MGE × 4 (1s)-2-(Alpha-L-Allopyranosyloxy)-1-[(Tridecanoyloxy) methyl]ethyl palmitate PDB codes: 2axt(D),
		15. Ligand: HTG × 2 Heptyl 1-Thio-Beta-D-Glucopyranoside PDB codes: 5h2f(D), 5zzn(D).
		16. Ligand: PLA × 1 2-[(3-Hydroxy-2-Methyl-5-Phosphonooxymethyl-Pyridin-4- Ylmethyl)-Amino]-2-Methyl-Succinic acid PDB code: 1izl(D).
		17. Ligand: PQ9 × 1 5-[(2e,6e,10e,14e,18e,22e)-3,7,11,15,19,23,27- Heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18,22,26-Heptaenyl]- 2,3- Dimethylbenzo-1,4-Quinone PDB code: 2axt(D).

Cluster 2 contains 4 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 4 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 5h2f(D), 5zzn(D).
		2. Ligand: LMG × 7 1,2-Distearoyl-Monogalactosyl-Diglyceride PDB codes: 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D).
		3. Ligand: LMT × 3 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 2axt(D), 5h2f(D), 5zzn(D).
		4. Ligand: UNL × 1 Unknown ligand PDB code: 5tis(D).

Cluster 3 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: HTG × 1 Heptyl 1-Thio-Beta-D-Glucopyranoside PDB code: 5h2f(D).

Cluster 4 contains 2 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 1 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB code: 5h2f(D).
		2. Ligand: GOL × 1 glycerin Glycerol PDB code: 5zzn(D).

Cluster 5 contains 3 ligand types

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Ligand		Description
_Fe		1. Metal: _FE × 1 PDB code: 5mx2(D).
		2. Ligand: BCT × 26 Bicarbonate ion PDB codes: 1s5l(D), 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4pj0(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D), 5h2f(D), 5kaf(D), 5kai(D), 5mx2(D), 5tis(D), 5zzn(D), 7nho(D).
Fe2		3. Metal: FE2 × 18 PDB codes: 1w5c(D), 2axt(D), 3bz1(D), 3bz2(D), 3kzi(D), 3prq(D), 3prr(D), 4fby(D), 4ixq(D), 4ixr(D), 4pbu(D), 4rvy(D), 4tnh(D), 4tni(D), 4tnj(D), 4tnk(D), 5e79(D), 5e7c(D).

Cluster 6 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 3 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 3prq(D), 3prr(D), 5h2f(D).