spacer
spacer
EBI Databases Structure Databases PDBsum

Ligand clusters for UniProt code P0C0Y8

Ligand clusters for P0C0Y8: Reaction center protein L chain from Rhodobacter sphaeroides

Top 6 (of 16) ligand clusters
Cluster 1.
31 ligand types
941 ligands
 Cluster 2.
5 ligand types
95 ligands
 Cluster 3.
5 ligand types
55 ligands
 Cluster 4.
4 ligand types
4 ligands
 Cluster 5.
4 ligand types
4 ligands
 Cluster 6.
2 ligand types
2 ligands
Representative protein: 1aigL  
JSmol
 

Structures

PDB   Schematic diagram
1aigL    
1rg5L    
1jgwL    
1kbyL    
1jgzL    
 more ...

 

 Cluster 1 contains 31 ligand types (of which only 20 are listed. Click for all)

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file.
Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: GOL × 16
glycerin
Glycerol
PDB codes: 1rzh(L), 2hhk(L), 2hj6(L), 2j8c(L), 2j8d(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux4(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 3i4d(L), 4in7(L), 4n7k(L).


 
2. Ligand: _UQ × 2
ubidecarenone
Coenzyme q10, (2z,6e,10z,14e,18e,22e,26z)-Isomer
PDB codes: 2rcr(L),


 
3. Ligand: TRS × 1
tromethamine
2-Amino-2-Hydroxymethyl-Propane-1,3-Diol
PDB code: 4lwy(L).


 
4. Ligand: BCL × 373
Bacteriochlorophyll a
PDB codes: 1aig(L), 1aij(L), 1ds8(L), 1dv3(L), 1dv6(L), 1e14(L), 1e6d(L), 1f6n(L), 1fnp(L), 1fnq(L), 1jgw(L), 1jgx(L), 1jgy(L), 1jgz(L), 1jh0(L), 1k6l(L), 1k6n(L), 1kby(L), 1l9b(L), 1l9j(L), 1m3x(L), 1mps(L), 1ogv(L), 1pcr(L), 1pss(L), 1pst(L), 1qov(L), 1rg5(L), 1rgn(L), 1rqk(L), 1rvj(L), 1ry5(L), 1rzh(L), 1rzz(L), 1s00(L), 1umx(L), 1yf6(L), 1yst(L), 1z9j(A), 1z9k(A), 2bnp(A), 2bns(A), 2boz(L), 2gmr(L), 2gnu(L), 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 2hhk(L), 2hit(L), 2hj6(L), 2j8c(L), 2j8d(L), 2jiy(L), 2jj0(L), 2rcr(L), 2uws(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 3dsy(L), 3dta(L), 3dtr(L), 3dts(L), 3du2(L), 3du3(L), 3duq(L), 3i4d(L), 3v3y(L), 3v3z(L), 3zum(L), 3zuw(L), 4h99(L), 4h9l(L), 4hbh(L), 4hbj(L), 4in7(L), 4jc9(L), 4jcb(L), 4lwy(L), 4tqq(L), 5lse(L), 5v33(L), 6z02(L), 6z1j(L), 6z27(L),


 
5. Ligand: BPH × 186
Bacteriopheophytin a
PDB codes: 1aig(L), 1aij(L), 1ds8(L), 1dv3(L), 1dv6(L), 1e14(L), 1e6d(L), 1f6n(L), 1fnp(L), 1fnq(L), 1jgw(L), 1jgx(L), 1jgy(L), 1jgz(L), 1jh0(L), 1k6l(L), 1k6n(L), 1kby(L), 1l9b(L), 1l9j(L), 1m3x(L), 1mps(L), 1ogv(L), 1pcr(L), 1pss(L), 1pst(L), 1qov(L), 1rg5(L), 1rgn(L), 1rqk(L), 1rvj(L), 1ry5(L), 1rzh(L), 1rzz(L), 1s00(L), 1yf6(L), 1yst(L), 1z9j(A), 1z9k(A), 2bnp(A), 2bns(A), 2boz(L), 2gmr(L), 2gnu(L), 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 2hhk(L), 2hit(L), 2hj6(L), 2j8c(L), 2j8d(L), 2jiy(L), 2jj0(L), 2rcr(L), 2uws(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 3dsy(L), 3dta(L), 3dtr(L), 3dts(L), 3du2(L), 3du3(L), 3duq(L), 3i4d(L), 3v3y(L), 3v3z(L), 3zum(L), 3zuw(L), 4h99(L), 4h9l(L), 4hbh(L), 4hbj(L), 4in7(L), 4jc9(L), 4jcb(L), 4lwy(L), 4tqq(L), 5lse(L), 5v33(L), 6z02(L), 6z1j(L), 6z27(L),


 
6. Ligand: U10 × 151
Ubiquinone-10
PDB codes: 1aig(L), 1aij(L), 1ds8(L), 1dv3(L), 1dv6(L), 1e14(L), 1e6d(L), 1f6n(L), 1fnp(L), 1fnq(L), 1jgw(L), 1jgx(L), 1jgy(L), 1jgz(L), 1jh0(L), 1k6l(L), 1k6n(L), 1kby(L), 1m3x(L), 1mps(L), 1ogv(L), 1pcr(L), 1pss(L), 1pst(L), 1qov(L), 1rg5(L), 1rgn(L), 1rqk(L), 1rvj(L), 1ry5(L), 1rzh(L), 1rzz(L), 1s00(L), 1umx(L), 1yf6(L), 1yst(L), 1z9j(A), 1z9k(A), 2bnp(A), 2boz(L), 2gmr(L), 2gnu(L), 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 2hhk(L), 2hit(L), 2hj6(L), 2j8c(L), 2j8d(L), 2jiy(L), 2jj0(L), 2uws(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 3dsy(L), 3dta(L), 3dtr(L), 3dts(L), 3du2(L), 3du3(L), 3duq(L), 3i4d(L), 3v3y(L), 3v3z(L), 3zum(L), 3zuw(L), 4h99(L), 4h9l(L), 4hbh(L), 4hbj(L), 4in7(L), 4jc9(L), 4jcb(L), 4lwy(L), 4n7k(L), 4tqq(L), 5lse(L), 5v33(L), 6z02(L), 6z1j(L), 6z27(L).


 
7. Ligand: LDA × 129
Lauryl dimethylamine-N-Oxide
PDB codes: 1e14(L), 1e6d(L), 1f6n(L), 1fnp(L), 1fnq(L), 1k6l(L), 1k6n(L), 1l9b(L), 1l9j(L), 1pcr(L), 1rgn(L), 1rqk(L), 1rvj(L), 1ry5(L), 1rzz(L), 1yf6(L), 2boz(L), 2gmr(L), 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 2hhk(L), 2hj6(L), 2j8c(L), 2j8d(L), 2jiy(L), 2uws(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 3dsy(L), 3dta(L), 3dtr(L), 3dts(L), 3du2(L), 3duq(L), 3i4d(L), 3v3y(L), 3zum(L), 3zuw(L), 4in7(L), 4lwy(L), 4n7k(L), 5lse(L), 6z02(L), 6z1j(L), 6z27(L),


 
8. Ligand: UQ2 × 12
Ubiquinone-2
PDB codes: 2uws(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L).


 
9. Ligand: DIO × 8
1,4-Diethylene dioxide
PDB codes: 3i4d(L), 3v3y(L), 3v3z(L), 4lwy(L), 6z02(L).


 
10. Ligand: EDO × 8
1,2-Ethanediol
PDB codes: 4lwy(L), 6z02(L),


 
11. Ligand: HTO × 8
Heptane-1,2,3-Triol
PDB codes: 1l9b(L), 1rg5(L), 1rzh(L), 1yf6(L), 2hg3(L), 3i4d(L), 6z02(L).


 
12. Ligand: 2GO × 6
[Methyl 9-Acetyl-14-Ethyl-20-Hydroxy-4,8,13,18- Tetramethyl-3-{3-Oxo-3-[(3,7,11,15-
Tetramethylhexadec- 2-En-1-Yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-Tetradehydrophorbine- 21-Carboxylatato(2-)-
Kappa~4~n~23~,N~24~,N~25~, N~26~]zinc
PDB codes: 4n7k(L),


 
13. Ligand: UNL × 6
Unknown ligand
PDB codes: 4lwy(L), 6z1j(L),


 
14. Ligand: PC1 × 4
1,2-Diacyl-Sn-Glycero-3-Phosphocholine
PDB codes: 1m3x(L), 2j8c(L), 4in7(L), 4n7k(L).


 
15. Ligand: PO4 × 4
Phosphate ion
PDB codes: 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 3i4d(L).


 
16. Ligand: GGD × 3
Nonadec-10-Enoic acid 2-[3,4-Dihydroxy-6-Hydroxymethyl- 5-(3,4,5-Trihydroxy-6-Hydroxymethyl-
Tetrahydro-Pyran- 2-Yloxy)-Tetrahydro-Pyran-2-Yloxy]-1-Octadec-9- Enoyloxymethyl-Ethyl ester
PDB codes: 2j8c(L), 4in7(L), 4n7k(L).


 
17. Ligand: PC9 × 3
(7r,14s)-14,15-Dibromo-4-Hydroxy-N,N,N-Trimethyl-9-Oxo- 7-[(Palmitoyloxy)methyl]-3,5,8-Trioxa-4-
Phosphahexacosan-1-Aminium 4-Oxide
PDB codes: 2hg3(L), 2hh1(L).


 
18. Ligand: BPB × 2
Bacteriopheophytin b
PDB codes: 1umx(L),


 
19. Ligand: D12 × 2
Dodecane
PDB codes: 5lse(L), 6z02(L).


 
20. Ligand: MST × 2
2-T-Butylamino-4-Ethylamino-6-Methylthio-S-Triazine
PDB codes: 2bnp(A), 2bns(A).

 + more. Press for full list
 

 

 Cluster 2 contains 5 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: GOL × 36
glycerin
Glycerol
PDB codes: 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 2hhk(L), 2hit(L), 2j8c(L), 2j8d(L), 2uws(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 3i4d(L), 4in7(L), 4n7k(L),


 
2. Ligand: CDL × 40
Cardiolipin
PDB codes: 1e14(L), 1jgw(L), 1jgy(L), 1jgz(L), 1k6l(L), 1k6n(L), 1kby(L), 1m3x(L), 1ogv(L), 1qov(L), 1rg5(L), 1rqk(L), 1rvj(L), 1ry5(L), 1rzh(L), 1yf6(L), 2gnu(L), 2hg3(L), 2hg9(L), 2hh1(L), 2hhk(L), 2hit(L), 2hj6(L), 2jiy(L), 2jj0(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2uxj(L), 3dsy(L), 3dta(L), 3dtr(L), 3dts(L), 3du2(L), 3du3(L), 3duq(L), 3i4d(L), 4lwy(L), 4n7k(L), 5lse(L), 6z02(L).


 
3. Ligand: PO4 × 17
Phosphate ion
PDB codes: 1e6d(L), 1f6n(L), 1fnp(L), 1fnq(L), 1mps(L), 1pcr(L), 1rgn(L), 2bnp(A), 2bns(A), 2boz(L), 3v3y(L), 3v3z(L), 3zuw(L), 4jc9(L), 4jcb(L), 6z27(L).


 
4. Ligand: DIO × 1
1,4-Diethylene dioxide
PDB code: 4lwy(L).


 
5. Ligand: NKP × 1
(2r)-2-Hydroxy-3-(Phosphonooxy)propyl (9e)-Octadec-9- Enoate
PDB code: 6z1j(L).

 

 Cluster 3 contains 5 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: GOL × 16
glycerin
Glycerol
PDB codes: 2j8c(L), 2j8d(L), 2uws(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 3i4d(L), 4in7(L), 4n7k(L).


 
2. Ligand: HTO × 20
Heptane-1,2,3-Triol
PDB codes: 2j8c(L), 2j8d(L), 2uwt(L), 2uwu(L), 2uwv(L), 2uww(L), 2ux3(L), 2ux4(L), 2ux5(L), 2uxj(L), 2uxk(L), 2uxl(L), 2uxm(L), 4in7(L), 4n7k(L),


 
3. Ligand: LDA × 16
Lauryl dimethylamine-N-Oxide
PDB codes: 1k6l(L), 1k6n(L), 1pcr(L), 1yf6(L), 2hg3(L), 2hh1(L), 3dsy(L), 3dta(L), 3dtr(L), 3dts(L), 3du2(L), 3duq(L), 3i4d(L), 6z27(L).


 
4. Ligand: UNL × 2
Unknown ligand
PDB codes: 4lwy(L), 6z1j(L).


 
5. Ligand: D12 × 1
Dodecane
PDB code: 6z02(L).

 

 Cluster 4 contains 4 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: GOL × 1
glycerin
Glycerol
PDB code: 3i4d(L).


 
2. Ligand: EDO × 1
1,2-Ethanediol
PDB code: 6z02(L).


 
3. Ligand: HEM × 1
Protoporphyrin IX containing fe
PDB code: 1l9j(L).


 
4. Ligand: PO4 × 1
Phosphate ion
PDB code: 3i4d(L).

 

 Cluster 5 contains 4 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: GOL × 1
glycerin
Glycerol
PDB code: 3i4d(L).


 
2. Ligand: EDO × 1
1,2-Ethanediol
PDB code: 6z02(L).


 
3. Ligand: HT3 × 1
(2r,3s)-Heptane-1,2,3-Triol
PDB code: 3i4d(L).


 
4. Ligand: HTO × 1
Heptane-1,2,3-Triol
PDB code: 6z02(L).

 

 Cluster 6 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: D10 × 1
Decane
PDB code: 6z02(L).


 
2. Ligand: UNL × 1
Unknown ligand
PDB code: 4lwy(L).

 

spacer
spacer