Chemical Components in the PDB

pdbe.org/chem
spacer

TTP : Summary

Code

TTP

One-letter code

X

Molecule name

THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

Systematic names

ProgramVersionName
ACDLabs 10.04 thymidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)
OpenEye OEToolkits 1.5.0 [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl (hydroxy-phosphonooxy-phosphoryl) hydrogen phosphate

Formula

C10 H17 N2 O14 P3

Formal charge

0

Molecular weight

482.168 Da

SMILES

TypeProgramVersionDescriptor
SMILES ACDLabs 10.04 O=P(O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC2OC(N1C(=O)NC(=O)C(=C1)C)CC2O
SMILES CACTVS 3.341 CC1=CN([CH]2C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
SMILES OpenEye OEToolkits 1.5.0 CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O
Canonical SMILES CACTVS 3.341 CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
Canonical SMILES OpenEye OEToolkits 1.5.0 CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)CO[P@](=O)(O)O[P@@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O

IUPAC InChI

InChI=1S/C10H17N2O14P3/c1-5-3-12(10(15)11-9(5)14)8-2-6(13)7(24-8)4-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h3,6-8,13H,2,4H2,1H3,(H,19,20)(H,21,22)(H,11,14,15)(H2,16,17,18)/t6-,7+,8+/m0/s1

IUPAC InChI key

NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N
TTP

wwPDB Information

Atom count

46 (29 without Hydrogen)

Polymer type

Bound ligand

Type description

NON-POLYMER

Type code

HETAIN

Is modified

No

Standard parent

Not Assigned

Defined at

1999-07-08

Last modified at

2011-06-04

Status

Released

Obsoleted

Not Assigned



TTP : Atoms of Molecule

Total Number of Atoms: 46
Record Atom Name Symbol PDB Name Stereochemistry Is Aromatic Is Leaving Atom Charge X-Coordinate Y-Coordinate Z-Coordinate
1 C1' C C1* R N N 0 -0.978 0.96 -4.149
2 C2 C C2 N N N 0 0.513 -0.842 -4.809
3 C2' C C2* N N N 0 -2.258 0.149 -4.428
4 C3' C C3* S N N 0 -2.66 -0.413 -3.043
5 C4 C C4 N N N 0 2.171 -0.573 -6.432
6 C4' C C4* R N N 0 -1.923 0.548 -2.076
7 C5 C C5 N N N 0 1.779 0.777 -6.593
8 C5' C C5* N N N 0 -1.675 -0.129 -0.727
9 C5M C C5M N N N 0 2.487 1.664 -7.584
10 C6 C C6 N N N 0 0.76 1.258 -5.85
11 H1' H H1* N N N 0 -1.146 2.011 -4.387
12 H2'1 H 1H2* N N N 0 -3.042 0.796 -4.819
13 H2'2 H 2H2* N N N 0 -2.05 -0.663 -5.124
14 H3' H H3* N N N 0 -2.304 -1.436 -2.92
15 H4' H H4* N N N 0 -2.492 1.468 -1.943
16 H5'1 H 1H5* N N N 0 -2.629 -0.414 -0.283
17 H5'2 H 2H5* N N N 0 -1.063 -1.019 -0.874
18 H6 H H6 N N N 0 0.445 2.285 -5.962
19 HM51 H 1HM5 N N N 0 3.274 1.098 -8.082
20 HM52 H 2HM5 N N N 0 1.773 2.022 -8.326
21 HM53 H 3HM5 N N N 0 2.926 2.514 -7.062
22 HN3 H HN3 N N N 0 1.79 -2.273 -5.418
23 HO3' H *HO3 N N N 0 -4.476 -0.888 -3.543
24 HOA2 H 2HOA N N N 0 -2.693 0.393 2.292
25 HOB2 H 2HOB N N N 0 1.913 -0.884 3.293
26 HOG2 H 2HOG N N N 0 1.94 0.441 8.261
27 HOG3 H 3HOG N N N 0 -0.827 0.546 7.076
28 N1 N N1 N N N 0 0.128 0.438 -4.955
29 N3 N N3 N N N 0 1.526 -1.347 -5.536
30 O1A O O1A N N N 0 0.046 -1.209 1.299
31 O1B O O1B N N N 0 -1.137 -0.257 4.463
32 O1G O O1G N N N 0 1.895 -1.058 6.038
33 O2 O O2 N N N 0 -0.062 -1.553 -4.008
34 O2A O O2A N N N 0 -2.194 -0.422 2.153
35 O2B O O2B N N N 0 1.059 -1.184 3.636
36 O2G O O2G N N N 0 1.867 1.011 7.483
37 O3' O O3* N N N 0 -4.074 -0.341 -2.854
38 O3A O O3A N N N 0 -0.0040 0.97 2.571
39 O3B O O3B N N N 0 0.95 1.048 5.019
40 O3G O O3G N N N 0 -0.348 -0.271 6.885
41 O4 O O4 N N N 0 3.088 -1.03 -7.091
42 O4' O O4* N N N 0 -0.674 0.818 -2.751
43 O5' O O5* N N N 0 -0.996 0.777 0.144
44 PA P PA S N N 0 -0.769 0.0020 1.536
45 PB P PB S N N 0 0.188 0.135 3.934
46 PG P PG N N N 0 1.108 0.155 6.349



TTP : Chemical Bonds

Total Number of Bonds: 47
Record First Atom Second Atom First Element Second Element Bond Order Type Bond Length Bond Stereochemistry Is Aromatic
1 PA O1A P O doub 1.48 N N
2 PA O2A P O sing 1.61 N N
3 PA O3A P O sing 1.61 N N
4 PA O5' P O sing 1.61 N N
5 O2A HOA2 O H sing 0.97 N N
6 O3A PB O P sing 1.61 N N
7 PB O1B P O doub 1.48 N N
8 PB O2B P O sing 1.61 N N
9 PB O3B P O sing 1.61 N N
10 O2B HOB2 O H sing 0.97 N N
11 O3B PG O P sing 1.61 N N
12 PG O1G P O doub 1.48 N N
13 PG O2G P O sing 1.61 N N
14 PG O3G P O sing 1.61 N N
15 O2G HOG2 O H sing 0.97 N N
16 O3G HOG3 O H sing 0.97 N N
17 O5' C5' O C sing 1.43 N N
18 C5' C4' C C sing 1.53 N N
19 C5' H5'1 C H sing 1.09 N N
20 C5' H5'2 C H sing 1.09 N N
21 C4' O4' C O sing 1.45 N N
22 C4' C3' C C sing 1.55 N N
23 C4' H4' C H sing 1.09 N N
24 O4' C1' O C sing 1.44 N N
25 C3' O3' C O sing 1.43 N N
26 C3' C2' C C sing 1.55 N N
27 C3' H3' C H sing 1.09 N N
28 O3' HO3' O H sing 0.97 N N
29 C2' C1' C C sing 1.54 N N
30 C2' H2'1 C H sing 1.09 N N
31 C2' H2'2 C H sing 1.09 N N
32 C1' N1 C N sing 1.46 N N
33 C1' H1' C H sing 1.09 N N
34 N1 C2 N C sing 1.34 N N
35 N1 C6 N C sing 1.37 N N
36 C2 O2 C O doub 1.22 N N
37 C2 N3 C N sing 1.35 N N
38 N3 C4 N C sing 1.35 N N
39 N3 HN3 N H sing 0.97 N N
40 C4 O4 C O doub 1.22 N N
41 C4 C5 C C sing 1.41 N N
42 C5 C5M C C sing 1.51 N N
43 C5 C6 C C doub 1.35 N N
44 C5M HM51 C H sing 1.09 N N
45 C5M HM52 C H sing 1.09 N N
46 C5M HM53 C H sing 1.09 N N
47 C6 H6 C H sing 1.08 N N



TTP : Used in PDB Entries

Total Number of PDB Entries: 181
Ligand Code PDB Entry ID Type Total Distinct
TTP 1cr1 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1g2v Open in New Window Bound ligand 16 1
TTP 1h79 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 1ig9 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1iim Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 1mc3 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 1mp3 Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 1n5j Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1njy Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1oe0 Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 1peq Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1qtm Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1rtd Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 1s0o Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 1t3n Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1w4r Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 1xbt Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 1xje Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 1xjm Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 1zet Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 1zm7 Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 2bcv Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2cvw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2cvy Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2dpj Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2fll Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2ggq Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2j4q Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2j87 Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 2ja1 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2jcs Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 2oh2 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 2pyl Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 2qxx Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 2r1r Open in New Window Bound ligand 3 1
TTP 2uz3 Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 2vp0 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 2w9c Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 2wvj Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 3cfp Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3cfr Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3cq8 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3g6y Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3gv7 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3hnc Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3hnd Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3hne Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3hnf Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3hpo Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3k58 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3khl Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3khr Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3mx2 Open in New Window Bound ligand 3 1
TTP 3ngi Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3nhg Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3o0n Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3o0o Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3o0q Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 3osn Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3pw2 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3pw5 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3q8s Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3qep Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3qet Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3rrh Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3sq2 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3sq4 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3sun Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 3suo Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4a6a Open in New Window Bound ligand 12 1
TTP 4dtj Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4dtx Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4fj9 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4fjj Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4fjn Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4fk2 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4fs1 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4ho3 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 4j2a Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4j2d Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4khs Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4khu Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4khw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4khy Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4ki4 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4ki6 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4lrl Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 4m9h Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4p9d Open in New Window Bound ligand 6 1
TTP 4qfz Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 4r1r Open in New Window Bound ligand 3 1
TTP 4rxs Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 4tnq Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 4tnz Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 4to2 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4to5 Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 4to6 Open in New Window Bound ligand 3 1
TTP 4tqr Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4uxj Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 4x3v Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 4xjc Open in New Window Bound ligand 6 1
TTP 4xrh Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4xus Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 4yfu Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5c2o Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5cj7 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5cnv Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 5dg7 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5edw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tf8 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tus Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5txx Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5txz Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tyb Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tyc Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tyd Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tyu Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tyv Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5tyw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5ulw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vrw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vrx Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vry Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vrz Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vs1 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vs2 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vs3 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vz9 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vzc Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5vzf Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5vzi Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yur Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yus Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yut Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yuu Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yuv Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yuw Open in New Window Bound ligand 3 1
TTP 5yux Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yuy Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 5yuz Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5yv0 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 5yv3 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6b5k Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6czc Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 6ig1 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6ipj Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6jop Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6l3r Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6l7l Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6lkm Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6m7t Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6mt9 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6mv9 Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 6mve Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6n7i Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 6n7n Open in New Window Bound ligand 5 1
TTP 6n7s Open in New Window Bound ligand 4 1
TTP 6n7t Open in New Window Bound ligand 5 1
TTP 6n7v Open in New Window Bound ligand 5 1
TTP 6n7w Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6n9u Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6n9v Open in New Window Bound ligand 6 1
TTP 6n9w Open in New Window Bound ligand 5 1
TTP 6n9x Open in New Window Bound ligand 5 1
TTP 6p7e Open in New Window Bound ligand 8 1
TTP 6s1m Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6s1n Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6s1o Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6tny Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6tnz Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 6w4x Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 7b08 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 7b0f Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 7b0h Open in New Window Bound ligand 2 1
TTP 7nv0 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 7nv1 Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 8icj Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 8icw Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 8icx Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 8icy Open in New Window Bound ligand 1 1
TTP 9icu Open in New Window Bound ligand 1 1