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EBI
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Structure Databases
PDBsum
Ligand clusters for UniProt code P00829
Ligand clusters for P00829: ATP synthase subunit beta, mitochondrial from Bos taurus
5 ligand clusters
Cluster 1.
5 ligand types
17 ligands
Cluster 2.
8 ligand types
53 ligands
Cluster 3.
1 ligand type
1 ligand
Cluster 4.
1 ligand type
5 ligands
Cluster 5.
1 ligand type
1 ligand
Representative protein: 1ohhD
Structures
PDB
Schematic diagram
1ohh
D
2xnd
D
4yxw
D
4tt3
D
2jj1
D
more ...
Cluster 1 contains 5 ligand types
Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file.
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
1. Ligand:
ATP × 3
Adenosine-5'-Triphosphate
PDB codes:
1e79
(D),
1nbm
(D),
2v7q
(D).
2. Ligand:
ADP × 2
Adenosine-5'-Diphosphate
PDB codes:
1h8e
(D),
1w0k
(D).
3. Ligand:
ANP × 9
Phosphoaminophosphonic acid-Adenylate ester
PDB codes:
1e1r
(D),
1ohh
(D),
2jdi
(D),
2jiz
(D),
2jj1
(D),
2jj2
(D),
2ck3
(D),
2wss
(D),
4yxw
(D).
4. Ligand:
ATP × 2
Adenosine-5'-Triphosphate
PDB codes:
4tsf
(D),
4z1m
(D).
5. Ligand:
ADP × 1
Adenosine-5'-Diphosphate
PDB code:
1w0j
(D).
Cluster 2 contains 8 ligand types
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
1. Ligand:
ADP × 14
Adenosine-5'-Diphosphate
PDB codes:
1bmf
(D),
1cow
(D),
1e1q
(D),
1e1r
(D),
1e79
(D),
1efr
(D),
1h8e
(D),
1h8h
(D),
1nbm
(D),
1w0k
(D),
2jiz
(D),
2jj1
(D),
2jj2
(D),
2v7q
(D).
_Mg
2. Metal:
_MG × 24
PDB codes:
1bmf
(D),
1cow
(D),
1e1q
(D),
1e1r
(D),
1e79
(D),
1efr
(D),
1h8e
(D),
1h8h
(D),
1nbm
(D),
1w0j
(D),
1w0k
(D),
2ck3
(D),
2jdi
(D),
2jiz
(D),
2jj1
(D),
2jj2
(D),
2v7q
(D),
2wss
(D),
2xnd
(D),
4asu
(D),
4tsf
(D),
4tt3
(D),
4yxw
(D),
4z1m
(D).
3. Ligand:
ANP × 2
Phosphoaminophosphonic acid-Adenylate ester
PDB codes:
1ohh
(D),
2jdi
(D).
4. Ligand:
ADP × 8
Adenosine-5'-Diphosphate
PDB codes:
1w0j
(D),
2ck3
(D),
2w6e
(D),
2wss
(D),
4asu
(D),
4tsf
(D),
4tt3
(D),
4z1m
(D).
5. Ligand:
ANP × 2
Phosphoaminophosphonic acid-Adenylate ester
PDB codes:
2xnd
(D),
4yxw
(D).
6. Ligand:
AF3 × 1
Aluminum fluoride
PDB code:
1e1r
(D).
7. Ligand:
ALF × 1
Tetrafluoroaluminate ion
PDB code:
1h8e
(D).
8. Ligand:
BEF × 1
Beryllium trifluoride ion
PDB code:
1w0j
(D).
Cluster 3 contains 1 ligand type
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
1. Ligand:
DCW × 1
Dicyclohexylurea
PDB code:
1e79
(D).
Cluster 4 contains 1 ligand type
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
1. Ligand:
GOL × 5
glycerin
Glycerol
PDB codes:
1w0j
(D),
1w0k
(D),
2jiz
(D),
2jj1
(D),
2jj2
(D).
Cluster 5 contains 1 ligand type
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
_Cl
1. Metal:
_CL × 1
PDB code:
4yxw
(D).