PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=425-13-M54)

Interfaces in PDB 4yg6 crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 1.46 Å

STRUCTURAL BASIS OF GLYCAN RECOGNITION IN NEONATE-SPECIFIC ROTAVIRUSES

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		D	`54`	`19`	`7670`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`60`	`17`	`7706`	`553.5`	`3.7`	`0.856`	`8`	`2`	`0`	`0.000`
	`2`		B	`52`	`19`	`7706`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`54`	`16`	`7670`	`532.8`	`3.5`	`0.855`	`9`	`2`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`543.2`	`3.6`	`0.855`	`9`	`2`	`0`	`0.000`
2	`3`		B	`50`	`21`	`7706`	`◊`	C	x-1,y,z	`1_455`	`53`	`21`	`7682`	`444.8`	`-3.1`	`0.269`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
	`4`		A	`45`	`17`	`7650`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`46`	`20`	`7670`	`348.5`	`-3.8`	`0.185`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`396.7`	`-3.5`	`0.227`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
3	`5`		B	`32`	`10`	`7706`	`◊`	C	x-1,y,z-1	`1_454`	`37`	`15`	`7682`	`311.2`	`0.9`	`0.597`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`6`		D	`29`	`11`	`7670`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`37`	`15`	`7650`	`276.0`	`0.0`	`0.432`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`293.6`	`0.5`	`0.515`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
4	`7`		B	`30`	`10`	`7706`	`x`	B	x-1,y,z	`1_455`	`32`	`11`	`7706`	`305.3`	`-1.7`	`0.273`	`0`	`2`	`0`	`0.000`
	`8`		D	`29`	`11`	`7670`	`x`	D	x-1,y,z	`1_455`	`32`	`11`	`7670`	`291.9`	`-1.0`	`0.380`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
	`9`		C	`30`	`11`	`7682`	`x`	C	x-1,y,z	`1_455`	`33`	`10`	`7682`	`284.3`	`-0.5`	`0.454`	`3`	`1`	`0`	`0.000`
	`10`		A	`32`	`10`	`7650`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`31`	`12`	`7650`	`277.0`	`-0.7`	`0.418`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`289.6`	`-1.0`	`0.381`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
5	`11`		C	`31`	`11`	`7682`	`◊`	A	-x+3,y-1/2,-z+1	`2_846`	`31`	`10`	`7650`	`295.4`	`0.8`	`0.663`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
6	`12`		B	`39`	`12`	`7706`	`◊`	A	-x+2,y-1/2,-z+1	`2_746`	`32`	`10`	`7650`	`288.6`	`-1.3`	`0.386`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`13`		C	`30`	`10`	`7682`	`◊`	D	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`33`	`11`	`7670`	`268.5`	`-1.7`	`0.324`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`278.5`	`-1.5`	`0.355`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
7	`14`		C	`25`	`11`	`7682`	`◊`	A	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`25`	`11`	`7650`	`219.2`	`-0.8`	`0.441`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
8	`15`		[GAL]C:1001	`10`	`1`	`291`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`7682`	`128.0`	`2.1`	`0.332`	`6`	`0`	`0`	`0.031`
	`16`		[GAL]A:1001	`10`	`1`	`291`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`7650`	`127.4`	`2.2`	`0.335`	`6`	`0`	`0`	`0.031`
	*Average:*													`127.7`	`2.2`	`0.334`	`6`	`0`	`0`	`0.031`
9	`17`		[GAL]B:1001	`10`	`1`	`292`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`7706`	`115.6`	`1.7`	`0.289`	`7`	`0`	`0`	`0.078`
	`18`		[GAL]D:1001	`10`	`1`	`291`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`7670`	`114.7`	`1.7`	`0.289`	`6`	`0`	`0`	`0.078`
	*Average:*													`115.2`	`1.7`	`0.289`	`7`	`0`	`0`	`0.078`
10	`19`		[NAG]B:1002	`11`	`1`	`360`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`16`	`7`	`7706`	`110.9`	`3.0`	`0.347`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`20`		[NAG]D:1002	`11`	`1`	`361`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`17`	`7`	`7670`	`110.9`	`2.9`	`0.307`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`110.9`	`3.0`	`0.327`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
11	`21`		[PO4]D:1003	`5`	`1`	`189`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`20`	`9`	`7670`	`103.2`	`-5.8`	`0.828`	`4`	`0`	`0`	`0.124`
12	`22`		[PO4]A:1005	`5`	`1`	`189`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`18`	`8`	`7650`	`103.1`	`-5.8`	`0.740`	`4`	`0`	`0`	`0.400`
13	`23`		[PO4]C:1005	`5`	`1`	`188`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`19`	`9`	`7682`	`102.3`	`-5.7`	`0.746`	`4`	`0`	`0`	`0.429`
14	`24`		[NAG]A:1002	`9`	`1`	`363`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`7650`	`98.1`	`2.7`	`0.384`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`25`		[NAG]C:1002	`9`	`1`	`363`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`7682`	`97.5`	`2.7`	`0.353`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`97.8`	`2.7`	`0.368`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
15	`26`		B	`12`	`4`	`7706`	`◊`	[NAG]C:1002	x-1,y,z-1	`1_454`	`7`	`1`	`363`	`95.0`	`2.9`	`0.495`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`27`		[NAG]A:1002	`7`	`1`	`363`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`12`	`4`	`7670`	`88.9`	`2.7`	`0.490`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`91.9`	`2.8`	`0.493`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
16	`28`		C	`13`	`8`	`7682`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`7706`	`94.0`	`-0.8`	`0.367`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`29`		D	`6`	`3`	`7670`	`◊`	A	x-1,y,z+1	`1_456`	`9`	`5`	`7650`	`77.2`	`0.2`	`0.558`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`85.6`	`-0.3`	`0.462`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`30`		[PO4]B:1005	`5`	`1`	`187`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`19`	`8`	`7706`	`92.9`	`-5.5`	`0.706`	`3`	`0`	`0`	`0.378`
18	`31`		[GAL]D:1001	`8`	`1`	`291`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`7706`	`92.9`	`2.1`	`0.375`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`32`		[GAL]B:1001	`8`	`1`	`292`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`12`	`5`	`7670`	`92.5`	`2.2`	`0.391`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`92.7`	`2.2`	`0.383`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
19	`33`		[NAG]D:1002	`4`	`1`	`361`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`7706`	`68.9`	`1.5`	`0.516`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`34`		[NAG]B:1002	`5`	`1`	`360`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`9`	`4`	`7670`	`67.1`	`1.5`	`0.461`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`68.0`	`1.5`	`0.489`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
20	`35`		[NAG]A:1002	`8`	`1`	`363`	`cf`	[GAL]A:1003	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`293`	`67.4`	`2.4`	`0.143`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`36`		[NAG]C:1002	`8`	`1`	`363`	`cf`	[GAL]C:1003	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`290`	`65.7`	`2.4`	`0.123`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`66.6`	`2.4`	`0.133`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`37`		[NAG]B:1002	`9`	`1`	`360`	`cf`	[GAL]B:1003	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`290`	`67.3`	`2.4`	`0.135`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`38`		[BGC]A:1004	`5`	`1`	`303`	`cf`	[GAL]A:1003	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`65.0`	`1.1`	`0.150`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
23	`39`		C	`9`	`6`	`7682`	`◊`	[GAL]A:1003	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`6`	`1`	`293`	`61.6`	`1.2`	`0.321`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`40`		[BGC]B:1004	`5`	`1`	`293`	`cf`	[GAL]B:1003	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`290`	`61.6`	`1.1`	`0.152`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`41`		[BGC]C:1004	`4`	`1`	`293`	`cf`	[GAL]C:1003	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`60.4`	`1.1`	`0.149`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`42`		[BGC]B:1004	`6`	`1`	`293`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`8`	`3`	`7650`	`59.0`	`1.2`	`0.378`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
27	`43`		[NAG]A:1002	`4`	`1`	`363`	`cf`	[GAL]A:1001	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`291`	`55.9`	`1.1`	`0.153`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`44`		[NAG]C:1002	`4`	`1`	`363`	`cf`	[GAL]C:1001	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`291`	`55.6`	`1.0`	`0.127`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`55.8`	`1.0`	`0.140`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`45`		[NAG]B:1002	`6`	`1`	`360`	`cf`	[GAL]B:1001	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`292`	`54.6`	`0.8`	`0.112`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`46`		[NAG]D:1002	`6`	`1`	`361`	`cf`	[GAL]D:1001	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`291`	`54.6`	`0.9`	`0.114`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`54.6`	`0.9`	`0.113`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`47`		C	`5`	`2`	`7682`	`◊`	[GAL]A:1001	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`5`	`1`	`291`	`48.3`	`0.2`	`0.184`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`48`		[GAL]C:1001	`5`	`1`	`291`	`◊`	A	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`7`	`3`	`7650`	`47.3`	`0.3`	`0.208`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`47.8`	`0.2`	`0.196`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
30	`49`		B	`7`	`3`	`7706`	`◊`	[PO4]B:1005	x-1,y,z	`1_455`	`5`	`1`	`187`	`47.2`	`-2.1`	`0.758`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`50`		[PO4]D:1003	`4`	`1`	`189`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`9`	`5`	`7670`	`38.2`	`-2.3`	`0.586`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`42.7`	`-2.2`	`0.672`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`51`		[GAL]C:1003	`6`	`1`	`290`	`◊`	A	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`6`	`4`	`7650`	`46.0`	`1.0`	`0.265`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`52`		B	`3`	`2`	`7706`	`◊`	[BGC]C:1004	x-1,y,z-1	`1_454`	`2`	`1`	`293`	`44.5`	`1.2`	`0.724`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
33	`53`		[BGC]A:1004	`4`	`1`	`303`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`7670`	`40.1`	`1.2`	`0.492`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
34	`54`		A	`8`	`4`	`7650`	`◊`	[PO4]A:1005	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`1`	`189`	`38.7`	`-2.3`	`0.571`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`55`		[PO4]C:1005	`4`	`1`	`188`	`◊`	C	x-1,y,z	`1_455`	`6`	`4`	`7682`	`36.8`	`-2.1`	`0.552`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`56`		D	`8`	`5`	`7670`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`2`	`7650`	`36.7`	`-0.0`	`0.508`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`57`		B	`5`	`3`	`7706`	`◊`	C	x,y,z-1	`1_554`	`3`	`2`	`7682`	`23.6`	`0.0`	`0.517`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`30.2`	`0.0`	`0.512`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`58`		[GAL]B:1003	`4`	`1`	`290`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`3`	`1`	`7650`	`35.1`	`0.3`	`0.183`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`59`		[GAL]B:1003	`3`	`1`	`290`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`7706`	`31.9`	`0.4`	`0.268`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`60`		[GAL]C:1003	`3`	`1`	`290`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`7682`	`29.8`	`0.3`	`0.229`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`61`		[GAL]A:1003	`3`	`1`	`293`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`7650`	`25.2`	`0.3`	`0.242`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`28.9`	`0.3`	`0.246`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`62`		B	`3`	`3`	`7706`	`◊`	[GAL]C:1003	x-1,y,z-1	`1_454`	`4`	`1`	`290`	`31.8`	`0.7`	`0.303`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`63`		C	`5`	`4`	`7682`	`◊`	[NAG]A:1002	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`3`	`1`	`363`	`31.1`	`0.3`	`0.308`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`64`		[NAG]C:1002	`3`	`1`	`363`	`◊`	A	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`6`	`4`	`7650`	`30.4`	`0.3`	`0.313`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`30.8`	`0.3`	`0.310`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`65`		[GAL]B:1003	`4`	`1`	`290`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`6`	`4`	`7670`	`27.1`	`0.8`	`0.407`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`66`		[GAL]A:1001	`5`	`1`	`291`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`7670`	`25.8`	`1.0`	`0.353`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`67`		B	`2`	`1`	`7706`	`◊`	[GAL]C:1001	x-1,y,z-1	`1_454`	`5`	`1`	`291`	`25.5`	`1.0`	`0.352`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`25.6`	`1.0`	`0.352`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`68`		C	`3`	`1`	`7682`	`◊`	[BGC]A:1004	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`4`	`1`	`303`	`22.5`	`0.6`	`0.372`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`69`		[GAL]A:1003	`3`	`1`	`293`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`4`	`3`	`7670`	`18.1`	`0.5`	`0.443`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`70`		[PO4]B:1005	`4`	`1`	`187`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`7682`	`15.7`	`-0.5`	`0.858`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`71`		[BGC]C:1004	`3`	`1`	`293`	`◊`	A	-x+3,y-1/2,-z+2	`2_847`	`3`	`1`	`7650`	`12.9`	`0.3`	`0.358`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`72`		[BGC]A:1004	`2`	`1`	`303`	`f`	[NAG]A:1002	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`363`	`8.7`	`0.4`	`0.251`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`73`		[BGC]B:1004	`2`	`1`	`293`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`3`	`3`	`7706`	`6.7`	`0.2`	`0.422`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`74`		[BGC]B:1004	`1`	`1`	`293`	`◊`	D	x-1,y,z-1	`1_454`	`1`	`1`	`7670`	`5.4`	`0.1`	`0.367`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`75`		[BGC]B:1004	`1`	`1`	`293`	`f`	[NAG]B:1002	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`360`	`2.8`	`0.0`	`0.204`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`76`		[BGC]B:1004	`1`	`1`	`293`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`7706`	`2.7`	`0.0`	`0.376`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`77`		B	`1`	`1`	`7706`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`7650`	`2.5`	`0.1`	`0.698`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`78`		[BGC]C:1004	`1`	`1`	`293`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`7682`	`1.1`	`0.0`	`0.355`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`79`		[BGC]C:1004	`1`	`1`	`293`	`f`	[NAG]C:1002	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`363`	`1.0`	`0.0`	`0.161`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`80`		C	`1`	`1`	`7682`	`◊`	D	-x+2,y-1/2,-z+2	`2_747`	`1`	`1`	`7670`	`0.7`	`0.0`	`0.567`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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