PDBsum entry 6y5d Go to PDB code:  Pore analysis for: 6y5d calculated with MOLE 2.0 PDB id 6y5d Pores calculated on whole structure Pores calculated excluding ligands View options MOLEonline 2.0 manipulation and visualization with HETATM: without HETATM:   30 pores, coloured by radius 30 pores, coloured by radius 30 pores, coloured as in list below Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown. Pores Free R Length HPathy HPhob Polar Rel Mut Residue..type Ligands Radius 1 4.17 4.19 46.7 -1.48 -0.78 14.9 93 4 1 5 0 0 0 0  DG 22 I DA 23 I DG 24 I DG 25 I DC 26 I DC 96 I DC 52 J DA 63 J DA 124 J DG 125 J DG 127 J DG 128 J DC 129 J DC 137 J DC 138 J 2 1.42 1.42 55.9 -1.17 -0.50 13.6 78 3 0 1 2 0 2 0  DA 1 U DT 2 U DC 83 U DC 84 U DG 70 V DG 71 V DG 72 V DG 73 V DA 74 V DC 75 V DC 148 V DA 149 V DG 150 V 3 2.40 2.40 63.5 -1.59 -0.66 16.7 77 5 1 0 0 0 1 0  DA 1 U DT 2 U DG 9 U DA 10 U DA 11 U DC 84 U DC 87 U DG 88 U DT 89 U DA 63 V DA 64 V DA 65 V DC 66 V DG 67 V DG 71 V DC 148 V DA 149 V DG 150 V 4 2.64 2.66 65.3 -2.02 -0.62 22.8 85 7 1 4 1 1 1 0  PTD 302 H DG 24 I DG 25 I DC 26 I DA 32 I DA 33 I DT 34 I DT 35 I DG 36 I DG 42 J DG 115 J DC 117 J DC 118 J DA 124 J DG 125 J DG 127 J DG 128 J 5 1.82 1.82 69.5 -1.44 -0.69 15.3 79 3 2 0 0 0 1 0  DA 11 U DT 12 U DC 84 U DC 87 U DG 88 U DT 92 U D A 93 U DA 94 U DC 95 U DC 96 U DA 62 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V DC 66 V DG 67 V DC 137 V DC 138 V 6 2.19 2.47 72.1 -2.03 -0.53 24.5 81 11 7 4 2 2 1 0  DC 143 I DA 15 J DC 113 U DC 114 U DC 37 V DT 38 V 7 3.75 3.92 75.9 -1.62 -0.75 16.2 89 7 2 6 0 0 0 0  PTD 701 G DA 52 I DG 124 I DG 125 I DC 126 I DA 127 I DC 128 I DA 136 I DT 137 I DA 13 J DT 14 J DA 15 J DA 22 J DC 23 J DC 25 J DG 26 J DT 27 J DC 96 J 8 2.35 2.35 82.4 -1.82 -0.73 19.8 82 9 2 2 0 0 0 0  DA 63 U DA 64 U DC 65 U DG 66 U DC 67 U DA 68 U DC 133 U DA 134 U DG 135 U DA 136 U DT 137 U DG 11 V DT 12 V DG 21 V DA 22 V DC 23 V DA 24 V DC 25 V DA 83 V DC 84 V DG 85 V DT 86 V DG 87 V DC 88 V 9 2.65 2.65 82.3 -2.02 -0.70 22.9 86 9 2 6 0 0 1 0  PTD 302 H DG 22 I DA 32 I DA 33 I DT 34 I DT 35 I DG 36 I DC 96 I DG 42 J DC 52 J DA 63 J DC 114 J DG 115 J DC 117 J DC 118 J DC 137 J DC 138 J 10 1.27 1.27 90.9 -1.78 -0.58 18.3 84 8 1 6 3 2 2 0  DT 115 U DG 117 U DT 118 U DG 124 U DG 125 U DC 25 V DG 26 V DG 33 V DA 34 V DG 35 V DA 36 V DC 37 V 11 2.58 2.58 103.5 -2.08 -0.58 22.3 76 8 2 2 1 0 3 0  DT 2 U DC 3 U DC 4 U DT 5 U DA 11 U DT 12 U DC 13 U DC 14 U DC 84 U DC 87 U DG 88 U DA 63 V DA 64 V DA 65 V DC 66 V DG 67 V DA 136 V DC 137 V DC 145 V DT 146 V DC 147 V 12 2.19 2.50 102.5 -1.75 -0.59 18.8 84 11 7 8 2 3 1 0  DC 143 I DA 15 J DC 113 U DC 114 U DT 115 U DA 36 V 13 1.83 1.83 103.8 -1.41 -0.66 14.4 80 6 1 2 1 0 2 0  DT 2 U DC 3 U DC 4 U DT 5 U DC 13 U DC 14 U DT 92 U DA 93 U DA 94 U DC 95 U DC 96 U DA 62 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V DA 136 V DC 137 V DC 138 V DC 145 V DT 146 V DC 147 V 14 2.57 2.92 120.7 -1.24 -0.60 15.4 88 8 1 5 1 1 0 0  DA 32 I DA 33 I DT 34 I DT 35 I DG 36 I DT 41 I D A 42 I DA 52 I DG 117 I DT 118 I DG 124 I DG 125 I DC 126 I DA 127 I DC 128 I DC 25 J DG 26 J DT 27 J DG 32 J DG 41 J DG 42 J DG 106 J DC 107 J DT 108 J DC 114 J DG 115 J DC 117 J DC 118 J 15 2.79 2.94 122.8 -1.38 -0.68 14.0 87 7 1 7 1 0 2 0  DT 2 I DC 3 I DC 4 I DT 12 I DC 13 I DC 14 I DG 22 I DA 23 I DG 24 I DG 25 I DC 26 I DT 78 I DC 52 J DG 72 J DG 73 J DA 124 J DG 125 J DG 127 J DG 128 J DC 129 J DA 136 J DC 137 J DC 145 J DT 146 J 16 1.74 1.76 127.1 -1.71 -0.57 20.6 77 10 2 1 2 0 2 0  PTD 701 G DA 63 I DA 64 I DC 65 I DG 66 I DC 67 I DA 68 I DC 69 I DG 70 I DT 71 I DA 72 I DC 73 I DG 74 I DC 75 I DA 136 I DT 137 I DA 138 I DT 10 J DG 11 J DT 12 J DA 13 J DT 14 J DA 15 J DA 83 J DC 84 J DG 85 J DT 86 J DG 87 J DC 88 J DG 89 J 17 1.85 1.85 153.9 -1.15 -0.66 13.1 88 13 2 10 1 2 0 0  DG 22 U DT 92 U DA 93 U DA 94 U DC 95 U DC 96 U DG 104 U DG 105 U DA 106 U DT 107 U DC 113 U DC 114 U DC 37 V DT 38 V DT 45 V DA 46 V DA 47 V DT 48 V DC 52 V DA 62 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V DG 127 V DC 137 V 18 1.67 1.58 155.3 -1.87 -0.62 20.2 83 14 2 6 4 1 0 0  PTD 702 S DA 42 U DA 52 U DG 53 U DA 63 U DA 64 U DC 65 U DG 66 U DC 67 U DA 68 U DC 114 U DT 115 U DG 117 U DT 118 U DT 137 U DG 11 V DT 12 V DG 32 V DG 33 V DA 34 V DG 35 V DA 36 V DC 37 V DT 38 V DA 83 V DC 84 V DG 85 V DT 86 V DG 87 V DC 88 V DC 96 V DG 106 V DC 107 V DT 108 V 19 2.70 2.70 166.7 -1.50 -0.64 17.1 85 16 3 10 1 2 1 0  DA 11 U DT 12 U DG 22 U DC 84 U DC 87 U DG 88 U DC 96 U DG 104 U DG 105 U DA 106 U DT 107 U DC 113 U DC 114 U DC 37 V DT 38 V DT 45 V DA 46 V DA 47 V DT 48 V DC 52 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V DC 66 V DG 67 V DG 127 V DC 137 V 20 1.75 1.75 170.1 -0.85 -0.52 11.2 84 7 2 8 5 1 1 0  DA 52 I DC 54 I DA 55 I DC 56 I DG 66 I DC 67 I DC 69 I DG 70 I DT 71 I DA 72 I DC 73 I DG 74 I DC 75 I DG 124 I DG 125 I DC 126 I DA 127 I DC 128 I DT 10 J DA 22 J DC 23 J DC 25 J DG 26 J DT 27 J DA 83 J DC 84 J DG 85 J DC 88 J DG 89 J DA 93 J DC 96 J DG 97 J DG 98 J 21 1.87 1.87 164.6 -1.20 -0.77 13.3 91 9 3 8 1 0 0 0  PTD 702 S DG 22 U DA 32 U DA 42 U DC 50 U DT 51 U DA 52 U DT 92 U DA 93 U DA 94 U DC 95 U DC 96 U D A 106 U DT 107 U DT 108 U DG 117 U DC 128 U DC 30 V DT 31 V DG 32 V DG 42 V DC 52 V DA 62 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V DT 108 V DC 117 V DC 118 V DG 127 V DC 137 V 22 2.69 2.84 177.3 -1.54 -0.73 17.2 87 12 4 8 1 0 1 0  PTD 702 S DA 11 U DT 12 U DG 22 U DA 32 U DA 42 U DC 50 U DT 51 U DA 52 U DC 84 U DC 87 U DG 88 U DC 96 U DA 106 U DT 107 U DT 108 U DG 117 U DC 128 U DC 30 V DT 31 V DG 32 V DG 42 V DC 52 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V DC 66 V DG 67 V DT 108 V DC 117 V DC 118 V DG 127 V DC 137 V 23 3.05 3.21 189.9 -1.40 -0.62 15.4 85 18 2 12 2 2 2 0  DT 2 U DC 3 U DC 4 U DT 5 U DC 13 U DC 14 U DG 22 U DC 96 U DG 104 U DG 105 U DA 106 U DT 107 U DC 113 U DC 114 U DC 37 V DT 38 V DT 45 V DA 46 V DA 47 V DT 48 V DC 52 V DG 73 V DG 127 V DA 136 V DC 137 V DC 145 V DT 146 V DC 147 V 24 3.28 3.29 200.5 -1.39 -0.71 14.9 86 14 3 10 2 0 2 0  PTD 702 S DT 2 U DC 3 U DC 4 U DT 5 U DC 13 U DC 14 U DG 22 U DA 32 U DA 42 U DC 50 U DT 51 U DA 52 U DC 96 U DA 106 U DT 107 U DT 108 U DG 117 U DC 128 U DC 30 V DT 31 V DG 32 V DG 42 V DC 52 V DG 73 V DT 108 V DC 117 V DC 118 V DG 127 V DA 136 V DC 137 V DC 145 V DT 146 V DC 147 V 25 1.77 1.79 232.7 -1.30 -0.62 15.1 79 12 3 6 4 0 2 0  DA 32 I DA 33 I DT 34 I DT 35 I DG 36 I DT 41 I D A 42 I DA 52 I DC 54 I DA 55 I DC 56 I DG 66 I DC 67 I DC 69 I DG 70 I DT 71 I DA 72 I DC 73 I DG 74 I DC 75 I DG 117 I DT 118 I DA 127 I DA 22 J DG 32 J DG 41 J DG 42 J DA 83 J DC 84 J DG 85 J DC 88 J DG 89 J DA 93 J DC 96 J DG 97 J DG 98 J DG 106 J DC 107 J DT 108 J DC 114 J DG 115 J DC 117 J DC 118 J 26 1.96 1.96 238.7 -1.99 -0.59 21.9 82 22 9 14 2 4 5 0  PTD 201 O DG 22 U DA 63 U DA 64 U DC 65 U DG 66 U DC 67 U DA 68 U DT 92 U DA 93 U DA 94 U DC 95 U DC 96 U DA 106 U DT 137 U DG 11 V DT 12 V DA 13 V DT 14 V DC 52 V DA 62 V DA 63 V DA 64 V DA 65 V D A 83 V DC 84 V DG 85 V DT 86 V DG 87 V DC 88 V DG 127 V DC 137 V 27 2.12 2.33 253.1 -1.92 -0.53 22.9 80 27 8 7 2 4 1 0  DA 32 I DA 33 I DT 34 I DT 35 I DG 36 I DT 41 I D A 42 I DC 113 I DC 114 I DT 115 I DG 117 I DT 118 I DG 33 J DA 34 J DG 35 J DA 36 J DC 37 J DT 38 J DG 41 J DG 42 J DC 114 J DG 115 J DC 117 J DC 118 J PTD 701 S DA 63 U DA 64 U DC 65 U DG 66 U DC 67 U DA 68 U DT 137 U DC 143 U DA 144 U DG 11 V DT 12 V DA 13 V DT 14 V DA 15 V DA 83 V DC 84 V DG 85 V DT 86 V DG 87 V DC 88 V 28 1.67 1.95 261.5 -1.88 -0.54 22.2 82 27 7 10 2 4 1 0  DA 42 I DA 52 I DC 113 I DC 114 I DT 115 I DG 117 I DT 118 I DG 124 I DG 125 I DC 126 I DA 127 I DC 128 I DC 25 J DG 26 J DT 27 J DG 32 J DG 33 J DA 34 J DG 35 J DA 36 J DC 37 J DT 38 J DG 106 J DC 107 J DT 108 J PTD 701 S DA 63 U DA 64 U DC 65 U DG 66 U DC 67 U DA 68 U DT 137 U DC 143 U DA 144 U DG 11 V DT 12 V DA 13 V DT 14 V DA 15 V DA 83 V DC 84 V DG 85 V DT 86 V DG 87 V DC 88 V 29 1.85 1.82 267.8 -1.46 -0.59 17.1 84 25 8 14 6 5 2 0  DA 23 I DG 24 I DG 25 I DC 26 I DA 106 I DT 107 I DC 113 I DC 114 I DG 44 J DT 45 J DC 52 J DA 124 J DG 125 J DG 127 J DG 128 J DC 129 J PTD 701 S DC 133 U DA 134 U DG 135 U DA 136 U DT 137 U DC 143 U DA 144 U DA 13 V DT 14 V DA 15 V DG 21 V DA 22 V DC 23 V DA 24 V DC 25 V 30 1.65 1.95 272.3 -1.59 -0.57 19.4 83 27 8 12 5 5 1 0  DT 12 I DG 22 I DC 96 I DA 106 I DT 107 I DC 113 I DC 114 I DG 44 J DT 45 J DC 52 J DA 63 J DC 137 J DC 138 J PTD 701 S DA 63 U DA 64 U DC 65 U DG 66 U DC 67 U DA 68 U DT 137 U DC 143 U DA 144 U DG 11 V DT 12 V DA 13 V DT 14 V DA 15 V DA 83 V DC 84 V DG 85 V DT 86 V DG 87 V DC 88 V Residue-type_colouring Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C Acknowledgement Pores were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.