Ligand clusters for UniProt code P68530

Ligand clusters for P68530: Cytochrome c oxidase subunit 2 from Bos taurus

		Top 6 (of 19) ligand clusters Cluster 1. 10 ligand types 104 ligands Cluster 2. 7 ligand types 126 ligands Cluster 3. 2 ligand types 46 ligands Cluster 4. 1 ligand type 43 ligands Cluster 5. 2 ligand types 16 ligands Cluster 6. 1 ligand type 6 ligands
Representative protein: 1occB

Structures

PDB		Schematic diagram
1occB
2ybbM
6nknB
1oczB
6nmfB
		more ...

Cluster 1 contains 10 ligand types

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file. Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: HEA × 12 Heme-A PDB codes: 1occ(B), 1ocr(B), 1ocz(B), 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B).
		2. Ligand: PSC × 9 (7r,17e,20e)-4-Hydroxy-N,N,N-Trimethyl-9-Oxo-7- [(Palmitoyloxy)methyl]-3,5,8-Trioxa-4- Phosphahexacosa- 17,20-Dien-1-Aminium 4-Oxide PDB codes: 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B).
		3. Ligand: HEA × 35 Heme-A PDB codes: 2y69(B), 2ybb(M), 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag2(B), 3asn(B), 3aso(B), 3wg7(B), 3x2q(B), 5b1a(B), 5b1b(B), 5b3s(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6j8m(B), 6juw(B), 6jy3(B), 6jy4(B), 6nkn(B), 6nmf(B), 6nmp(B), 7coh(B).
		4. Ligand: PSC × 34 (7r,17e,20e)-4-Hydroxy-N,N,N-Trimethyl-9-Oxo-7- [(Palmitoyloxy)methyl]-3,5,8-Trioxa-4- Phosphahexacosa- 17,20-Dien-1-Aminium 4-Oxide PDB codes: 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag1(B), 3ag2(B), 3ag3(B), 3ag4(B), 3asn(B), 3aso(B), 3wg7(B), 3x2q(B), 5b1a(B), 5b1b(B), 5b3s(B), 5iy5(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6j8m(B), 6juw(B), 6nkn(B), 6nmf(B), 6nmp(B).
		5. Ligand: CQX × 4 (2s,3s,4s,5s,6r)-2-(2-Decoxyethoxy)-6-(Hydroxymethyl) oxane-3,4,5-Triol PDB codes: 6jy3(B), 6jy4(B),
		6. Ligand: DMU × 4 Decyl-Beta-D-Maltopyranoside PDB codes: 6juw(B), 7coh(B),
		7. Ligand: HEA-CMO × 2 HEA=Heme-A, CMO=Carbon monoxide. PDB codes: 1oco(B), 3ag1(B).
		8. Ligand: HEA-PER × 2 HEA=Heme-A, PER=Peroxide ion. PDB codes: 2occ(B), 5iy5(B).
		9. Ligand: HEA-CYN × 1 HEA=Heme-A, CYN=Cyanide ion. PDB code: 3ag4(B).
		10. Ligand: HEA-_NO × 1 HEA=Heme-A, NO=Nitric oxide. PDB code: 3ag3(B).

Cluster 2 contains 7 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: CHD × 45 cholic acid Cholic acid PDB codes: 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B), 2y69(B), 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag1(B), 3ag2(B), 3ag3(B), 3ag4(B), 3asn(B), 3aso(B), 3wg7(B), 3x2q(B), 5b1a(B), 5b1b(B), 5b3s(B), 5iy5(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6j8m(B), 6juw(B), 6nkn(B), 6nmf(B), 6nmp(B), 7coh(B).
		2. Ligand: PEK × 9 (1s)-2-{[(2-Aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1- [(Stearoyloxy)methyl]ethyl (5e,8e,11e,14e)- Icosa-5,8, 11,14-Tetraenoate PDB codes: 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B).
		3. Ligand: CDL × 43 Cardiolipin PDB codes: 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B), 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag1(B), 3ag2(B), 3ag3(B), 3ag4(B), 3asn(B), 3aso(B), 3wg7(B), 3x2q(B), 5b1a(B), 5b1b(B), 5b3s(B), 5iy5(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6j8m(B), 6juw(B), 6nkn(B), 6nmf(B), 6nmp(B).
		4. Ligand: PEK × 24 (1s)-2-{[(2-Aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1- [(Stearoyloxy)methyl]ethyl (5e,8e,11e,14e)- Icosa-5,8, 11,14-Tetraenoate PDB codes: 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag1(B), 3ag2(B), 3ag4(B), 3asn(B), 3aso(B), 5b1a(B), 5b3s(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z85(B), 5zco(B), 5zcp(B), 6juw(B), 6nkn(B), 6nmp(B).
		5. Ligand: EDO × 3 1,2-Ethanediol PDB codes: 5b3s(B), 6juw(B), 7coh(B).
		6. Ligand: DMU-DMU-DMU × 1 DMU=Decyl-Beta-D-Maltopyranoside. PDB code: 7coh(B).
		7. Ligand: LFA × 1 Eicosane PDB code: 7coh(B).

Cluster 3 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: TGL × 43 Tristearoylglycerol PDB codes: 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B), 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag1(B), 3ag2(B), 3ag3(B), 3ag4(B), 3asn(B), 3aso(B), 3wg7(B), 3x2q(B), 5b1a(B), 5b1b(B), 5b3s(B), 5iy5(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6j8m(B), 6juw(B), 6nkn(B), 6nmf(B), 6nmp(B).
		2. Ligand: CDL × 3 Cardiolipin PDB codes: 6jy3(B), 6jy4(B), 7coh(B).

Cluster 4 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: TGL × 43 Tristearoylglycerol PDB codes: 1v54(B), 1v55(B), 2dyr(B), 2dys(B), 2eij(B), 2eik(B), 2eil(B), 2eim(B), 2ein(B), 2zxw(B), 3abk(B), 3abl(B), 3abm(B), 3ag1(B), 3ag2(B), 3ag3(B), 3ag4(B), 3asn(B), 3aso(B), 3wg7(B), 3x2q(B), 5b1a(B), 5b1b(B), 5b3s(B), 5iy5(B), 5w97(B), 5wau(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5xdx(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6j8m(B), 6juw(B), 6nkn(B), 6nmf(B), 6nmp(B).

Cluster 5 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: EDO × 15 1,2-Ethanediol PDB codes: 5b3s(B), 5iy5(B), 5x19(B), 5x1b(B), 5x1f(B), 5xdq(B), 5z84(B), 5z85(B), 5z86(B), 5zco(B), 5zcp(B), 5zcq(B), 6juw(B), 7coh(B).
		2. Ligand: FME × 1 N-Formylmethionine PDB code: 5wau(B).

Cluster 6 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: EDO × 6 1,2-Ethanediol PDB codes: 5b3s(B), 5xdq(B), 5z84(B), 5zco(B), 5zcp(B), 6juw(B).