spacer
spacer
EBI Databases Structure Databases PDBsum

Ligand clusters for UniProt code P38624

Ligand clusters for P38624: Proteasome subunit beta type-1 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

5 ligand clusters
Cluster 1.
54 ligand types
258 ligands
 Cluster 2.
1 ligand type
1 ligand
 Cluster 3.
1 ligand type
1 ligand
 Cluster 4.
1 ligand type
234 ligands
 Cluster 5.
1 ligand type
2 ligands
Representative protein: 5fgiN  
JSmol
 

Structures

PDB   Schematic diagram
5fgiN    
4ya4N    
1rypH    
4qltN    
4y8rN    
 more ...

 

 Cluster 1 contains 54 ligand types (of which only 20 are listed. Click for all)

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file.
Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description

_Mg
 
1. Metal: _MG × 43
PDB codes: 4nnw(N), 4no9(N), 4qby(N), 4qlu(N), 4qlv(N), 4qux(N), 4quy(N), 4qv0(N), 4qv1(N), 4qv3(N), 4qv4(N), 4qv5(N), 4qv6(N), 4qv7(N), 4qv8(N), 4qw1(N), 4qwl(N), 4qwr(N), 4qz6(N), 4qzw(N), 4qzx(N), 4r02(N), 4r18(N), 4rur(N), 4y7w(N), 4y8h(N), 4y8m(N), 4y8s(N), 4y9y(N), 4y9z(N), 4ya1(N), 4ya2(N), 5cz6(N), 5cz7(N), 5d0v(N), 5d0w(N), 5l5b(N), 5l5h(N), 5l5r(N), 5l5u(N), 5laj(N), 6htr(N), 6hw6(N).


 
2. Ligand: 3BV × 25
carfilzomib
N-{(2s)-2-[(Morpholin-4-Ylacetyl)amino]-4- Phenylbutanoyl}-L-Leucyl-N-[(2r,3s,4s)-1,3-Dihydroxy-
2,6-Dimethylheptan-4-Yl]-L-Phenylalaninamide
PDB codes: 4qw4(N), 4qw5(N), 4qw6(N), 4qw7(N), 4qwf(N), 4qwg(N), 4qwi(N), 4qwj(N), 4qwk(N), 4qwl(N), 4qwr(N), 4qws(N), 5cz8(N), 5cz9(N), 5d0s(N), 5d0v(N), 5d0z(N), 5fgd(N), 5fge(N), 5fgf(N), 5fgg(N), 5fhs(N), 5l5e(N), 5l5y(N), 5l65(N).


 
3. Ligand: BO2 × 21
bortezomib
N-[(1r)-1-(Dihydroxyboryl)-3-Methylbutyl]-N-(Pyrazin-2- Ylcarbonyl)-L-Phenylalaninamide
PDB codes: 2f16(N), 3mg0(N), 4qvl(N), 4qvm(N), 4qvn(N), 4qvp(N), 4qvq(N), 4qvv(N), 4qvw(N), 4qvy(N), 4qw0(N), 4qw1(N), 4qw3(N), 4qwu(N), 5bxn(N), 5cz7(N), 5d0x(N), 5l5f(N), 5l5z(N), 5l66(N), 6hwd(N).


 
4. Ligand: GOL × 2
glycerin
Glycerol
PDB codes: 4x6z(H),

_Cl
 
5. Metal: _CL × 69
PDB codes: 4qvl(N), 4qvm(N), 4qvn(N), 4qvp(N), 4qvq(N), 4qvv(N), 4qvw(N), 4qvy(N), 4qw0(N), 4qw1(N), 4qw3(N), 4qw4(N), 4qw5(N), 4qw6(N), 4qw7(N), 4qwf(N), 4qwg(N), 4qwi(N), 4qwj(N), 4qwk(N), 4qwl(N), 4qwr(N), 4qws(N), 4qwu(N), 4qzz(N), 4r00(N), 4y6z(N), 4y74(N), 4y80(N), 4y84(N), 4y8g(N), 4y8h(N), 4y8i(N), 4y8j(N), 4y8k(N), 4y8l(N), 4y8p(N), 4z1l(N), 5ahj(N), 5bxn(N), 5cz5(N), 5cz7(N), 5cz8(N), 5cz9(N), 5d0s(N), 5d0t(N), 5d0v(N), 5d0x(N), 5d0z(N), 5dki(N), 5dkj(N), 5fgd(N), 5fge(N), 5fgf(N), 5fgg(N), 5fgh(N), 5fgi(N), 5fhs(N), 5l5e(N), 5l5f(N), 5l5y(N), 5l5z(N), 5l62(N), 5l65(N), 5l66(N), 5m2b(N), 6gop(N).


 
6. Ligand: 04C × 17
1,2,4-Trideoxy-4-Methyl-2-{[N-(Morpholin-4-Ylacetyl)-L- Alanyl-O-Methyl-L-Tyrosyl]amino}-1-Phenyl-
D-Xylitol
PDB codes: 3un4(N), 4qwx(N), 4qxj(N), 4qz0(N), 4qz1(N), 4qz2(N), 4qz3(N), 4qz4(N), 4qz5(N), 4qz6(N), 4qz7(N), 4qzw(N), 4qzx(N), 5cgi(N), 5l5d(N), 5l5x(N), 5l6b(N).


 
7. Ligand: SO4 × 12
Sulfate ion
PDB codes: 6h39(N), 6htc(N), 6htd(N), 6htp(N), 6hub(N), 6huc(N), 6huq(N), 6huu(N), 6huv(N), 6hv4(N), 6hwe(N), 6hwf(N).


 
8. Ligand: ACE-LEU-ALA-GAU-POL × 5
ACE=Acetyl group, GAU=(4s)-4-Amino-5-Hydroxypentanoic acid, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y7w(N), 4y8s(N), 4y9z(N), 4ya2(N), 4ya7(N).


 
9. Ligand: ACE-PRO-ALA-GAU-POL × 5
ACE=Acetyl group, GAU=(4s)-4-Amino-5-Hydroxypentanoic acid, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y8n(N), 4y8t(N), 4ya0(N), 4ya3(N), 4ya5(N).


 
10. Ligand: ALD × 3
N-[(Benzyloxy)carbonyl]-L-Leucyl-N-[(2s)-1-Hydroxy-4- Methylpentan-2-Yl]-L-Leucinamide
PDB codes: 4nnn(N), 5d0t(N), 5fgh(N).


 
11. Ligand: GQK × 3
(2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-~{N}-[(2~{s},3~{r})-4- Methyl-3,4-Bis(oxidanyl)-1-Phenyl-Pentan-2-Yl]-
2- [[(2~{s})-2-(2-Morpholin-4-Ylethanoylamino) propanoyl]amino]propanamide
PDB codes: 6htc(N), 6hv4(N), 6hwf(N).


 
12. Ligand: MES × 3
2-(N-Morpholino)-Ethanesulfonic acid
PDB codes: 4y9y(N), 6huv(N), 6hvw(N).


 
13. Ligand: ACE-LEU-ALA-ASJ-POL × 2
ACE=Acetyl group, ASJ=(3s)-3-Amino-4-Hydroxybutanoic acid, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y78(N), 4ya9(N).


 
14. Ligand: ACE-PRO-ALA-DCL-POL × 2
ACE=Acetyl group, DCL=2-Amino-4-Methyl-Pentan-1-Ol, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y6z(N), 4y8p(N).


 
15. Ligand: ACE-PRO-ALA-PHL-POL × 2
ACE=Acetyl group, PHL=L-Phenylalaninol, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y75(N), 4y8o(N).


 
16. Ligand: ACE-PRO-ALA-TYE-POL × 2
ACE=Acetyl group, TYE=4-[(2s)-2-Amino-3-Hydroxypropyl]phenol, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y81(N), 4y8q(N).


 
17. Ligand: N7P-ALA-ASJ-POL × 2
N7P=1-Acetyl-L-Proline, ASJ=(3s)-3-Amino-4-Hydroxybutanoic acid, POL=N-Propanol.
PDB codes: 4y69(N), 4y6a(N).


 
18. Ligand: SA1 × 2
(3ar,6r,6as)-6-((S)-((S)-Cyclohex-2-Enyl)(hydroxy) methyl)-6a-Methyl-4-Oxo-Hexahydro-2h-Furo[3,2-
C]pyrrole-6-Carbaldehyde
PDB codes: 2fak(N), 3gpw(N).


 
19. Ligand: SLA × 2
Omuralide, Open form
PDB codes: 4qzz(N), 4r00(N).


 
20. Ligand: WPI × 2
1,4-Bis[(4e)-5-(3,4,5-Trimethoxyphenyl)pent-4-En-1-Yl]- 1,4-Diazepane
PDB codes: 4eu2(H),

 + more. Press for full list
 

 

 Cluster 2 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: GOL × 1
glycerin
Glycerol
PDB code: 4x6z(H).

 

 Cluster 3 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: EDO × 1
1,2-Ethanediol
PDB code: 5nif(H).

 

 Cluster 4 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description

_Mg
 
1. Metal: _MG × 234
PDB codes: 1g65(N), 1jd2(N), 1ryp(H), 3mg4(N), 3mg6(N), 3mg7(N), 3mg8(N), 3oeu(N), 3oev(N), 3sdi(N), 3sdk(N), 4g4s(H), 4nnn(N), 4nnw(N), 4no6(N), 4no8(N), 4no9(N), 4qby(N), 4qlq(N), 4qlt(N), 4qlu(N), 4qlv(N), 4qux(N), 4quy(N), 4qv0(N), 4qv1(N), 4qv3(N), 4qv4(N), 4qv5(N), 4qv6(N), 4qv7(N), 4qv8(N), 4qv9(N), 4qvl(N), 4qvm(N), 4qvn(N), 4qvp(N), 4qvq(N), 4qvv(N), 4qvw(N), 4qvy(N), 4qw0(N), 4qw1(N), 4qw3(N), 4qw4(N), 4qw5(N), 4qw6(N), 4qw7(N), 4qwf(N), 4qwg(N), 4qwi(N), 4qwj(N), 4qwk(N), 4qwl(N), 4qwr(N), 4qws(N), 4qwu(N), 4qwx(N), 4qxj(N), 4qz0(N), 4qz1(N), 4qz2(N), 4qz3(N), 4qz4(N), 4qz5(N), 4qz6(N), 4qz7(N), 4qzw(N), 4qzx(N), 4qzz(N), 4r00(N), 4r02(N), 4r17(N), 4r18(N), 4rur(N), 4y69(N), 4y6a(N), 4y6v(N), 4y6z(N), 4y70(N), 4y74(N), 4y75(N), 4y77(N), 4y78(N), 4y7w(N), 4y7x(N), 4y7y(N), 4y80(N), 4y81(N), 4y82(N), 4y84(N), 4y8g(N), 4y8h(N), 4y8i(N), 4y8j(N), 4y8k(N), 4y8l(N), 4y8m(N), 4y8n(N), 4y8o(N), 4y8p(N), 4y8q(N), 4y8r(N), 4y8s(N), 4y8t(N), 4y8u(N), 4y9y(N), 4y9z(N), 4ya0(N), 4ya1(N), 4ya2(N), 4ya3(N), 4ya4(N), 4ya5(N), 4ya7(N), 4ya9(N), 4z1l(N), 5ahj(N), 5bou(N), 5bxl(N), 5bxn(N), 5cgf(N), 5cgg(N), 5cgh(N), 5cgi(N), 5cz4(N), 5cz5(N), 5cz6(N), 5cz7(N), 5cz8(N), 5cz9(N), 5cza(N), 5d0s(N), 5d0t(N), 5d0v(N), 5d0w(N), 5d0x(N), 5d0z(N), 5dki(N), 5dkj(N), 5fg7(N), 5fg9(N), 5fga(N), 5fgd(N), 5fge(N), 5fgf(N), 5fgg(N), 5fgh(N), 5fgi(N), 5fhs(N), 5jhr(N), 5jhs(N), 5l52(N), 5l54(N), 5l55(N), 5l5a(N), 5l5b(N), 5l5d(N), 5l5e(N), 5l5f(N), 5l5h(N), 5l5i(N), 5l5j(N), 5l5o(N), 5l5p(N), 5l5q(N), 5l5r(N), 5l5s(N), 5l5t(N), 5l5u(N), 5l5v(N), 5l5w(N), 5l5x(N), 5l5y(N), 5l5z(N), 5l60(N), 5l61(N), 5l62(N), 5l63(N), 5l64(N), 5l65(N), 5l66(N), 5l67(N), 5l68(N), 5l69(N), 5l6a(N), 5l6b(N), 5l6c(N), 5lai(N), 5laj(N), 5ltt(N), 5m2b(N), 6g7f(N), 6g8m(N), 6g8n(N), 6gop(N), 6h39(N), 6htb(N), 6htc(N), 6htd(N), 6htp(N), 6htr(N), 6hub(N), 6huc(N), 6huq(N), 6huu(N), 6huv(N), 6hv3(N), 6hv4(N), 6hv5(N), 6hv7(N), 6hva(N), 6hvr(N), 6hvs(N), 6hvt(N), 6hvu(N), 6hvv(N), 6hvw(N), 6hvx(N), 6hvy(N), 6hw0(N), 6hw3(N), 6hw4(N), 6hw5(N), 6hw6(N), 6hw7(N), 6hw8(N), 6hw9(N), 6hwa(N), 6hwb(N), 6hwc(N), 6hwd(N), 6hwe(N), 6hwf(N).

 

 Cluster 5 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description

_Mg
 
1. Metal: _MG × 2
PDB codes: 5l5s(N), 5l68(N).

 

spacer
spacer