Ligand clusters for UniProt code P23724

Ligand clusters for P23724: Proteasome subunit beta type-6 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

		Top 6 (of 8) ligand clusters Cluster 1. 99 ligand types 202 ligands Cluster 2. 13 ligand types 55 ligands Cluster 3. 2 ligand types 2 ligands Cluster 4. 1 ligand type 1 ligand Cluster 5. 1 ligand type 1 ligand Cluster 6. 1 ligand type 12 ligands
Representative protein: 1g65L

Structures

PDB		Schematic diagram
1g65L
1jd2L
4qwgL
3sdiL
3oeuL
		more ...

Cluster 1 contains 99 ligand types (of which only 20 are listed. Click for all)

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Ligand		Description
		1. Ligand: 3BV × 22 carfilzomib N-{(2s)-2-[(Morpholin-4-Ylacetyl)amino]-4- Phenylbutanoyl}-L-Leucyl-N-[(2r,3s,4s)-1,3-Dihydroxy- 2,6-Dimethylheptan-4-Yl]-L-Phenylalaninamide PDB codes: 4qw4(L), 4qw5(L), 4qw6(L), 4qw7(L), 4qwf(L), 4qwg(L), 4qwi(L), 4qwj(L), 4qwk(L), 4qwl(L), 4qwr(L), 4qws(L), 5cz5(L), 5cz9(L), 5d0s(L), 5d0z(L), 5fgg(L), 5fgi(L), 5fhs(L), 5l5e(L), 5l5y(L), 5l65(L).
		2. Ligand: BO2 × 19 bortezomib N-[(1r)-1-(Dihydroxyboryl)-3-Methylbutyl]-N-(Pyrazin-2- Ylcarbonyl)-L-Phenylalaninamide PDB codes: 2f16(L), 3mg0(L), 4qvl(L), 4qvm(L), 4qvn(L), 4qvp(L), 4qvq(L), 4qvv(L), 4qvw(L), 4qvy(L), 4qw1(L), 4qw3(L), 4qwu(L), 5bxn(L), 5d0x(L), 5l5f(L), 5l5z(L), 5l66(L), 6hwd(L).
		3. Ligand: GOL × 2 glycerin Glycerol PDB codes: 4x6z(1),
		4. Ligand: 04C × 18 1,2,4-Trideoxy-4-Methyl-2-{[N-(Morpholin-4-Ylacetyl)-L- Alanyl-O-Methyl-L-Tyrosyl]amino}-1-Phenyl- D-Xylitol PDB codes: 3un4(L), 4qwx(L), 4qxj(L), 4qz0(L), 4qz1(L), 4qz2(L), 4qz3(L), 4qz4(L), 4qz5(L), 4qz6(L), 4qz7(L), 4qzx(L), 5cgi(L), 5l5d(L), 5l5u(L), 5l5x(L), 5l63(L), 5l6b(L).
		5. Ligand: 39V × 6 N-[(3-Methyl-1h-Inden-2-Yl)carbonyl]-D-Alanyl-N-[(2s, 4r)-5-Hydroxy-4-Methyl-3-Oxo-1-Phenylpentan- 2-Yl]-L- Tryptophanamide PDB codes: 4qlt(L), 5l5h(L), 5l5s(L), 5l60(L), 5l67(L), 5ltt(L).
		6. Ligand: 6NV × 5 ~{N}-[(2~{r})-1-[[(2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-1- [[(2~{s},3~{s},4~{r})-4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)- 1- Phenyl-Pentan-2-Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2- Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-1- Methyl-5~{h}- Indene-2-Carboxamide PDB codes: 5l55(L), 5l5q(L), 5l5v(L), 5l64(L), 5l6c(L).
		7. Ligand: 79P × 5 (2~{s})-3-(1~{h}-Indol-3-Yl)-~{N}-[(2~{s},3~{s},4~{r})- 4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)-1-Phenyl-Pentan- 2-Yl]-2- [[(2~{r})-2-(2-Morpholin-4-Ylethanoylamino) propanoyl]amino]propanamide PDB codes: 5l54(L), 5l5o(L), 5l5t(L), 5l62(L), 5l69(L).
		8. Ligand: ACE-LEU-ALA-GAU-POL × 5 ACE=Acetyl group, GAU=(4s)-4-Amino-5-Hydroxypentanoic acid, POL=N-Propanol. PDB codes: 4y7w(L), 4y8s(L), 4y9z(L), 4ya2(L), 4ya7(L).
		9. Ligand: 6N5 × 4 ~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-1- [[(2~{s},3~{s},4~{r})-4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)- 1- Phenyl-Pentan-2-Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2- Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-1- Methyl-5~{h}- Indene-2-Carboxamide PDB codes: 5l52(L), 5l5j(L), 5l61(L), 5l68(L).
		10. Ligand: ALD × 3 N-[(Benzyloxy)carbonyl]-L-Leucyl-N-[(2s)-1-Hydroxy-4- Methylpentan-2-Yl]-L-Leucinamide PDB codes: 4nnn(L), 5d0t(L), 5fgh(L).
		11. Ligand: GQH × 3 (2~{s})-~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[4-(Aminomethyl) phenyl]-4-Methylsulfonyl-Butan-2-Yl]amino]-1- Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-2-[[(2~{s})-2-Azido-3- Phenyl-Propanoyl]amino]-4-Methyl-Pentanamide PDB codes: 6htd(L), 6hv5(L), 6hvx(L).
		12. Ligand: GQK × 3 (2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-~{N}-[(2~{s},3~{r})-4- Methyl-3,4-Bis(oxidanyl)-1-Phenyl-Pentan-2-Yl]- 2- [[(2~{s})-2-(2-Morpholin-4-Ylethanoylamino) propanoyl]amino]propanamide PDB codes: 6htc(L), 6hv4(L), 6hwf(L).
		13. Ligand: GQQ × 3 ~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[4- (Aminomethyl)phenyl]-4-Methylsulfonyl-Butan-2- Yl]amino]-4-Methyl-1-Oxidanylidene-Pentan-2-Yl]amino]- 4-Methyl-1-Oxidanylidene-Pentan-2- Yl]pyrazine-2- Carboxamide PDB codes: 6htp(L), 6hv7(L), 6hw0(L).
		14. Ligand: GQT × 3 (2~{s})-~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[4-(Aminomethyl) phenyl]-4-Methylsulfonyl-Butan-2-Yl]amino]-3- Oxidanyl- 1-Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-2-[[(2~{s})-2-Azido-3- Phenyl-Propanoyl]amino]-4-Methyl- Pentanamide PDB codes: 6htr(L), 6hva(L), 6hw3(L).
		15. Ligand: GRT × 3 (2~{s})-~{N}-[2-[[(2~{s})-1-[4-(Aminomethyl)phenyl]-4- Methylsulfonyl-Butan-2-Yl]amino]-2- Oxidanylidene- Ethyl]-2-[[(2~{s})-2-Azido-3-Phenyl-Propanoyl]amino]- 4-Methyl-Pentanamide PDB codes: 6huc(L), 6hvs(L), 6hw5(L).
		16. Ligand: GRW × 3 (2~{s})-~{N}-[(2~{s},3~{r})-1-[[(2~{s})-1-[4- (Aminomethyl)phenyl]-4-Methylsulfonyl-Butan-2- Yl]amino]-3-Oxidanyl-1-Oxidanylidene-Butan-2-Yl]-2- [[(2~{r})-2-Azido-3-Phenyl-Propanoyl]amino]- 4-Methyl- Pentanamide PDB codes: 6hub(L), 6hvr(L), 6hw4(L).
		17. Ligand: GT5 × 3 ~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[4- (Aminomethyl)phenyl]-4-Methylsulfonyl-Butan-2- Yl]amino]-3-Methoxy-1-Oxidanylidene-Propan-2- Yl]amino]-4-Methyl-1-Oxidanylidene-Pentan-2-Yl]-2- Methyl-1,3-Thiazole-5-Carboxamide PDB codes: 6huq(L), 6hvt(L), 6hw6(L).
		18. Ligand: GT8 × 3 (2~{s})-~{N}-[(3~{s},4~{r})-1-Cyclohexyl-5-Methyl-4,5- Bis(oxidanyl)hexan-3-Yl]-3-(4- Methoxyphenyl)-2- [[(2~{s})-2-(2-Morpholin-4-Ylethanoylamino) propanoyl]amino]propanamide PDB codes: 6huv(L), 6hvv(L), 6hw8(L).
		19. Ligand: GTW × 3 ~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[[(2~{s})-1-[4- (Aminomethyl)phenyl]-4-Methylsulfonyl-Butan-2- Yl]amino]-3-Cyclohexyl-1-Oxidanylidene-Propan-2- Yl]amino]-4-Methyl-1-Oxidanylidene-Pentan-2-Yl]- 2- Methyl-1,3-Thiazole-5-Carboxamide PDB codes: 6huu(L), 6hvu(L), 6hw7(L).
		20. Ligand: 38X × 2 N-[(3-Methyl-1h-Inden-2-Yl)carbonyl]-D-Alanyl-N-[(2s, 4r)-1-Cyclohexyl-5-Hydroxy-4-Methyl-3- Oxopentan-2-Yl]- L-Tryptophanamide PDB codes: 4qlu(L), 5l5i(L).
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Cluster 2 contains 13 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: MES × 42 2-(N-Morpholino)-Ethanesulfonic acid PDB codes: 4qlq(L), 4qw4(L), 4qw5(L), 4qw6(L), 4qw7(L), 4qwf(L), 4qws(L), 4qwx(L), 4qxj(L), 4qz0(L), 4qz1(L), 4qz2(L), 4qzx(L), 5cgi(L), 5cz5(L), 5cz8(L), 5d0s(L), 5d0v(L), 5d0z(L), 5fgd(L), 5fge(L), 5fgf(L), 5fgg(L), 5fhs(L), 5jhs(L), 5l5d(L), 5l5e(L), 5l5x(L), 5l5y(L), 5l65(L), 5l6b(L), 6htc(L), 6huv(L), 6hv4(L), 6hvv(L), 6hvw(L), 6hvy(L), 6hw8(L), 6hw9(L), 6hwb(L), 6hwe(L), 6hwf(L).
		2. Ligand: SA1 × 2 (3ar,6r,6as)-6-((S)-((S)-Cyclohex-2-Enyl)(hydroxy) methyl)-6a-Methyl-4-Oxo-Hexahydro-2h-Furo[3,2- C]pyrrole-6-Carbaldehyde PDB codes: 2fak(L), 3gpw(L).
		3. Ligand: 3BV-MES × 1 3BV=N-{(2s)-2-[(Morpholin-4-Ylacetyl)amino]-4- Phenylbutanoyl}-L-Leucyl-N-[(2r,3s,4s)-1,3-Dihydroxy- 2,6-Dimethylheptan-4-Yl]-L-Phenylalaninamide, MES=2-(N-Morpholino)-Ethanesulfonic acid. PDB code: 5cz9(L).
		4. Ligand: 4KF × 1 (2s,3s)-2-{(1r)-2-[(3,5-Dimethoxybenzyl)amino]-1- Hydroxy-2-Oxoethyl}-3-Methylpentanoic acid PDB code: 4z1l(L).
		5. Ligand: 4UC × 1 N-[4-(Acetylsulfamoyl)phenyl]-2-(4-Ethoxyphenyl) quinoline-4-Carboxamide PDB code: 5bou(L).
		6. Ligand: ACA-TY5-ALA-RE0-ABN × 1 ACA=6-Aminohexanoic acid, TY5=O-Benzyl-L-Tyrosine, RE0=3-[(3r)-3-Hydroxy-2-Oxo-2,3-Dihydro-1h-Indol-3-Yl]-L- Alanine, ABN=Benzylamine. PDB code: 4jsu(L).
		7. Ligand: EPW × 1 Cystargolide b- Bound form PDB code: 6g7f(L).
		8. Ligand: EQB × 1 (2~{s},3~{s})-3-Methyl-2-[(1~{r})-2-[[(2~{s})-3-Methyl- 1-[[(2~{s})-3-Methyl-1-Oxidanylidene-1- Phenylmethoxy- Butan-2-Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Butan-2-Yl]amino]-1- Oxidanyl-2-Oxidanylidene- Ethyl]pentanoic acid PDB code: 6g8n(L).
		9. Ligand: EQE × 1 (2~{s},3~{r})-4-[[(2~{s})-3-Methyl-1-[[(2~{s})-3- Methyl-1-Oxidanylidene-1-Phenylmethoxy-Butan-2- Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Butan-2-Yl]amino]-3- Oxidanyl-4-Oxidanylidene-2-Propan-2-Yl- Butanoic acid PDB code: 6g8m(L).
		10. Ligand: F6K × 1 Homosalinosporamide a - Bound form PDB code: 6gop(L).
		11. Ligand: GPT × 1 (2r,3s,4r)-2-[(S)-(1s)-Cyclohex-2-En-1-Yl(hydroxy) methyl]-4-(2-Fluoroethyl)-3-Hydroxy-3-Methyl-5- Oxopyrrolidine-2-Carbaldehyde PDB code: 3gpt(L).
		12. Ligand: HYE × 1 (2r,3s,4r)-2-[(S)-(1s)-Cyclohex-2-En-1-Yl(hydroxy) methyl]-3-Hydroxy-4-(2-Hydroxyethyl)-3-Methyl-5- Oxopyrrolidine-2-Carbaldehyde PDB code: 3hye(L).
		13. Ligand: WPI × 1 1,4-Bis[(4e)-5-(3,4,5-Trimethoxyphenyl)pent-4-En-1-Yl]- 1,4-Diazepane PDB code: 4eu2(M).

Cluster 3 contains 2 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 1 glycerin Glycerol PDB code: 5nif(M).
		2. Ligand: MPD × 1 (4s)-2-Methyl-2,4-Pentanediol PDB code: 4x6z(1).

Cluster 4 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 1 glycerin Glycerol PDB code: 4x6z(1).

Cluster 5 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: EDO × 1 1,2-Ethanediol PDB code: 5nif(M).

Cluster 6 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
_Mg		1. Metal: _MG × 12 PDB codes: 1g65(L), 1jd2(L), 1ryp(M), 3mg4(L), 3mg6(L), 3mg7(L), 3mg8(L), 3oeu(L), 3oev(L), 3sdi(L), 3sdk(L), 4g4s(M).