Ligand clusters for UniProt code P12241

Ligand clusters for P12241: Photosystem II reaction center protein L from Thermostichus vulcanus

		4 ligand clusters Cluster 1. 10 ligand types 262 ligands Cluster 2. 1 ligand type 27 ligands Cluster 3. 1 ligand type 2 ligands Cluster 4. 1 ligand type 1 ligand
Representative protein: 3a0bL

Structures

PDB		Schematic diagram
3a0bL
3a0hL
7d1uL
7dxal
7d1tL
		more ...

Cluster 1 contains 10 ligand types

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file. Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 12 glycerin Glycerol PDB codes: 3wu2(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5v2c(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L).
		2. Ligand: DMS × 1 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB code: 5b5e(l).
		3. Ligand: LHG × 74 1,2-Dipalmitoyl-Phosphatidyl-Glycerole PDB codes: 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(L), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws5(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7d1t(L), 7d1u(L), 7eda(L),
		4. Ligand: CLA × 60 Chlorophyll a PDB codes: 3a0b(L), 3a0h(L), 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(L), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws5(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7czl(L), 7d1t(L), 7d1u(L), 7dxa(l), 7dxh(l), 7eda(L),
		5. Ligand: PL9 × 25 2,3-Dimethyl-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-Nonamethyl-2, 6,10,14,18,22,26,30,34- Hexatriacontanonaenyl-2,5- Cyclohexadiene-1,4-Dione-2,3-Dimethyl-5-Solanesyl-1,4- Benzoquinone PDB codes: 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(L), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws5(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7d1t(L), 7d1u(L), 7eda(L).
		6. Ligand: SQD × 25 1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol PDB codes: 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(L), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws5(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7czl(L), 7d1t(L), 7d1u(L).
		7. Ligand: LMT × 24 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(L), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws5(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7d1t(L), 7d1u(L).
		8. Ligand: LMG × 22 1,2-Distearoyl-Monogalactosyl-Diglyceride PDB codes: 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(l), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7d1t(L), 7d1u(L), 7eda(L).
		9. Ligand: MGE × 14 (1s)-2-(Alpha-L-Allopyranosyloxy)-1-[(Tridecanoyloxy) methyl]ethyl palmitate PDB codes: 3a0b(L), 3a0h(L), 7czl(L), 7dxa(l), 7dxh(l),
		10. Ligand: PQ9 × 5 5-[(2e,6e,10e,14e,18e,22e)-3,7,11,15,19,23,27- Heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18,22,26-Heptaenyl]- 2,3- Dimethylbenzo-1,4-Quinone PDB codes: 3a0b(L), 3a0h(L), 7czl(L), 7dxa(l), 7dxh(l).

Cluster 2 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: SQD × 27 1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol PDB codes: 3wu2(L), 4il6(L), 4ub6(L), 4ub8(L), 5b5e(L), 5b66(L), 5gth(L), 5gti(L), 5v2c(L), 5ws5(L), 5ws6(L), 6jlj(L), 6jlk(L), 6jll(L), 6jlm(L), 6jln(L), 6jlo(L), 6jlp(L), 7cji(L), 7cjj(L), 7cou(L), 7czl(L), 7d1t(L), 7d1u(L), 7dxa(l), 7dxh(l).

Cluster 3 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 2 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 5b5e(L), 5b66(L).

Cluster 4 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: EDO × 1 1,2-Ethanediol PDB code: 5v2c(L).