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EBI
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Structure Databases
PDBsum
Ligand clusters for UniProt code P06899
Ligand clusters for P06899: Histone H2B type 1-J from Homo sapiens
4 ligand clusters
Cluster 1.
1 ligand type
2 ligands
Cluster 2.
1 ligand type
2 ligands
Cluster 3.
2 ligand types
14 ligands
Cluster 4.
1 ligand type
28 ligands
Representative protein: 5jrgD
Structures
PDB
Schematic diagram
5jrg
D
6k1i
D
5y0c
D
5b31
D
5b32
D
more ...
Cluster 1 contains 1 ligand type
Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file.
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
1. Ligand:
PTD × 2
Pentanedial
PDB codes:
6t90
(D),
6yov
(D).
Cluster 2 contains 1 ligand type
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
1. Ligand:
PTD × 2
Pentanedial
PDB codes:
6t90
(D),
6yov
(D).
Cluster 3 contains 2 ligand types
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
_Mn
1. Metal:
_MN × 13
PDB codes:
3a6n
(D),
3afa
(D),
3ayw
(D),
3aze
(D),
3azf
(D),
3azh
(D),
3azj
(D),
3azk
(D),
3azn
(D),
5b32
(D),
6ipu
(D),
6k1j
(D),
6kvd
(D).
_Mg
2. Metal:
_MG × 1
PDB code:
6iq4
(D).
Cluster 4 contains 1 ligand type
Selection shortcuts:
select all/none
invert selection.
Ligand
Description
_Cl
1. Metal:
_CL × 28
PDB codes:
3a6n
(D),
3afa
(D),
3ayw
(D),
3aze
(D),
3azf
(D),
3azg
(D),
3azh
(D),
3azi
(D),
3azj
(D),
3azk
(D),
3azl
(D),
3azm
(D),
3azn
(D),
5b0y
(D),
5b0z
(D),
5b31
(D),
5b32
(D),
5jrg
(D),
5x7x
(D),
5y0c
(D),
5y0d
(D),
5zbx
(D),
6ipu
(D),
6jr0
(D),
6jr1
(D),
6k1i
(D),
6k1k
(D),
6kvd
(D).