Ligand clusters for UniProt code P06009

Ligand clusters for P06009: Reaction center protein L chain from Blastochloris viridis

		Top 6 (of 16) ligand clusters Cluster 1. 21 ligand types 349 ligands Cluster 2. 6 ligand types 16 ligands Cluster 3. 2 ligand types 24 ligands Cluster 4. 1 ligand type 1 ligand Cluster 5. 3 ligand types 30 ligands Cluster 6. 1 ligand type 8 ligands
Representative protein: 1dxrL

Structures

PDB		Schematic diagram
1dxrL
1r2cL
1prcL
5m7jB
5m7kB
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Cluster 1 contains 21 ligand types (of which only 20 are listed. Click for all)

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Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 1 glycerin Glycerol PDB code: 3t6e(L).
		2. Ligand: BCB × 119 Bacteriochlorophyll b PDB codes: 1dxr(L), 1prc(L), 1r2c(L), 1vrn(L), 2i5n(L), 2jbl(L), 2prc(L), 2wjm(L), 2wjn(L), 2x5u(L), 2x5v(L), 3d38(L), 3g7f(L), 3prc(L), 3t6e(L), 4ac5(L), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 5prc(L), 6et5(L), 6prc(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L), 7prc(L),
		3. Ligand: BPB × 69 Bacteriopheophytin b PDB codes: 1dxr(L), 1prc(L), 1r2c(L), 1vrn(L), 2i5n(L), 2jbl(L), 2prc(L), 2wjm(L), 2wjn(L), 2x5u(L), 2x5v(L), 3d38(L), 3g7f(L), 3prc(L), 3t6e(L), 4ac5(L), 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 5prc(L), 6et5(L), 6prc(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L), 7prc(L),
		4. Ligand: LDA × 49 Lauryl dimethylamine-N-Oxide PDB codes: 1dxr(L), 1prc(L), 1r2c(L), 1vrn(L), 2i5n(L), 2jbl(L), 2prc(L), 3d38(L), 3g7f(L), 3prc(L), 3t6e(L), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 5prc(L), 6et5(L), 6prc(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L), 7prc(L),
		5. Ligand: MQ7 × 27 Menaquinone-7 PDB codes: 1prc(L), 1r2c(L), 2jbl(L), 2prc(L), 2wjm(L), 2wjn(L), 2x5u(L), 2x5v(L), 3prc(L), 4ac5(L), 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 5prc(L), 6prc(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L), 7prc(L).
		6. Ligand: BCL × 16 Bacteriochlorophyll a PDB codes: 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B),
		7. Ligand: DGA × 16 Diacyl glycerol PDB codes: 2wjm(L), 3t6e(L), 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L).
		8. Ligand: MPG × 15 [(Z)-Octadec-9-Enyl] (2r)-2,3-Bis(oxidanyl)propanoate PDB codes: 2wjm(L), 2wjn(L), 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B),
		9. Ligand: MQ9 × 7 Menaquinone-9 PDB codes: 1dxr(L), 1vrn(L), 2i5n(L), 3d38(L), 3g7f(L), 3t6e(L), 6et5(L).
		10. Ligand: UQ1 × 7 Ubiquinone-1 PDB codes: 1prc(L), 2i5n(L), 3d38(L), 3g7f(L),
		11. Ligand: HTO × 6 Heptane-1,2,3-Triol PDB codes: 2i5n(L), 3g7f(L), 3t6e(L), 5o64(L).
		12. Ligand: OTP × 4 (2e,6e,10e,14e,18e,22e,26e)-3,7,11,15,19,23,27,31- Octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30- Octaenyl trihydrogen diphosphate PDB codes: 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B).
		13. Ligand: UQ9 × 3 Ubiquinone-9 PDB codes: 3t6e(L), 6et5(L).
		14. Ligand: UNL × 2 Unknown ligand PDB codes: 2i5n(L),
		15. Ligand: UQ2 × 2 Ubiquinone-2 PDB codes: 1r2c(L), 2prc(L).
		16. Ligand: ATZ × 1 2-Chloro-4-Isopropylamino-6-Ethylamino -1,3,5-Triazine PDB code: 5prc(L).
		17. Ligand: CEB × 1 2-Chloro-4-Ethylamino-6-(S(-)-2'-Cyano-4-Butylamino)-1, 3,5-Triazine PDB code: 6prc(L).
		18. Ligand: CET × 1 2-Chloro-4-Ethylamino-6-(R(+)-2'-Cyano-4-Butylamino)-1, 3,5-Triazine PDB code: 7prc(L).
		19. Ligand: MST × 1 2-T-Butylamino-4-Ethylamino-6-Methylthio-S-Triazine PDB code: 1dxr(L).
		20. Ligand: SMA × 1 Stigmatellin a PDB code: 2jbl(L).
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Cluster 2 contains 6 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 2 glycerin Glycerol PDB codes: 3t6e(L),
		2. Ligand: HTO × 10 Heptane-1,2,3-Triol PDB codes: 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L).
		3. Ligand: DGA × 1 Diacyl glycerol PDB code: 3t6e(L).
		4. Ligand: LDA × 1 Lauryl dimethylamine-N-Oxide PDB code: 3t6e(L).
		5. Ligand: UNL × 1 Unknown ligand PDB code: 2i5n(L).
		6. Ligand: UQ9 × 1 Ubiquinone-9 PDB code: 6et5(L).

Cluster 3 contains 2 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: HEC × 21 Heme c PDB codes: 1dxr(L), 1vrn(L), 2i5n(L), 2jbl(L), 2wjm(L), 2wjn(L), 2x5u(L), 3t6e(L), 4cas(B), 5m7j(B), 5m7k(B), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L).
		2. Ligand: HEM × 3 Protoporphyrin IX containing fe PDB codes: 1r2c(L), 3prc(L), 4ac5(L).

Cluster 4 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: BCB × 1 Bacteriochlorophyll b PDB code: 6et5(L).

Cluster 5 contains 3 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 1 glycerin Glycerol PDB code: 3t6e(L).
		2. Ligand: SO4 × 25 Sulfate ion PDB codes: 1dxr(L), 1prc(L), 1r2c(L), 1vrn(L), 2i5n(L), 2jbl(L), 2prc(L), 3d38(L), 3g7f(L), 3prc(L), 3t6e(L), 5nj4(L), 5o4c(L), 5o64(L), 5prc(L), 6et5(L), 6prc(L), 6zhw(L), 6zi4(L), 6zi5(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L), 7prc(L).
		3. Ligand: PO4 × 4 Phosphate ion PDB codes: 2wjm(L), 5m7j(B), 5m7k(B), 5m7l(B).

Cluster 6 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: LDA × 8 Lauryl dimethylamine-N-Oxide PDB codes: 3t6e(L), 5nj4(L), 6zhw(L), 6zi6(L), 6zi9(L), 6zia(L), 6zid(L).