Ligand clusters for UniProt code D0VWR8

Ligand clusters for D0VWR8: Photosystem II D2 protein (Fragment) from Thermosynechococcus vulcanus

		Top 6 (of 16) ligand clusters Cluster 1. 19 ligand types 741 ligands Cluster 2. 2 ligand types 24 ligands Cluster 3. 2 ligand types 5 ligands Cluster 4. 1 ligand type 1 ligand Cluster 5. 2 ligand types 13 ligands Cluster 6. 2 ligand types 3 ligands
Representative protein: 4il6D

Structures

PDB		Schematic diagram
4il6D
4ub8D
4ub6D
7couD
7cjiD
		more ...

Cluster 1 contains 19 ligand types

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file. Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: BCR × 26 beta carotene Beta-Carotene PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7czl(D), 7d1t(D), 7d1u(D).
		2. Ligand: GOL × 14 glycerin Glycerol PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5v2c(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D).
		3. Ligand: DMS × 4 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 4il6(D), 5b5e(D), 5b66(D).
		4. Ligand: CLA × 209 Chlorophyll a PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7czl(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		5. Ligand: LHG × 119 1,2-Dipalmitoyl-Phosphatidyl-Glycerole PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7czl(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		6. Ligand: UNL × 65 Unknown ligand PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		7. Ligand: PHO × 52 Pheophytin a PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7czl(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		8. Ligand: DGD × 50 Digalactosyl diacyl glycerol (dgdg) PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7czl(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		9. Ligand: SQD × 47 1,2-Di-O-Acyl-3-O-[6-Deoxy-6-Sulfo-Alpha-D- Glucopyranosyl]-Sn-Glycerol PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7czl(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		10. Ligand: PL9 × 46 2,3-Dimethyl-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-Nonamethyl-2, 6,10,14,18,22,26,30,34- Hexatriacontanonaenyl-2,5- Cyclohexadiene-1,4-Dione-2,3-Dimethyl-5-Solanesyl-1,4- Benzoquinone PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		11. Ligand: LMG × 42 1,2-Distearoyl-Monogalactosyl-Diglyceride PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D), 7d1t(D), 7d1u(D),
		12. Ligand: HTG × 22 Heptyl 1-Thio-Beta-D-Glucopyranoside PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D).
		13. Ligand: LMT × 21 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D).
		14. Ligand: MGE × 12 (1s)-2-(Alpha-L-Allopyranosyloxy)-1-[(Tridecanoyloxy) methyl]ethyl palmitate PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 7czl(D),
		15. Ligand: PQ9 × 6 5-[(2e,6e,10e,14e,18e,22e)-3,7,11,15,19,23,27- Heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18,22,26-Heptaenyl]- 2,3- Dimethylbenzo-1,4-Quinone PDB codes: 3a0b(D), 3a0h(D), 7czl(D),
		16. Ligand: P6G × 2 Hexaethylene glycol PDB codes: 5v2c(D),
		17. Ligand: PG4 × 2 Tetraethylene glycol PDB codes: 5v2c(D),
		18. Ligand: EDO × 1 1,2-Ethanediol PDB code: 5v2c(D).
		19. Ligand: PGE × 1 Triethylene glycol PDB code: 5v2c(D).

Cluster 2 contains 2 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 3 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 4il6(D), 5b5e(D), 5b66(D).
		2. Ligand: LMT × 21 Dodecyl-Beta-D-Maltoside PDB codes: 3wu2(D), 4il6(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5b5e(D), 5b66(D), 5gth(D), 5gti(D), 5v2c(D), 5ws5(D), 5ws6(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D), 7cji(D), 7cjj(D), 7cou(D).

Cluster 3 contains 2 ligand types

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Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 4 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 4il6(D), 5b5e(D), 5b66(D).
		2. Ligand: PGE × 1 Triethylene glycol PDB code: 5v2c(D).

Cluster 4 contains 1 ligand type

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Ligand		Description
		1. Ligand: PG4 × 1 Tetraethylene glycol PDB code: 5v2c(D).

Cluster 5 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: GOL × 11 glycerin Glycerol PDB codes: 3wu2(D), 4ub6(D), 4ub8(D), 5v2c(D), 6jlj(D), 6jlk(D), 6jll(D), 6jlm(D), 6jln(D), 6jlo(D), 6jlp(D).
		2. Ligand: DMS × 2 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 5b5e(D), 5b66(D).

Cluster 6 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand		Description
		1. Ligand: DMS × 2 dimethyl sulfoxide Dimethyl sulfoxide PDB codes: 5b5e(D), 5b66(D).
		2. Ligand: GOL × 1 glycerin Glycerol PDB code: 4il6(D).