 |
PDBsum entry 9guj
|
|
|
|
 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
|
|
|
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Pore analysis for: 9guj calculated with MOLE 2.0
|
PDB id
|
|
|
|
9guj
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
Pores calculated on whole structure |
 |
Pores calculated excluding ligands
|
|
|
 |
 |
 |
 |
 |
|
 |
|
|
|
 |
 |
|
 |
|
|
|
 |
15 pores,
coloured by radius |
 |
15 pores,
coloured by radius
|
15 pores,
coloured as in list below
|
|
|
 |
 |
 |
Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown. |
|
|
 |
|
|
|
 |
Free R
|
 |
|
|
|
|
 |
Length
|
 |
|
|
|
|
 |
HPathy
|
 |
|
|
|
|
 |
HPhob
|
 |
|
|
|
|
 |
Polar
|
 |
|
|
|
|
 |
Rel Mut
|
 |
|
|
|
|
 |
Residue..type
|
 |
|
|
|
|
 |
Ligands
|
 |
|
|
|
|
|
 |
Radius |
 |
1 |
 |
2.61 |
2.73 |
29.2 |
-1.27 |
-0.65 |
15.3 |
85 |
 |
4 |
1 |
1 |
1 |
1 |
0 |
0 |
 |
DA 27 C DA 28 C DA 29 C DA 30 C DT 7 E DA 8 E DT 9 E DG 10 E DT 11 E DA 12 E DA 15 G DG 16 G DC 17 G
|
 |
 |
2 |
 |
2.27 |
2.27 |
35.6 |
-0.94 |
-0.86 |
10.8 |
98 |
0 |
3 |
2 |
0 |
0 |
0 |
0 |
DC 17 C DT 18 C DG 19 C DA 20 C DC 17 E DT 18 E DG 19 E DA 20 E
|
 |
3 |
 |
1.28 |
1.81 |
48.9 |
-0.62 |
-0.39 |
12.4 |
89 |
3 |
3 |
5 |
8 |
2 |
0 |
0 |
DA 30 C DT 7 E DA 8 E
|
 |
4 |
 |
4.57 |
4.58 |
50.0 |
-1.46 |
-0.70 |
13.3 |
88 |
3 |
4 |
9 |
2 |
0 |
0 |
0 |
DT 7 G DA 8 G DC 17 G DA 20 I DT 21 I DC 23 I DA 30 I
|
 |
5 |
 |
1.74 |
1.74 |
54.0 |
-0.97 |
-0.66 |
12.7 |
86 |
5 |
2 |
2 |
2 |
0 |
0 |
0 |
DT 7 C DA 8 C DT 9 C DG 10 C DT 11 C DA 12 C DT 13 C DA 27 E DA 28 E DA 29 E DA 30 E DT 31 E
|
 |
6 |
 |
1.31 |
1.33 |
56.1 |
-0.03 |
-0.20 |
11.8 |
84 |
3 |
3 |
6 |
10 |
2 |
0 |
0 |
DT 7 C DA 8 C DA 30 E DT 31 E
|
 |
7 |
 |
3.98 |
4.29 |
56.0 |
-1.25 |
-0.67 |
12.3 |
91 |
2 |
4 |
10 |
2 |
0 |
0 |
0 |
DT 7 C DA 8 C DC 17 C DA 20 E DT 21 E DA 30 E DT 31 E
|
 |
8 |
 |
2.75 |
2.75 |
71.3 |
-1.41 |
-0.70 |
17.7 |
91 |
3 |
3 |
2 |
0 |
0 |
0 |
0 |
DA 15 C DG 16 C DC 17 C DA 20 E DT 21 E DC 17 G D A 24 G DT 25 G DA 26 G DA 27 G DG 10 I DT 11 I DA 12 I
|
 |
9 |
 |
1.21 |
1.71 |
72.7 |
-0.06 |
-0.03 |
10.5 |
87 |
4 |
2 |
7 |
12 |
4 |
0 |
0 |
|
 |
10 |
 |
2.28 |
2.28 |
77.9 |
-1.14 |
-0.69 |
14.1 |
81 |
3 |
2 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
DA 15 C DG 16 C DC 17 C DT 18 C DG 19 C DA 20 C DC 17 E DT 18 E DG 19 E DA 20 E DT 21 E DA 24 G DT 25 G DA 26 G DA 27 G DG 10 I DT 11 I DA 12 I
|
 |
11 |
 |
1.24 |
1.31 |
81.0 |
-0.46 |
-0.30 |
14.2 |
82 |
7 |
4 |
3 |
9 |
2 |
0 |
0 |
DA 8 C DT 9 C DG 10 C DT 11 C DA 12 C DT 13 C DA 27 E DA 28 E DA 29 E
|
 |
12 |
 |
1.28 |
1.34 |
83.6 |
-0.62 |
-0.38 |
12.8 |
87 |
3 |
5 |
11 |
9 |
2 |
0 |
0 |
DT 7 C DA 8 C DC 17 C DA 20 E DT 21 E
|
 |
13 |
 |
2.75 |
2.75 |
103.8 |
-1.33 |
-0.65 |
15.0 |
85 |
4 |
5 |
6 |
1 |
1 |
0 |
0 |
DT 7 C DA 8 C DA 15 C DT 21 E DA 22 E DA 30 E DT 31 E DA 24 G DT 25 G DA 26 G DA 27 G DG 10 I DT 11 I DA 12 I
|
 |
14 |
 |
1.57 |
2.54 |
114.8 |
-1.06 |
-0.57 |
13.1 |
85 |
5 |
5 |
9 |
2 |
2 |
1 |
0 |
DC 17 G DT 18 G DG 19 G DA 20 G DT 21 G DT 7 I DC 17 I DT 18 I DG 19 I DA 20 I
|
 |
15 |
 |
1.21 |
1.39 |
121.1 |
-0.91 |
-0.50 |
12.2 |
83 |
6 |
2 |
6 |
3 |
2 |
1 |
0 |
DA 24 G DT 25 G DA 26 G DA 27 G DA 28 G DA 29 G D A 30 G DT 7 I DA 8 I DT 9 I DG 10 I DT 11 I DA 12 I
|
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Residue-type_colouring |
 |
|
 |
|
Positive
|
Negative
|
Neutral
|
Aliphatic
|
Aromatic
|
Pro & Gly
|
Cysteine
|
|
H,K,R
|
D,E
|
S,T,N,Q
|
A,V,L,I,M
|
F,Y,W
|
P,G
|
C
|
|
|
 |