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PDBsum entry 5cgi
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Top Page protein ligands metals Protein-protein interface(s) tunnels links
Tunnel analysis for: 5cgi calculated with MOLE 2.0 PDB id
5cgi
Tunnels calculated on whole structure Tunnels calculated excluding ligands
View options
MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:
without HETATM:
 
21 tunnels, coloured by tunnel radius 62 tunnels, coloured by tunnel radius 62 tunnels, coloured as in
list below
Tunnels are interior spaces connected with the protein surrounding. Only channels longer than 15 Å are shown.
Tunnels
Free R
Length
HPathy
HPhob
Polar
Rel Mut
Residue..type
Ligands
Radius
1 1.43 1.55 80.4 -0.75 -0.16 11.8 83 6 3 7 8 6 0 2  MES 301 H 04C 302 H
2 1.26 1.54 101.7 -1.12 -0.34 15.2 83 7 6 7 7 6 0 2  MES 301 V 04C 302 V
3 1.37 1.49 110.2 -0.95 -0.15 11.7 83 8 4 10 11 9 1 1  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N 04C 303 Y
4 1.33 1.51 110.0 -0.89 -0.18 11.3 83 8 4 10 11 9 1 1  04C 304 K MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
5 1.37 1.50 119.8 -1.08 -0.26 13.7 81 7 5 10 10 9 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
6 1.34 1.51 119.2 -0.99 -0.27 13.5 82 7 5 10 10 8 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
7 1.32 1.51 121.7 -1.03 -0.29 11.2 83 8 4 12 11 9 1 1  MES 301 V 04C 302 V 04C 303 Y 04C 201 b
8 1.37 1.50 122.4 -1.01 -0.22 11.4 83 8 4 12 11 9 1 1  MES 301 H 04C 302 H 04C 304 K 04C 202 N
9 1.37 1.49 122.1 -1.05 -0.26 13.0 83 7 6 10 10 8 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
10 1.34 1.51 121.5 -0.94 -0.27 12.7 83 7 6 10 10 8 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
11 1.38 1.56 139.7 -1.69 -0.26 19.6 83 10 3 12 9 9 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
12 1.34 1.54 139.5 -1.66 -0.30 19.2 83 10 3 11 9 9 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
13 1.34 1.54 141.4 -1.42 -0.23 17.0 81 12 4 12 10 10 0 1  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
14 1.37 1.53 141.7 -1.48 -0.22 17.3 81 14 4 12 10 10 1 1  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
15 1.33 1.53 144.6 -1.74 -0.26 19.8 83 13 3 14 6 11 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
16 1.33 1.54 146.8 -1.92 -0.33 22.7 83 14 5 10 8 7 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
17 1.38 1.54 147.7 -1.96 -0.30 22.1 83 14 5 10 8 7 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
18 1.36 1.53 147.4 -1.85 -0.29 22.4 81 16 5 11 6 11 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
19 1.38 1.57 146.5 -1.77 -0.30 19.2 85 11 6 13 7 7 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
20 1.35 1.53 146.8 -1.76 -0.36 19.0 84 12 6 13 7 7 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
21 1.23 1.22 147.7 -1.15 -0.21 15.3 81 12 2 13 10 10 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
22 1.38 1.57 147.4 -1.93 -0.29 21.1 80 15 5 9 6 10 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
23 1.31 1.50 147.3 -1.82 -0.26 20.1 83 13 4 14 6 10 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
24 1.24 1.23 148.7 -1.16 -0.18 15.6 81 12 2 12 10 10 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
25 1.35 1.55 147.7 -1.91 -0.33 20.9 81 15 5 10 6 10 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
26 1.36 1.52 149.5 -1.51 -0.23 18.4 81 13 4 10 9 9 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
27 1.39 1.56 149.1 -1.91 -0.27 22.9 81 16 5 11 7 11 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
28 1.40 1.55 150.1 -1.54 -0.19 18.8 81 14 4 10 9 9 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
29 1.34 1.54 150.9 -1.70 -0.31 20.1 82 13 7 12 8 11 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
30 1.38 1.51 151.6 -1.74 -0.27 19.4 81 13 6 13 10 8 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
31 1.40 1.54 152.7 -1.80 -0.24 19.9 81 14 5 13 10 8 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
32 1.37 1.53 152.0 -1.62 -0.20 19.1 82 13 5 13 8 12 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
33 1.40 1.55 154.9 -1.50 -0.24 16.5 82 13 4 13 10 10 0 1  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
34 1.36 1.52 152.2 -1.77 -0.34 18.4 84 11 3 13 9 9 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
35 1.40 1.55 153.0 -1.76 -0.31 18.5 83 11 3 12 9 9 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
36 1.22 2.23 154.6 -1.71 -0.31 19.2 82 12 7 13 11 9 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
37 1.35 1.54 154.2 -1.56 -0.29 16.6 81 15 4 13 10 10 1 1  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
38 1.27 1.30 157.3 -1.16 -0.19 15.4 79 14 3 11 12 9 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
39 1.24 1.36 157.2 -1.17 -0.19 15.3 80 14 3 12 12 9 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
40 1.30 1.52 158.0 -1.86 -0.29 19.0 84 14 3 15 6 11 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
41 1.37 1.59 160.3 -1.99 -0.34 21.3 83 15 5 11 8 7 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
42 1.40 1.53 160.2 -1.83 -0.35 18.8 85 12 6 13 7 7 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
43 1.41 1.52 160.9 -1.92 -0.31 21.5 82 17 5 12 6 11 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
44 1.37 1.53 158.9 -1.83 -0.40 18.0 85 12 6 14 7 7 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
45 1.21 1.20 161.2 -1.27 -0.23 14.7 82 13 2 14 10 10 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
46 1.32 1.53 159.8 -1.92 -0.35 19.6 84 14 4 15 6 10 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
47 1.42 1.51 163.0 -1.59 -0.23 17.6 82 14 4 11 9 9 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
48 1.40 1.53 161.2 -2.02 -0.34 20.3 82 16 5 11 6 10 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
49 1.36 1.53 160.1 -1.96 -0.37 20.7 83 15 5 11 8 7 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
50 1.22 1.19 161.2 -1.26 -0.26 15.0 82 13 2 14 10 10 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
51 1.39 1.49 162.6 -1.57 -0.27 17.6 82 15 4 11 9 9 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
52 1.38 1.50 161.6 -1.87 -0.33 21.2 82 17 5 12 7 11 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
53 1.38 1.53 159.8 -1.99 -0.36 20.7 81 16 5 10 6 10 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
54 1.40 1.54 164.4 -1.69 -0.29 18.7 83 14 7 13 8 11 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
55 1.43 1.49 165.1 -1.87 -0.30 19.0 82 14 6 14 9 8 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
56 1.40 1.48 165.2 -1.81 -0.32 18.6 82 15 5 14 10 8 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
57 1.35 1.53 164.4 -1.63 -0.27 18.1 83 14 5 14 8 11 0 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
58 1.28 1.45 170.8 -1.24 -0.20 15.3 80 15 3 12 12 9 1 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
59 1.17 2.27 168.1 -1.80 -0.32 19.2 84 13 7 14 10 9 0 0  MES 301 H 04C 302 H 04C 202 N
60 1.31 1.38 169.7 -1.25 -0.27 14.6 80 15 3 12 12 9 1 0  MES 301 V 04C 302 V 04C 201 b
61 1.19 2.01 22.5 -0.69 -0.12 3.0 74 0 1 2 1 2 2 0  
62 1.18 2.02 22.1 -0.71 -0.10 2.9 78 0 1 3 1 2 2 0  

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C

Acknowledgement
Tunnels were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.
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