PDBsum entry 1vsa

Pore analysis for: 1vsa calculated with

MOLE 2.0

PDB id

1vsa

Pores calculated on whole structure

Pores calculated excluding ligands

View options

MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:

without HETATM:

30 pores, coloured by radius

30 pores, coloured as in
list below

Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown.

Pores

Free R

Length

HPathy

HPhob

Polar

Rel Mut

Residue..type

Ligands

Radius

1.76

2.22

57.8

-0.03

0.10

13.0

U 1012 w C 1013 w

1.87

69.4

-1.36

-0.68

13.5

U 1012 w C 1013 w A 1020 w U 1033 w G 1034 w U
1035 w A 1111 w G 1112 w U 1113 w G 1114 w C 1142
w A 2748 w A 2749 w A 2750 w G 2751 w A 2757 w A
2758 w

1.53

2.90

73.4

0.66

0.29

13.4

1.80

3.16

78.5

-0.14

-0.08

13.1

C 991 w C 992 w C 994 w A 996 w G 997 w C 998 w C
1153 w G 1154 w A 1155 w A 1156 w G 1157 w U 1159
w G 1160 w G 1163 w G 1164 w U 1165 w C 1166 w A
1177 w C 1178 w C 1179 w C 1180 w C 1181 w A 1182
w G 1183 w C 1185 w

2.16

102.3

-0.66

-0.69

8.3

C 32 w A 314 w G 325 w G 326 w A 332 w G 333 w G
596 w G 662 w C 840 w A 841 w C 1166 w U 1167 w G
1176 w A 1177 w G 1192 w G 1193 w A 1194 w G 1195
w C 1196 w U 1198 w U 1199 w C 1200 w C 1201 w A
1204 w U 1205 w G 1206 w C 1207 w G 1238 w G 1239
w U 1240 w A 1241 w G 1244 w G 1245 w A 1247 w

1.51

2.98

107.3

0.28

0.20

14.1

U 1012 w C 1013 w

1.77

2.72

121.7

-0.03

-0.18

10.5

C 122 w i:A A 536 w C 537 w A 548 w G 549 w G 550
w G 551 w C 995 w G 1164 w U 1165 w C 1166 w A
1177 w C 1178 w C 1179 w A 1220 w C 1221 w C 1222
w G 1223 w

2.68

2.95

130.9

-0.86

-0.62

8.1

U 1012 w C 1013 w A 1020 w A 1021 w G 1022 w A
1127 w A 1132 w C 1142 w A 1668 w A 1669 w A 1952
w A 1953 w G 1987 w C 1988 w G 1989 w U 1995 w C
1996 w U 2511 w C 2512 w G 2513 w U 2514 w C 2515
w G 2516 w A 2541 w A 2542 w G 2543 w G 2544 w G
2545 w U 2546 w G 2548 w G 2549 w G 2643 w G 2644
w G 2645 w C 2676 w G 2677 w A 2740 w A 2758 w C
2767 w

1.94

141.2

-1.12

-0.62

13.5

U 1012 w C 1013 w A 1020 w C 1142 w G 2627 w G
2633 w G 2634 w C 2635 w U 2636 w U 2637 w G 2638
w A 2639 w G 2736 w G 2737 w A 2758 w G 2759 w C
2760 w C 2768 w C 2769 w G 2770 w C 2771 w C 2772
w C 2773 w C 2774 w A 2775 w A 2776 w G 2777 w G
2812 w A 2813 w C 2827 w C 2828 w C 2829 w G 2830
w G 2831 w U 2832 w G 2833 w

1.91

2.06

141.4

-0.44

-0.39

10.9

G 30 w C 31 w C 32 w U 33 w A 314 w G 325 w G 326
w A 332 w G 333 w G 446 w C 535 w A 536 w C 537 w
G 550 w G 551 w G 552 w C 995 w U 1198 w U 1199 w
C 1200 w C 1201 w A 1204 w U 1205 w G 1206 w C
1207 w A 1214 w G 1215 w A 1220 w G 1227 w G 1228
w G 1229 w C 1230 w G 1238 w G 1239 w U 1240 w

1.59

3.03

154.0

-0.44

-0.37

12.5

G 30 w C 31 w C 32 w U 33 w A 314 w G 325 w G 326
w A 332 w G 333 w G 446 w C 535 w A 536 w C 537 w
G 539 w G 540 w C 541 w A 548 w G 549 w G 550 w G
551 w G 552 w U 553 w U 1198 w U 1199 w C 1200 w
C 1201 w A 1204 w U 1205 w G 1206 w C 1207 w A
1214 w G 1215 w A 1220 w G 1227 w G 1228 w G 1229
w C 1230 w G 1238 w G 1239 w U 1240 w

2.11

162.9

-0.58

-0.76

5.5

A 114 w i:B G 823 w A 835 w G 836 w C 837 w U 839
w C 840 w A 841 w G 842 w G 845 w G 920 w G 921 w
G 932 w G 934 w C 935 w C 936 w U 937 w G 950 w C
967 w G 968 w A 980 w C 985 w C 986 w G 1003 w C
1004 w U 1012 w C 1013 w U 1014 w C 1142 w A 1143
w G 1144 w C 1145 w C 1146 w A 1148 w C 1166 w U
1167 w G 1168 w G 1176 w A 1177 w G 1193 w G 1195
w A 2269 w G 2271 w U 2357 w G 2358 w G 82 x G 83
x C 84 x G 85 x G 86 x G 87 x

1.83

2.59

164.3

-0.65

-0.40

11.7

C 527 w A 528 w A 529 w G 530 w C 560 w G 561 w G
978 w A 981 w G 997 w C 1008 w C 1153 w G 1154 w
A 1155 w G 2037 w G 2038 w C 2039 w C 2040 w U
2041 w A 2042 w C 2620 w C 2622 w G 2623 w G 2627
w G 2633 w G 2634 w A 2639 w G 2640 w G 2641 w C
2774 w A 2775 w G 2777 w A 2778 w U 2779 w G 2780
w G 2812 w A 2813 w C 2827 w C 2828 w C 2829 w G
2830 w G 2831 w U 2832 w G 2833 w

2.12

184.1

-0.79

-0.51

12.1

U 1012 w C 1013 w A 1020 w C 1142 w U 1454 w G
1455 w C 2635 w U 2636 w U 2637 w G 2638 w A 2639
w C 2691 w C 2692 w G 2706 w G 2707 w G 2736 w G
2737 w A 2758 w G 2759 w C 2760 w C 2768 w C 2769
w G 2770 w C 2771 w C 2772 w C 2773 w C 2774 w A
2775 w G 2818 w A 2820 w C 2828 w C 2829 w U 2836
w G 2837 w G 2838 w G 2839 w A 2850 w A 2851 w G
2852 w C 2870 w C 2871 w G 2872 w A 2873 w C 2874
w C 2875 w G 2876 w

1.46

1.45

188.6

-0.93

-0.61

11.1

A 114 w i:B U 851 w G 852 w G 853 w G 854 w G 855
w C 856 w C 857 w G 859 w C 914 w C 915 w G 916 w
A 917 w A 918 w G 919 w G 920 w G 921 w G 950 w C
967 w G 968 w A 980 w C 985 w C 986 w G 1003 w C
1004 w U 1012 w C 1013 w U 1014 w C 1142 w A 1143
w G 1144 w C 1145 w C 1146 w A 1148 w C 2292 w C
2293 w A 2320 w G 2331 w U 2332 w A 2333 w G 2334
w A 2336 w A 2376 w A 2377 w C 2380 w C 2381 w G
81 x G 82 x G 83 x C 84 x G 85 x G 86 x G 87 x

1.81

2.47

195.2

-0.25

-0.53

5.6

G 16 w G 17 w U 525 w A 532 w G 533 w U 534 w C
535 w A 536 w C 537 w G 550 w G 552 w U 553 w U
554 w G 556 w G 744 w G 745 w A 746 w C 749 w C
754 w C 755 w C 756 w C 995 w A 1268 w A 1269 w A
1272 w U 1273 w A 1274 w A 1618 w U 1659 w C 1660
w G 1661 w C 1663 w A 1665 w U 1679 w U 1680 w A
1760 w C 1761 w A 1762 w C 1990 w U 1991 w G 2003
w G 2004 w A 2005 w C 2021 w U 2022 w G 2023 w A
2042 w C 2044 w C 2045 w G 2046 w U 2047 w G 2048
w G 2049 w C 2050 w A 2051 w U 2613 w A 2614 w U
2615 w C 2616 w C 2617 w G 2618 w C 2620 w U 2712
w C 2715 w U 2716 w G 2717 w

1.92

2.33

200.6

-0.26

-0.45

7.8

U 12 w A 13 w A 14 w C 20 w A 21 w G 521 w G 522
w C 523 w A 536 w C 537 w C 542 w C 543 w C 544 w
G 545 w A 548 w G 549 w G 550 w G 551 w C 995 w C
1218 w A 1220 w C 1221 w G 2624 w G 2625 w C 2626
w A 2632 w G 2633 w G 2634 w G 2795 w G 2802 w C
2803 w C 2804 w G 2811 w G 2812 w A 2813 w C 2827
w C 2828 w C 2829 w G 2830 w G 2831 w U 2832 w G
2833 w C 2889 w G 2891 w

1.73

1.97

206.6

-0.36

-0.55

7.1

A 529 w G 530 w A 532 w G 533 w U 534 w C 535 w A
536 w C 537 w G 550 w G 552 w U 553 w U 554 w G
556 w U 557 w G 558 w G 559 w C 560 w G 561 w G
978 w G 979 w A 980 w A 981 w C 995 w G 1003 w C
1004 w C 1006 w C 1007 w C 1008 w G 1024 w G 1025
w U 1026 w A 1027 w A 1028 w A 1029 w G 1031 w A
1032 w U 1033 w G 1034 w U 1035 w G 1037 w A 1111
w G 1112 w U 1113 w G 1114 w C 1116 w G 1117 w C
1118 w C 1119 w G 1120 w C 1121 w G 1122 w C 1123
w C 1135 w G 1136 w G 1137 w C 1145 w C 2021 w G
2037 w G 2038 w A 2750 w G 2751 w G 87 x C 88 x

1.29

212.0

-0.91

-0.48

14.1

G 818 w A 819 w A 820 w G 823 w A 824 w G 836 w C
837 w C 850 w C 967 w G 968 w U 969 w C 970 w G
989 w A 990 w C 991 w C 992 w C 994 w A 996 w G
997 w C 998 w C 1153 w G 1154 w A 1155 w A 1156 w
G 1157 w C 1158 w U 1159 w G 1160 w G 1184 w C
1185 w G 1187 w G 2259 w C 2260 w A 2269 w G 2271
w U 2272 w C 2292 w C 2293 w A 2336 w G 2358 w A
2361 w G 2362 w C 2363 w A 2376 w A 2377 w C 2380
w C 2381 w G 2384 w C 2385 w C 2386 w U 2387 w G
2389 w U 2390 w G 2391 w

2.11

204.9

-0.95

-0.71

10.3

A 114 w i:B U 851 w G 852 w G 853 w G 854 w G 855
w C 856 w C 857 w G 859 w C 914 w C 915 w G 916 w
A 917 w A 918 w G 919 w G 920 w G 921 w G 950 w C
967 w G 968 w A 980 w C 985 w C 986 w G 1003 w C
1004 w U 1012 w C 1013 w U 1014 w C 1142 w A 1143
w G 1144 w C 1145 w C 1146 w A 1148 w C 2292 w C
2293 w C 2294 w C 2295 w U 2296 w C 2314 w G 2315
w C 2316 w G 2319 w A 2320 w G 2331 w U 2332 w G
2334 w G 2339 w G 2340 w G 2341 w C 2342 w G 2375
w A 2376 w G 7 x C 10 x C 11 x C 12 x A 13 x A 15
x G 16 x C 30 x A 39 x U 40 x U 41 x A 45 x A 46
x A 59 x C 60 x G 61 x G 81 x G 82 x G 83 x C 84
x G 85 x G 86 x G 87 x G 109 x

1.89

1.88

222.9

-0.74

-0.75

7.2

U 12 w A 13 w A 14 w G 16 w G 17 w C 18 w C 20 w
A 21 w C 22 w G 23 w G 24 w U 25 w C 32 w U 33 w
C 34 w U 90 w A 314 w G 325 w G 326 w G 327 w U
328 w A 331 w A 332 w G 333 w C 455 w A 472 w G
473 w G 474 w U 475 w G 476 w A 477 w A 478 w G
493 w U 504 w G 506 w A 507 w G 508 w C 509 w U
511 w G 512 w A 513 w A 514 w C 517 w G 518 w U
519 w G 520 w G 521 w G 522 w U 524 w A 1204 w U
1205 w G 1206 w C 1207 w U 1234 w G 1238 w G 1239
w U 1240 w A 1321 w G 2624 w G 2625 w C 2626 w A
2632 w G 2633 w G 2634 w C 2804 w G 2811 w G 2812
w A 2813 w C 2827 w C 2828 w C 2829 w G 2830 w G
2831 w U 2832 w G 2833 w C 2889 w G 2891 w

1.81

2.03

222.9

-0.44

-0.41

9.8

C 527 w A 528 w A 529 w G 530 w C 560 w G 561 w G
978 w A 981 w G 997 w C 1008 w C 1153 w G 1154 w
A 1155 w U 1454 w G 1455 w G 2037 w G 2038 w C
2039 w C 2040 w U 2041 w A 2042 w C 2620 w C 2622
w G 2623 w C 2635 w A 2639 w G 2640 w G 2641 w C
2691 w C 2692 w G 2706 w G 2707 w C 2774 w A 2775
w G 2777 w A 2778 w U 2779 w G 2780 w G 2818 w A
2820 w C 2827 w C 2828 w C 2829 w U 2836 w G 2837
w G 2838 w G 2839 w A 2850 w A 2851 w G 2852 w C
2870 w C 2871 w G 2872 w A 2873 w C 2874 w C 2875
w G 2876 w

1.86

1.82

239.3

-0.53

-0.51

9.7

U 12 w A 13 w A 14 w C 20 w A 21 w G 521 w G 522
w C 523 w A 536 w C 537 w C 542 w C 543 w C 544 w
G 545 w A 548 w G 549 w G 550 w G 551 w C 995 w C
1218 w A 1220 w C 1221 w U 1454 w G 1455 w G 1651
w A 1652 w G 1653 w C 2008 w G 2624 w G 2625 w C
2691 w C 2692 w G 2706 w G 2707 w G 2795 w G 2802
w C 2803 w C 2804 w G 2805 w A 2813 w C 2814 w C
2815 w C 2816 w G 2817 w G 2818 w G 2819 w A 2821
w G 2822 w G 2825 w G 2837 w G 2838 w G 2839 w A
2850 w A 2851 w G 2852 w C 2870 w C 2871 w G 2872
w C 2888 w C 2889 w G 2891 w

1.98

2.04

249.2

-0.99

-0.54

14.4

G 818 w A 819 w A 820 w G 836 w C 837 w C 850 w U
851 w G 852 w G 853 w G 854 w G 855 w C 856 w C
857 w G 859 w C 914 w C 915 w G 916 w A 917 w A
918 w G 919 w G 920 w G 921 w U 922 w C 923 w C
967 w G 968 w U 969 w C 970 w G 989 w A 990 w C
991 w C 992 w C 994 w A 996 w G 997 w C 998 w C
1153 w G 1154 w A 1155 w A 1156 w G 1157 w C 1158
w U 1159 w G 1160 w G 1184 w C 1185 w G 1187 w A
2269 w C 2292 w C 2293 w C 2294 w C 2295 w U 2296
w C 2314 w G 2315 w C 2316 w G 2319 w A 2320 w G
2331 w U 2332 w G 2334 w G 2339 w G 2340 w G 2341
w C 2342 w G 2375 w A 2376 w G 7 x C 10 x C 11 x
C 12 x A 13 x A 15 x G 16 x C 30 x A 39 x U 40 x
U 41 x A 45 x A 46 x A 59 x C 60 x G 61 x G 109 x

2.08

255.4

-0.60

-0.73

6.5

C 39 w C 40 w A 114 w i:B C 237 w C 238 w U 239 w
A 314 w A 324 w G 325 w G 326 w A 332 w G 333 w U
441 w G 442 w C 591 w G 592 w G 593 w U 594 w C
595 w G 596 w A 608 w A 609 w i:A G 609 w i:B U
613 w U 614 w G 615 w A 616 w G 622 w U 654 w G
656 w U 657 w C 658 w C 659 w G 823 w A 835 w G
836 w G 920 w G 921 w C 935 w C 936 w U 937 w G
938 w G 950 w C 967 w G 968 w A 980 w C 985 w C
986 w G 1003 w C 1004 w U 1012 w C 1013 w U 1014
w C 1142 w A 1143 w G 1144 w C 1145 w C 1146 w A
1148 w C 1201 w C 1202 w A 1204 w U 1205 w G 1206
w C 1207 w G 1239 w U 1240 w A 2269 w G 2271 w U
2357 w G 2358 w G 82 x G 83 x C 84 x G 85 x G 86
x G 87 x

1.38

1.94

292.7

-0.83

-0.48

13.5

C 122 w i:A A 536 w C 537 w A 548 w G 549 w G 550
w G 551 w G 818 w A 819 w A 820 w G 823 w A 824 w
G 836 w C 837 w C 850 w C 967 w G 968 w U 969 w C
970 w G 989 w A 990 w C 995 w C 1158 w U 1159 w G
1160 w G 1163 w G 1164 w U 1165 w C 1178 w C 1179
w C 1180 w C 1181 w A 1182 w G 1184 w C 1185 w G
1187 w A 1220 w C 1221 w C 1222 w G 1223 w G 2259
w C 2260 w A 2269 w G 2271 w U 2272 w C 2292 w C
2293 w A 2336 w G 2358 w A 2361 w G 2362 w C 2363
w A 2376 w A 2377 w C 2380 w C 2381 w G 2384 w C
2385 w C 2386 w U 2387 w G 2389 w U 2390 w G 2391
w

2.21

308.1

-0.65

-0.73

7.3

G 744 w G 745 w A 746 w C 749 w C 754 w C 755 w U
1012 w C 1013 w A 1020 w C 1142 w A 1268 w A 1269
w A 1272 w U 1273 w A 1274 w C 1298 w A 1302 w C
1304 w C 1305 w C 1315 w G 1332 w G 1385 w C 1386
w C 1387 w G 1388 w G 1389 w U 1394 w A 1395 w C
1404 w U 1405 w U 1406 w C 1407 w G 1470 w A 1471
w A 1472 w U 1516 w G 1517 w C 1518 w C 1537 w G
1538 w G 1555 w C 1556 w U 1590 w G 1591 w C 1592
w G 1593 w G 1595 w A 1596 w C 1604 w G 1606 w A
1608 w A 1609 w A 1610 w A 1618 w G 1624 w C 1625
w G 1643 w C 1644 w G 1645 w U 1659 w G 2003 w G
2004 w A 2005 w A 2042 w C 2043 w G 2046 w U 2047
w G 2048 w G 2049 w C 2050 w A 2051 w U 2613 w A
2614 w U 2615 w C 2616 w C 2617 w G 2618 w C 2619
w C 2620 w C 2622 w G 2623 w C 2635 w U 2636 w U
2637 w G 2638 w A 2639 w U 2712 w G 2736 w G 2737
w A 2758 w G 2759 w C 2760 w C 2768 w C 2769 w G
2770 w C 2771 w C 2772 w C 2773 w C 2774 w A 2775
w A 2776 w G 2777 w C 2827 w C 2828 w

1.64

322.0

-0.71

-0.75

7.1

U 1012 w C 1013 w A 1020 w A 1021 w G 1022 w G
1125 w A 1127 w C 1142 w G 1839 w G 1840 w U 1841
w G 1842 w C 1843 w C 1844 w G 1845 w G 1846 w A
1847 w A 1848 w G 1849 w G 1850 w A 1885 w C 1886
w C 1887 w G 1888 w A 1889 w A 1890 w G 1891 w C
1892 w C 1893 w G 1903 w G 1904 w C 1905 w G 1906
w A 1927 w A 1966 w U 2076 w C 2084 w C 2085 w U
2086 w G 2100 w G 2101 w U 2102 w C 2103 w G 2104
w C 2105 w C 2107 w C 2108 w U 2109 w G 2151 w G
2152 w C 2175 w A 2176 w C 2177 w C 2178 w C 2179
w U 2180 w G 2191 w G 2192 w C 2236 w G 2237 w G
2253 w U 2462 w C 2463 w C 2464 w C 2465 w U 2491
w U 2492 w U 2493 w G 2494 w A 2518 w U 2519 w C
2520 w U 2537 w C 2538 w C 2539 w C 2540 w U 2554
w U 2555 w C 2556 w G 2557 w G 2567 w C 2568 w G
2569 w U 2593 w C 2594 w G 2595 w U 2596 w A 2600
w C 2601 w A 2602 w G 2603 w A 2741 w A 2758 w

1.38

1.96

329.9

-0.86

-0.52

13.2

C 122 w i:A A 536 w C 537 w A 548 w G 549 w G 550
w G 551 w G 818 w A 819 w A 820 w G 836 w C 837 w
C 850 w U 851 w G 852 w G 853 w G 854 w G 855 w C
856 w C 857 w G 859 w C 914 w C 915 w G 916 w A
917 w A 918 w G 919 w G 920 w G 921 w U 922 w C
923 w C 967 w G 968 w U 969 w C 970 w G 989 w A
990 w C 995 w C 1158 w U 1159 w G 1160 w G 1163 w
G 1164 w U 1165 w C 1178 w C 1179 w C 1180 w C
1181 w A 1182 w G 1184 w C 1185 w G 1187 w A 1220
w C 1221 w C 1222 w G 1223 w A 2269 w C 2292 w C
2293 w C 2294 w C 2295 w U 2296 w C 2314 w G 2315
w C 2316 w G 2319 w A 2320 w G 2331 w U 2332 w G
2334 w G 2339 w G 2340 w G 2341 w C 2342 w G 2375
w A 2376 w G 7 x C 10 x C 11 x C 12 x A 13 x A 15
x G 16 x C 30 x A 39 x U 40 x U 41 x A 45 x A 46
x A 59 x C 60 x G 61 x G 109 x

2.07

363.3

-0.52

-0.71

5.9

A 114 w i:B G 121 w G 122 w G 123 w G 131 w G 132
w A 149 w C 150 w C 151 w G 152 w G 177 w U 185 w
G 186 w G 187 w A 204 w G 205 w U 206 w A 211 w G
219 w G 220 w U 235 w C 236 w C 237 w C 238 w U
239 w G 254 w A 255 w G 382 w U 383 w C 393 w A
394 w G 425 w C 433 w A 590 w C 591 w G 592 w G
593 w U 594 w C 595 w G 596 w A 608 w A 609 w i:A
G 622 w U 654 w G 656 w U 657 w C 658 w C 659 w G
823 w A 835 w G 836 w G 920 w G 921 w C 935 w C
936 w U 937 w G 938 w G 950 w C 967 w G 968 w A
980 w C 985 w C 986 w G 1003 w C 1004 w U 1012 w
C 1013 w U 1014 w C 1142 w A 1143 w G 1144 w C
1145 w C 1146 w A 1148 w A 1349 w C 1350 w C 1351
w G 1358 w A 1359 w A 1360 w G 1361 w G 1364 w A
1365 w A 1366 w G 1368 w A 1373 w G 1374 w C 1375
w C 1407 w C 1408 w G 1410 w C 1411 w A 1412 w G
1413 w G 1414 w U 1420 w G 1573 w C 1574 w C 1585
w A 1587 w C 1588 w C 1589 w U 1590 w A 2269 w G
2271 w U 2357 w G 2358 w G 82 x G 83 x C 84 x G
85 x G 86 x G 87 x

Residue-type_colouring

Positive	Negative	Neutral	Aliphatic	Aromatic	Pro & Gly	Cysteine
H,K,R	D,E	S,T,N,Q	A,V,L,I,M	F,Y,W	P,G	C

Acknowledgement

Pores were calculated by

MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.