PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=411-02-DO6)

Interfaces in PDB 7beo crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 3.19 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECEPTOR BINDING DOMAIN OF SARS-COV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN IN A TERNARY COMPLEX WITH COVOX-253H55L AND COVOX-75 FABS

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		L	`192`	`52`	`11459`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`180`	`50`	`11562`	`1643.4`	`-25.5`	`0.026`	`14`	`1`	`0`	`1.000`
	`2`		D	`192`	`53`	`11454`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`180`	`50`	`11610`	`1636.2`	`-25.1`	`0.025`	`16`	`2`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`1639.8`	`-25.3`	`0.026`	`15`	`2`	`0`	`1.000`
2	`3`		F	`182`	`53`	`11447`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`178`	`54`	`11959`	`1629.9`	`-27.5`	`0.017`	`8`	`1`	`0`	`0.958`
	`4`		B	`182`	`53`	`11453`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`177`	`51`	`11951`	`1623.0`	`-26.6`	`0.018`	`8`	`0`	`0`	`0.958`
	*Average:*													`1626.5`	`-27.1`	`0.018`	`8`	`1`	`0`	`0.958`
3	`5`		E	`63`	`20`	`11959`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`61`	`19`	`11951`	`566.2`	`4.8`	`0.954`	`12`	`0`	`0`	`0.000`
4	`6`		H	`61`	`19`	`11562`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`61`	`20`	`9952`	`536.5`	`-4.8`	`0.407`	`8`	`0`	`0`	`0.026`
	`7`		C	`60`	`19`	`11610`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`61`	`20`	`9724`	`529.9`	`-4.3`	`0.435`	`8`	`0`	`0`	`0.026`
	*Average:*													`533.2`	`-4.5`	`0.421`	`8`	`0`	`0`	`0.026`
5	`8`		L	`48`	`15`	`11459`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`45`	`15`	`11454`	`482.6`	`1.7`	`0.761`	`13`	`0`	`0`	`0.000`
6	`9`		A	`50`	`14`	`11951`	`◊`	R	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`46`	`15`	`9952`	`441.7`	`-2.5`	`0.544`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`10`		X	`44`	`15`	`9724`	`◊`	E	-x-1,y-1/2,-z	`2_445`	`49`	`15`	`11959`	`427.7`	`-2.6`	`0.541`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`434.7`	`-2.5`	`0.543`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
7	`11`		A	`46`	`11`	`11951`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`51`	`16`	`9952`	`439.8`	`-5.0`	`0.313`	`6`	`0`	`0`	`0.020`
	`12`		E	`46`	`11`	`11959`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`52`	`16`	`9724`	`431.8`	`-4.9`	`0.345`	`6`	`0`	`0`	`0.020`
	*Average:*													`435.8`	`-5.0`	`0.329`	`6`	`0`	`0`	`0.020`
8	`13`		F	`51`	`15`	`11447`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`48`	`15`	`11453`	`431.5`	`-1.0`	`0.612`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`14`		B	`39`	`11`	`11453`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`34`	`12`	`9952`	`340.3`	`-1.3`	`0.421`	`7`	`0`	`0`	`0.011`
	`15`		F	`38`	`11`	`11447`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`32`	`12`	`9724`	`321.9`	`-1.0`	`0.487`	`7`	`0`	`0`	`0.011`
	*Average:*													`331.1`	`-1.2`	`0.454`	`7`	`0`	`0`	`0.011`
10	`16`		L	`20`	`6`	`11459`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`23`	`7`	`11454`	`198.5`	`-0.2`	`0.583`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`17`		A	`23`	`9`	`11951`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`23`	`7`	`11562`	`190.8`	`0.8`	`0.801`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`18`		E	`24`	`9`	`11959`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`23`	`7`	`11610`	`190.5`	`0.8`	`0.802`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`190.7`	`0.8`	`0.801`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
12	`19`		L	`16`	`5`	`11459`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`9952`	`161.5`	`-2.9`	`0.155`	`1`	`0`	`0`	`0.011`
	`20`		D	`15`	`5`	`11454`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`20`	`6`	`9724`	`150.5`	`-2.6`	`0.184`	`1`	`0`	`0`	`0.011`
	*Average:*													`156.0`	`-2.7`	`0.170`	`1`	`0`	`0`	`0.011`
13	`21`		B	`19`	`6`	`11453`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`19`	`8`	`11454`	`147.6`	`1.7`	`0.744`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
14	`22`		[GOL]X:701	`6`	`1`	`218`	`f`	X	x,y,z	`1_555`	`17`	`5`	`9724`	`118.7`	`-1.1`	`0.486`	`2`	`0`	`0`	`0.005`
15	`23`		[NAG]I:1	`8`	`1`	`362`	`cf`	X	x,y,z	`1_555`	`12`	`6`	`9724`	`116.7`	`3.2`	`0.520`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
16	`24`		[NAG]R:601	`7`	`1`	`361`	`cf`	R	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`9952`	`116.1`	`3.5`	`0.639`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
17	`25`		C	`15`	`6`	`11610`	`◊`	H	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`8`	`2`	`11562`	`105.2`	`0.6`	`0.772`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`26`		[NAG]G:1	`11`	`1`	`363`	`cf`	H	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`11562`	`104.3`	`2.5`	`0.326`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`27`		[NAG]J:1	`11`	`1`	`361`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`11610`	`104.0`	`2.5`	`0.328`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`104.2`	`2.5`	`0.327`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`28`		[ACT]A:402	`4`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`11951`	`88.1`	`-0.1`	`0.714`	`2`	`0`	`0`	`0.057`
20	`29`		[ACT]A:401	`4`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`17`	`8`	`11951`	`84.5`	`-0.2`	`0.660`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
21	`30`		[ACT]E:302	`4`	`1`	`184`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`11959`	`84.1`	`0.1`	`0.704`	`2`	`0`	`0`	`0.047`
22	`31`		[FUC]J:3	`6`	`1`	`280`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`16`	`6`	`11610`	`81.0`	`1.9`	`0.480`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`32`		[FUC]G:3	`6`	`1`	`281`	`f`	H	x,y,z	`1_555`	`16`	`6`	`11562`	`79.9`	`2.0`	`0.483`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`80.4`	`2.0`	`0.482`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`33`		[GOL]H:501	`5`	`1`	`219`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`4`	`11951`	`79.8`	`-0.6`	`0.451`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`34`		[ACT]A:403	`4`	`1`	`184`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`11453`	`75.9`	`-0.0`	`0.692`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`35`		[ACT]D:301	`4`	`1`	`184`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`11454`	`73.0`	`-0.7`	`0.548`	`0`	`0`	`0`	`0.100`
26	`36`		[NAG]G:2	`7`	`1`	`358`	`cf`	[NAG]G:1	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`363`	`72.5`	`1.7`	`0.123`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`37`		[ACT]L:301	`4`	`1`	`183`	`f`	L	x,y,z	`1_555`	`12`	`4`	`11459`	`71.7`	`-0.9`	`0.553`	`0`	`0`	`0`	`0.100`
28	`38`		[NAG]I:2	`9`	`1`	`362`	`cf`	[NAG]I:1	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`362`	`69.9`	`1.0`	`0.063`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`39`		[NAG]J:2	`9`	`1`	`357`	`cf`	[NAG]J:1	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`361`	`67.7`	`1.0`	`0.069`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`68.8`	`1.0`	`0.066`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`40`		[ACT]E:301	`4`	`1`	`185`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`11959`	`66.8`	`0.1`	`0.783`	`1`	`0`	`0`	`0.020`
30	`41`		[GOL]H:501	`4`	`1`	`219`	`f`	H	x,y,z	`1_555`	`10`	`3`	`11562`	`64.3`	`0.5`	`0.719`	`3`	`0`	`0`	`0.036`
31	`42`		[ACT]D:302	`4`	`1`	`183`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`5`	`11454`	`64.0`	`-0.0`	`0.601`	`1`	`0`	`0`	`0.001`
32	`43`		[ACT]C:501	`4`	`1`	`184`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`11959`	`60.8`	`-0.1`	`0.711`	`1`	`0`	`0`	`0.033`
33	`44`		[ACT]L:301	`4`	`1`	`183`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`12`	`7`	`9952`	`57.7`	`-0.3`	`0.528`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`45`		[ACT]A:403	`3`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`3`	`11951`	`56.7`	`-0.4`	`0.688`	`0`	`1`	`0`	`0.031`
35	`46`		[FUC]I:3	`4`	`1`	`280`	`cf`	[NAG]I:1	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`362`	`56.5`	`2.4`	`0.323`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`47`		[CL]C:502	`1`	`1`	`125`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`11610`	`55.1`	`-6.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.183`
37	`48`		[FUC]G:3	`6`	`1`	`281`	`cf`	[NAG]G:1	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`363`	`54.5`	`2.3`	`0.197`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`49`		[FUC]J:3	`5`	`1`	`280`	`cf`	[NAG]J:1	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`361`	`54.1`	`2.2`	`0.263`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`54.3`	`2.2`	`0.230`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`50`		C	`9`	`3`	`11610`	`◊`	H	-x-1,y-1/2,-z+1	`2_446`	`6`	`4`	`11562`	`54.4`	`0.2`	`0.637`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`51`		[ACT]D:301	`4`	`1`	`184`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`9724`	`52.5`	`-0.5`	`0.519`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
40	`52`		[ACT]C:501	`4`	`1`	`184`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`11610`	`51.5`	`0.6`	`0.799`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
41	`53`		[CL]C:502	`1`	`1`	`125`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`11454`	`43.1`	`-5.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.156`
42	`54`		D	`10`	`4`	`11454`	`◊`	R	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`5`	`3`	`9952`	`42.8`	`-0.0`	`0.451`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`55`		[GOL]X:701	`4`	`1`	`218`	`f`	[NAG]I:1	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`362`	`42.0`	`1.3`	`0.397`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
44	`56`		[ACT]D:302	`3`	`1`	`183`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`10`	`3`	`11610`	`40.7`	`-0.2`	`0.652`	`1`	`0`	`0`	`0.002`
45	`57`		[ACT]D:302	`3`	`1`	`183`	`f`	X	x,y,z	`1_555`	`8`	`3`	`9724`	`40.6`	`-0.5`	`0.573`	`1`	`0`	`0`	`0.002`
46	`58`		[FUC]G:3	`2`	`1`	`281`	`f`	[NAG]G:2	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`358`	`36.9`	`1.9`	`0.386`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`59`		[NAG]J:1	`3`	`1`	`361`	`◊`	H	-x-1,y-1/2,-z+1	`2_446`	`7`	`4`	`11562`	`34.9`	`0.7`	`0.465`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`60`		[ACT]E:302	`1`	`1`	`184`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`9724`	`33.4`	`-0.4`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
49	`61`		F	`4`	`2`	`11447`	`◊`	L	x,y,z-1	`1_554`	`4`	`2`	`11459`	`28.9`	`-0.0`	`0.490`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`62`		[NAG]G:2	`1`	`1`	`358`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`9952`	`28.5`	`0.8`	`0.597`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`63`		[NAG]G:2	`3`	`1`	`358`	`f`	H	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`11562`	`24.5`	`0.5`	`0.380`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
52	`64`		[FUC]J:3	`2`	`1`	`280`	`f`	[NAG]J:2	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`357`	`24.0`	`1.2`	`0.257`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`65`		[FUC]I:3	`4`	`1`	`280`	`f`	[NAG]I:2	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`362`	`22.7`	`1.5`	`0.230`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`66`		[ACT]A:402	`2`	`1`	`184`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`9952`	`21.8`	`0.4`	`0.740`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
55	`67`		[NAG]J:2	`1`	`1`	`357`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`9724`	`18.5`	`0.7`	`0.712`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`68`		[NAG]J:2	`4`	`1`	`357`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`11610`	`16.9`	`0.4`	`0.397`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`69`		[ACT]D:302	`2`	`1`	`183`	`◊`	[ACT]D:301	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`184`	`15.3`	`0.3`	`0.866`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`70`		[ACT]E:301	`1`	`1`	`185`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`11447`	`12.9`	`0.3`	`0.645`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
59	`71`		L	`1`	`1`	`11459`	`◊`	R	x-1,y,z	`1_455`	`2`	`2`	`9952`	`12.7`	`0.2`	`0.418`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`72`		X	`2`	`2`	`9724`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`11454`	`10.6`	`0.2`	`0.443`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`11.7`	`0.2`	`0.431`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`73`		[FUC]I:3	`1`	`1`	`280`	`f`	X	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`9724`	`12.3`	`0.5`	`0.675`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`74`		[NAG]I:2	`1`	`1`	`362`	`f`	X	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`9724`	`7.7`	`0.2`	`0.476`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`75`		[FUC]J:3	`1`	`1`	`280`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`11454`	`7.3`	`-0.3`	`0.233`	`0`	`0`	`0`	`0.011`
	`76`		[FUC]G:3	`1`	`1`	`281`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`11459`	`6.6`	`-0.3`	`0.238`	`0`	`0`	`0`	`0.011`
	*Average:*													`7.0`	`-0.3`	`0.235`	`0`	`0`	`0`	`0.011`
63	`77`		X	`2`	`1`	`9724`	`◊`	L	-x-1,y-1/2,-z+1	`2_446`	`1`	`1`	`11459`	`4.2`	`-0.1`	`0.412`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`78`		[GOL]X:701	`2`	`1`	`218`	`f`	[NAG]I:2	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`362`	`2.4`	`0.0`	`0.289`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

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