PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=313-06-1N3)

Interfaces in PDB 5f97 crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.62 Å

BLOOD GROUP ANTIGEN BINDING ADHESIN BABA OF HELICOBACTER PYLORI STRAIN A730 IN COMPLEX WITH BLOOD GROUP A TYPE 1 HEXASACCHARIDE

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		A	`141`	`37`	`20212`	`◊`	C	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`134`	`35`	`19985`	`1424.4`	`-14.6`	`0.064`	`17`	`0`	`0`	`1.000`
	`2`		B	`135`	`33`	`20196`	`◊`	D	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`137`	`35`	`20128`	`1413.0`	`-12.1`	`0.135`	`19`	`1`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`1418.7`	`-13.4`	`0.100`	`18`	`1`	`0`	`1.000`
2	`3`		H	`99`	`28`	`5952`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`97`	`29`	`20128`	`944.2`	`-6.3`	`0.384`	`14`	`0`	`0`	`1.000`
	`4`		E	`102`	`27`	`6088`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`94`	`28`	`20212`	`941.5`	`-6.0`	`0.357`	`16`	`0`	`0`	`1.000`
	`5`		G	`95`	`26`	`6081`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`93`	`29`	`19985`	`938.0`	`-4.9`	`0.383`	`15`	`0`	`0`	`1.000`
	`6`		F	`98`	`27`	`6301`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`94`	`29`	`20196`	`931.6`	`-5.3`	`0.404`	`16`	`0`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`938.8`	`-5.7`	`0.382`	`15`	`0`	`0`	`1.000`
3	`7`		H	`60`	`17`	`5952`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`45`	`15`	`20212`	`524.6`	`-0.1`	`0.672`	`8`	`1`	`0`	`0.873`
4	`8`		F	`50`	`15`	`6301`	`◊`	D	x-1,y,z-1	`1_454`	`56`	`14`	`20128`	`505.1`	`-5.2`	`0.271`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		E	`41`	`15`	`6088`	`◊`	C	x,y,z-1	`1_554`	`54`	`12`	`19985`	`414.1`	`-2.3`	`0.469`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`459.6`	`-3.8`	`0.370`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
5	`10`		G	`43`	`15`	`6081`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`49`	`10`	`20212`	`408.5`	`-3.0`	`0.381`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`11`		B	`48`	`11`	`20196`	`◊`	H	x-1,y,z	`1_455`	`41`	`13`	`5952`	`395.1`	`-3.2`	`0.382`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`401.8`	`-3.1`	`0.381`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
6	`12`		C	`29`	`9`	`19985`	`◊`	H	x-1,y,z	`1_455`	`27`	`9`	`5952`	`224.8`	`-0.1`	`0.470`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
7	`13`		D	`24`	`12`	`20128`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`22`	`6`	`20212`	`205.3`	`0.7`	`0.694`	`4`	`0`	`0`	`0.259`
8	`14`		G	`22`	`8`	`6081`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`16`	`5`	`20196`	`171.7`	`-1.7`	`0.383`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`15`		[A2G]C:505	`13`	`1`	`356`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`28`	`10`	`19985`	`169.1`	`3.7`	`0.197`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
10	`16`		[A2G]D:505	`13`	`1`	`358`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`21`	`6`	`20128`	`163.7`	`4.1`	`0.258`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
11	`17`		[A2G]A:505	`13`	`1`	`359`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`23`	`7`	`20212`	`162.7`	`3.0`	`0.166`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
12	`18`		[A2G]B:505	`13`	`1`	`354`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`20196`	`160.7`	`3.8`	`0.189`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`19`		B	`17`	`7`	`20196`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`20212`	`137.6`	`-0.8`	`0.466`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
14	`20`		[NAG]A:503	`10`	`1`	`362`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`20`	`8`	`20212`	`136.8`	`3.6`	`0.440`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`21`		[NAG]B:503	`11`	`1`	`362`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`21`	`9`	`20196`	`134.1`	`2.9`	`0.338`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`22`		[NAG]D:503	`10`	`1`	`366`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`17`	`8`	`20128`	`131.2`	`2.7`	`0.365`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`134.0`	`3.0`	`0.381`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
15	`23`		E	`16`	`6`	`6088`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`3`	`20196`	`135.1`	`-0.8`	`0.439`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
16	`24`		[FUC]D:506	`10`	`1`	`280`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`26`	`11`	`20128`	`132.6`	`2.9`	`0.409`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
17	`25`		[FUC]B:506	`10`	`1`	`281`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`26`	`11`	`20196`	`127.9`	`2.5`	`0.414`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`26`		[FUC]A:506	`10`	`1`	`282`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`25`	`11`	`20212`	`126.6`	`2.7`	`0.427`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`27`		[FUC]C:506	`10`	`1`	`280`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`27`	`10`	`19985`	`126.0`	`2.7`	`0.424`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`126.9`	`2.6`	`0.422`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
18	`28`		[NAG]C:503	`13`	`1`	`354`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`18`	`7`	`19985`	`127.6`	`2.9`	`0.242`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
19	`29`		[GAL]A:502	`10`	`1`	`290`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`7`	`20212`	`85.1`	`1.1`	`0.149`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
20	`30`		[GAL]B:502	`8`	`1`	`291`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`20196`	`84.3`	`0.8`	`0.178`	`2`	`0`	`0`	`0.086`
	`31`		[GAL]C:502	`6`	`1`	`292`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`19985`	`76.7`	`1.2`	`0.324`	`3`	`0`	`0`	`0.086`
	*Average:*													`80.5`	`1.0`	`0.251`	`3`	`0`	`0`	`0.086`
21	`32`		F	`13`	`4`	`6301`	`◊`	D	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`8`	`3`	`20128`	`80.3`	`2.0`	`0.889`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
	`33`		E	`8`	`3`	`6088`	`◊`	C	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`10`	`3`	`19985`	`59.8`	`1.0`	`0.789`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
	`34`		A	`8`	`3`	`20212`	`◊`	G	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`11`	`5`	`6081`	`55.7`	`0.9`	`0.779`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`35`		B	`7`	`3`	`20196`	`◊`	H	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`9`	`3`	`5952`	`52.8`	`1.4`	`0.855`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`62.2`	`1.3`	`0.828`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
22	`36`		[GAL]D:502	`7`	`1`	`293`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`6`	`20128`	`73.2`	`0.4`	`0.200`	`2`	`0`	`0`	`0.112`
23	`37`		A	`8`	`3`	`20212`	`◊`	B	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`6`	`3`	`20196`	`72.0`	`0.7`	`0.714`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`38`		[NAG]C:503	`7`	`1`	`354`	`cf`	[GAL]C:504	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`69.0`	`1.5`	`0.098`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`39`		[NAG]D:503	`7`	`1`	`366`	`cf`	[GAL]D:504	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`290`	`68.0`	`2.5`	`0.124`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`40`		[NAG]A:503	`7`	`1`	`362`	`cf`	[GAL]A:504	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`290`	`66.8`	`2.0`	`0.117`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`41`		[NAG]B:503	`7`	`1`	`362`	`cf`	[GAL]B:504	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`292`	`62.6`	`1.9`	`0.128`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`64.7`	`2.0`	`0.122`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`42`		[A2G]C:505	`8`	`1`	`356`	`cf`	[GAL]C:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`293`	`66.3`	`2.6`	`0.126`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`43`		[A2G]A:505	`9`	`1`	`359`	`cf`	[GAL]A:504	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`290`	`66.2`	`2.4`	`0.087`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`44`		[A2G]B:505	`9`	`1`	`354`	`cf`	[GAL]B:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`292`	`62.4`	`2.5`	`0.123`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`64.3`	`2.5`	`0.105`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`45`		[NAG]A:503	`8`	`1`	`362`	`cf`	[GAL]A:502	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`290`	`65.1`	`2.7`	`0.145`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`46`		[NAG]B:503	`7`	`1`	`362`	`cf`	[GAL]B:502	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`291`	`65.0`	`2.6`	`0.180`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`47`		[NAG]C:503	`7`	`1`	`354`	`cf`	[GAL]C:502	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`292`	`61.9`	`2.6`	`0.206`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`63.5`	`2.6`	`0.193`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
31	`48`		[NAG]D:503	`9`	`1`	`366`	`cf`	[GAL]D:502	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`64.4`	`2.3`	`0.126`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`49`		[A2G]D:505	`10`	`1`	`358`	`cf`	[GAL]D:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`64.3`	`2.6`	`0.082`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`50`		[GAL]C:502	`5`	`1`	`292`	`cf`	[BGC]C:501	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`306`	`62.2`	`1.4`	`0.187`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`51`		[GAL]D:502	`7`	`1`	`293`	`cf`	[BGC]D:501	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`301`	`61.9`	`1.8`	`0.136`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`52`		[GAL]A:502	`7`	`1`	`290`	`cf`	[BGC]A:501	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`309`	`58.5`	`1.5`	`0.132`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`53`		[GAL]B:502	`7`	`1`	`291`	`cf`	[BGC]B:501	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`306`	`58.2`	`1.4`	`0.131`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`54`		[FUC]A:506	`7`	`1`	`282`	`f`	[NAG]A:503	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`362`	`56.4`	`2.7`	`0.157`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`55`		[FUC]C:506	`7`	`1`	`280`	`f`	[NAG]C:503	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`354`	`54.9`	`3.3`	`0.239`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`56`		[FUC]B:506	`7`	`1`	`281`	`f`	[NAG]B:503	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`362`	`54.3`	`2.7`	`0.220`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`57`		[FUC]D:506	`7`	`1`	`280`	`f`	[NAG]D:503	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`366`	`51.1`	`2.4`	`0.154`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`54.2`	`2.8`	`0.192`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`58`		[FUC]A:506	`7`	`1`	`282`	`cf`	[GAL]A:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`51.3`	`2.2`	`0.221`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`59`		[FUC]B:506	`6`	`1`	`281`	`cf`	[GAL]B:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`292`	`51.2`	`2.2`	`0.328`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`60`		[FUC]D:506	`6`	`1`	`280`	`cf`	[GAL]D:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`50.4`	`2.2`	`0.247`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`50.8`	`2.2`	`0.287`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`61`		[FUC]C:506	`6`	`1`	`280`	`cf`	[GAL]C:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`293`	`49.7`	`2.2`	`0.301`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`62`		D	`6`	`2`	`20128`	`◊`	B	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`7`	`2`	`20196`	`47.1`	`0.3`	`0.658`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`63`		[FUC]C:506	`3`	`1`	`280`	`f`	[A2G]C:505	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`356`	`42.5`	`2.1`	`0.155`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
43	`64`		[GAL]C:504	`5`	`1`	`293`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`19985`	`40.1`	`0.9`	`0.332`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`65`		[FUC]A:506	`3`	`1`	`282`	`f`	[A2G]A:505	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`359`	`39.2`	`2.0`	`0.164`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`66`		[FUC]B:506	`3`	`1`	`281`	`f`	[A2G]B:505	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`354`	`38.4`	`2.0`	`0.168`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`38.8`	`2.0`	`0.166`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
45	`67`		[FUC]D:506	`3`	`1`	`280`	`f`	[A2G]D:505	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`358`	`37.1`	`2.0`	`0.151`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`68`		[GAL]B:504	`6`	`1`	`292`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`20196`	`33.6`	`1.1`	`0.349`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`69`		[GAL]D:504	`5`	`1`	`290`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`7`	`5`	`20128`	`33.2`	`0.9`	`0.313`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`33.4`	`1.0`	`0.331`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`70`		[GAL]A:504	`5`	`1`	`290`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`20212`	`31.9`	`0.9`	`0.329`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`71`		D	`5`	`2`	`20128`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`19985`	`26.6`	`0.6`	`0.761`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`72`		C	`9`	`3`	`19985`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`3`	`2`	`20128`	`25.2`	`0.4`	`0.735`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`73`		C	`1`	`1`	`19985`	`◊`	A	-x+2,y-1/2,-z+3	`2_748`	`3`	`1`	`20212`	`23.8`	`1.6`	`0.959`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`74`		[NAG]C:503	`4`	`1`	`354`	`f`	[BGC]C:501	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`306`	`21.4`	`0.2`	`0.113`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`75`		[BGC]C:501	`3`	`1`	`306`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`19985`	`20.3`	`0.3`	`0.440`	`1`	`0`	`0`	`0.102`
53	`76`		[NAG]A:503	`4`	`1`	`362`	`f`	[BGC]A:501	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`309`	`17.0`	`0.1`	`0.160`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`77`		[A2G]A:505	`1`	`1`	`359`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`20128`	`15.6`	`0.6`	`0.724`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`78`		A	`1`	`1`	`20212`	`◊`	H	-x+3,y-1/2,-z+3	`2_848`	`3`	`1`	`5952`	`13.3`	`0.5`	`0.720`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`79`		[NAG]D:503	`3`	`1`	`366`	`f`	[BGC]D:501	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`301`	`11.4`	`0.6`	`0.245`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`80`		[BGC]A:501	`2`	`1`	`309`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`20212`	`10.1`	`0.1`	`0.344`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`81`		[NAG]B:503	`4`	`1`	`362`	`f`	[BGC]B:501	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`306`	`9.9`	`0.1`	`0.185`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
59	`82`		[GAL]A:504	`1`	`1`	`290`	`f`	[GAL]A:502	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`290`	`5.5`	`0.2`	`0.219`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`83`		E	`2`	`2`	`6088`	`◊`	D	x,y,z-1	`1_554`	`2`	`2`	`20128`	`4.0`	`-0.0`	`0.575`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`84`		[GAL]D:504	`1`	`1`	`290`	`f`	[GAL]D:502	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`293`	`3.1`	`0.1`	`0.182`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`85`		[GAL]C:504	`1`	`1`	`293`	`f`	[GAL]C:502	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`292`	`2.6`	`0.1`	`0.219`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`86`		[GAL]B:504	`1`	`1`	`292`	`f`	[GAL]B:502	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`291`	`2.5`	`0.1`	`0.190`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`87`		[FUC]A:506	`2`	`1`	`282`	`f`	[GAL]A:502	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`290`	`2.1`	`0.1`	`0.226`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
65	`88`		[A2G]A:505	`1`	`1`	`359`	`f`	[NAG]A:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`362`	`1.5`	`0.1`	`0.143`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
66	`89`		[A2G]C:505	`1`	`1`	`356`	`f`	[NAG]C:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`354`	`1.0`	`0.0`	`0.101`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
67	`90`		[FUC]B:506	`1`	`1`	`281`	`f`	[GAL]B:502	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`291`	`0.5`	`0.0`	`0.191`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
68	`91`		[A2G]D:505	`1`	`1`	`358`	`f`	[NAG]D:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`366`	`0.5`	`0.0`	`0.143`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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