PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=642-H0-L7B)

Interfaces in PDB 5f7n crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.28 Å

BLOOD GROUP ANTIGEN BINDING ADHESIN BABA OF HELICOBACTER PYLORI STRAIN 17875 IN COMPLEX WITH BLOOD GROUP A LEWIS B PENTASACCHARIDE

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		A	`105`	`30`	`19510`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`107`	`31`	`19602`	`1109.3`	`-10.7`	`0.132`	`20`	`2`	`0`	`1.000`
2	`2`		D	`98`	`26`	`6137`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`92`	`28`	`19602`	`915.6`	`-6.4`	`0.366`	`15`	`0`	`0`	`1.000`
	`3`		C	`97`	`26`	`5836`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`94`	`29`	`19510`	`914.7`	`-6.2`	`0.389`	`15`	`0`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`915.1`	`-6.3`	`0.378`	`15`	`0`	`0`	`1.000`
3	`4`		D	`50`	`16`	`6137`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`54`	`13`	`19510`	`472.2`	`-3.1`	`0.455`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
4	`5`		B	`45`	`10`	`19602`	`◊`	C	x,y,z-1	`1_554`	`38`	`13`	`5836`	`386.3`	`-3.5`	`0.340`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
5	`6`		D	`32`	`12`	`6137`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`28`	`8`	`19602`	`266.7`	`-0.2`	`0.587`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
6	`7`		[A2G]B:503	`12`	`1`	`355`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`24`	`10`	`19602`	`159.3`	`3.2`	`0.220`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
7	`8`		[NAG]B:501	`11`	`1`	`373`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`24`	`9`	`19602`	`138.1`	`2.5`	`0.374`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		[NAG]A:501	`10`	`1`	`376`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`21`	`8`	`19510`	`134.5`	`2.6`	`0.412`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`136.3`	`2.5`	`0.393`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
8	`10`		[A2G]A:503	`11`	`1`	`359`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`20`	`8`	`19510`	`131.5`	`2.6`	`0.178`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`11`		A	`15`	`6`	`19510`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`14`	`5`	`6137`	`125.5`	`-1.2`	`0.444`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
10	`12`		[FUC]B:504	`10`	`1`	`281`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`26`	`11`	`19602`	`123.2`	`2.2`	`0.388`	`6`	`0`	`0`	`0.770`
	`13`		[FUC]A:504	`10`	`1`	`281`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`25`	`11`	`19510`	`122.1`	`2.1`	`0.402`	`5`	`0`	`0`	`0.770`
	*Average:*													`122.6`	`2.2`	`0.395`	`6`	`0`	`0`	`0.770`
11	`14`		B	`10`	`3`	`19602`	`x`	B	x-1,y,z	`1_455`	`12`	`5`	`19602`	`112.1`	`0.4`	`0.690`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
12	`15`		B	`12`	`6`	`19602`	`◊`	A	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`8`	`3`	`19510`	`78.8`	`0.9`	`0.671`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
13	`16`		[A2G]A:503	`8`	`1`	`359`	`cf`	[GAL]A:502	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`294`	`66.2`	`2.4`	`0.101`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`17`		[FUC]A:505	`6`	`1`	`280`	`cf`	[NAG]A:501	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`376`	`65.4`	`1.7`	`0.126`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`18`		[FUC]B:505	`7`	`1`	`281`	`cf`	[NAG]B:501	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`373`	`65.1`	`1.7`	`0.113`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
16	`19`		[FUC]A:505	`4`	`1`	`280`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`19510`	`64.9`	`0.8`	`0.357`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`20`		[GAL]B:502	`5`	`1`	`290`	`cf`	[NAG]B:501	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`373`	`64.9`	`2.1`	`0.187`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`21`		[GAL]A:502	`6`	`1`	`294`	`cf`	[NAG]A:501	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`376`	`63.4`	`2.0`	`0.158`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`22`		[FUC]B:505	`4`	`1`	`281`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`19602`	`63.1`	`0.7`	`0.349`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`23`		[FUC]B:505	`8`	`1`	`281`	`f`	[GAL]B:502	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`290`	`60.2`	`2.9`	`0.157`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`24`		[FUC]A:505	`6`	`1`	`280`	`f`	[GAL]A:502	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`294`	`57.0`	`2.1`	`0.132`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`58.6`	`2.5`	`0.144`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`25`		[A2G]B:503	`7`	`1`	`355`	`cf`	[GAL]B:502	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`290`	`59.9`	`2.6`	`0.112`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`26`		[FUC]A:504	`7`	`1`	`281`	`f`	[NAG]A:501	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`376`	`56.8`	`2.8`	`0.263`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`27`		[FUC]B:504	`8`	`1`	`281`	`f`	[NAG]B:501	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`373`	`54.2`	`2.7`	`0.238`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`28`		[FUC]B:504	`6`	`1`	`281`	`cf`	[GAL]B:502	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`50.1`	`2.3`	`0.255`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`29`		[FUC]A:504	`6`	`1`	`281`	`cf`	[GAL]A:502	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`294`	`49.8`	`2.2`	`0.293`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`50.0`	`2.2`	`0.274`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`30`		[FUC]B:504	`3`	`1`	`281`	`f`	[A2G]B:503	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`355`	`35.5`	`2.0`	`0.184`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`31`		[FUC]A:504	`3`	`1`	`281`	`f`	[A2G]A:503	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`359`	`33.6`	`1.9`	`0.136`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`32`		[FUC]A:505	`4`	`1`	`280`	`f`	[FUC]A:504	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`281`	`31.2`	`1.1`	`0.315`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`33`		[FUC]B:505	`4`	`1`	`281`	`f`	[FUC]B:504	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`281`	`30.0`	`1.2`	`0.315`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`34`		[FUC]A:505	`3`	`1`	`280`	`f`	[A2G]A:503	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`359`	`29.0`	`1.6`	`0.297`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`35`		[GAL]B:502	`4`	`1`	`290`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`19602`	`26.3`	`0.7`	`0.289`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`36`		[GAL]A:502	`4`	`1`	`294`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`19510`	`24.1`	`0.6`	`0.318`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`25.2`	`0.7`	`0.303`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`37`		B	`1`	`1`	`19602`	`◊`	C	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`3`	`1`	`5836`	`19.3`	`0.9`	`0.878`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`38`		[FUC]B:505	`1`	`1`	`281`	`f`	[A2G]B:503	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`355`	`9.1`	`0.5`	`0.107`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`39`		A	`2`	`1`	`19510`	`◊`	D	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`2`	`1`	`6137`	`6.5`	`-0.1`	`0.497`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
	`40`		C	`1`	`1`	`5836`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`1`	`1`	`19602`	`1.4`	`0.0`	`0.682`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
	*Average:*													`3.9`	`-0.0`	`0.589`	`0`	`0`	`0`	`0.112`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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