PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=612-I5-1BH)

Interfaces in PDB 5cdp crystal.
Space symmetry group: P 61. Resolution: 2.45 Å

2.45A STRUCTURE OF ETOPOSIDE WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		C	`172`	`44`	`23998`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`162`	`38`	`24294`	`1656.0`	`-7.6`	`0.215`	`28`	`16`	`0`	`0.694`
2	`2`		D	`150`	`42`	`9972`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`135`	`31`	`23998`	`1392.8`	`-22.9`	`0.003`	`10`	`6`	`0`	`0.914`
	`3`		B	`151`	`41`	`10172`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`136`	`33`	`24294`	`1389.4`	`-24.3`	`0.001`	`10`	`6`	`0`	`0.914`
	*Average:*													`1391.1`	`-23.6`	`0.002`	`10`	`6`	`0`	`0.914`
3	`4`		C	`64`	`24`	`23998`	`◊`	A	x-y,x,z+1/6	`6_555`	`68`	`24`	`24294`	`663.0`	`3.1`	`0.744`	`13`	`3`	`0`	`0.000`
4	`5`		B	`74`	`23`	`10172`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`65`	`21`	`23998`	`612.1`	`-1.5`	`0.407`	`12`	`2`	`0`	`0.129`
	`6`		D	`71`	`23`	`9972`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`65`	`22`	`24294`	`592.0`	`-2.9`	`0.323`	`10`	`0`	`0`	`0.129`
	*Average:*													`602.1`	`-2.2`	`0.365`	`11`	`1`	`0`	`0.129`
5	`7`		E	`66`	`6`	`2013`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`72`	`24`	`24294`	`605.8`	`-5.5`	`0.438`	`11`	`0`	`0`	`0.178`
	`8`		F	`63`	`6`	`2064`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`65`	`22`	`23998`	`559.0`	`-7.6`	`0.304`	`9`	`0`	`0`	`0.178`
	*Average:*													`582.4`	`-6.5`	`0.371`	`10`	`0`	`0`	`0.178`
6	`9`		G	`63`	`9`	`2913`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`58`	`22`	`23998`	`497.8`	`-7.6`	`0.412`	`7`	`0`	`0`	`0.087`
7	`10`		H	`48`	`7`	`2886`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`45`	`18`	`24294`	`430.4`	`-4.9`	`0.376`	`7`	`0`	`0`	`0.065`
8	`11`		G	`46`	`6`	`2913`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`47`	`15`	`9972`	`400.3`	`-6.4`	`0.525`	`9`	`0`	`0`	`0.342`
9	`12`		H	`46`	`6`	`2886`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`45`	`15`	`10172`	`395.4`	`-7.0`	`0.411`	`10`	`0`	`0`	`0.366`
10	`13`		G	`39`	`9`	`2913`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`37`	`8`	`2064`	`370.8`	`-4.5`	`0.585`	`21`	`0`	`0`	`0.826`
	`14`		H	`40`	`7`	`2886`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`35`	`8`	`2013`	`347.9`	`-3.2`	`0.592`	`20`	`0`	`0`	`0.826`
	*Average:*													`359.3`	`-3.8`	`0.588`	`21`	`0`	`0`	`0.826`
11	`15`		A	`41`	`11`	`24294`	`◊`	C	x,y-1,z	`1_545`	`44`	`15`	`23998`	`369.6`	`1.6`	`0.654`	`5`	`1`	`0`	`0.000`
12	`16`		C	`31`	`9`	`23998`	`◊`	B	x-1,y-1,z	`1_445`	`19`	`4`	`10172`	`236.8`	`1.8`	`0.765`	`6`	`5`	`0`	`0.000`
13	`17`		C	`26`	`6`	`23998`	`◊`	E	x-1,y-1,z	`1_445`	`21`	`2`	`2013`	`211.8`	`2.3`	`0.665`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
14	`18`		H	`21`	`4`	`2886`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`22`	`5`	`2913`	`195.5`	`-2.4`	`0.598`	`10`	`0`	`0`	`0.103`
15	`19`		H	`22`	`3`	`2886`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`28`	`9`	`9972`	`189.8`	`-0.2`	`0.648`	`2`	`0`	`0`	`0.017`
16	`20`		A	`21`	`8`	`24294`	`◊`	G	x,y-1,z	`1_545`	`18`	`2`	`2913`	`169.2`	`-1.9`	`0.553`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
17	`21`		[EVP]H:2101	`26`	`1`	`743`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`23`	`2`	`2913`	`167.4`	`5.2`	`0.698`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
18	`22`		[EVP]H:2101	`19`	`1`	`743`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`20`	`3`	`2886`	`152.3`	`2.3`	`0.494`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
19	`23`		[EVP]H:2101	`17`	`1`	`743`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`17`	`5`	`10172`	`146.1`	`0.1`	`0.359`	`2`	`0`	`0`	`0.024`
20	`24`		E	`16`	`2`	`2013`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`17`	`7`	`10172`	`145.0`	`2.2`	`0.643`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`25`		F	`17`	`2`	`2064`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`18`	`8`	`9972`	`143.7`	`2.3`	`0.720`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`144.3`	`2.2`	`0.681`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
21	`26`		A	`14`	`6`	`24294`	`◊`	F	x,y-1,z	`1_545`	`13`	`1`	`2064`	`133.4`	`2.2`	`0.719`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
22	`27`		C	`17`	`8`	`23998`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`16`	`8`	`24294`	`109.1`	`0.5`	`0.595`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
23	`28`		G	`16`	`3`	`2913`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`3`	`10172`	`106.8`	`0.6`	`0.765`	`2`	`0`	`0`	`0.005`
24	`29`		C	`11`	`4`	`23998`	`◊`	A	x-1,y-1,z	`1_445`	`15`	`6`	`24294`	`100.3`	`0.8`	`0.684`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
25	`30`		A	`10`	`3`	`24294`	`◊`	D	x,y-1,z	`1_545`	`7`	`2`	`9972`	`95.3`	`2.4`	`0.853`	`4`	`3`	`0`	`0.000`
26	`31`		[EVP]H:2101	`13`	`1`	`743`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`13`	`1`	`2013`	`88.9`	`1.2`	`0.491`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`32`		C	`9`	`3`	`23998`	`◊`	H	x-1,y-1,z	`1_445`	`11`	`2`	`2886`	`87.7`	`2.8`	`0.849`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`33`		H	`17`	`1`	`2886`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`13`	`1`	`2064`	`81.8`	`2.2`	`0.775`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`34`		[NA]A:501	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`6`	`24294`	`63.8`	`-9.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.306`
30	`35`		[MN]B:1001	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`5`	`10172`	`60.6`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.127`
31	`36`		[EVP]H:2101	`6`	`1`	`743`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`24294`	`47.7`	`0.7`	`0.582`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`37`		[MN]D:701	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`7`	`5`	`9972`	`45.1`	`-2.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.100`
33	`38`		[MN]G:2101	`1`	`1`	`123`	`f`	G	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`2913`	`44.2`	`-2.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.174`
34	`39`		[NA]H:2102	`1`	`1`	`125`	`f`	H	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`2886`	`41.0`	`-5.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.309`
35	`40`		G	`3`	`1`	`2913`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`24294`	`34.5`	`-1.5`	`0.317`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
36	`41`		F	`7`	`1`	`2064`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`24294`	`33.4`	`0.1`	`0.604`	`1`	`0`	`0`	`0.007`
	`42`		E	`7`	`1`	`2013`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`23998`	`31.5`	`0.0`	`0.609`	`1`	`0`	`0`	`0.007`
	*Average:*													`32.4`	`0.0`	`0.607`	`1`	`0`	`0`	`0.007`
37	`43`		[MN]D:701	`1`	`1`	`123`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`2064`	`29.8`	`-2.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.065`
38	`44`		[NA]H:2102	`1`	`1`	`125`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`23998`	`28.9`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.024`
39	`45`		[EVP]H:2101	`5`	`1`	`743`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`23998`	`28.4`	`0.5`	`0.541`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`46`		[NA]H:2102	`1`	`1`	`125`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`2064`	`26.4`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.049`
41	`47`		[MN]G:2101	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`24294`	`26.4`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	`48`		[MN]G:2101	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`23998`	`4.9`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	*Average:*													`15.7`	`-0.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
42	`49`		[MN]B:1001	`1`	`1`	`123`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`2013`	`21.4`	`-1.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.046`
43	`50`		[MN]D:701	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`24294`	`16.7`	`-0.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	`51`		[MN]B:1001	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`23998`	`8.6`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	*Average:*													`12.7`	`-0.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
44	`52`		[MN]D:701	`1`	`1`	`123`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`2886`	`16.1`	`-0.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.011`
45	`53`		[NA]H:2102	`1`	`1`	`125`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`24294`	`12.6`	`-1.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.009`
46	`54`		[EVP]H:2101	`2`	`1`	`743`	`◊`	[MN]G:2101	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`11.6`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
47	`55`		A	`3`	`2`	`24294`	`x`	A	x-y,x-1,z+1/6	`6_545`	`3`	`3`	`24294`	`9.6`	`0.1`	`0.639`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`56`		C	`1`	`1`	`23998`	`◊`	[NA]A:501	x-1,y-1,z	`1_445`	`1`	`1`	`125`	`9.2`	`-0.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`57`		A	`1`	`1`	`24294`	`◊`	B	x-1,y-1,z	`1_445`	`1`	`1`	`10172`	`5.4`	`0.1`	`0.522`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`58`		[MN]B:1001	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`24294`	`1.9`	`-0.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.002`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank
in Europe