PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=759-IO-647)

Interfaces in PDB 3rum crystal.
Space symmetry group: P 21 21 21. Resolution: 1.85 Å

NEW STRATEGY TO ANALYZE STRUCTURES OF GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTIC-TARGET COMPLEXES

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		A	`73`	`22`	`16263`	`x`	A	-x-1,y-1/2,-z+1/2	`3_445`	`81`	`23`	`16263`	`669.7`	`-1.8`	`0.479`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
2	`2`		B	`65`	`7`	`1226`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`70`	`22`	`16263`	`596.6`	`-1.0`	`0.273`	`11`	`0`	`0`	`0.000`
3	`3`		A	`34`	`11`	`16263`	`x`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`35`	`13`	`16263`	`344.9`	`-0.8`	`0.473`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
4	`4`		[MAL]A:401	`23`	`1`	`455`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`53`	`19`	`16263`	`320.8`	`1.3`	`0.422`	`6`	`0`	`0`	`0.003`
5	`5`		A	`33`	`13`	`16263`	`◊`	C	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`28`	`6`	`1250`	`280.3`	`-0.9`	`0.330`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
6	`6`		[MAN]B:13	`10`	`1`	`292`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`20`	`8`	`16263`	`138.1`	`1.7`	`0.293`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
7	`7`		C	`25`	`5`	`1250`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`24`	`5`	`1226`	`136.0`	`2.4`	`0.608`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
8	`8`		A	`19`	`8`	`16263`	`x`	A	-x,y-1/2,-z+1/2	`3_545`	`16`	`5`	`16263`	`120.4`	`-0.2`	`0.585`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
9	`9`		[MAN]B:13	`10`	`1`	`292`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`19`	`5`	`1226`	`119.6`	`2.3`	`0.291`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
10	`10`		[MAN]C:13	`9`	`1`	`289`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`15`	`4`	`1250`	`110.5`	`1.8`	`0.242`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`11`		[IPA]A:403	`3`	`1`	`198`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`19`	`9`	`16263`	`103.1`	`3.3`	`0.561`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
12	`12`		[RAM]B:9	`8`	`1`	`279`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`16263`	`97.2`	`0.7`	`0.254`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
13	`13`		A	`11`	`5`	`16263`	`x`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`13`	`4`	`16263`	`93.7`	`-0.7`	`0.429`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`14`		C	`11`	`2`	`1250`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`10`	`4`	`16263`	`93.3`	`-0.2`	`0.425`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
15	`15`		[IPA]A:404	`4`	`1`	`197`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`16263`	`92.6`	`2.7`	`0.224`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
16	`16`		[MAN]B:10	`9`	`1`	`284`	`◊`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`12`	`4`	`16263`	`91.5`	`0.4`	`0.169`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
17	`17`		[SO4]A:407	`5`	`1`	`185`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`16`	`7`	`16263`	`90.8`	`-12.1`	`0.809`	`2`	`0`	`0`	`0.028`
18	`18`		[SO4]A:405	`5`	`1`	`186`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`16263`	`89.6`	`-13.5`	`0.723`	`5`	`0`	`0`	`0.034`
19	`19`		A	`9`	`3`	`16263`	`◊`	[MAN]C:13	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`6`	`1`	`289`	`78.0`	`2.3`	`0.509`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
20	`20`		[RST]C:12	`7`	`1`	`273`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`2`	`1250`	`76.1`	`2.0`	`0.314`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
21	`21`		[IPA]A:402	`4`	`1`	`198`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`16263`	`71.9`	`1.5`	`0.205`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`22`		A	`12`	`5`	`16263`	`◊`	[RST]C:12	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`6`	`1`	`273`	`70.8`	`1.2`	`0.310`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`23`		[BXY]C:11	`7`	`1`	`265`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`15`	`3`	`1250`	`67.6`	`0.6`	`0.342`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`24`		[RAM]C:9	`7`	`1`	`278`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`10`	`4`	`16263`	`67.1`	`-0.2`	`0.175`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`25`		[RST]B:12	`7`	`1`	`274`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`2`	`1226`	`67.0`	`1.8`	`0.326`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
26	`26`		[SO4]A:406	`5`	`1`	`185`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`16263`	`66.8`	`-9.4`	`0.692`	`2`	`0`	`0`	`0.022`
27	`27`		C	`9`	`2`	`1250`	`◊`	[IPA]A:402	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`3`	`1`	`198`	`66.4`	`2.1`	`0.242`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
28	`28`		A	`9`	`3`	`16263`	`f`	[SO4]C:107	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`5`	`1`	`186`	`65.6`	`-9.2`	`0.490`	`2`	`0`	`0`	`0.022`
29	`29`		A	`14`	`8`	`16263`	`◊`	[BXY]C:11	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`6`	`1`	`265`	`65.3`	`-0.3`	`0.325`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`30`		[RST]C:12	`4`	`1`	`273`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`1226`	`63.5`	`2.1`	`0.497`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`31`		[RST]B:12	`4`	`1`	`274`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`1250`	`57.8`	`1.7`	`0.473`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`60.6`	`1.9`	`0.485`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
31	`32`		[RST]B:12	`8`	`1`	`274`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`6`	`3`	`16263`	`62.5`	`1.4`	`0.294`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`33`		C	`10`	`3`	`1250`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`16263`	`60.6`	`1.6`	`0.787`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
33	`34`		A	`9`	`3`	`16263`	`◊`	[BXY]B:11	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`6`	`1`	`267`	`57.4`	`1.4`	`0.566`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
34	`35`		[RST]B:12	`6`	`1`	`274`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`2`	`16263`	`57.0`	`1.2`	`0.335`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`36`		[BGC]B:8	`6`	`1`	`293`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`3`	`1226`	`53.4`	`0.4`	`0.215`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
36	`37`		[BXY]C:11	`5`	`1`	`265`	`cf`	[MAN]C:10	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`284`	`50.7`	`2.0`	`0.330`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`38`		[MAN]B:10	`8`	`1`	`284`	`cf`	[BGC]B:8	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`48.2`	`2.2`	`0.168`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`39`		[RAM]B:9	`6`	`1`	`279`	`cf`	[BGC]B:8	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`293`	`48.1`	`2.0`	`0.288`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`40`		[BXY]B:11	`6`	`1`	`267`	`cf`	[MAN]B:10	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`284`	`46.6`	`1.9`	`0.281`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`41`		A	`7`	`3`	`16263`	`◊`	[MAN]C:10	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`5`	`1`	`284`	`44.6`	`0.3`	`0.264`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`42`		[MAN]C:10	`7`	`1`	`284`	`cf`	[BGC]C:8	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`289`	`44.1`	`2.0`	`0.231`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
42	`43`		[BGC]C:8	`7`	`1`	`289`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`1250`	`42.8`	`0.5`	`0.224`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`44`		[RAM]C:9	`6`	`1`	`278`	`cf`	[BGC]C:8	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`289`	`41.2`	`1.9`	`0.282`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`45`		[BGC]C:8	`5`	`1`	`289`	`◊`	[BGC]B:8	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`40.1`	`1.4`	`0.240`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`46`		[BGC]C:8	`7`	`1`	`289`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`2`	`1226`	`39.1`	`0.6`	`0.200`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`47`		[BGC]B:8	`5`	`1`	`293`	`◊`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`5`	`3`	`16263`	`37.2`	`0.5`	`0.336`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`48`		[MAN]B:10	`3`	`1`	`284`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`1226`	`37.0`	`0.9`	`0.362`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`49`		[BXY]B:11	`5`	`1`	`267`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`2`	`1226`	`36.4`	`0.7`	`0.361`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`50`		[SO4]A:407	`3`	`1`	`185`	`◊`	A	-x-1,y-1/2,-z+1/2	`3_445`	`3`	`1`	`16263`	`35.9`	`-3.3`	`0.950`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
50	`51`		[MAN]B:10	`5`	`1`	`284`	`◊`	[BGC]C:8	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`289`	`35.3`	`0.6`	`0.123`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
51	`52`		[RAM]C:9	`6`	`1`	`278`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`1226`	`34.2`	`0.7`	`0.237`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`53`		[BXY]B:11	`4`	`1`	`267`	`◊`	[MAN]C:10	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`284`	`32.9`	`-0.2`	`0.238`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
53	`54`		[MAN]C:10	`4`	`1`	`284`	`◊`	[SO4]C:107	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`186`	`32.1`	`-3.3`	`0.513`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`55`		[MAN]C:10	`2`	`1`	`284`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`1250`	`31.4`	`0.7`	`0.367`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`56`		[RST]B:12	`4`	`1`	`274`	`◊`	[RAM]C:9	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`278`	`31.4`	`0.4`	`0.198`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`57`		[MAN]C:10	`3`	`1`	`284`	`◊`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`5`	`3`	`16263`	`29.3`	`-0.3`	`0.189`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`58`		[BGC]B:8	`4`	`1`	`293`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`3`	`16263`	`29.0`	`-0.0`	`0.227`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`59`		[RAM]C:9	`4`	`1`	`278`	`◊`	[RAM]B:9	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`279`	`28.8`	`1.2`	`0.273`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
59	`60`		[MAN]C:10	`4`	`1`	`284`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`2`	`1`	`16263`	`27.3`	`0.6`	`0.287`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
60	`61`		[RAM]C:9	`1`	`1`	`278`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`16263`	`25.2`	`0.4`	`0.397`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`62`		[BXY]B:11	`4`	`1`	`267`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`1250`	`24.4`	`-0.0`	`0.306`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`63`		[BXY]C:11	`5`	`1`	`265`	`f`	[BGC]C:8	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`289`	`24.1`	`0.8`	`0.320`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`64`		[RAM]C:9	`4`	`1`	`278`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`1250`	`23.8`	`-0.2`	`0.202`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`65`		[RAM]B:9	`3`	`1`	`279`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`1226`	`23.6`	`0.7`	`0.238`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
65	`66`		[SO4]C:107	`2`	`1`	`186`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`5`	`2`	`16263`	`21.2`	`-2.5`	`0.820`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
66	`67`		[RAM]C:9	`4`	`1`	`278`	`◊`	[BGC]B:8	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`293`	`21.0`	`0.7`	`0.225`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
67	`68`		[RST]C:12	`3`	`1`	`273`	`◊`	[BXY]B:11	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`267`	`19.7`	`0.9`	`0.288`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
68	`69`		[RST]C:12	`4`	`1`	`273`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`16263`	`17.5`	`0.4`	`0.345`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
69	`70`		[BXY]B:11	`2`	`1`	`267`	`f`	[BGC]B:8	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`293`	`17.1`	`0.6`	`0.328`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
70	`71`		A	`3`	`1`	`16263`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`2`	`16263`	`16.7`	`0.6`	`0.815`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
71	`72`		[MAN]C:10	`6`	`1`	`284`	`◊`	[MAN]B:10	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`284`	`15.4`	`0.4`	`0.146`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
72	`73`		B	`2`	`1`	`1226`	`◊`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`1`	`1`	`16263`	`15.3`	`0.4`	`0.501`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
73	`74`		[SO4]C:107	`1`	`1`	`186`	`◊`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`3`	`2`	`16263`	`13.1`	`-1.5`	`0.740`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
74	`75`		[RAM]B:9	`1`	`1`	`279`	`◊`	[BGC]C:8	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`289`	`11.8`	`0.8`	`0.667`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
75	`76`		[BXY]B:11	`3`	`1`	`267`	`◊`	A	-x-1/2,-y,z-1/2	`2_454`	`3`	`2`	`16263`	`11.5`	`-0.4`	`0.412`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
76	`77`		[IPA]A:404	`1`	`1`	`197`	`◊`	[MAL]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`455`	`8.7`	`0.4`	`0.590`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
77	`78`		[BXY]B:11	`4`	`1`	`267`	`◊`	[BGC]C:8	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`289`	`8.7`	`0.1`	`0.288`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
78	`79`		[BXY]C:11	`1`	`1`	`265`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`2`	`2`	`16263`	`7.6`	`0.3`	`0.407`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
79	`80`		[BXY]C:11	`2`	`1`	`265`	`◊`	[BXY]B:11	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`267`	`6.1`	`0.3`	`0.310`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
80	`81`		[MAN]C:13	`2`	`1`	`289`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`16263`	`4.7`	`0.1`	`0.423`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
81	`82`		[BXY]C:11	`2`	`1`	`265`	`◊`	[SO4]C:107	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`186`	`4.6`	`-0.4`	`0.506`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
82	`83`		[SO4]A:405	`1`	`1`	`186`	`◊`	[RST]C:12	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`1`	`1`	`273`	`4.3`	`-0.4`	`0.577`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
83	`84`		[IPA]A:404	`1`	`1`	`197`	`◊`	[IPA]A:403	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`198`	`4.2`	`0.3`	`1.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
84	`85`		[BGC]C:8	`1`	`1`	`289`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`1`	`1`	`16263`	`3.7`	`0.3`	`0.396`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
85	`86`		[BGC]B:8	`1`	`1`	`293`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`1250`	`2.8`	`0.0`	`0.228`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
86	`87`		[IPA]A:403	`1`	`1`	`198`	`f`	[MAL]A:401	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`455`	`2.4`	`0.1`	`0.578`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
87	`88`		[MAN]B:10	`1`	`1`	`284`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`1250`	`1.8`	`0.0`	`0.267`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
88	`89`		A	`1`	`1`	`16263`	`f`	[IPA]A:404	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`1`	`1`	`197`	`0.4`	`0.0`	`0.850`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
89	`90`		B	`1`	`1`	`1226`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`1`	`1`	`16263`	`0.1`	`-0.0`	`0.550`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank
in Europe