PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=971-03-JL7)

Interfaces in PDB 3rjk crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.10 Å

TERNARY COMPLEX OF DNA POLYMERASE BETA WITH A GAPPED DNA CONTAINING 8ODG:DC BASE PAIR AT PRIMER TERMINUS AND DG:DCMP(CF2)PP IN THE ACTIVE SITE

Interfaces

##		Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
`1`		T	`71`	`7`	`3835`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`75`	`26`	`17184`	`628.1`	`-1.2`	`0.583`	`11`	`0`	`0`	`0.058`
`2`		P	`44`	`10`	`2398`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`47`	`10`	`3835`	`443.6`	`-5.4`	`0.548`	`24`	`0`	`0`	`1.000`
`3`		D	`39`	`4`	`1368`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`46`	`18`	`17184`	`372.0`	`-6.6`	`0.440`	`10`	`0`	`0`	`0.125`
`4`		P	`35`	`4`	`2398`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`41`	`21`	`17184`	`339.6`	`-6.9`	`0.323`	`6`	`0`	`0`	`0.109`
`5`		[6CF]A:338	`28`	`1`	`537`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`48`	`18`	`17184`	`260.0`	`0.3`	`0.505`	`8`	`0`	`0`	`0.037`
`6`		A	`26`	`10`	`17184`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`26`	`10`	`17184`	`243.0`	`5.1`	`0.934`	`3`	`5`	`0`	`0.000`
`7`		[8OG]T:7	`22`	`1`	`495`	`cf`	T	x,y,z	`1_555`	`30`	`3`	`3835`	`234.2`	`4.0`	`0.671`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
`8`		D	`26`	`5`	`1368`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`26`	`5`	`3835`	`230.8`	`-3.4`	`0.561`	`16`	`0`	`0`	`1.000`
`9`		A	`28`	`7`	`17184`	`x`	A	x,y,z-1	`1_554`	`21`	`6`	`17184`	`226.9`	`1.4`	`0.719`	`6`	`1`	`0`	`0.000`
`10`		A	`23`	`8`	`17184`	`x`	A	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`27`	`8`	`17184`	`211.2`	`-2.4`	`0.205`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`11`		A	`25`	`9`	`17184`	`◊`	P	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`22`	`2`	`2398`	`197.2`	`1.9`	`0.539`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
`12`		A	`16`	`9`	`17184`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`18`	`2`	`3835`	`159.8`	`0.0`	`0.604`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
`13`		[8OG]T:7	`12`	`1`	`495`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`22`	`8`	`17184`	`151.1`	`-0.1`	`0.449`	`2`	`0`	`0`	`0.009`
`14`		A	`16`	`9`	`17184`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`17`	`7`	`17184`	`140.4`	`3.4`	`0.879`	`2`	`2`	`0`	`0.000`
`15`		T	`16`	`2`	`3835`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`14`	`3`	`17184`	`120.2`	`-1.4`	`0.478`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`16`		D	`15`	`1`	`1368`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`13`	`3`	`17184`	`113.0`	`2.5`	`0.820`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`17`		A	`12`	`5`	`17184`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`9`	`2`	`17184`	`106.1`	`-0.8`	`0.419`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`18`		[6CF]A:338	`15`	`1`	`537`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`14`	`1`	`2398`	`97.4`	`0.5`	`0.539`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`19`		[CL]A:344	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`17184`	`72.3`	`-12.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.138`
`20`		[CL]A:345	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`5`	`17184`	`66.3`	`-9.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.109`
`21`		[CL]A:343	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`17184`	`64.5`	`-9.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.113`
`22`		A	`6`	`2`	`17184`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`9`	`2`	`3835`	`60.5`	`-2.0`	`0.238`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`23`		[8OG]T:7	`5`	`1`	`495`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`2398`	`60.1`	`-0.2`	`0.467`	`3`	`0`	`0`	`0.105`
`24`		[NA]A:341	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`7`	`17184`	`57.6`	`-8.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.101`
`25`		[NA]A:342	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`7`	`17184`	`57.3`	`-8.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.099`
`26`		[6CF]A:338	`4`	`1`	`537`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`3835`	`47.8`	`-0.2`	`0.456`	`3`	`0`	`0`	`0.015`
`27`		[NA]A:341	`1`	`1`	`125`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`2398`	`35.2`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.057`
`28`		[NA]A:342	`1`	`1`	`125`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`1368`	`34.7`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.056`
`29`		[8OG]T:7	`5`	`1`	`495`	`◊`	[6CF]A:338	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`537`	`32.9`	`0.9`	`0.515`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`30`		[MG]A:339	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`17184`	`32.4`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.046`
`31`		[MG]A:339	`1`	`1`	`98`	`f`	[6CF]A:338	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`537`	`30.0`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.053`
`32`		D	`6`	`1`	`1368`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`3`	`1`	`3835`	`28.3`	`0.1`	`0.527`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`33`		[MG]A:340	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`17184`	`28.1`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.048`
`34`		A	`7`	`3`	`17184`	`x`	A	x-1,y,z-1	`1_454`	`2`	`1`	`17184`	`27.4`	`0.5`	`0.695`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`35`		[MG]A:340	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`2398`	`24.6`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.032`
`36`		[MG]A:340	`1`	`1`	`98`	`f`	[6CF]A:338	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`537`	`22.1`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.034`
`37`		A	`4`	`3`	`17184`	`◊`	T	x-1,y,z	`1_455`	`3`	`1`	`3835`	`19.5`	`-0.9`	`0.412`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`38`		[CL]A:343	`1`	`1`	`125`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`1368`	`14.3`	`-1.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.019`
`39`		[MG]A:340	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:339	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`10.3`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.024`
`40`		[CL]A:345	`1`	`1`	`125`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3835`	`7.0`	`-1.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
`41`		A	`3`	`2`	`17184`	`x`	A	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`2`	`1`	`17184`	`4.4`	`-0.1`	`0.506`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`42`		[MG]A:339	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`2398`	`3.9`	`-0.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
`43`		[CL]A:343	`1`	`1`	`125`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3835`	`3.8`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
`44`		A	`1`	`1`	`17184`	`◊`	P	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`2398`	`1.8`	`-0.1`	`0.414`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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