PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=583-1F-07F)

Interfaces in PDB 3raq crystal.
Space symmetry group: P 1. Resolution: 2.25 Å

DPO4 EXTENSION TERNARY COMPLEX WITH 3'-TERMINAL PRIMER C BASE OPPOSITE THE 1-METHYLGUANINE (MG1) LESION

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		J	`88`	`9`	`4064`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`111`	`41`	`17872`	`882.6`	`-10.9`	`0.319`	`15`	`0`	`0`	`0.357`
2	`2`		E	`93`	`10`	`4255`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`106`	`39`	`17692`	`881.1`	`-11.6`	`0.316`	`15`	`0`	`0`	`0.353`
3	`3`		B	`63`	`15`	`17872`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`62`	`16`	`17692`	`630.5`	`-4.6`	`0.214`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
4	`4`		J	`61`	`13`	`4064`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`58`	`12`	`2871`	`564.5`	`-6.1`	`0.617`	`33`	`0`	`0`	`1.000`
5	`5`		E	`60`	`13`	`4255`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`55`	`12`	`2884`	`562.9`	`-6.0`	`0.621`	`30`	`0`	`0`	`1.000`
6	`6`		D	`61`	`8`	`2884`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`66`	`25`	`17692`	`510.6`	`-12.6`	`0.291`	`16`	`0`	`0`	`0.337`
7	`7`		H	`58`	`8`	`2871`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`64`	`24`	`17872`	`504.9`	`-13.1`	`0.268`	`17`	`0`	`0`	`0.373`
8	`8`		A	`35`	`10`	`17692`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`32`	`9`	`17692`	`312.3`	`-4.4`	`0.144`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		B	`30`	`10`	`17872`	`x`	B	x-1,y,z	`1_455`	`34`	`10`	`17872`	`309.3`	`-4.6`	`0.132`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`310.8`	`-4.5`	`0.138`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`10`		[DGT]B:1414	`29`	`1`	`578`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`46`	`21`	`17872`	`305.3`	`0.2`	`0.530`	`12`	`0`	`0`	`0.111`
	`11`		[DGT]A:414	`27`	`1`	`579`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`47`	`21`	`17692`	`303.0`	`0.1`	`0.528`	`13`	`0`	`0`	`0.111`
	*Average:*													`304.2`	`0.1`	`0.529`	`13`	`0`	`0`	`0.111`
10	`12`		A	`31`	`9`	`17692`	`◊`	B	x-1,y,z-1	`1_454`	`30`	`8`	`17872`	`284.3`	`1.1`	`0.663`	`3`	`5`	`0`	`0.000`
11	`13`		A	`25`	`6`	`17692`	`x`	A	x,y-1,z	`1_545`	`26`	`8`	`17692`	`238.7`	`1.3`	`0.663`	`3`	`4`	`0`	`0.000`
12	`14`		[MG1]J:1906	`23`	`1`	`515`	`cf`	J	x,y,z	`1_555`	`25`	`2`	`4064`	`218.9`	`4.6`	`0.739`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		[MG1]E:906	`23`	`1`	`513`	`cf`	E	x,y,z	`1_555`	`25`	`2`	`4255`	`217.5`	`4.7`	`0.754`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		[MG1]J:1906	`13`	`1`	`515`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`25`	`10`	`17872`	`171.6`	`-0.9`	`0.399`	`5`	`0`	`0`	`0.064`
	`17`		[MG1]E:906	`13`	`1`	`513`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`26`	`10`	`17692`	`168.8`	`-1.0`	`0.398`	`5`	`0`	`0`	`0.064`
	*Average:*													`170.2`	`-0.9`	`0.398`	`5`	`0`	`0`	`0.064`
15	`18`		[DOC]H:1814	`16`	`1`	`404`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`27`	`11`	`17872`	`156.6`	`1.8`	`0.381`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`19`		[DOC]D:814	`16`	`1`	`415`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`25`	`10`	`17692`	`156.5`	`0.5`	`0.386`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`156.6`	`1.1`	`0.384`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
16	`20`		[EPE]D:1	`10`	`1`	`403`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`20`	`4`	`4255`	`127.1`	`3.8`	`0.221`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`21`		[EPE]H:1001	`10`	`1`	`404`	`◊`	J	x,y,z	`1_555`	`22`	`4`	`4064`	`125.6`	`3.5`	`0.208`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`22`		[DOC]H:1814	`12`	`1`	`404`	`cf`	H	x,y,z	`1_555`	`15`	`3`	`2871`	`118.7`	`0.7`	`0.401`	`2`	`0`	`0`	`0.100`
19	`23`		[DOC]D:814	`13`	`1`	`415`	`cf`	D	x,y,z	`1_555`	`15`	`3`	`2884`	`117.8`	`0.9`	`0.497`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
20	`24`		[EPE]H:1001	`13`	`1`	`404`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`17872`	`106.9`	`2.5`	`0.008`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
21	`25`		[EPE]D:1	`11`	`1`	`403`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`7`	`17692`	`89.7`	`1.4`	`0.008`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
22	`26`		D	`15`	`1`	`2884`	`◊`	H	x-2,y-1,z-1	`1_344`	`15`	`1`	`2871`	`89.3`	`2.0`	`0.814`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`27`		A	`18`	`9`	`17692`	`◊`	B	x,y-1,z	`1_545`	`10`	`4`	`17872`	`88.1`	`1.0`	`0.702`	`0`	`1`	`0`	`0.000`
24	`28`		[EPE]D:1	`10`	`1`	`403`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`2`	`2884`	`84.9`	`3.5`	`0.072`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
25	`29`		E	`8`	`4`	`4255`	`◊`	J	x-2,y-1,z-1	`1_344`	`8`	`4`	`4064`	`82.1`	`0.9`	`0.634`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`30`		[EPE]H:1001	`8`	`1`	`404`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`9`	`2`	`2871`	`78.7`	`4.0`	`0.168`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`31`		[MG1]E:906	`14`	`1`	`513`	`◊`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`12`	`1`	`579`	`77.6`	`2.2`	`0.624`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`32`		[MG1]J:1906	`14`	`1`	`515`	`◊`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`12`	`1`	`578`	`76.8`	`2.1`	`0.616`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`77.2`	`2.2`	`0.620`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`33`		E	`6`	`2`	`4255`	`◊`	H	x-2,y-1,z-1	`1_344`	`7`	`2`	`2871`	`73.1`	`-1.2`	`0.462`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
29	`34`		D	`7`	`2`	`2884`	`◊`	J	x-2,y-1,z-1	`1_344`	`6`	`2`	`4064`	`69.8`	`-2.3`	`0.349`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
30	`35`		[EPE]D:1	`6`	`1`	`403`	`◊`	[DOC]D:814	x,y,z	`1_555`	`10`	`1`	`415`	`69.4`	`1.2`	`0.103`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
31	`36`		[EPE]H:1001	`6`	`1`	`404`	`◊`	[DOC]H:1814	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`404`	`60.2`	`0.9`	`0.061`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
32	`37`		A	`7`	`3`	`17692`	`◊`	B	x-1,y-1,z-1	`1_444`	`8`	`3`	`17872`	`54.7`	`1.0`	`0.753`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`38`		[DGT]A:414	`4`	`1`	`579`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`4255`	`51.8`	`-0.1`	`0.490`	`3`	`0`	`0`	`0.028`
34	`39`		[DGT]B:1414	`4`	`1`	`578`	`◊`	J	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`4064`	`49.7`	`-0.2`	`0.455`	`3`	`0`	`0`	`0.031`
35	`40`		E	`7`	`1`	`4255`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`1`	`17692`	`49.5`	`-0.0`	`0.613`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
36	`41`		A	`3`	`1`	`17692`	`◊`	J	x-1,y-1,z-1	`1_444`	`7`	`2`	`4064`	`41.9`	`-0.7`	`0.496`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
37	`42`		[MG1]E:906	`6`	`1`	`513`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`2884`	`37.6`	`-0.7`	`0.448`	`0`	`0`	`0`	`0.049`
38	`43`		[CA]A:417	`1`	`1`	`85`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`17692`	`37.2`	`-7.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.152`
	`44`		[CA]B:1417	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`17872`	`36.9`	`-7.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.152`
	*Average:*													`37.0`	`-7.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.152`
39	`45`		[MG1]J:1906	`6`	`1`	`515`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`2871`	`35.8`	`-0.7`	`0.449`	`0`	`0`	`0`	`0.040`
40	`46`		[CA]A:415	`1`	`1`	`85`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`6`	`17692`	`31.9`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.152`
	`47`		[CA]B:1415	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`17872`	`31.8`	`-7.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.152`
	*Average:*													`31.8`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.152`
41	`48`		[DOC]D:814	`5`	`1`	`415`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4255`	`30.0`	`1.0`	`0.515`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`49`		[CA]B:1416	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`7`	`17872`	`28.1`	`-6.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.122`
	`50`		[CA]A:416	`1`	`1`	`85`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`6`	`17692`	`27.0`	`-6.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.122`
	*Average:*													`27.5`	`-6.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.122`
43	`51`		[CA]B:1416	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`578`	`27.7`	`-6.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.121`
	`52`		[CA]A:416	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`579`	`27.1`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.121`
	*Average:*													`27.4`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.121`
44	`53`		[DOC]H:1814	`3`	`1`	`404`	`◊`	J	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`4064`	`27.4`	`0.9`	`0.468`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`54`		[CA]A:415	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`579`	`24.6`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
	`55`		[CA]B:1415	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`578`	`24.4`	`-4.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
	*Average:*													`24.5`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
46	`56`		[CA]A:417	`1`	`1`	`85`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`2884`	`17.4`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.060`
47	`57`		[CA]B:1417	`1`	`1`	`85`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`2871`	`15.4`	`-3.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
48	`58`		[MG1]E:906	`1`	`1`	`513`	`◊`	[EPE]D:1	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`403`	`13.1`	`0.3`	`0.043`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`59`		[MG1]J:1906	`1`	`1`	`515`	`◊`	[EPE]H:1001	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`404`	`12.7`	`0.3`	`0.046`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`60`		[EPE]H:1001	`1`	`1`	`404`	`f`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`578`	`9.7`	`0.1`	`0.293`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`61`		[CA]A:416	`1`	`1`	`85`	`f`	[CA]A:415	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`85`	`8.5`	`-2.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.049`
52	`62`		[CA]B:1416	`1`	`1`	`85`	`f`	[CA]B:1415	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`85`	`8.2`	`-2.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.050`
53	`63`		[EPE]D:1	`1`	`1`	`403`	`f`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`579`	`6.7`	`0.0`	`0.280`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`64`		B	`1`	`1`	`17872`	`◊`	J	x-1,y,z	`1_455`	`2`	`1`	`4064`	`1.9`	`0.1`	`0.571`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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Bringing Structure to Biology

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