spacer
spacer

PDBsum entry 8hlv

Go to PDB code: 
Top Page protein ligands Protein-protein interface(s) pores links
Pore analysis for: 8hlv calculated with MOLE 2.0 PDB id
8hlv
Pores calculated on whole structure Pores calculated excluding ligands

View options
MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:
without HETATM:
 
0 pores, coloured by radius 25 pores, coloured by radius 25 pores, coloured as in
list below
Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown.
Pores
Free R
Length
HPathy
HPhob
Polar
Rel Mut
Residue..type
Ligands
Radius
1 2.02 3.14 28.9 -0.65 -0.13 13.2 69 1 3 1 4 3 2 1  0IE 303 A CHL 305 A LHG 319 A CLA 307 C CHL 313 C
2 4.93 5.53 30.6 0.11 0.66 4.7 51 1 0 1 2 10 0 1  0IE 302 B NEX 304 B CLA 307 B CLA 308 B CHL 310 B
CHL 311 B CHL 313 B 0IE 303 C CHL 305 C CHL 306 C
CLA 317 C LHG 319 C
3 3.75 4.70 39.6 2.22 1.06 1.5 61 1 0 1 3 11 0 0  0IE 302 A CHL 306 A CLA 307 A CLA 308 A CHL 310 A
CHL 311 A CHL 313 A 0IE 303 B CHL 305 B CHL 306 B
CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B LHG 319 B CHL 306 C
CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C
4 4.07 5.29 41.6 1.76 1.09 4.3 62 1 0 1 6 12 0 0  CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A CHL 313 A CHL 306 B
CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C
CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C
CLA 317 C LHG 319 C
5 3.75 4.70 42.8 2.03 1.10 3.0 64 1 0 1 7 11 0 0  CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A CHL 313 A 0IE 302 B
0IE 303 B CHL 305 B CHL 306 B CLA 307 B CHL 311 B
CHL 313 B CLA 317 B LHG 319 B CHL 306 C CLA 307 C
CHL 311 C CHL 313 C
6 3.75 4.70 43.2 1.74 1.00 4.5 65 1 0 1 6 11 0 0  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A CLA 317 A LHG 319 A CHL 306 B
CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B CHL 306 C CLA 307 C
CHL 311 C CHL 313 C
7 4.05 5.22 45.6 1.35 0.95 2.5 57 1 0 1 2 13 0 1  CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A CHL 313 A 0IE 302 B
NEX 304 B CHL 306 B CLA 307 B CLA 308 B CHL 310 B
CHL 311 B CHL 313 B 0IE 303 C CHL 305 C CHL 306 C
CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C LHG 319 C
8 1.33 1.33 49.9 0.03 0.19 3.5 66 2 1 2 5 5 1 1  0IE 302 C NEX 304 C CLA 308 C CHL 310 C CHL 311 C
CHL 312 C CLA 314 C
9 5.27 6.57 49.8 1.68 1.06 5.9 58 2 0 2 6 11 0 0  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CLA 308 A CHL 310 A CHL 311 A CHL 313 A CLA 317 A
LHG 319 A 0IE 302 B 0IE 303 B CHL 305 B CHL 306 B
CLA 307 B CHL 313 B LHG 319 B 0IE 302 C CHL 306 C
CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C
10 1.33 1.33 50.1 -0.14 0.21 4.0 57 1 1 2 3 12 1 1  0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 317 A LHG 319 A
0IE 302 C NEX 304 C CLA 307 C CLA 308 C CHL 310 C
CHL 311 C CHL 313 C
11 5.28 6.56 50.3 1.62 1.04 5.4 58 2 0 2 6 11 0 0  0IE 302 A CHL 306 A CLA 307 A CLA 308 A CHL 310 A
CHL 311 A CHL 313 A 0IE 302 B 0IE 303 B CHL 305 B
CHL 306 B CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B LHG 319 B
0IE 302 C 0IE 303 C CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C
CHL 311 C CHL 313 C CLA 317 C LHG 319 C
12 5.39 6.35 50.4 1.72 1.03 5.5 64 2 0 2 8 8 0 0  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A CLA 317 A LHG 319 A 0IE 302 B
0IE 303 B CHL 305 B CHL 306 B CLA 307 B CHL 313 B
CLA 317 B LHG 319 B 0IE 302 C CHL 306 C CLA 307 C
CHL 311 C CHL 313 C
13 5.34 5.50 51.3 1.46 1.01 6.0 62 2 0 2 8 9 0 0  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 313 A CLA 317 A LHG 319 A 0IE 302 B CHL 306 B
CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C
CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C
CLA 317 C LHG 319 C
14 5.34 5.45 51.3 1.66 1.05 5.0 62 2 0 2 9 9 0 0  0IE 302 A CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A CHL 313 A
0IE 302 B 0IE 303 B CHL 305 B CHL 306 B CLA 307 B
CHL 311 B CHL 313 B CLA 317 B LHG 319 B 0IE 302 C
0IE 303 C CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C CHL 313 C
CLA 317 C LHG 319 C
15 2.69 4.95 51.8 0.26 0.79 5.8 59 3 0 1 4 10 0 1  0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 317 A LHG 319 A
0UR 301 C 0IE 302 C NEX 304 C CLA 307 C CLA 308 C
CHL 310 C CHL 311 C CHL 312 C CHL 313 C CLA 314 C
16 2.05 2.80 55.2 1.00 0.80 9.4 65 3 2 2 9 8 0 1  0IE 302 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A
CHL 313 A 0IE 302 B CHL 306 B CLA 307 B CHL 311 B
CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C CHL 305 C CHL 306 C
CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C CLA 317 C LHG 319 C
17 4.93 5.52 57.1 1.01 0.88 5.9 57 2 0 2 5 12 0 1  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A CLA 317 A LHG 319 A 0IE 302 B
NEX 304 B CHL 306 B CLA 307 B CLA 308 B CHL 310 B
CHL 311 B CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C CHL 305 C
CHL 306 C CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C LHG 319 C
18 4.94 5.55 57.0 1.14 0.91 5.2 57 2 0 2 6 12 0 1  0IE 302 A CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A CHL 313 A
0IE 302 B 0IE 303 B NEX 304 B CHL 305 B CHL 306 B
CLA 307 B CLA 308 B CHL 310 B CHL 311 B CHL 313 B
CLA 317 B LHG 319 B 0IE 302 C 0IE 303 C CHL 305 C
CHL 306 C CLA 307 C CHL 313 C LHG 319 C
19 2.05 2.78 61.0 0.67 0.70 8.9 60 3 2 2 6 11 0 2  0IE 302 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A CHL 313 A
0IE 302 B NEX 304 B CHL 306 B CLA 307 B CLA 308 B
CHL 310 B CHL 311 B CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C
CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C CHL 311 C CHL 313 C
LHG 319 C
20 1.33 1.33 66.7 0.69 0.44 2.8 60 1 1 2 4 14 1 1  0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A
CHL 313 A LHG 319 A CHL 306 B CLA 307 B CHL 311 B
CHL 313 B 0IE 302 C NEX 304 C CHL 306 C CLA 307 C
CLA 308 C CHL 310 C CHL 311 C CHL 313 C
21 2.68 4.95 70.6 1.34 0.95 3.0 62 3 0 1 5 13 0 1  0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A CHL 311 A
CHL 313 A LHG 319 A CHL 306 B CLA 307 B CHL 311 B
CHL 313 B 0UR 301 C 0IE 302 C NEX 304 C CHL 306 C
CLA 307 C CLA 308 C CHL 310 C CHL 311 C CHL 312 C
CHL 313 C CLA 314 C
22 1.37 1.37 74.0 0.84 0.59 4.3 59 2 0 3 8 14 1 1  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A LHG 319 A 0IE 302 B CHL 306 B
CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C
NEX 304 C CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C CLA 308 C
CHL 310 C CHL 311 C CHL 313 C CLA 317 C LHG 319 C
23 1.33 1.34 77.9 0.88 0.58 4.1 59 2 1 3 8 14 1 1  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A LHG 319 A 0IE 302 B 0IE 303 B
CHL 305 B CHL 306 B CLA 307 B CHL 313 B CLA 317 B
LHG 319 B 0IE 302 C NEX 304 C CHL 306 C CLA 307 C
CLA 308 C CHL 310 C CHL 311 C CHL 313 C
24 2.72 4.95 79.7 1.18 0.92 5.4 61 4 0 2 9 13 0 1  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A LHG 319 A 0IE 302 B CHL 306 B
CLA 307 B CHL 311 B CHL 313 B 0IE 302 C 0IE 303 C
NEX 304 C CHL 305 C CHL 306 C CLA 307 C CLA 308 C
CHL 310 C CHL 311 C CHL 312 C CHL 313 C CLA 314 C
CLA 317 C LHG 319 C
25 2.69 4.95 81.8 1.39 0.97 4.9 61 4 0 2 9 13 0 1  0IE 302 A 0IE 303 A CHL 305 A CHL 306 A CLA 307 A
CHL 311 A CHL 313 A LHG 319 A 0IE 302 B 0IE 303 B
CHL 305 B CHL 306 B CLA 307 B CHL 313 B CLA 317 B
LHG 319 B 0UR 301 C 0IE 302 C NEX 304 C CHL 306 C
CLA 307 C CLA 308 C CHL 310 C CHL 311 C CHL 312 C
CHL 313 C CLA 314 C

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C

Acknowledgement
Pores were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.
spacer
spacer