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PDBsum entry 7wlm

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Top Page protein ligands Protein-protein interface(s) pores links
Pore analysis for: 7wlm calculated with MOLE 2.0 PDB id
7wlm
Pores calculated on whole structure Pores calculated excluding ligands

View options
MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:
without HETATM:
 
1 pore, coloured by radius 18 pores, coloured by radius 18 pores, coloured as in
list below
Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown.
Pores
Free R
Length
HPathy
HPhob
Polar
Rel Mut
Residue..type
Ligands
Radius
1 1.41 1.69 30.1 -0.84 -0.47 11.8 76 0 2 2 1 2 1 0  CLA 604 C
2 1.41 1.66 39.6 -1.02 -0.36 9.0 79 0 2 2 2 2 2 0  CLA 604 B NEX 614 B
3 1.79 1.94 44.3 0.51 0.45 6.1 67 2 1 0 5 3 2 0  CLA 604 B CHL 606 B CHL 608 B CHL 610 B NEX 614 B
0IE 616 B
4 1.41 1.68 47.2 -0.16 0.11 4.7 71 1 1 2 5 4 1 1  CLA 604 A CHL 606 A CHL 607 A CHL 608 A CHL 610 A
NEX 614 A 0IE 616 A
5 1.45 1.73 47.7 0.23 0.34 1.8 62 0 0 3 6 6 1 1  CLA 603 A CLA 604 A CHL 606 A CHL 607 A CHL 609 A
NEX 614 A 0IE 616 A CHL 601 B CLA 613 B
6 1.45 1.73 48.7 0.21 0.34 1.9 66 0 0 4 5 8 1 1  CLA 603 A CLA 604 A CHL 606 A CHL 607 A CHL 609 A
NEX 614 A 0IE 616 A CHL 601 B CLA 613 B LHG 617 B
7 1.38 2.08 51.8 1.37 0.55 8.1 68 2 4 2 8 6 0 0  CHL 602 A CLA 603 A CHL 609 A 0IE 616 A CHL 602 B
CLA 603 B CHL 609 B 0IE 616 B CHL 602 C CLA 603 C
CHL 609 C 0IE 616 C
8 1.39 1.65 57.4 0.29 0.43 1.9 65 0 0 4 6 8 1 1  CLA 603 B CLA 604 B CHL 606 B CHL 607 B CHL 609 B
NEX 614 B 0IE 616 B CHL 601 C CLA 613 C LHG 617 C
9 1.38 2.08 59.6 0.05 0.19 12.1 75 3 5 4 6 6 1 0  CLA 603 A CHL 607 A CHL 609 A CHL 601 B CHL 602 B
CLA 603 B CLA 613 B 0IE 616 B LHG 617 B
10 1.38 2.08 60.2 0.25 0.25 12.8 73 2 5 4 7 6 0 0  CLA 603 A CHL 602 B CLA 603 B CHL 607 B CHL 609 B
0IE 616 B CHL 601 C CHL 602 C CLA 603 C CLA 613 C
0IE 616 C LHG 617 C
11 4.59 7.13 60.6 2.43 1.00 0.7 69 0 0 6 9 9 0 0  CHL 601 A CHL 602 A CLA 603 A CHL 609 A CLA 613 A
LHG 617 A CHL 602 B CLA 603 B CHL 606 B CHL 607 B
CHL 609 B 0IE 616 B CHL 601 C CHL 602 C CLA 603 C
CHL 606 C CHL 607 C CHL 609 C CLA 613 C 0IE 616 C
LHG 617 C
12 4.56 7.14 60.8 2.45 1.00 0.7 69 0 0 6 9 9 0 0  CHL 601 A CHL 602 A CLA 603 A CHL 606 A CHL 607 A
CHL 609 A CLA 613 A 0IE 616 A LHG 617 A CHL 601 B
CHL 602 B CLA 603 B CHL 609 B CLA 613 B LHG 617 B
CHL 602 C CLA 603 C CHL 606 C CHL 607 C CHL 609 C
0IE 616 C
13 4.57 7.15 64.3 2.52 1.02 0.6 69 0 0 6 9 9 0 0  CHL 602 A CLA 603 A CHL 606 A CHL 607 A CHL 609 A
0IE 616 A CHL 601 B CHL 602 B CLA 603 B CHL 606 B
CHL 607 B CHL 609 B CLA 613 B 0IE 616 B LHG 617 B
CHL 601 C CHL 602 C CLA 603 C CHL 609 C CLA 613 C
LHG 617 C
14 1.40 1.70 65.5 -0.28 -0.13 6.7 74 0 2 5 5 6 1 0  CHL 601 A CLA 613 A LHG 617 A CLA 603 C CLA 604 C
CHL 606 C CHL 607 C CHL 609 C NEX 614 C 0IE 616 C
15 1.45 1.78 77.3 1.26 0.62 1.3 70 0 0 6 11 10 1 0  CHL 601 A CHL 602 A CLA 603 A CHL 609 A CLA 613 A
CHL 602 B CLA 603 B CHL 606 B CHL 607 B CHL 609 B
0IE 616 B CHL 601 C CHL 602 C CLA 603 C CLA 604 C
CHL 606 C CHL 607 C CHL 609 C CLA 613 C NEX 614 C
0IE 616 C LHG 617 C
16 3.18 5.21 81.0 1.43 0.87 1.6 65 1 0 5 10 10 0 1  CHL 601 A CHL 602 A CLA 603 A CLA 604 A CHL 606 A
CHL 607 A CHL 608 A CHL 609 A CHL 610 A CLA 613 A
NEX 614 A 0IE 616 A LHG 617 A CHL 601 B CHL 602 B
CLA 603 B CHL 609 B CLA 613 B CHL 602 C CLA 603 C
CHL 606 C CHL 607 C CHL 609 C 0IE 616 C
17 1.39 2.08 84.2 -0.15 0.29 11.1 71 4 4 3 7 8 1 1  CLA 603 A CLA 604 A CHL 606 A CHL 607 A CHL 608 A
CHL 609 A CHL 610 A NEX 614 A 0IE 616 A CHL 601 B
CHL 602 B CLA 603 B CLA 613 B 0IE 616 B LHG 617 B
18 3.18 5.21 84.4 1.62 0.91 1.5 65 1 0 5 10 10 0 1  CHL 602 A CLA 603 A CLA 604 A CHL 606 A CHL 607 A
CHL 608 A CHL 609 A CHL 610 A NEX 614 A 0IE 616 A
CHL 601 B CHL 602 B CLA 603 B CHL 606 B CHL 607 B
CHL 609 B CLA 613 B 0IE 616 B CHL 601 C CHL 602 C
CLA 603 C CHL 609 C CLA 613 C LHG 617 C

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C

Acknowledgement
Pores were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.
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