 |
PDBsum entry 7ode
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Tunnel analysis for: 7ode calculated with  MOLE 2.0
|
PDB id
|
|
|
|
7ode
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Tunnels calculated on whole structure |
|
Tunnels calculated excluding ligands
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
|
|
|
|
|
21 tunnels,
coloured by tunnel radius |
|
21 tunnels,
coloured by
tunnel radius
|
21 tunnels,
coloured as in
list below
|
|
|
|
|
|
Tunnels are interior spaces connected with the protein surrounding. Only channels longer than 15 Å are shown. |
|
|
|
|
|
|
|
Free R
|
|
|
|
|
|
|
Length
|
|
|
|
|
|
|
HPathy
|
|
|
|
|
|
|
HPhob
|
|
|
|
|
|
|
Polar
|
|
|
|
|
|
|
Rel Mut
|
|
|
|
|
|
|
Residue..type
|
|
|
|
|
|
|
Ligands
|
|
|
|
|
|
|
 |
Radius |
 |
1 |
 |
1.46 |
1.46 |
54.7 |
-0.84 |
-0.55 |
12.3 |
81 |
|
4 |
0 |
1 |
1 |
1 |
0 |
0 |
|
A 529 I U 1130 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I U
2022 I C 2023 I G 2024 I U 2041 I A 2042 I C 2044
I C 2045 I C 2616 I U 2617 I G 2618 I C 2619 I
|
 |
|
2 |
 |
1.50 |
1.50 |
58.2 |
-0.64 |
-0.77 |
5.8 |
82 |
2 |
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
C 1656 I U 1657 I A 2005 I A 2019 I A 2020 I C
2021 I U 2022 I G 2046 I C 2047 I G 2048 I G 2049
I C 2050 I A 2051 I C 2611 I C 2612 I U 2613 I A
2614 I U 2615 I C 2616 I U 2617 I C 2619 I
|
|
3 |
 |
1.44 |
1.46 |
58.4 |
-0.97 |
-0.74 |
10.4 |
83 |
4 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
A 529 I U 1130 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I U
2022 I C 2023 I G 2024 I A 2033 I U 2034 I U 2041
I A 2042 I C 2044 I C 2045 I G 2053 I A 2054 I C
2616 I U 2617 I G 2618 I C 2619 I
|
|
4 |
 |
1.46 |
1.46 |
58.6 |
-0.96 |
-0.64 |
10.2 |
72 |
5 |
0 |
1 |
0 |
2 |
1 |
0 |
A 2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I A 2042 I C
2043 I C 2045 I G 2046 I C 2047 I C 2616 I U 2617
I G 2618 I C 2619 I C 2620 I G 2621 I U 2622 I G
2641 I G 2642 I G 2643 I G 2644 I G 2645 I C 2774
I A 2778 I
|
|
5 |
 |
1.52 |
1.52 |
78.8 |
-0.98 |
-0.76 |
10.4 |
82 |
4 |
1 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
G 17 I G 524 I U 525 I A 528 I G 533 I U 534 I G
535 I C 544 I G 551 I U 552 I G 553 I U 554 I G
555 I A 556 I G 1220 I C 1221 I A 2019 I A 2020 I
C 2021 I U 2022 I C 2044 I C 2045 I C 2616 I U
2617 I
|
|
6 |
 |
1.42 |
1.43 |
80.9 |
-0.63 |
-0.77 |
5.8 |
80 |
3 |
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
U 4 I A 5 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I A
2042 I C 2043 I C 2045 I G 2046 I C 2047 I C 2616
I U 2617 I G 2618 I C 2619 I C 2620 I U 2622 I G
2623 I G 2624 I G 2627 I C 2628 I U 2629 I G 2630
I G 2631 I A 2632 I G 2633 I A 2634 I A 2635 I G
2775 I A 2776 I G 2777 I A 2778 I G 2782 I U 2783
I U 2784 I C 2785 I U 2786 I C 2787 I C 2827 I
|
|
7 |
 |
1.51 |
1.51 |
81.3 |
-0.68 |
-0.77 |
6.3 |
88 |
2 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
G 17 I G 524 I U 525 I A 528 I G 533 I U 534 I G
535 I G 536 I G 537 I A 538 I G 539 I C 540 I G
548 I G 549 I C 550 I G 551 I U 552 I G 553 I U
554 I G 555 I A 556 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I
U 2022 I C 2044 I C 2045 I C 2616 I U 2617 I
|
|
8 |
 |
1.42 |
1.42 |
82.6 |
-0.91 |
-0.63 |
11.5 |
80 |
6 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
0 |
G 1022 I U 1023 I U 1132 I A 1133 I G 1138 I A
2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I G 2040 I U 2041
I A 2042 I C 2043 I C 2045 I G 2046 I C 2047 I C
2616 I U 2617 I G 2618 I C 2619 I C 2620 I U 2622
I G 2640 I G 2641 I A 2778 I
|
|
9 |
 |
1.43 |
1.43 |
84.7 |
-1.24 |
-0.72 |
14.0 |
86 |
5 |
2 |
1 |
1 |
0 |
0 |
0 |
G 17 I G 524 I U 525 I A 528 I G 533 I U 534 I G
535 I G 536 I G 549 I C 550 I G 551 I U 552 I G
553 I U 554 I G 555 I A 556 I A 2019 I A 2020 I C
2021 I U 2022 I C 2044 I C 2045 I C 2616 I U 2617
I
|
|
10 |
 |
1.48 |
1.48 |
84.8 |
-0.66 |
-0.78 |
6.1 |
88 |
2 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
U 525 I A 528 I A 529 I G 530 I C 557 I U 558 I G
559 I C 560 I G 561 I A 979 I A 980 I G 1003 I U
1004 I A 1008 I G 1025 I C 1135 I G 1136 I C 1145
I A 2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I G 2038 I C
2044 I C 2045 I C 2616 I U 2617 I
|
|
11 |
 |
1.51 |
1.51 |
85.7 |
-0.77 |
-0.76 |
7.3 |
84 |
4 |
0 |
2 |
0 |
0 |
1 |
0 |
A 2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I A 2042 I C
2043 I C 2045 I G 2046 I C 2047 I C 2616 I U 2617
I G 2618 I C 2619 I C 2620 I U 2622 I G 2623 I G
2624 I G 2627 I G 2633 I A 2634 I G 2775 I A 2776
I G 2777 I A 2778 I A 2810 I G 2811 I G 2812 I A
2813 I A 2814 I C 2827 I G 2828 I A 2829 I U 2833
I A 2886 I
|
|
12 |
|
1.42 |
1.42 |
88.0 |
-0.92 |
-0.75 |
9.0 |
81 |
5 |
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
A 2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I A 2042 I C
2043 I C 2045 I G 2046 I C 2047 I C 2616 I U 2617
I G 2618 I C 2619 I C 2620 I U 2622 I G 2623 I G
2624 I A 2634 I A 2635 I C 2636 I U 2637 I G 2638
I U 2769 I G 2770 I C 2771 I C 2772 I C 2773 I C
2774 I G 2775 I A 2776 I G 2777 I A 2778 I C 2827
I
|
|
13 |
|
1.47 |
1.47 |
91.9 |
-0.83 |
-0.74 |
8.7 |
82 |
4 |
2 |
2 |
1 |
1 |
1 |
0 |
A 2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I A 2042 I C
2043 I C 2045 I G 2046 I C 2047 I C 2616 I U 2617
I G 2618 I C 2619 I C 2620 I U 2622 I G 2623 I G
2624 I A 2634 I A 2635 I C 2774 I G 2775 I A 2776
I G 2777 I A 2778 I A 2820 I C 2827 I G 2828 I A
2829 I A 2835 I U 2836 I G 2877 I
|
|
14 |
|
1.42 |
1.42 |
94.0 |
-0.58 |
-0.78 |
5.2 |
80 |
3 |
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
C 11 I U 12 I A 522 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I
U 2022 I A 2042 I C 2043 I C 2045 I G 2046 I C
2047 I C 2616 I U 2617 I G 2618 I C 2619 I C 2620
I U 2622 I G 2623 I G 2624 I G 2625 I C 2626 I G
2627 I A 2632 I G 2633 I G 2775 I A 2776 I G 2777
I A 2778 I G 2802 I G 2803 I G 2812 I C 2827 I C
2889 I G 2890 I U 2891 I
|
|
15 |
|
1.42 |
1.42 |
98.2 |
-0.60 |
-0.78 |
5.6 |
88 |
2 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
U 525 I A 528 I A 529 I G 530 I C 557 I U 558 I G
559 I C 560 I G 561 I G 570 I U 571 I A 572 I A
975 I G 976 I G 977 I G 978 I A 979 I A 981 I C
982 I A 983 I A 984 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I
U 2022 I G 2029 I A 2037 I G 2038 I C 2044 I C
2045 I C 2616 I U 2617 I
|
|
16 |
|
1.43 |
1.43 |
101.4 |
-0.59 |
-0.78 |
5.5 |
88 |
2 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
U 525 I A 528 I A 529 I G 530 I C 557 I U 558 I G
559 I C 560 I G 561 I C 968 I G 969 I U 970 I A
975 I G 976 I G 977 I G 978 I A 979 I A 981 I C
982 I A 984 I C 985 I C 986 I C 987 I A 988 I A
2019 I A 2020 I C 2021 I U 2022 I A 2037 I G 2038
I C 2044 I C 2045 I C 2616 I U 2617 I
|
|
17 |
|
1.44 |
1.44 |
101.3 |
-0.83 |
-0.75 |
8.3 |
79 |
6 |
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
A 13 I A 14 I U 521 I A 2019 I A 2020 I C 2021 I
U 2022 I A 2042 I C 2043 I C 2045 I G 2046 I C
2047 I C 2616 I U 2617 I G 2618 I C 2619 I C 2620
I U 2622 I G 2623 I G 2624 I G 2625 I C 2626 I G
2627 I A 2632 I G 2633 I G 2775 I A 2776 I G 2777
I A 2778 I G 2803 I U 2804 I G 2812 I C 2827 I C
2889 I G 2890 I
|
|
18 |
|
1.46 |
1.46 |
113.4 |
-0.90 |
-0.77 |
8.2 |
84 |
5 |
0 |
2 |
0 |
0 |
0 |
0 |
U 525 I A 528 I A 529 I G 530 I C 557 I U 558 I G
559 I C 560 I G 561 I G 978 I G 989 I C 991 I C
992 I C 994 I A 996 I G 997 I A 1008 I A 1009 I G
1154 I A 1155 I A 1156 I G 1157 I C 1158 I U 1159
I G 1160 I U 1184 I G 1185 I A 2019 I A 2020 I C
2021 I U 2022 I G 2038 I C 2044 I C 2045 I C 2616
I U 2617 I
|
|
19 |
|
2.37 |
2.37 |
19.7 |
-0.40 |
-0.80 |
3.4 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
A 222 I U 224 I C 225 I A 231 I G 232 I A 233 I G
258 I G 259 I G 260 I G 261 I G 263 I C 264 I
|
|
20 |
|
2.36 |
2.36 |
29.8 |
-0.40 |
-0.80 |
3.4 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
A 222 I U 224 I C 225 I A 231 I A 233 I U 234 I U
235 I C 236 I C 237 I A 255 I A 256 I C 257 I G
258 I
|
 |
21 |
|
3.06 |
3.06 |
15.6 |
-0.40 |
-0.80 |
3.4 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
G 376 I G 377 I C 378 I A 391 I U 392 I C 393 I C
394 I U 395 I
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
|
|
 |
Residue-type_colouring |
 |
|
|
|
Positive
|
Negative
|
Neutral
|
Aliphatic
|
Aromatic
|
Pro & Gly
|
Cysteine
|
|
H,K,R
|
D,E
|
S,T,N,Q
|
A,V,L,I,M
|
F,Y,W
|
P,G
|
C
|
|
|
|
MOLE 2.0 program