PDBsum entry 6pcs

Pore analysis for: 6pcs calculated with

MOLE 2.0

PDB id

6pcs

Pores calculated on whole structure

Pores calculated excluding ligands

View options

MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:

without HETATM:

30 pores, coloured by radius

30 pores, coloured as in
list below

Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown.

Pores

Free R

Length

HPathy

HPhob

Polar

Rel Mut

Residue..type

Ligands

Radius

2.85

41.7

-0.40

-0.80

3.4

G 375 I G 376 I G 377 I C 378 I G 388 I G 389 I G
400 I A 401 I A 402 I G 406 I G 407 I U 416 I G
1857 I G 1860 I G 1861 I G 1862 I G 1878 I C 1879
I U 1880 I C 1881 I U 1882 I U 1883 I G 1884 I G
2397 I U 2398 I G 2399 I G 2413 I

2.61

44.1

-0.40

-0.80

3.4

U 34 I C 61 I U 62 I A 63 I G 86 I U 87 I G 88 I
A 89 I U 90 I A 91 I U 92 I G 93 I A 94 I G 476 I
A 478 I A 479 I

3.62

53.2

-0.40

-0.80

3.4

A 1304 I G 1388 I U 1440 I G 1441 I U 1442 I U
1443 I G 1459 I U 1460 I C 1463 I G 1464 I G 1465
I U 1466 I U 1467 I C 1625 I U 1629 I A 1630 I A
1640 I A 1641 I U 1709 I G 1710 I G 1715 I C 2699
I A 2700 I C 2704 I A 2860 I

2.11

67.6

-0.64

-0.78

6.2

C 32 I C 33 I U 34 I G 35 I G 325 I G 326 I G 327
I U 328 I A 439 I C 440 I U 441 I G 442 I G 446 I
A 478 I A 479 I C 1167 I G 1177 I A 1194 I G 1195
I C 1196 I G 1197 I U 1198 I U 1199 I C 1200 I U
1201 I G 1239 I U 1240 I A 1241 I U 1242 I A 1244
I G 1245 I

2.78

78.7

-0.40

-0.80

3.4

C 57 I A 125 I A 127 I C 128 I A 460 I C 461 I A
1304 I C 1305 I C 1306 I A 1307 I A 1308 I G 1311
I U 1312 I C 1345 I G 1346 I A 1347 I U 1379 I G
1380 I A 1387 I G 1388 I U 1396 I C 1600 I G 1601
I C 1611 I A 1616 I G 1623 I U 1624 I C 1625 I A
1641 I

4.19

81.5

-0.40

-0.80

3.4

U 34 I G 35 I G 36 I G 54 I C 57 I C 66 I U 67 I
A 89 I U 90 I A 126 I A 127 I A 181 I G 327 I C
435 I C 436 I U 437 I A 453 I C 455 I C 456 I G
458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G 465 I A
466 I G 467 I G 476 I A 478 I A 479 I G 1311 I U
1312 I C 1611 I A 1616 I

2.65

108.8

-0.40

-0.80

3.4

U 744 I 1MG 745 I PSU 746 I 5MU 747 I G 748 I A
749 I U 755 I A 756 I A 1269 I A 1272 I U 1273 I
A 1274 I A 1275 I G 1456 I G 1459 I U 1460 I 6MZ
1618 I G 1659 I U 1709 I G 1710 I C 2001 I G 2002
I A 2003 I G 2004 I A 2014 I A 2015 I A 2058 I C
2611 I C 2612 I U 2613 I U 2690 I G 2693 I G 2694
I U 2695 I U 2696 I G 2697 I U 2698 I C 2704 I A
2705 I A 2706 I U 2707 I G 2708 I G 2709 I C 2710
I C 2712 I U 2713 I G 2714 I A 2860 I

2.60

117.1

-0.40

-0.80

3.4

G 54 I C 57 I C 61 I U 62 I A 63 I U 67 I G 68 I
C 69 I G 86 I U 87 I G 88 I A 89 I A 91 I U 92 I
G 93 I A 94 I C 105 I C 106 I G 107 I A 126 I A
127 I A 181 I C 435 I C 436 I U 437 I A 453 I G
458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G 465 I A
466 I G 467 I G 1311 I U 1312 I C 1611 I A 1616 I

2.40

129.2

-0.67

-0.77

6.6

G 189 I A 190 I U 200 I G 375 I G 376 I G 377 I C
378 I G 379 I G 380 I G 381 I U 387 I G 388 I G
400 I A 401 I A 402 I G 406 I G 407 I U 416 I A
676 I A 677 I C 678 I C 679 I C 680 I G 681 I G
682 I PSU 746 I 5MU 747 I G 748 I A 751 I A 752 I
G 775 I G 776 I G 777 I U 790 I C 791 I A 794 I C
795 I C 796 I G 798 I A 1808 I A 1854 I G 1857 I
G 1878 I C 1879 I U 1880 I C 1881 I U 1882 I U
1883 I G 1884 I A 2058 I A 2059 I A 2062 I A 2080
I U 2081 I G 2234 I C 2442 I U 2609 I C 2611 I

3.23

135.6

-0.40

-0.80

3.4

C 57 I A 126 I A 127 I G 189 I A 190 I U 200 I G
375 I G 376 I G 377 I C 378 I G 379 I G 380 I G
381 I U 387 I G 388 I G 400 I A 401 I A 402 I G
406 I G 407 I U 416 I A 460 I C 461 I G 465 I A
466 I C 680 I G 681 I G 682 I U 683 I G 684 I U
773 I G 774 I G 775 I G 776 I G 777 I G 1310 I G
1311 I U 1312 I C 1357 I A 1367 I G 1369 I C 1611
I A 1616 I A 1808 I A 1854 I G 1857 I G 1878 I C
1879 I U 1880 I C 1881 I U 1882 I U 1883 I G 1884
I A 2080 I U 2081 I G 2234 I

2.70

139.1

-0.75

-0.76

8.6

G 375 I U 399 I G 400 I A 401 I A 402 I G 406 I G
407 I U 416 I C 1795 I U 1796 I U 1834 I 2MG 1835
I C 1836 I G 1845 I G 1846 I G 1857 I G 1878 I C
1879 I G 1896 I G 1897 I U 1898 I A 1899 I A 1900
I A 1919 I C 1920 I G 1921 I G 1930 I U 1931 I A
1932 I G 1933 I G 1935 I G 2087 I A 2088 I C 2089
I A 2090 I U 2092 I G 2093 I A 2094 I U 2189 I G
2190 I A 2191 I U 2192 I G 2193 I C 2226 I A 2227
I

2.16

143.2

-0.37

-0.63

5.2

U 243 I A 244 I G 245 I C 246 I G 247 I G 248 I C
249 I G 375 I G 376 I G 377 I C 378 I G 379 I G
388 I G 389 I G 400 I A 401 I A 402 I G 406 I G
407 I U 416 I U 594 I C 595 I U 596 I G 597 I U
598 I G 651 I A 654 I G 656 I G 841 I U 842 I G
843 I C 937 I G 938 I C 1167 I G 1177 I G 1193 I
A 1194 I A 1854 I G 1857 I G 1878 I C 1879 I U
1880 I C 1881 I U 1882 I U 1883 I G 1884 I A 2080
I G 2234 I C 2395 I G 2396 I G 2414 I A 2432 I

3.29

146.9

-0.40

-0.80

3.4

C 57 I A 126 I A 127 I G 189 I A 190 I U 200 I G
379 I G 380 I G 381 I U 387 I G 388 I G 389 I A
460 I C 461 I G 465 I A 466 I C 680 I G 681 I G
682 I U 683 I G 684 I U 773 I G 774 I G 775 I G
776 I G 777 I G 1310 I G 1311 I U 1312 I G 1334 I
C 1357 I A 1367 I G 1369 I C 1611 I A 1616 I A
1808 I G 1860 I G 1861 I G 1862 I U 1882 I U 1883
I A 2080 I U 2081 I G 2234 I C 2395 I G 2396 I G
2397 I U 2398 I G 2399 I G 2413 I A 2432 I

2.07

156.6

-0.40

-0.80

3.4

U 755 I A 756 I G 757 I A 1272 I A 1274 I C 1298
I A 1302 I G 1303 I A 1304 I C 1305 I C 1315 I G
1332 I A 1387 I G 1388 I U 1390 I U 1391 I A 1393
I U 1394 I A 1395 I U 1396 I C 1605 I C 1606 I A
1608 I A 1609 I A 1610 I G 1619 I C 1625 I A 1637
I A 1641 I G 1643 I C 1644 I C 1646 I C 1675 I A
1676 I A 1677 I A 1678 I A 1679 I U 1680 I G 1681
I C 1761 I C 1764 I U 1765 I G 1766 I G 1767 I C
1768 I U 1769 I G 1770 I G 1933 I C 1934 I G 1935
I G 1959 I A 1960 I C 1961 I G 1975 I U 1976 I A
1977 I A 1978 I U 1979 I G 1980 I A 1981 I U 1982
I C 2712 I

3.38

162.0

-0.40

-0.80

3.4

U 34 I G 35 I G 36 I G 54 I C 66 I U 67 I A 89 I
U 90 I A 118 I A 125 I A 126 I C 179 I G 180 I A
181 I G 189 I A 190 I U 200 I G 327 I G 375 I G
376 I G 377 I C 378 I G 379 I G 380 I G 381 I U
387 I G 388 I G 400 I A 401 I A 402 I G 406 I G
407 I C 435 I C 436 I U 437 I A 453 I C 455 I C
456 I G 458 I A 466 I G 467 I G 476 I A 478 I A
479 I C 680 I G 681 I G 682 I U 683 I G 684 I U
773 I G 774 I G 775 I G 776 I G 777 I C 1357 I A
1367 I G 1369 I A 1808 I A 1854 I G 1857 I G 1878
I C 1879 I U 1880 I C 1881 I U 1882 I U 1883 I G
1884 I A 2080 I U 2081 I G 2234 I

2.78

164.8

-0.40

-0.80

3.4

A 125 I A 126 I G 189 I A 190 I U 200 I G 379 I G
380 I G 381 I U 387 I G 388 I G 389 I C 680 I G
681 I G 682 I U 683 I G 684 I A 685 I U 686 I G
770 I G 771 I C 772 I U 773 I G 774 I G 775 I G
776 I G 777 I A 1304 I C 1305 I C 1306 I A 1307 I
A 1308 I C 1345 I G 1346 I A 1347 I G 1356 I C
1357 I A 1367 I G 1369 I U 1379 I G 1380 I A 1387
I G 1388 I U 1396 I G 1623 I U 1624 I C 1625 I A
1641 I A 1808 I G 1860 I G 1861 I G 1862 I U 1882
I U 1883 I A 2080 I U 2081 I G 2234 I C 2395 I G
2396 I G 2397 I U 2398 I G 2399 I G 2413 I A 2432
I

1.56

165.4

-0.40

-0.80

3.4

G 375 I U 399 I G 400 I A 401 I A 402 I G 406 I G
407 I G 1857 I G 1878 I C 1879 I A 2090 I G 2093
I A 2094 I A 2095 I C 2096 I A 2097 I U 2099 I G
2100 I A 2101 I G 2102 I U 2106 I G 2107 I G 2128
I A 2134 I A 2135 I G 2136 I U 2137 I G 2140 I A
2142 I U 2149 I C 2150 I U 2151 I G 2152 I G 2156
I G 2157 I C 2160 I A 2183 I A 2184 I U 2185 I G
2186 I U 2187 I U 2188 I U 2189 I G 2190 I

3.35

166.7

-0.40

-0.80

3.4

U 34 I G 35 I G 36 I G 54 I C 66 I U 67 I A 89 I
U 90 I A 118 I A 125 I A 126 I C 179 I G 180 I A
181 I G 189 I A 190 I U 200 I G 327 I G 379 I G
380 I G 381 I U 387 I G 388 I G 389 I C 435 I C
436 I U 437 I A 453 I C 455 I C 456 I G 458 I A
466 I G 467 I G 476 I A 478 I A 479 I C 680 I G
681 I G 682 I U 683 I G 684 I U 773 I G 774 I G
775 I G 776 I G 777 I C 1357 I A 1367 I G 1369 I
A 1808 I G 1860 I G 1861 I G 1862 I U 1882 I U
1883 I A 2080 I U 2081 I G 2234 I C 2395 I G 2396
I G 2397 I U 2398 I G 2399 I G 2413 I A 2432 I

3.01

170.2

-0.53

-0.70

6.3

G 54 I C 57 I A 126 I A 127 I A 181 I A 182 I C
183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U 243 I C
433 I G 458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G
465 I A 466 I G 467 I G 468 I A 590 I U 591 I A
592 I U 593 I U 594 I C 595 I U 596 I G 597 I U
598 I G 651 I A 654 I G 656 I A 666 I U 667 I A
668 I G 798 I G 799 I G 841 I U 842 I G 843 I C
937 I G 938 I C 1167 I G 1177 I G 1193 I A 1194 I
G 1311 I U 1312 I G 1334 I C 1611 I A 1616 I

2.18

190.4

-0.40

-0.80

3.4

C 57 I A 126 I A 127 I G 189 I A 190 I G 380 I G
381 I A 460 I C 461 I G 465 I A 466 I C 680 I G
681 I G 682 I U 683 I G 684 I U 773 I G 774 I G
775 I G 776 I G 777 I G 1310 I G 1311 I U 1312 I
G 1334 I C 1357 I A 1367 I G 1369 I C 1611 I A
1616 I A 1808 I G 1839 I G 1840 I U 1841 I G 1842
I G 1903 I G 1904 I C 1905 I G 1906 I G 1907 I A
1919 I G 1930 I U 1931 I A 1932 I G 1933 I G 1935
I U 1963 I G 1964 I A 1966 I U 2076 I C 2078 I U
2079 I A 2080 I U 2081 I G 2234 I G 2235 I U 2236
I G 2237 I C 2594 I G 2595 I U 2596 I

2.77

200.7

-0.58

-0.71

6.9

A 38 I G 54 I C 61 I U 62 I A 63 I U 67 I G 68 I
C 69 I G 86 I U 87 I G 88 I A 89 I A 91 I U 92 I
G 93 I A 94 I C 105 I C 106 I G 107 I A 181 I A
182 I C 183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U
243 I C 433 I U 434 I C 435 I C 436 I U 437 I G
452 I A 453 I G 458 I A 590 I U 591 I A 592 I U
593 I U 594 I C 595 I U 596 I G 597 I U 598 I G
651 I A 654 I G 656 I A 666 I U 667 I A 668 I G
841 I U 842 I G 843 I C 937 I G 938 I C 1167 I G
1177 I G 1193 I A 1194 I

2.28

207.2

-0.41

-0.66

5.8

U 34 I G 35 I G 36 I A 38 I G 54 I C 66 I U 67 I
A 89 I U 90 I A 181 I A 182 I C 183 I A 207 I C
237 I C 238 I G 242 I U 243 I G 327 I C 433 I U
434 I C 435 I C 436 I U 437 I G 452 I A 453 I C
455 I C 456 I G 458 I G 476 I A 478 I A 479 I A
590 I U 591 I A 592 I U 593 I U 594 I A 631 I G
649 I C 650 I G 651 I A 666 I U 667 I A 668 I G
2293 I G 2294 I U 2334 I A 2336 I C 2347 I U 2348
I G 2349 I C 2350 I G 2351 I G 2361 I C 2362 I G
2363 I C 2364 I G 2365 I A 2376 I A 2378 I C 2380
I A 2381 I G 2383 I U 2384 I C 2385 I A 2386 I C
2417 I A 2418 I U 2419 I C 8 J G 9 J

2.91

208.4

-0.52

-0.71

6.2

U 34 I G 35 I G 36 I A 38 I G 54 I C 66 I U 67 I
A 89 I U 90 I A 181 I A 182 I C 183 I A 207 I C
237 I C 238 I G 242 I U 243 I G 327 I C 433 I U
434 I C 435 I C 436 I U 437 I G 452 I A 453 I C
455 I C 456 I G 458 I G 476 I A 478 I A 479 I A
590 I U 591 I A 592 I U 593 I U 594 I C 650 I G
651 I A 666 I U 667 I A 668 I G 818 I A 819 I C
835 I G 836 I C 837 I C 838 I C 922 I A 933 I U
934 I C 935 I A 936 I C 937 I G 938 I C 968 I G
969 I U 970 I G 974 I G 989 I C 991 I C 1158 I U
1159 I G 1160 I C 1161 I G 1162 I G 1163 I U 1181
I G 1182 I U 1183 I U 1184 I G 1185 I A 2270 I G
2357 I C 2359 I G 2360 I

2.30

212.3

-0.37

-0.66

5.3

G 54 I C 57 I A 126 I A 127 I A 181 I A 182 I C
183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U 243 I C
433 I G 458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G
465 I A 466 I G 467 I G 468 I A 590 I U 591 I A
592 I U 593 I U 594 I A 631 I G 649 I C 650 I G
651 I A 666 I U 667 I A 668 I G 798 I G 799 I G
1311 I U 1312 I G 1334 I C 1611 I A 1616 I G 2293
I G 2294 I U 2334 I A 2336 I C 2347 I U 2348 I G
2349 I C 2350 I G 2351 I G 2361 I C 2362 I G 2363
I C 2364 I G 2365 I A 2376 I A 2378 I C 2380 I A
2381 I G 2383 I U 2384 I C 2385 I A 2386 I C 2417
I A 2418 I U 2419 I C 8 J G 9 J

2.48

213.5

-0.45

-0.70

5.2

G 54 I C 57 I A 126 I A 127 I A 181 I A 182 I C
183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U 243 I C
433 I G 458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G
465 I A 466 I G 467 I G 468 I A 590 I U 591 I A
592 I U 593 I U 594 I C 650 I G 651 I A 666 I U
667 I A 668 I G 798 I G 799 I G 818 I A 819 I C
835 I G 836 I C 837 I C 838 I C 922 I A 933 I U
934 I C 935 I A 936 I C 937 I G 938 I C 968 I G
969 I U 970 I G 974 I G 989 I C 991 I C 1158 I U
1159 I G 1160 I C 1161 I G 1162 I G 1163 I U 1181
I G 1182 I U 1183 I U 1184 I G 1185 I G 1311 I U
1312 I G 1334 I C 1611 I A 1616 I A 2270 I G 2357
I C 2359 I G 2360 I

2.98

240.6

-0.52

-0.72

6.0

U 34 I G 35 I G 36 I A 38 I G 54 I C 66 I U 67 I
A 89 I U 90 I A 181 I A 182 I C 183 I A 207 I C
237 I C 238 I G 242 I U 243 I G 327 I C 433 I U
434 I C 435 I C 436 I U 437 I G 452 I A 453 I C
455 I C 456 I G 458 I G 476 I A 478 I A 479 I A
590 I U 591 I A 592 I U 593 I U 594 I C 650 I G
651 I A 666 I U 667 I A 668 I C 835 I G 836 I C
837 I A 849 I U 850 I C 851 I A 920 I C 921 I C
922 I C 935 I A 936 I C 937 I G 938 I C 968 I G
969 I A 988 I A 1000 I A 1001 I G 1002 I G 1017 I
G 1037 I U 1119 I G 1120 I C 1146 I A 1147 I U
1148 I A 2270 I G 2357 I C 2359 I G 2360 I G 81 J
U 82 J G 83 J G 84 J G 85 J C 92 J C 93 J U 95 J

2.84

245.7

-0.47

-0.72

5.2

G 54 I C 57 I A 126 I A 127 I A 181 I A 182 I C
183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U 243 I C
433 I G 458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G
465 I A 466 I G 467 I G 468 I A 590 I U 591 I A
592 I U 593 I U 594 I C 650 I G 651 I A 666 I U
667 I A 668 I G 798 I G 799 I C 835 I G 836 I C
837 I A 849 I U 850 I C 851 I U 852 I A 920 I C
921 I C 922 I C 935 I A 936 I C 937 I G 938 I C
968 I G 969 I A 988 I A 1000 I A 1001 I G 1002 I
G 1017 I G 1037 I U 1119 I G 1120 I C 1146 I A
1147 I U 1148 I G 1311 I U 1312 I G 1334 I C 1611
I A 1616 I A 2270 I G 2357 I C 2359 I G 2360 I G
81 J U 82 J G 83 J G 84 J G 85 J C 92 J C 93 J U
95 J

3.06

250.3

-0.50

-0.72

5.8

U 34 I G 35 I G 36 I A 38 I G 54 I C 66 I U 67 I
A 89 I U 90 I A 181 I A 182 I C 183 I A 207 I C
237 I C 238 I G 242 I U 243 I G 327 I C 433 I U
434 I C 435 I C 436 I U 437 I G 452 I A 453 I C
455 I C 456 I G 458 I G 476 I A 478 I A 479 I A
590 I U 591 I A 592 I U 593 I U 594 I C 650 I G
651 I A 666 I U 667 I A 668 I G 857 I G 858 I G
859 I C 915 I C 922 I G 923 I A 936 I C 937 I G
938 I U 2262 I C 2263 I G 2269 I A 2270 I G 2271
I U 2296 I G 2316 I G 2319 I U 2320 I G 2330 I G
2331 I C 2332 I A 2333 I U 2334 I G 2355 I U 2356
I G 2357 I C 2359 I G 2360 I A 2386 I U 2387 I C
12 J G 16 J C 17 J C 31 J A 45 J A 46 J A 58 J A
59 J C 60 J

3.05

255.4

-0.46

-0.73

5.1

G 54 I C 57 I A 126 I A 127 I A 181 I A 182 I C
183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U 243 I C
433 I G 458 I U 459 I A 460 I C 461 I G 463 I G
465 I A 466 I G 467 I G 468 I A 590 I U 591 I A
592 I U 593 I U 594 I C 650 I G 651 I A 666 I U
667 I A 668 I G 798 I G 799 I G 857 I G 858 I G
859 I C 915 I C 922 I G 923 I A 936 I C 937 I G
938 I G 1311 I U 1312 I G 1334 I C 1611 I A 1616
I U 2262 I C 2263 I G 2269 I A 2270 I G 2271 I U
2296 I G 2316 I G 2319 I U 2320 I G 2330 I G 2331
I C 2332 I A 2333 I U 2334 I G 2355 I U 2356 I G
2357 I C 2359 I G 2360 I A 2386 I U 2387 I C 12 J
G 16 J C 17 J C 31 J A 45 J A 46 J A 58 J A 59 J
C 60 J

2.89

287.0

-0.48

-0.72

5.5

A 38 I G 54 I C 61 I U 62 I A 63 I U 67 I G 68 I
C 69 I G 86 I U 87 I G 88 I A 89 I A 91 I U 92 I
G 93 I A 94 I C 105 I C 106 I G 107 I A 181 I A
182 I C 183 I A 207 I C 237 I C 238 I G 242 I U
243 I C 433 I U 434 I C 435 I C 436 I U 437 I G
452 I A 453 I G 458 I A 590 I U 591 I A 592 I U
593 I U 594 I C 650 I G 651 I A 666 I U 667 I A
668 I G 857 I G 858 I G 859 I C 915 I C 922 I G
923 I A 936 I C 937 I G 938 I U 2262 I C 2263 I G
2269 I A 2270 I G 2271 I U 2320 I G 2330 I G 2331
I C 2332 I A 2333 I U 2334 I G 2355 I U 2356 I G
2357 I C 2359 I G 2360 I A 2386 I U 2387 I C 3 J
C 4 J U 5 J G 6 J G 7 J C 8 J G 9 J C 11 J C 12 J
G 16 J C 17 J G 61 J C 62 J C 63 J G 64 J C 110 J
U 111 J

Residue-type_colouring

Positive	Negative	Neutral	Aliphatic	Aromatic	Pro & Gly	Cysteine
H,K,R	D,E	S,T,N,Q	A,V,L,I,M	F,Y,W	P,G	C

Acknowledgement

Pores were calculated by

MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.