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PDBsum entry 6hts

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Top Page protein dna_rna ligands metals Protein-protein interface(s) pores links
Pore analysis for: 6hts calculated with MOLE 2.0 PDB id
6hts
Pores calculated on whole structure Pores calculated excluding ligands

View options
MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:
without HETATM:
 
30 pores, coloured by radius 25 pores, coloured by radius 25 pores, coloured as in
list below
Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown.
Pores
Free R
Length
HPathy
HPhob
Polar
Rel Mut
Residue..type
Ligands
Radius
1 2.87 2.94 28.2 -1.61 -0.45 24.5 80 2 0 0 1 0 0 0  DG -4 X DA -1 X DG 0 X DC 1 X DC -
4 Y DC 0 Y DT 1 Y
2 1.83 2.60 29.5 1.18 0.18 6.3 75 1 1 1 10 1 0 0  
3 1.51 1.67 43.4 -0.85 -0.33 14.4 79 5 0 0 2 0 1 0  DG -8 X DG -7 X DG -6 X DG -5 X DG -4 X DA -
3 X DG -1 Y DC 0 Y DC 7 Y DC 8 Y
4 3.43 3.64 61.0 -0.89 -0.74 8.7 94 4 0 5 1 0 0 0  DT -32 X DA -31 X DA -30 X DT -24 X DT -23 X DT -
16 X DA -15 X DC 60 X DC 61 X DC -56 Y DG -
55 Y DC 19 Y DG 20 Y DG 28 Y DT 34 Y DC 35 Y DC
36 Y
5 1.59 1.59 96.2 -1.50 -0.57 12.2 81 11 2 5 4 2 5 0  DA -79 X DG -69 X DA -68 X DT -67 X DG -
66 X DT 9 X DG 10 X DT -6 Y DA -5 Y DC -
4 Y DC 70 Y DT 71 Y DG 72 Y DT 73 Y DG 74 Y DC 75
Y
6 3.30 3.28 104.7 -1.23 -0.76 13.6 90 6 2 5 1 0 0 0  DG -45 X DG -44 X DG -35 X DA -34 X DG -33 X DT -
24 X DT -23 X DT -16 X DA -
15 X DC 40 X DC 41 X DC 60 X DC 61 X DC -56 Y DG -
55 Y DA -45 Y DA -
35 Y DC 19 Y DG 20 Y DG 28 Y DA 29 Y DA 39 Y DG
40 Y DT 41 Y
7 1.58 1.59 105.9 -0.48 -0.41 9.6 91 6 1 6 5 1 0 0  DG -45 X DG -44 X DA -41 X DC -40 X DA -31 X DA -
30 X DA -
35 Y DT 34 Y DC 35 Y DC 36 Y DC 37 Y DT 38 Y DA
39 Y DG 40 Y DT 41 Y
8 2.92 3.25 114.0 -1.32 -0.53 17.1 91 7 1 4 2 1 0 0  DC -52 X DG -51 X DG -45 X DG -44 X DA -
35 Y DT 41 Y DG 48 Y DC 49 Y DA 50 Y DC 56 Y DA
57 Y
9 2.42 2.42 118.9 -1.27 -0.60 14.5 84 10 2 6 4 1 3 0  DA -55 X DC -52 X DG -
51 X DT 9 X DG 10 X DC 11 X DC 19 X DA -15 Y DA -
14 Y DT -6 Y DA -5 Y DC -
4 Y DG 48 Y DC 49 Y DA 50 Y DC 56 Y DA 57 Y DT 60
Y DA 61 Y
10 1.62 3.06 130.9 -1.47 -0.40 18.7 82 11 3 6 6 1 1 0  DG -45 X DG -44 X DC -2 X DA -1 X DA -35 Y DG -
34 Y DC 6 Y DC 7 Y DT 41 Y
11 2.37 2.36 132.4 -1.36 -0.60 15.8 80 11 2 4 4 1 3 0  DA -55 X DG -45 X DG -
44 X DT 9 X DG 10 X DC 11 X DC 19 X DA -35 Y DA -
15 Y DA -14 Y DT -6 Y DA -5 Y DC -
4 Y DT 41 Y DT 60 Y DA 61 Y
12 1.65 2.85 145.0 -1.59 -0.46 25.4 81 13 15 6 12 2 1 0  
13 1.62 2.72 150.9 -1.40 -0.37 18.0 84 13 3 9 8 3 1 0  DC -52 X DG -51 X DC -2 X DA -
1 X DC 6 Y DC 7 Y DG 48 Y DC 49 Y DA 50 Y DC 56 Y
DA 57 Y
14 2.01 2.19 167.1 -1.47 -0.36 15.8 84 13 4 11 6 5 0 0  DT -24 X DT -23 X DT -16 X DA -
15 X DG 0 X DC 60 X DC 61 X DC -56 Y DG -55 Y DC -
4 Y DC 19 Y DG 20 Y
15 1.98 2.37 172.9 -1.62 -0.37 23.6 83 16 13 11 18 3 1 0  
16 1.88 2.07 179.1 -0.53 -0.38 11.6 89 10 2 9 12 3 1 0  DC -52 X DG -51 X DG -44 X DA -41 X DC -40 X DA -
31 X DA -30 X DA -
35 Y DT 34 Y DC 35 Y DC 36 Y DC 37 Y DT 38 Y DA
39 Y DG 40 Y DT 41 Y DG 48 Y DC 49 Y DA 50 Y DC
56 Y DA 57 Y
17 1.56 1.58 180.4 -0.91 -0.50 12.6 90 15 6 12 13 0 4 0  DA -68 X DT -67 X DG -56 X DA -55 X DG -45 X DG -
44 X DC 19 X DG 20 X DA -35 Y DT -16 Y DA -
15 Y DT 41 Y DT 60 Y DA 61 Y DT 62 Y DA 63 Y DT
73 Y DG 74 Y DC 75 Y
18 1.77 1.95 197.3 -1.54 -0.33 25.4 80 26 17 4 17 4 3 0  
19 1.52 1.52 196.5 -1.55 -0.38 23.2 82 26 21 13 23 5 4 1  DC 75 Y DA 76 Y
20 2.05 2.09 220.9 -1.58 -0.48 20.6 80 27 20 12 19 6 6 1  DA -71 X DG -70 X DG -69 X DA -68 X DT -67 X DG -
66 X DT 9 X DG 10 X DT -6 Y DA -5 Y DC -
4 Y DC 70 Y DT 71 Y DG 72 Y DT 73 Y DG 74 Y
21 1.44 1.82 221.6 -1.39 -0.37 22.7 80 28 20 12 24 6 3 1  DA -79 X DC 75 Y DA 76 Y
22 2.09 2.08 275.5 -1.72 -0.60 22.9 85 30 21 16 13 3 4 1  DT -67 X DG -66 X DG -56 X DA -55 X DG -45 X DG -
44 X DC 19 X DG 20 X DA -35 Y DT -16 Y DA -
15 Y DT 60 Y DA 61 Y DT 62 Y DA 63 Y DT 64 Y DA
65 Y DC 66 Y DA 67 Y
23 1.70 3.05 290.3 -1.76 -0.54 22.8 83 32 22 16 16 3 6 1  DT -67 X DG -66 X DT -65 X DA -64 X DT -63 X DC -
2 X DA -
1 X DC 6 Y DC 7 Y DT 62 Y DA 63 Y DT 64 Y DA 65 Y
DC 66 Y DA 67 Y
24 1.69 3.05 299.0 -1.55 -0.48 22.3 82 34 22 15 16 3 5 1  DT -67 X DG -66 X DT -65 X DA -64 X DT -63 X DC -
2 X DA -
1 X DC 6 Y DC 7 Y DT 62 Y DA 63 Y DT 64 Y DA 65 Y
DC 66 Y DA 67 Y
25 1.73 1.87 323.2 -1.49 -0.53 22.1 84 31 23 16 14 4 3 1  DT -67 X DG -66 X DG -56 X DA -55 X DG -45 X DG -
44 X DC 19 X DG 20 X DA -35 Y DT -16 Y DA -
15 Y DT 41 Y DT 60 Y DA 61 Y DT 62 Y DA 63 Y DT
64 Y DA 65 Y DC 66 Y DA 67 Y

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C

Acknowledgement
Pores were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.
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