PDBsum entry 3ohy

Pore analysis for: 3ohy calculated with

MOLE 2.0

PDB id

3ohy

Pores calculated on whole structure

Pores calculated excluding ligands

View options

MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:

without HETATM:

31 pores, coloured by radius

31 pores, coloured as in
list below

Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown.

Pores

Free R

Length

HPathy

HPhob

Polar

Rel Mut

Residue..type

Ligands

Radius

2.45

57.7

-0.48

-0.80

3.4

104

C 132 A U 133 A A 134 A C 135 A C 136 A C 137 A G
138 A G 139 A A 141 A A 185 A C 186 A C 187 A C
188 A G 189 A G 189 A i:G G 189 A i:I G 189 A i:H
U 189 A i:K C 218 A C 219 A G 220 A C 221 A U 222
A C 224 A C 225 A G 226 A G 257 A

2.07

2.09

77.2

-1.52

-0.33

20.4

A 860 A G 1077 A

2.15

2.18

76.9

-0.56

-0.72

6.5

G 52 A A 116 A G 117 A U 118 A A 119 A G 189 A G
189 A i:G U 252 A G 257 A G 258 A G 259 A C 268 A
C 269 A G 317 A G 318 A G 319 A C 320 A A 321 A C
1424 A U 1425 A C 1426 A U 1436 A C 1437 A G 1438
A C 1439 A C 1465 A C 1466 A G 1467 A A 1468 A

2.41

111.6

-0.45

-0.79

4.0

G 52 A A 116 A G 117 A U 118 A A 119 A A 120 A G
122 A C 123 A G 124 A U 125 A G 127 A G 128 A G
129 A i:A U 129 A C 131 A C 132 A U 133 A A 134 A
C 135 A C 136 A C 137 A G 138 A G 139 A A 141 A C
218 A C 219 A G 220 A C 221 A U 222 A C 224 A C
225 A G 226 A G 227 A A 228 A U 229 A G 230 A G
231 A G 232 A C 233 A C 234 A U 252 A C 267 A C
268 A C 312 A A 313 A C 314 A G 317 A G 318 A G
319 A C 320 A C 328 A A 461 A C 1424 A U 1425 A C
1426 A

2.05

2.12

124.6

-0.89

-0.70

11.0

G 693 A U 788 A G 858 A A 859 A A 860 A C 866 A G
867 A U 920 A U 921 A G 922 A A 923 A C 924 A G
925 A G 926 A G 928 A G 929 A C 1076 A G 1077 A G
1082 A U 1381 A C 1382 A G 1386 A G 1387 A C 1388
A C 1389 A U 1390 A U 1391 A A 1503 A G 1505 A

2.06

2.15

139.6

-0.97

-0.73

10.7

G 858 A A 859 A A 860 A C 866 A G 867 A U 920 A U
921 A G 922 A A 923 A C 924 A G 925 A G 926 A G
929 A C 936 A A 937 A A 938 A G 966 A C 1076 A G
1077 A G 1082 A A 1340 A U 1341 A C 1342 A C 1382
A C 1383 A C 1384 A G 1385 A G 1386 A G 1387 A C
1388 A C 1389 A U 1390 A U 1391 A C 1400 A

1.72

1.83

144.6

-0.78

-0.64

9.6

U 723 A G 724 A G 725 A G 727 A A 729 A G 731 A A
780 A A 781 A C 783 A C 784 A G 785 A U 793 A A
794 A C 795 A C 796 A C 797 A G 798 A G 818 A C
822 A G 823 A C 824 A G 825 A C 826 A U 827 A G
829 A U 850 A G 851 A G 852 A G 853 A G 854 A G
855 A U 870 A U 871 A A 872 A U 1506 A A 1507 A G
1508 A G 1517 A G 1523 A G 1526 A C 1527 A U 1528
A A 1531 A MG 1546 A

2.59

152.4

-0.69

-0.73

7.4

A 50 A G 52 A A 116 A G 117 A C 242 A G 286 A U
287 A A 288 A G 317 A A 338 A A 573 A A 574 A G
693 A U 788 A C 796 A U 884 A G 885 A G 886 A G
887 A G 888 A A 889 A G 890 A A 907 A A 908 A G
926 A G 1405 A G 1423 A C 1424 A C 1479 A A 1503
A G 1505 A U 1506 A A 1507 A G 1508 A C 1509 A U
1510 A G 1511 A U 1512 A G 1520 A G 1521 A U 1522
A G 1523 A MG 1580 A

2.11

2.18

154.6

-1.11

-0.47

19.2

G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F U 189 A i:E U 256
A G 257 A C 564 A U 565 A G 566 A C 596 A G 597 A
U 598 A C 599 A C 600 A G 633 A C 634 A G 635 A U
636 A G 637 A A 860 A G 861 A C 862 A G 876 A G
1077 A U 1078 A

2.23

2.27

156.2

-0.61

-0.62

7.3

G 654 A A 655 A C 656 A G 657 A G 658 A G 660 A G
661 A G 662 A A 663 A G 664 A A 665 A G 667 A G
668 A U 669 A G 670 A G 671 A U 672 A G 673 A G
674 A A 675 A G 709 A G 710 A G 711 A A 712 A G
713 A G 714 A A 715 A A 733 A G 734 A C 735 A C
736 A A 737 A U 740 A G 742 A U 743 A C 744 A C
745 A A 746 A C 747 A C 748 A C 806 A G 825 A C
826 A U 827 A G 829 A U 850 A G 851 A G 852 A U
870 A

2.10

158.1

-0.91

-0.71

9.7

U 13 A U 14 A G 15 A A 16 A U 512 A C 513 A C 514
A G 515 A U 516 A G 527 A C 528 A U 531 A A 532 A
U 534 A A 535 A G 858 A A 859 A A 860 A C 866 A G
867 A A 915 A G 916 A G 917 A A 918 A A 919 A U
920 A C 1076 A G 1077 A G 1082 A U 1196 A G 1207
A C 1208 A C 1209 A U 1391 A G 1392 A U 1393 A A
1394 A C 1395 A A 1396 A C 1397 A C 1403 A MG
1574 A

2.08

2.06

159.6

-0.76

-0.71

8.9

A 50 A G 52 A A 116 A G 117 A C 242 A G 286 A U
287 A A 288 A G 317 A A 572 A A 573 A A 574 A G
858 A A 859 A A 860 A C 866 A G 867 A U 884 A G
885 A G 886 A G 887 A G 888 A A 889 A G 890 A A
907 A A 908 A G 916 A G 917 A A 918 A A 919 A U
920 A C 1076 A G 1077 A G 1082 A U 1391 A G 1392
A U 1393 A A 1394 A G 1423 A C 1424 A C 1479 A C
1509 A U 1510 A G 1529 A MG 1580 A

2.25

2.27

160.5

-0.72

-0.74

7.6

A 50 A G 52 A A 116 A G 117 A C 242 A A 243 A U
244 A G 286 A U 287 A A 288 A G 317 A A 338 A G
668 A U 669 A G 670 A G 671 A U 672 A G 673 A G
674 A A 675 A G 709 A G 710 A G 711 A A 712 A G
713 A G 714 A A 715 A G 730 A C 732 A A 733 A G
760 A G 761 A C 762 A G 763 A C 764 A G 765 A A
766 A C 806 A A 807 A C 810 A C 811 A C 812 A C
882 A G 895 A C 896 A C 897 A G 903 A C 904 A U
905 A G 906 A A 907 A A 908 A G 1423 A C 1424 A C
1479 A

2.49

2.50

167.5

-0.95

-0.36

17.1

G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F U 189 A i:E U 256
A G 257 A C 564 A U 565 A G 566 A C 596 A G 597 A
U 598 A C 599 A C 600 A G 633 A C 634 A G 635 A U
636 A G 637 A G 861 A C 862 A G 876 A G 1077 A U
1078 A

2.86

172.3

-0.77

-0.60

9.5

U 12 A U 14 A G 15 A A 16 A A 50 A G 52 A A 116 A
G 117 A C 242 A G 286 A U 287 A A 288 A G 317 A A
338 A G 505 A G 506 A C 507 A G 527 A C 528 A U
534 A A 535 A A 573 A A 574 A U 884 A G 885 A G
886 A G 887 A G 888 A A 889 A G 890 A A 907 A A
908 A A 915 A G 916 A A 1396 A C 1397 A C 1403 A
C 1404 A G 1423 A C 1424 A C 1479 A C 1490 A G
1491 A U 1510 A MG 1574 A MG 1580 A

2.06

177.9

-0.69

-0.71

6.7

U 14 A G 15 A A 16 A A 50 A G 52 A A 116 A G 117
A C 242 A G 286 A U 287 A A 288 A G 317 A A 338 A
U 512 A C 513 A C 514 A G 515 A U 516 A G 527 A C
528 A U 531 A A 532 A U 534 A A 535 A A 573 A A
574 A U 884 A G 885 A G 886 A G 887 A G 888 A A
889 A G 890 A A 907 A A 908 A A 915 A G 916 A U
1196 A G 1207 A C 1208 A C 1209 A A 1396 A C 1397
A C 1403 A C 1404 A G 1423 A C 1424 A C 1479 A C
1490 A G 1491 A U 1510 A MG 1574 A MG 1580 A

2.14

2.17

180.0

-0.87

-0.60

13.8

G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F U 189 A i:E U 256
A G 257 A U 580 A G 581 A G 584 A G 585 A C 586 A
G 587 A G 594 A G 595 A C 596 A G 637 A U 646 A C
656 A G 693 A U 723 A G 724 A G 725 A G 727 A A
728 A A 729 A G 731 A U 743 A C 744 A G 755 A C
756 A U 757 A G 758 A U 788 A G 818 A C 822 A G
823 A C 824 A G 853 A G 854 A G 855 A G 926 A A
1503 A G 1505 A A 1507 A C 1527 A U 1528 A G 1530
A A 1531 A MG 1592 A

1.67

178.4

-0.34

-0.50

5.5

A 665 A U 677 A U 678 A C 679 A G 690 A G 691 A U
697 A G 698 A C 699 A U 705 A A 706 A G 718 A C
719 A G 721 A A 722 A U 723 A G 724 A G 725 A G
727 A A 729 A G 731 A A 733 A C 784 A G 785 A G
786 A G 799 A G 800 A U 801 A G 818 A C 822 A G
823 A C 824 A G 825 A C 826 A U 827 A G 829 A U
850 A G 851 A G 852 A G 853 A G 854 A G 855 A U
870 A U 871 A A 872 A C 1527 A

1.44

1.50

199.1

-1.00

-0.70

11.4

G 858 A A 859 A A 860 A C 866 A G 867 A U 920 A U
921 A G 922 A A 923 A C 924 A A 949 A U 950 A G
953 A G 954 A U 955 A U 960 A U 961 A C 962 A G
963 A A 964 A A 965 A G 966 A C 967 A G 1053 A C
1076 A G 1077 A G 1082 A U 1194 A C 1195 A U 1196
A G 1198 A G 1224 A A 1225 A C 1226 A U 1307 A G
1311 A G 1312 A C 1320 A G 1323 A A 1324 A C 1325
A C 1363 A G 1386 A G 1387 A C 1388 A C 1389 A U
1390 A U 1391 A C 1399 A C 1400 A

2.23

2.31

200.1

-0.64

-0.63

8.9

U 189 A i:E G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F C 237
A G 238 A U 239 A C 240 A C 241 A C 242 A A 243 A
U 244 A U 256 A G 257 A G 281 A G 301 A G 302 A C
596 A G 597 A A 632 A G 633 A C 634 A G 635 A U
636 A G 637 A G 668 A U 669 A G 670 A G 671 A U
672 A G 673 A G 674 A A 675 A G 709 A G 710 A G
711 A A 712 A G 713 A G 714 A A 715 A G 730 A C
732 A A 733 A G 760 A G 761 A C 762 A G 763 A C
764 A G 765 A A 766 A C 806 A A 807 A C 810 A C
811 A C 812 A C 882 A G 895 A C 896 A C 897 A G
903 A C 904 A U 905 A G 906 A

2.20

2.35

206.3

-1.34

-0.67

16.8

1.62

1.86

205.2

-0.61

-0.62

8.9

U 189 A i:E G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F C 237
A G 238 A U 239 A C 240 A C 241 A C 242 A A 243 A
U 256 A G 257 A G 281 A G 301 A G 302 A A 574 A G
575 A G 576 A G 577 A C 596 A G 597 A A 632 A G
633 A C 634 A G 635 A U 636 A G 637 A G 760 A A
780 A A 781 A C 783 A C 784 A G 785 A U 793 A A
794 A C 795 A C 796 A C 797 A G 798 A A 814 A A
815 A G 881 A C 882 A G 887 A G 888 A G 890 A U
905 A G 906 A G 1405 A U 1506 A A 1507 A G 1508 A
C 1509 A U 1510 A G 1511 A U 1512 A G 1517 A G
1520 A G 1521 A U 1522 A G 1523 A MG 1546 A MG
1561 A

2.02

2.12

209.7

-0.80

-0.74

8.1

U 14 A G 15 A A 16 A A 50 A G 52 A A 116 A G 117
A C 242 A G 286 A U 287 A A 288 A G 317 A A 338 A
G 527 A C 528 A A 572 A A 573 A A 574 A U 884 A G
885 A G 886 A G 887 A G 888 A A 889 A G 890 A A
907 A A 908 A A 915 A G 916 A C 924 A C 936 A A
937 A A 938 A G 966 A U 1194 A C 1195 A U 1196 A
A 1340 A U 1341 A C 1342 A C 1382 A C 1383 A C
1384 A G 1385 A G 1386 A A 1396 A C 1397 A A 1398
A C 1399 A C 1400 A C 1403 A C 1404 A G 1423 A C
1424 A C 1479 A C 1490 A G 1491 A U 1510 A MG
1574 A MG 1580 A

1.67

222.0

-0.61

-0.50

10.8

G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F U 189 A i:E U 256
A G 257 A U 580 A G 581 A G 584 A G 585 A C 586 A
G 587 A G 594 A G 595 A C 596 A G 637 A U 646 A C
656 A A 665 A U 677 A U 678 A C 679 A G 690 A G
691 A U 697 A G 698 A C 699 A U 705 A A 706 A G
718 A C 719 A G 721 A A 722 A U 723 A G 724 A G
725 A G 727 A A 728 A A 729 A G 731 A A 733 A U
743 A C 744 A G 755 A C 756 A U 757 A G 758 A C
784 A G 785 A G 786 A G 798 A G 799 A G 800 A G
818 A C 822 A G 823 A C 824 A G 853 A G 854 A G
855 A C 1527 A MG 1592 A

1.67

227.5

-0.45

-0.63

5.4

A 50 A G 52 A A 116 A G 117 A C 242 A G 286 A U
287 A A 288 A G 317 A A 338 A A 572 A A 573 A A
574 A A 665 A U 677 A U 678 A C 679 A G 690 A G
691 A U 697 A G 698 A C 699 A U 705 A A 706 A G
718 A C 719 A G 721 A A 722 A U 723 A G 724 A G
725 A A 733 A C 784 A G 785 A G 786 A G 799 A G
800 A G 818 A A 819 A G 855 A C 856 A C 857 A C
866 A G 867 A C 868 A U 884 A G 885 A G 886 A G
887 A G 888 A A 889 A G 890 A A 907 A A 908 A G
916 A G 917 A A 918 A A 919 A G 1392 A U 1393 A A
1394 A G 1423 A C 1424 A C 1479 A C 1509 A U 1510
A C 1527 A U 1528 A G 1529 A MG 1580 A

2.10

234.6

-0.66

-0.64

8.4

U 14 A G 15 A A 16 A U 189 A i:E G 189 A G 189 A
i:G U 189 A i:F C 237 A G 238 A U 239 A C 240 A C
241 A C 242 A A 243 A U 256 A G 257 A G 281 A G
301 A G 302 A U 512 A C 513 A C 514 A G 515 A U
516 A G 527 A C 528 A U 531 A A 532 A U 534 A A
535 A A 573 A A 574 A G 575 A G 576 A G 577 A C
596 A G 597 A A 632 A G 633 A C 634 A G 635 A U
636 A G 637 A G 760 A A 814 A A 815 A G 881 A C
882 A G 886 A G 887 A G 890 A U 905 A G 906 A A
915 A G 916 A U 1196 A G 1207 A C 1208 A C 1209 A
A 1396 A C 1397 A C 1403 A C 1404 A C 1490 A G
1491 A U 1510 A G 1511 A MG 1561 A MG 1574 A

2.02

2.11

235.1

-0.73

-0.59

11.3

G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F U 189 A i:E U 256
A G 257 A C 564 A U 565 A G 566 A C 596 A G 597 A
U 598 A C 599 A C 600 A G 633 A C 634 A G 635 A U
636 A G 637 A G 858 A A 859 A A 860 A G 861 A C
862 A U 863 A C 866 A G 867 A G 876 A U 920 A U
921 A G 922 A A 923 A C 924 A G 925 A G 926 A G
929 A C 936 A A 937 A A 938 A G 966 A C 1076 A G
1077 A U 1078 A G 1082 A A 1340 A U 1341 A C 1342
A C 1382 A C 1383 A C 1384 A G 1385 A G 1386 A G
1387 A C 1388 A C 1389 A U 1390 A U 1391 A C 1400
A

2.13

2.29

258.2

-0.65

-0.74

6.3

G 127 A G 128 A G 129 A i:A U 129 A C 131 A C 132
A U 133 A A 134 A C 135 A C 136 A C 137 A G 138 A
G 139 A A 141 A C 218 A C 219 A G 220 A C 221 A U
222 A C 224 A C 225 A G 226 A G 227 A A 228 A U
229 A G 230 A G 238 A U 239 A C 240 A C 241 A C
242 A A 243 A U 244 A G 281 A G 301 A G 302 A A
461 A U 598 A C 599 A C 600 A C 601 A A 602 A U
603 A G 604 A U 605 A G 606 A G 628 A G 629 A G
630 A G 631 A A 632 A G 633 A C 634 A G 668 A U
669 A G 670 A G 671 A U 672 A G 673 A G 674 A A
675 A G 709 A G 710 A G 711 A A 712 A G 713 A G
714 A A 715 A G 730 A C 732 A A 733 A G 760 A G
761 A C 762 A G 763 A C 764 A G 765 A A 766 A C
806 A A 807 A C 810 A C 811 A C 812 A C 882 A G
895 A C 896 A C 897 A G 903 A C 904 A U 905 A G
906 A

1.67

291.3

-0.47

-0.55

7.4

G 127 A G 128 A G 129 A i:A U 129 A C 131 A C 132
A U 133 A A 134 A C 135 A C 136 A C 137 A G 138 A
G 139 A A 141 A C 218 A C 219 A G 220 A C 221 A U
222 A C 224 A C 225 A G 226 A G 227 A A 228 A U
229 A G 230 A G 299 A A 300 A A 461 A U 565 A G
567 A G 568 A C 569 A C 600 A C 601 A A 602 A U
603 A G 604 A U 605 A G 606 A G 628 A G 629 A G
630 A G 631 A A 632 A G 633 A A 665 A U 677 A U
678 A C 679 A G 690 A G 691 A U 697 A G 698 A C
699 A U 705 A A 706 A G 718 A C 719 A G 721 A A
722 A U 723 A G 724 A G 725 A G 727 A A 729 A G
731 A A 733 A C 784 A G 785 A G 786 A G 798 A G
799 A G 800 A G 818 A G 821 A C 822 A G 823 A C
824 A G 854 A G 855 A U 871 A A 872 A A 873 A G
874 A G 876 A C 877 A G 878 A C 879 A C 1527 A MG
1593 A

1.53

1.59

301.0

-0.74

-0.65

9.1

G 189 A G 189 A i:G U 189 A i:F U 189 A i:E C 237
A G 238 A U 239 A C 240 A C 241 A C 242 A A 243 A
U 256 A G 257 A G 281 A G 301 A G 302 A C 518 A C
528 A G 530 A A 573 A A 574 A G 575 A G 576 A G
577 A C 596 A G 597 A A 632 A G 633 A C 634 A G
635 A U 636 A G 637 A G 760 A A 814 A A 815 A G
881 A C 882 A G 886 A G 887 A G 890 A U 905 A G
906 A A 915 A G 916 A A 949 A U 950 A G 953 A G
954 A U 955 A U 960 A U 961 A C 962 A G 963 A A
964 A A 965 A G 1053 A C 1054 A U 1196 A G 1197 A
G 1198 A U 1199 A G 1224 A A 1225 A C 1226 A U
1307 A G 1311 A G 1312 A C 1320 A G 1323 A A 1324
A C 1325 A C 1363 A C 1397 A C 1402 A C 1403 A C
1404 A C 1490 A G 1491 A A 1492 A U 1510 A G 1511
A MG 1561 A

1.09

1.38

37.4

0.04

-0.07

10.9

G 683 A A 684 A U 686 A A 687 A

Residue-type_colouring

Positive	Negative	Neutral	Aliphatic	Aromatic	Pro & Gly	Cysteine
H,K,R	D,E	S,T,N,Q	A,V,L,I,M	F,Y,W	P,G	C

Acknowledgement

Pores were calculated by

MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.