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Ligand clusters for UniProt code P20618

Ligand clusters for P20618: Proteasome subunit beta type-1 from Homo sapiens

5 ligand clusters
Cluster 1.
18 ligand types
32 ligands
 Cluster 2.
2 ligand types
14 ligands
 Cluster 3.
1 ligand type
10 ligands
 Cluster 4.
2 ligand types
35 ligands
 Cluster 5.
2 ligand types
11 ligands
Representative protein: 5l5bL  
JSmol
 

Structures

PDB   Schematic diagram
5l5bL    
5l5iL    
5l5fL    
5l5eL    
5l5rL    
 more ...

 

 Cluster 1 contains 18 ligand types

Use checkboxes to select ligands to display in RasMol, Jmol, or download as an SDF file.
Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: BO2 × 3
bortezomib
N-[(1r)-1-(Dihydroxyboryl)-3-Methylbutyl]-N-(Pyrazin-2- Ylcarbonyl)-L-Phenylalaninamide
PDB codes: 5l5f(L), 5l5z(L), 5lf3(L).


 
2. Ligand: 3BV × 2
carfilzomib
N-{(2s)-2-[(Morpholin-4-Ylacetyl)amino]-4- Phenylbutanoyl}-L-Leucyl-N-[(2r,3s,4s)-1,3-Dihydroxy-
2,6-Dimethylheptan-4-Yl]-L-Phenylalaninamide
PDB codes: 5l5e(L), 5l5y(L).


 
3. Ligand: 6V8 × 1
ixazomib
[(1~{r})-1-[2-[[2,5-Bis(chloranyl) phenyl]carbonylamino]ethanoylamino]-3-Methyl-
Butyl]boronic acid
PDB code: 5lf7(L).


 
4. Ligand: 04C × 4
1,2,4-Trideoxy-4-Methyl-2-{[N-(Morpholin-4-Ylacetyl)-L- Alanyl-O-Methyl-L-Tyrosyl]amino}-1-Phenyl-
D-Xylitol
PDB codes: 5l5d(L), 5l5u(L), 5l5x(L), 5l63(L).


 
5. Ligand: 39V × 3
N-[(3-Methyl-1h-Inden-2-Yl)carbonyl]-D-Alanyl-N-[(2s, 4r)-5-Hydroxy-4-Methyl-3-Oxo-1-Phenylpentan-
2-Yl]-L- Tryptophanamide
PDB codes: 5l5h(L), 5l5s(L), 5l60(L).


 
6. Ligand: 6NV × 3
~{N}-[(2~{r})-1-[[(2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-1- [[(2~{s},3~{s},4~{r})-4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)-
1- Phenyl-Pentan-2-Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2- Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-1-
Methyl-5~{h}- Indene-2-Carboxamide
PDB codes: 5l5q(L), 5l5v(L), 5l64(L).


 
7. Ligand: 79P × 3
(2~{s})-3-(1~{h}-Indol-3-Yl)-~{N}-[(2~{s},3~{s},4~{r})- 4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)-1-Phenyl-Pentan-
2-Yl]-2- [[(2~{r})-2-(2-Morpholin-4-Ylethanoylamino) propanoyl]amino]propanamide
PDB codes: 5l5o(L), 5l5t(L), 5l62(L).


 
8. Ligand: 6N5 × 2
~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-1- [[(2~{s},3~{s},4~{r})-4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)-
1- Phenyl-Pentan-2-Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2- Yl]amino]-1-Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-1-
Methyl-5~{h}- Indene-2-Carboxamide
PDB codes: 5l5j(L), 5l61(L).


 
9. Ligand: 6V9-OAS-OAS-6VA × 2
6V9=2-Methyl-1,3-Thiazole-5-Carboxylic acid, OAS=O-Acetylserine, 6VA=(3~{r},4~{s})-4-Azanyl-2-Methyl-5-Phenyl-Pentane-2,3- Diol.
PDB codes: 5ley(L), 5lez(L).


 
10. Ligand: 38X × 1
N-[(3-Methyl-1h-Inden-2-Yl)carbonyl]-D-Alanyl-N-[(2s, 4r)-1-Cyclohexyl-5-Hydroxy-4-Methyl-3-
Oxopentan-2-Yl]- L-Tryptophanamide
PDB code: 5l5i(L).


 
11. Ligand: 6V7 × 1
[(1~{r})-3-Methyl-1-[[(2~{s},3~{s})-3-Oxidanyl-2-[(6- Phenylpyridin-2-
Yl) carbonylamino]butanoyl]amino]butyl]boronic acid
PDB code: 5lf4(L).


 
12. Ligand: 6VC × 1
~{N}-[(2~{s})-1-[[(2~{s},3~{r},4~{s})-2,6-Dimethyl-1,2, 3-Tris(oxidanyl)heptan-4-Yl]amino]-3-
Oxidanyl-1- Oxidanylidene-Propan-2-Yl]-6-Methyl-Heptanamide
PDB code: 5lf1(L).


 
13. Ligand: 79L × 1
(2~{s})-3-(4-Methoxyphenyl)-~{N}-[(2~{s},3~{s},4~{r})- 4-Methyl-3,5-Bis(oxidanyl)-1-Phenyl-Pentan-
2-Yl]-2- [[(2~{r})-2-(2-Morpholin-4-Ylethanoylamino) propanoyl]amino]propanamide
PDB code: 5l5p(L).


 
14. Ligand: 7DX × 1
(2~{s})-2-Cyclohexyl-4-Oxidanylidene-4-[[7-(4-Phenyl-1, 3-Thiazol-2-Yl)quinolin-2-
Yl]amino]butanoic acid
PDB code: 5m2b(L).


 
15. Ligand: ACE-IML-ILE-THR-6VO × 1
ACE=Acetyl group, IML=N-Methyl-Isoleucine, 6VO=(3~{r},4~{s})-4-Azanyl-2,6-Dimethyl-Heptane-2,3-Diol.
PDB code: 5lf0(L).


 
16. Ligand: BZ7 × 1
N~1~-{2-[([1,1'-Biphenyl]-3-Carbonyl)amino]ethyl}-N~4~- Tert-Butyl-N~2~-(3-Phenylpropanoyl)-L-
Aspartamide
PDB code: 6avo(S).


 
17. Ligand: KNM × 1
Ada-(Ahx)3-(Leu)3-Vinyl sulfone
PDB code: 5a0q(M).


 
18. Ligand: LEU-LEU-6VF × 1
6VF=(2~{r},3~{s})-3-Azanyl-4-(4-Hydroxyphenyl)butane-1,2- Diol.
PDB code: 5lf6(L).

 

 Cluster 2 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: 1PE × 10
Pentaethylene glycol
PDB codes: 5le5(L), 5lex(L), 5ley(L), 5lez(L), 5lf0(L), 5lf1(L), 5lf3(L), 5lf4(L), 5lf6(L), 5lf7(L).


 
2. Ligand: MES × 4
2-(N-Morpholino)-Ethanesulfonic acid
PDB codes: 5l5d(L), 5l5e(L), 5l5x(L), 5l5y(L).

 

 Cluster 3 contains 1 ligand type

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description


 
1. Ligand: 1PE × 10
Pentaethylene glycol
PDB codes: 5le5(L), 5lex(L), 5ley(L), 5lez(L), 5lf0(L), 5lf1(L), 5lf3(L), 5lf4(L), 5lf6(L), 5lf7(L).

 

 Cluster 4 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description

_Mg
 
1. Metal: _MG × 34
PDB codes: 5l5b(L), 5l5d(L), 5l5f(L), 5l5h(L), 5l5i(L), 5l5j(L), 5l5o(L), 5l5p(L), 5l5q(L), 5l5r(L), 5l5s(L), 5l5t(L), 5l5u(L), 5l5v(L), 5l5w(L), 5l5x(L), 5l5y(L), 5l5z(L), 5l60(L), 5l61(L), 5l62(L), 5l63(L), 5l64(L), 5le5(L), 5lex(L), 5ley(L), 5lez(L), 5lf0(L), 5lf1(L), 5lf3(L), 5lf4(L), 5lf6(L), 5lf7(L), 5m2b(L).

_Na
 
2. Metal: _NA × 1
PDB code: 6e5b(L).

 

 Cluster 5 contains 2 ligand types

Selection shortcuts: select all/none invert selection.
Ligand Description

__K
 
1. Metal: __K × 10
PDB codes: 5le5(L), 5lex(L), 5ley(L), 5lez(L), 5lf0(L), 5lf1(L), 5lf3(L), 5lf4(L), 5lf6(L), 5lf7(L).

_Na
 
2. Metal: _NA × 1
PDB code: 6e5b(L).

 

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