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PDBsum entry 4wb3
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Top Page protein ligands metals Protein-protein interface(s) links
Ligand/metal interactions PDB id
4wb3
2 instances of ligand highlighted
_0G-_0C-_0G-_0A-
_0U-_0G-3KA-_0G-
_0G-_0U-_0G-_0G-
_0U-0DG-0DA-_0A-
_0G-_0G-_0G-_0U-
_0U-_0G-_0U-_0U-
_0G-_0G-_0G-3KA-
_0G-3KA-_0C-_0G-
_0A-_0C-_0G-_0C-
_0A-0DC-_0G-_0C
Ligands
_0G-_0C-_0G-_0A-
_0U-_0G-3KA-_0G-
_0G-_0U-_0G-_0G-
_0U-0DG-0DA-_0A-
_0G-_0G-_0G-_0U-
_0U-_0G-_0U-_0U-
_0G-_0G-_0G-3KA-
_0G-3KA-_0C-_0G-
_0A-_0C-_0G-_0C-
_0A-0DC-_0G-_0C ×2
0G 1(D) to 0C 40(D)
ACT ×3
ACT 801(B)
ACT 802(B)
Metals
_CA ×6
CA 801(A)
CA 101(D)
CA 102(D)
CA 102(E)
_MG ×2
MG 103(E)
  
Ligand _0G-_0C-_0G-_0A-_0U-_0G-3KA-_0G-_0G-_0U-_0G-_0G-_0U-0DG-0DA-_0A-_0G-_0G-_0G-_0U-_0U-_0G-_0U-_0U-_0G-_0G-_0G-3KA-_0G-3KA-_0C-_0G-_0A-_0C-_0G-_0C-_0A-0DC-_0G-_0C

0G - L-Guanosine-5'-Monophosphate Formula: C10H14N5O8P
0C - L-Cytidine-5'-Monophosphate Formula: C9H14N3O8P
0A - L-Adenosine-5'-Monophosphate Formula: C10H14N5O7P
0U - L-Uridine-5'-Monophosphate Formula: C9H13N2O9P
3KA - 1-(2-Deoxy-5-O-Phosphono-Beta-L-Erythro- Pentofuranosyl)pyrimidine-2,4(1h,3h)-Dione [L-2'-Deoxyuridine-5'-Monophosphate] Formula: C9H13N2O8P
0DG - 2'-Deoxy-L-Ribo-Furanosyl guanine-5'-Monophosphate Formula: C10H14N5O7P
0DA - 2'-Deoxy-L-Ribo-Furanosyl adenosine-5'-Monophosphate Formula: C10H14N5O6P
0DC - 2'-Deoxy-L-Ribo-Furanosyl cytosine-5'-Monophosphate Formula: C9H14N3O7P
Validation of ligand annotation
Per Residue Validation
Atoms Missing Incorrect Chiral Centres
Residue Dic. Struc. Link Subs. Atoms Rings Planar High C Other
0G 1(D) 24 20 0 0 4 0 - - - -
0C 2(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 3(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0A 4(D) 23 23 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 5(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 6(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
3KA 7(D) 20 20 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 8(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 9(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 10(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 11(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 12(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 13(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0DG 14(D) 23 23 1 0 0 0 0 0 0 0
0DA 15(D) 22 22 1 0 0 0 0 0 0 0
0A 16(D) 23 23 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 17(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 18(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 19(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 20(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 21(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 22(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 23(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0U 24(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 25(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 26(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 27(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
3KA 28(D) 20 20 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 29(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
3KA 30(D) 20 20 1 0 0 0 0 0 0 0
0C 31(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 32(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0A 33(D) 23 23 1 0 0 0 0 0 0 0
0C 34(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 35(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0C 36(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
0A 37(D) 23 23 1 0 0 0 0 0 0 0
0DC 38(D) 20 20 1 0 0 0 0 0 0 0
0G 39(D) 24 24 1 0 0 0 0 0 0 0
0C 40(D) 21 21 1 0 0 0 0 0 0 0
Advanced Analysis
Residue Name Mismatches Count
0G 1(D) - 0
0C 2(D) - 0
0G 3(D) - 0
0A 4(D) - 0
0U 5(D) - 0
0G 6(D) - 0
3KA 7(D) - 0
0G 8(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 9(D) OP1: OP2 1
0U 10(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 11(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 12(D) - 0
0U 13(D) - 0
0DG 14(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0DA 15(D) - 0
0A 16(D) OP1: OP2 1
0G 17(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 18(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 19(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0U 20(D) OP1: OP3 1
0U 21(D) OP1: OP3 1
0G 22(D) - 0
0U 23(D) OP1: OP2 1
0U 24(D) OP1: OP2 1
0G 25(D) - 0
0G 26(D) - 0
0G 27(D) - 0
3KA 28(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 29(D) - 0
3KA 30(D) OP1: O1 1
0C 31(D) - 0
0G 32(D) OP1: OP2 1
0A 33(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0C 34(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 35(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0C 36(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0A 37(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0DC 38(D) OP2: OP1|OP1: OP2 2
0G 39(D) - 0
0C 40(D) - 0
Additional Information
Use mouse to move/zoom
3D Viewers:
3Dmol.js
 
  JSmol

LIGPLOT of interactions involving ligand _0G-_0C-_0G-_0A-_0U-_0G-3KA-_0G-_0G-_0U-_0G-_0G-_0U-0DG-0DA-_0A-_0G-_0G-_0G-_0U-_0U-_0G-_0U-_0U-_0G-_0G-_0G-3KA-_0G-3KA-_0C-_0G-_0A-_0C-_0G-_0C-_0A-0DC-_0G-_0C

JSmol




List of
interactions
 

0G 1(D) to 0C 40(D)

(also representing equivalent ligand 0G 1(E) to 0C 40(E) )
  
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