data_TTP
#
_chem_comp.id TTP
_chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE"
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C10 H17 N2 O14 P3"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08
_chem_comp.pdbx_modified_date 2011-06-04
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 482.168
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code TTP
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1CR1
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site PDBJ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
TTP PA PA P 0 1 N N S N N N -9.963 29.506 42.783 -0.769 0.002 1.536 PA TTP 1
TTP O1A O1A O 0 1 N N N N N N -8.834 30.454 42.967 0.046 -1.209 1.299 O1A TTP 2
TTP O2A O2A O 0 1 N N N N N N -11.084 29.903 41.889 -2.194 -0.422 2.153 O2A TTP 3
TTP O3A O3A O 0 1 N N N N N N -9.404 28.130 42.257 -0.004 0.970 2.571 O3A TTP 4
TTP PB PB P 0 1 N N S N N N -9.208 27.653 40.745 0.188 0.135 3.934 PB TTP 5
TTP O1B O1B O 0 1 N N N N N N -8.955 28.879 39.978 -1.137 -0.257 4.463 O1B TTP 6
TTP O2B O2B O 0 1 N N N N N N -8.202 26.573 40.708 1.059 -1.184 3.636 O2B TTP 7
TTP O3B O3B O 0 1 N N N N N N -10.686 27.113 40.379 0.950 1.048 5.019 O3B TTP 8
TTP PG PG P 0 1 N N N N N N -11.631 26.841 39.016 1.108 0.155 6.349 PG TTP 9
TTP O1G O1G O 0 1 N N N N N N -11.327 27.860 37.996 1.895 -1.058 6.038 O1G TTP 10
TTP O2G O2G O 0 1 N N N N N N -11.523 25.427 38.592 1.867 1.011 7.483 O2G TTP 11
TTP O3G O3G O 0 1 N N N N N N -13.104 27.086 39.543 -0.348 -0.271 6.885 O3G TTP 12
TTP "O5'" O5* O 0 1 N N N N N N -10.621 29.155 44.189 -0.996 0.777 0.144 "O5'" TTP 13
TTP "C5'" C5* C 0 1 N N N N N N -11.927 28.492 44.109 -1.675 -0.129 -0.727 "C5'" TTP 14
TTP "C4'" C4* C 0 1 N N R N N N -12.734 28.649 45.422 -1.923 0.548 -2.076 "C4'" TTP 15
TTP "O4'" O4* O 0 1 N N N N N N -12.061 27.978 46.478 -0.674 0.818 -2.751 "O4'" TTP 16
TTP "C3'" C3* C 0 1 N N S N N N -12.926 30.095 45.880 -2.660 -0.413 -3.043 "C3'" TTP 17
TTP "O3'" O3* O 0 1 N N N N N N -14.280 30.321 46.259 -4.074 -0.341 -2.854 "O3'" TTP 18
TTP "C2'" C2* C 0 1 N N N N N N -11.924 30.250 47.035 -2.258 0.149 -4.428 "C2'" TTP 19
TTP "C1'" C1* C 0 1 N N R N N N -11.875 28.822 47.559 -0.978 0.960 -4.149 "C1'" TTP 20
TTP N1 N1 N 0 1 N N N N N N -10.554 28.470 48.225 0.128 0.438 -4.955 N1 TTP 21
TTP C2 C2 C 0 1 N N N N N N -10.755 28.217 49.614 0.513 -0.842 -4.809 C2 TTP 22
TTP O2 O2 O 0 1 N N N N N N -11.885 28.295 50.125 -0.062 -1.553 -4.008 O2 TTP 23
TTP N3 N3 N 0 1 N N N N N N -9.667 27.874 50.367 1.526 -1.347 -5.536 N3 TTP 24
TTP C4 C4 C 0 1 N N N N N N -8.459 27.790 49.823 2.171 -0.573 -6.432 C4 TTP 25
TTP O4 O4 O 0 1 N N N N N N -7.447 27.450 50.642 3.088 -1.030 -7.091 O4 TTP 26
TTP C5 C5 C 0 1 N N N N N N -8.243 28.049 48.413 1.779 0.777 -6.593 C5 TTP 27
TTP C5M C5M C 0 1 N N N N N N -6.872 27.943 47.818 2.487 1.664 -7.584 C5M TTP 28
TTP C6 C6 C 0 1 N N N N N N -9.324 28.376 47.686 0.760 1.258 -5.850 C6 TTP 29
TTP HOA2 2HOA H 0 0 N N N N N N -11.805 29.296 41.771 -2.693 0.393 2.292 HOA2 TTP 30
TTP HOB2 2HOB H 0 0 N N N N N N -8.085 26.289 39.808 1.913 -0.884 3.293 HOB2 TTP 31
TTP HOG2 2HOG H 0 0 N N N N N N -12.057 25.273 37.821 1.940 0.441 8.261 HOG2 TTP 32
TTP HOG3 3HOG H 0 0 N N N N N N -13.638 26.932 38.772 -0.827 0.546 7.076 HOG3 TTP 33
TTP "H5'1" 1H5* H 0 0 N N N N N N -12.510 28.849 43.228 -2.629 -0.414 -0.283 "H5'1" TTP 34
TTP "H5'2" 2H5* H 0 0 N N N N N N -11.820 27.419 43.823 -1.063 -1.019 -0.874 "H5'2" TTP 35
TTP "H4'" H4* H 0 1 N N N N N N -13.737 28.219 45.196 -2.492 1.468 -1.943 "H4'" TTP 36
TTP "H3'" H3* H 0 1 N N N N N N -12.734 30.853 45.085 -2.304 -1.436 -2.920 "H3'" TTP 37
TTP "HO3'" *HO3 H 0 0 N N N N N N -14.399 31.219 46.543 -4.476 -0.888 -3.543 "HO3'" TTP 38
TTP "H2'1" 1H2* H 0 0 N N N N N N -10.939 30.696 46.761 -3.042 0.796 -4.819 "H2'1" TTP 39
TTP "H2'2" 2H2* H 0 0 N N N N N N -12.176 31.031 47.789 -2.050 -0.663 -5.124 "H2'2" TTP 40
TTP "H1'" H1* H 0 1 N N N N N N -12.667 28.712 48.335 -1.146 2.011 -4.387 "H1'" TTP 41
TTP HN3 HN3 H 0 1 N N N N N N -9.759 27.675 51.363 1.790 -2.273 -5.418 HN3 TTP 42
TTP HM51 1HM5 H 0 0 N N N N N N -6.705 28.142 46.733 3.274 1.098 -8.082 HM51 TTP 43
TTP HM52 2HM5 H 0 0 N N N N N N -6.186 28.600 48.402 1.773 2.022 -8.326 HM52 TTP 44
TTP HM53 3HM5 H 0 0 N N N N N N -6.467 26.930 48.052 2.926 2.514 -7.062 HM53 TTP 45
TTP H6 H6 H 0 1 N N N N N N -9.197 28.574 46.608 0.445 2.285 -5.962 H6 TTP 46
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
TTP PA O1A DOUB N N 1
TTP PA O2A SING N N 2
TTP PA O3A SING N N 3
TTP PA "O5'" SING N N 4
TTP O2A HOA2 SING N N 5
TTP O3A PB SING N N 6
TTP PB O1B DOUB N N 7
TTP PB O2B SING N N 8
TTP PB O3B SING N N 9
TTP O2B HOB2 SING N N 10
TTP O3B PG SING N N 11
TTP PG O1G DOUB N N 12
TTP PG O2G SING N N 13
TTP PG O3G SING N N 14
TTP O2G HOG2 SING N N 15
TTP O3G HOG3 SING N N 16
TTP "O5'" "C5'" SING N N 17
TTP "C5'" "C4'" SING N N 18
TTP "C5'" "H5'1" SING N N 19
TTP "C5'" "H5'2" SING N N 20
TTP "C4'" "O4'" SING N N 21
TTP "C4'" "C3'" SING N N 22
TTP "C4'" "H4'" SING N N 23
TTP "O4'" "C1'" SING N N 24
TTP "C3'" "O3'" SING N N 25
TTP "C3'" "C2'" SING N N 26
TTP "C3'" "H3'" SING N N 27
TTP "O3'" "HO3'" SING N N 28
TTP "C2'" "C1'" SING N N 29
TTP "C2'" "H2'1" SING N N 30
TTP "C2'" "H2'2" SING N N 31
TTP "C1'" N1 SING N N 32
TTP "C1'" "H1'" SING N N 33
TTP N1 C2 SING N N 34
TTP N1 C6 SING N N 35
TTP C2 O2 DOUB N N 36
TTP C2 N3 SING N N 37
TTP N3 C4 SING N N 38
TTP N3 HN3 SING N N 39
TTP C4 O4 DOUB N N 40
TTP C4 C5 SING N N 41
TTP C5 C5M SING N N 42
TTP C5 C6 DOUB N N 43
TTP C5M HM51 SING N N 44
TTP C5M HM52 SING N N 45
TTP C5M HM53 SING N N 46
TTP C6 H6 SING N N 47
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
TTP SMILES ACDLabs 10.04 O=P(O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC2OC(N1C(=O)NC(=O)C(=C1)C)CC2O
TTP SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
TTP SMILES CACTVS 3.341 CC1=CN([CH]2C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
TTP SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)CO[P@](=O)(O)O[P@@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O
TTP SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O
TTP InChI InChI 1.03 InChI=1S/C10H17N2O14P3/c1-5-3-12(10(15)11-9(5)14)8-2-6(13)7(24-8)4-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h3,6-8,13H,2,4H2,1H3,(H,19,20)(H,21,22)(H,11,14,15)(H2,16,17,18)/t6-,7+,8+/m0/s1
TTP InChIKey InChI 1.03 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
TTP "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "thymidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)"
TTP "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl (hydroxy-phosphonooxy-phosphoryl) hydrogen phosphate"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
TTP 'Create component' 1999-07-08 PDBJ
TTP 'Modify descriptor' 2011-06-04 RCSB
#
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.comp_id TTP
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.drugbank_id DB02452
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.type 'small molecule'
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.name "Thymidine 5'-triphosphate"
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.description ?
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.cas_number 365-08-2
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.mechanism_of_action ?
#
loop_
_pdbe_chem_comp_synonyms.comp_id
_pdbe_chem_comp_synonyms.name
_pdbe_chem_comp_synonyms.provenance
_pdbe_chem_comp_synonyms.type
TTP "2'-deoxythymidine triphosphate" DrugBank ?
TTP "5'-TTP" DrugBank ?
TTP deoxy-TTP DrugBank ?
TTP dTTP DrugBank ?
TTP pppdT DrugBank ?
TTP "Thymidine-5'-triphosphate" DrugBank ?
#
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.comp_id TTP
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.drugbank_id DB02452
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.parent "Pyrimidine 2'-deoxyribonucleoside triphosphates"
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.kingdom 'Organic compounds'
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.class 'Pyrimidine nucleotides'
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.superclass 'Nucleosides, nucleotides, and analogues'
_pdbe_chem_comp_drugbank_classification.description
"This compound belongs to the class of organic compounds known as pyrimidine 2'-deoxyribonucleoside triphosphates. These are pyrimidine nucleotides with a triphosphate group  linked to the ribose moiety lacking a hydroxyl group at position 2."
#
loop_
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.comp_id
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.drugbank_id
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.name
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.organism
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.uniprot_id
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.pharmacologically_active
_pdbe_chem_comp_drugbank_targets.ordinal
TTP DB02452 'DNA polymerase catalytic subunit' HHV-1 P04293 yes 1
TTP DB02452 'Gag-Pol polyprotein' HIV-1 P03366 yes 2
TTP DB02452 'Thymidine kinase, cytosolic' Humans P04183 yes 3
TTP DB02452 'Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase' 'Enterobacteria phage T4' P07071 unknown 4
TTP DB02452 'Thymidylate kinase' 'Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)' P9WKE1 unknown 5
TTP DB02452 'Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 2' 'Shigella flexneri' P61888 unknown 6
TTP DB02452 'DNA primase/helicase' 'Enterobacteria phage T7' P03692 unknown 7
TTP DB02452 'Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase' 'Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)' P26393 unknown 8
TTP DB02452 'Thymidine kinase 2, mitochondrial' Humans O00142 unknown 9
TTP DB02452 'Thymidine kinase' 'Ureaplasma parvum serovar 3 (strain ATCC 700970)' Q9PPP5 unknown 10
TTP DB02452 'Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit alpha' 'Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)' Q08698 unknown 11
TTP DB02452 'Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase' 'Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228)' Q9HU22 unknown 12
#
loop_
_software.name
_software.version
_software.description
rdkit 2025.03.3 'Core functionality.'
pdbeccdutils 1.0.0 'Wrapper to provide 2D templates and molecular fragments.'
#
loop_
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.atom_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.element
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_x
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_y
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.pdbx_ordinal
TTP PA P 9.603 -3.626 1
TTP O1A O 10.817 -2.744 2
TTP O2A O 8.390 -4.508 3
TTP O3A O 10.485 -4.839 4
TTP PB P 11.977 -4.683 5
TTP O1B O 12.133 -6.174 6
TTP O2B O 11.820 -3.191 7
TTP O3B O 13.469 -4.526 8
TTP PG P 14.350 -5.739 9
TTP O1G O 15.232 -6.953 10
TTP O2G O 15.564 -4.858 11
TTP O3G O 13.136 -6.621 12
TTP "O5'" O 8.722 -2.412 13
TTP "C5'" C 7.230 -2.569 14
TTP "C4'" C 6.348 -1.356 15
TTP "O4'" O 6.812 0.071 16
TTP "C3'" C 4.848 -1.356 17
TTP "O3'" O 3.966 -2.569 18
TTP "C2'" C 4.385 0.071 19
TTP "C1'" C 5.598 0.953 20
TTP N1 N 5.598 2.453 21
TTP C2 C 6.897 3.203 22
TTP O2 O 8.196 2.453 23
TTP N3 N 6.897 4.703 24
TTP C4 C 5.598 5.453 25
TTP O4 O 5.598 6.953 26
TTP C5 C 4.299 4.703 27
TTP C5M C 3.000 5.453 28
TTP C6 C 4.299 3.203 29
#
loop_
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_1
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_2
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.value_order
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.bond_dir
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.pdbx_ordinal
TTP PA O1A DOUBLE NONE 1
TTP PA O2A SINGLE BEGINDASH 2
TTP PA O3A SINGLE NONE 3
TTP PA "O5'" SINGLE NONE 4
TTP O3A PB SINGLE NONE 5
TTP PB O1B DOUBLE NONE 6
TTP PB O2B SINGLE BEGINDASH 7
TTP PB O3B SINGLE NONE 8
TTP O3B PG SINGLE NONE 9
TTP PG O1G DOUBLE NONE 10
TTP PG O2G SINGLE NONE 11
TTP PG O3G SINGLE NONE 12
TTP "O5'" "C5'" SINGLE NONE 13
TTP "C4'" "C5'" SINGLE BEGINDASH 14
TTP "C4'" "O4'" SINGLE NONE 15
TTP "C4'" "C3'" SINGLE NONE 16
TTP "O4'" "C1'" SINGLE NONE 17
TTP "C3'" "O3'" SINGLE BEGINWEDGE 18
TTP "C3'" "C2'" SINGLE NONE 19
TTP "C2'" "C1'" SINGLE NONE 20
TTP "C1'" N1 SINGLE BEGINDASH 21
TTP N1 C2 SINGLE NONE 22
TTP N1 C6 SINGLE NONE 23
TTP C2 O2 DOUBLE NONE 24
TTP C2 N3 SINGLE NONE 25
TTP N3 C4 SINGLE NONE 26
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