4r2g: Sequences

PDBeMotif: 4r2g

		Sequences				3D motifs				Ligand environment				Ligand bonds

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Classification:	immune system \| release date: Mon, Aug 11, 2014
Title:	crystal structure of pgt124 fab bound to hiv-1 jrcsf gp120 c cd4
Authors:	F.GARCES, I.A.WILSON
Method:	X-RAY DIFFRACTION (resolution: 3.28Å)

PDBe Citation

Small molecules:

BMA

NAG

MAN

GOL

Modified residues:

THR

ASN

Ligand bond colours:

covalent

ionic

hydrogen

electrostatic

van-der-waals

plane-atom

plane-plane

undefined

- Click here to show 5Å bonds

Chains E,O,A,K sequence:
DFNMWKNNMVEQMQEDVINLWDQSLKPCVKLTGGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGKGQCKNVST
VQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKVVIRSDNFTDNAKTIIVQLNESVKINCTRPSNNTRPGEIIGDIRQAHCNISRAQW
NNTLKQIVEKLREQFNNKTIVFTHSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWNDTEKSSGTEGNDTIILPCRIKQI
INMWQEVGKAMYAPPIKGQIRCSSNITGLLLTRDGGKNESEIEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIE

Chains F,B,H,L sequence:
MKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDS
DTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTC
TVLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKAS

Chains P,C,I,M sequence:
SYVSPLSVALGETARISCGRQALGSRAVQWYQHKPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTTATLTISGVEVGD
EADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVLSQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAG
VETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

Chains Q,D,J,N sequence:
QVQLQESGPGLVRPSETLSVTCIVSGGSISNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRETTTYNPSLNSRAVISRDTSKNQLSL
QLRSVTTADTAIYFCATARRGQRIYGVVSFGEFFYYYYMDVWGKGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCL
VKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

Residue colours: hydrophilic hydrophobic intermediate

Assembly 1

View the assembly/model: (

)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain E : SURFACE PROTEIN GP160 member of: GENE3D:G3DSA_2.170.40.20, PFAM:PF00516, SUPERFAMILY:SSF56502, UniProt:P20871
`CL` `519E`	.. .. * * *
`NAG` `518E`	.. * * .. \| \| \| *
`NAG` `517E`	.. \| \| .. \| * * \| \| \|
`NAG` `516E`	.. \| \| .. \| * * \| \| \| \|
`NAG` `515E`	.. \| \| .. \| * ** \| \| * \| \| \|
`NAG` `514E`	.. \| \| .. \| * * \| \|\| \| ***\| \| \| \| \|
`NAG` `513E`	.. \| \| * .. \| \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \|
`NAG` `512E`	.. \| \| * * \| .. \| \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \|
`NAG` `511E`	`.. \| * \| \| \| .. \| \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \|`
`MAN` `508E`	`.. \| \| \|\| \| \| \| .. \| \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\|`
`NAG` `502E`	`.. \| \| \|\| \| \| \| .. * \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\|`
`NAG` `501E`	`.. \| \| \|\| \| \| * .. \| * * \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| * \| \| \| \|\|\|`
`sec str:`	`....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh...eee...........................eeeeee.............eeee.............eee.........eee..........eeeeeeeeeeeeeee..............eeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhhh...eeee......hhhhhheeeee..eeeee.hhhhh.eee.....ee......eeeeeeeee.eee......eee........eeeeeeeeeeeeee........eeeeee...hhhhhhhhhhh..eeee.`
`sequence :`	`..DFNMWKNNMVEQMQEDVINLWDQSLKPCVKLTGGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGKGQCKNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKVVIRSDNFTDNAKTIIVQLNESVKINCTRPSNN..IIGDIRQAHCNISRAQWNNTLKQIVEKLREQFNNKTIVFTHSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWNDTEKSSGTEGNDTIILPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIKGQIRCSSNITGLLLTRDGGKNESEIEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKI`
`seq num:`	..92 102 112 122 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 ..322 332 342 352 363 373 383 393 403 417 427 437 447 457 467 477 487
`ASN_GLYCOSYLATION`	`.. \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| ^*\| \|\| ^* \| \| \| \|\| ^* \| ^* \| ^*\| ^* ^.. ^ ^\| ^ \| \| \| \| ^\|\|^^\| \|\| \| ^ \| \| ^* \| ^*** \| \|\|\| \|\| \|\|`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \| \| ^ \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| ^ .. ^ \| \| \| \| \|\| \|\| \| \|^ \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \|\| \|\|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \|^* \| \| \| .. ^* \| \| \|\| \|\| ^* ^* \| \| \| \| \| ^*** \|\|\| \|\| \|\|
`MYRISTYL`	.. \| \| \| \| ^*** \| \| \| \| \| \|^* \| \| \| \|\| \| \| \| \| .. \| \| \|\| \|\| ^* ^* ^*** \|\|\| \|\| \|\|
`alphabetamotif`	.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| .. \| \| *** \| \| \|*******
`asxturn`	.. * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| .. \| \| \|\| \|\| \| \| * \|\| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| .. \| \| * \| \| ******
`gammaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \|\| \| \| \| \| .. \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \| * \| \| \| \| * \| \|\| \| \| \| \| .. \| \| ***`
`niche`	`.. ** * ****** *** .. **`

chain F : T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 member of: GENE3D:G3DSA_2.60.40.10, PANTHER:PTHR11422/PTHR11422_SF0, PFAM:PF05790/PF07686/PF09191, PROSITE PROFILES:PS50835, SMART:SM00406/SM00409, SUPERFAMILY:SSF48726, UniProt:P01730
`NAG` `512E`	`..`
`sec str:`	`...eeeeee....eee...........eeeee....eeeeee..eeee........ee.hhhhhhhh...eee...hhhhheeeeeee...eeeeeeeeeeee.............eeeee.......eeeee.....eeee..eee.........eeeeeeeee..eeeeeeeee.`
`sequence :`	`..KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIV`
`seq num:`	`..1 11 21 31 41 51 61 71 81 91 101 111 121 131 141 151 161 171`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \|^ \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\| ^\| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| ^** \| \| \| \| \|\| \|\| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \|^*\| \| \|\| \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \| ^*\| \|\| \|`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| *******^ \| \| \|\|\|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| \| \|\|\| ^*** \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| ^*\|\|\| \| ^* \| ^* \| \| \| \| \| \|^***`
`AMIDATION`	`.. ^*** \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betabulgeloop`	`.. \| \| ***** \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \| **\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| **\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \| * \| \| \| \|\| \| * \| \| **** \| \|\| \| \| \| * \| \| \| \|`
`niche`	`.. * * \| \|** \| \| **** **`
`stturn`	`.. * *`

chain P : PGT124 LIGHT CHAIN
`MAN` `510E`	`.. * *`
`MAN` `509E`	`.. *** *\|`
`MAN` `508E`	`.. * \|\|\| \|\|`
`sec str:`	`.....eeeee....eeee...........eeeee......eeee.............ee...........eeee...hhhhh.eeeee..............eeeeeee..............hhhhhhh..eeeeeeeeee.....eeee..........eee...ee.....eeeeeeeeehhhhhhh...eeeeee....eeeeee...`
`sequence :`	`..YVSPLSVALGETARISCGRQALGSRAVQWYQHKPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTTATLTISGVEVGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVLSQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT`
`seq num:`	`..5 17 27 37 47 57 66 74 84 94 101 111 121 131 141 151 161 171 181 191 201`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. ^ \|\| \| \|\| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| ^ \| \| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \|\| \| \|\| \| \| \| \|\| \| ^*\| \|\| ^* \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| ^***`
`MYRISTYL`	`.. \|\| \| \|\| \| \| \| ^*** ^*\| \| \| \| \| \| \| ^*** \| \| \| \| \| \| \|`
`IG_MHC`	`.. \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^**`
`betabulge`	`.. ** \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| **** \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| * * \| \| *** \| \|`
`niche`	`.. ****** ** **`

chain Q : PGT124 HEAVY CHAIN
`NAG` `517E`	`.. ..`
`MAN` `509E`	`.. * ..`
`MAN` `508E`	`.. * ..`
`BMA` `503E`	`.. \|* ..`
`NAG` `502E`	`.. \|* *** ..`
`NAG` `501E`	`.. \|\| \|\|\| ..`
`MAN` `504E`	`.. \|\| \|\|\| ..`
`MAN` `506E`	`.. *\|\| \|\|\| ..`
`sec str:`	`...eeeee...ee.....eeeeeeee..hhhhheeeeeee.....eeeeeee.....eee.hhhh..eeeeee....eeeeee...hhhhheeeeeeeeeeeeee..hhhhh.eeeeee.......eeeee........eeeee.........eeeeeeeeeee.....eeee........eee...ee.....eeeeeeeeee.hhh....eeeeeee....eeeeeee..`
`sequence :`	`..VQLQESGPGLVRPSETLSVTCIVSGGSISNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRETTTYNPSLNSRAVISRDTSKNQLSLQLRSVTTADTAIYFCATARRGQRIYGVVSFGEFFYYYYMDVWGKGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPSS..SGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP`
`seq num:`	`..2 12 22 32 42 52 62 72 82 89 99 100 103 113 141 ..150 160 170 180 190 200 210 220`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \|\| \| \| \| ^\|\| \| \|\| \| \| ^ \| \| \|\|\| \|\| ^ \|\|\|\|\| \| \| ^ ^*.. \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \|\| \| \| \| ^*\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|^\| \|^ \| \| .. \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| ^*`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \|\| \| *******^ \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| .. \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|`
`MYRISTYL`	`.. ^***\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| ^* .. ^* ^*** \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|`
`IG_MHC`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| .. \| \| \| \|\|\| \| \| ^** \|`
`asxturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \| ***\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| .. \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| **\| .. \| \| \| \| \| **`
`nest`	`.. \| \| \| \| \| * * * \| \| \| \| * .. \| \| * \| \|`
`niche`	`.. ** \| \| .. * ****`
`stturn`	`.. *** ..`

Assembly 2

View the assembly/model: (

)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain B : T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 member of: GENE3D:G3DSA_2.60.40.10, PANTHER:PTHR11422/PTHR11422_SF0, PFAM:PF05790/PF07686/PF09191, PROSITE PROFILES:PS50835, SMART:SM00406/SM00409, SUPERFAMILY:SSF48726, UniProt:P01730
`NAG` `512O`	`..`
`sec str:`	`...eeeeee....eee...........eeee.....eeeeee..eeee..hhhhh.ee.hhhhhhhh...eee........eeeeeee...eeeeeeeeeeee............eeeeee.......eeeee.....eeee..eeee...hhhhheeeeeeeee..eeeeeeeee.`
`sequence :`	`..KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIV`
`seq num:`	`..1 11 21 31 41 51 61 71 81 91 101 111 121 131 141 151 161 171`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| ^ \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| ^\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| ^** \| \| \|\| \|\| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|^*\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| ^*\| \|\| \| \| \|`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| \|*******^ \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| \|\|^*** \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| ^* \| \| ^* \| ^* \| \| \| \|^*** \| \|`
`AMIDATION`	`.. ^*** \| \| \|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betabulge`	`.. \| \| ** \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \| \|\| \| **** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| **`
`nest`	`.. * \| \| \| \|\| \| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \|`
`niche`	`.. * \| \| **`
`stturn`	`.. ***`

chain C : PGT124 LIGHT CHAIN
`MAN` `510O`	`.. * *`
`MAN` `509O`	`.. * \|`
`MAN` `508O`	`.. * \|\|\| \|**`
`sec str:`	`....eeeeee....eeee.........eeeeeee......eeee.............ee...........eeee...hhhhheeeeeeee............eeeeeee.........eee..hhhhhhh..eeeeeeeeee.....eeeeee..ee....eee..........eeeeeeeeehhhhhhhh..eeeeeee..eeeeeee...`
`sequence :`	`..YVSPLSVALGETARISCGRQALGSRAVQWYQHKPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTTATLTISGVEVGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVLSQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT`
`seq num:`	`..5 17 27 37 47 57 66 74 84 94 101 111 121 131 141 151 161 171 181 191 201`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. ^ \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^ \| \| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ^*\| \|\| \| \| \| \| ^* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^***`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| ^*** ^*\| \| \| \| \| \| \| ^*** \| \| \| \| \| \| \|`
`IG_MHC`	`.. \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^**`
`asxturn`	`.. \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betabulge`	`.. \| \| **\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * *** \| \|`
`niche`	`.. *** ** \| \| **`
`stturn`	`.. ***`

chain D : PGT124 HEAVY CHAIN
`MAN` `509O`	`.. * ..`
`MAN` `508O`	`.. * ..`
`BMA` `503O`	`.. \|* ..`
`NAG` `502O`	`.. \|* *** ..`
`NAG` `501O`	`.. \|\| \|\|\| ..`
`MAN` `504O`	`.. \|\| \|\|\| ..`
`MAN` `506O`	`.. *\|\| \|\|\| ..`
`sec str:`	`....eeee...ee.....eeeeeee........eeeeeee.....eeeeeee.....eee.hhhh..eeeeee....eeeeee...hhhhheeeeeeeeeeeee..........eeeeeeeee...eeeee.........eeee......eeeeeeeeeee.....eeee........eee..........eeeeeeeeee.........eeeee.........ee...`
`sequence :`	`..VQLQESGPGLVRPSETLSVTCIVSGGSISNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRETTTYNPSLNSRAVISRDTSKNQLSLQLRSVTTADTAIYFCATARRGQRIYGVVSFGEFFYYYYMDVWGKGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPS..GTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP`
`seq num:`	`..2 12 22 32 42 52 62 72 82 89 99 100 103 113 141 ..152 162 172 182 192 202 212 222`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| ^\|\| \| \| \| \| ^ \| \|\| \|\| ^ \|\| \|\| \| \| ^ ^.. \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| ^*\| \| \| \| \| \| \| ^\| \|^ \| \| .. \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|\| ^*`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| *******^ \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| .. \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| ^***\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| ^* ..* \| \|^*** \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|`
`IG_MHC`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| .. \| \| \| \|\|\| \| \| ^** \|\| \|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| \| ** \|`
`gammaturn`	`.. *** \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \| \|\|\| \| \| \| * * * \| \| \| \| .. \| \| *** \| \| \| \|`
`niche`	`.. ** \| .. * \| \| ****`
`stturn`	`.. * .. *`

chain O : SURFACE PROTEIN GP160 member of: GENE3D:G3DSA_2.170.40.20, PFAM:PF00516, SUPERFAMILY:SSF56502, UniProt:P20871
`CL` `518O`	.. .. * *
`NAG` `517O`	.. * .. \| \| *
`NAG` `516O`	.. \| .. \| * * \| \|
`NAG` `515O`	.. \| .. \| * * *\| \| \| \|
`NAG` `514O`	.. \| .. \| * * \| \| \|\| \| * ** * \| \|
`NAG` `513O`	.. \| * * .. \| **\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \|
`NAG` `512O`	.. \| * ** \| \| .. \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \|
`NAG` `511O`	`.. * * \| \|\| \| \| .. \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| ***\|`
`NAG` `502O`	`.. \| \| \| \|\| \| \| .. \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \|\|\|\|`
`NAG` `501O`	`.. \| \| \| \|\| \| * .. \| * \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \|\|\|\|`
`sec str:`	`.........hhhhhhhhhhhhhhhhhh...eeee..eeee....................eeeeee.............eeee.............eee.........eee..........eeeeeeeeeeeeeee..............eeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhhh...eeee......hhhhhheeeee..eeeee.......eee.....ee......eeeeeeeee.eee......eee........eeeeeeeeeeeeee........eeeeee...hhhhhhhhhhh.eeeee.`
`sequence :`	`..DFNMWKNNMVEQMQEDVINLWDQSLKPCVKLTGGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGKGQCKNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKVVIRSDNFTDNAKTIIVQLNESVKINCTRPSNN..IIGDIRQAHCNISRAQWNNTLKQIVEKLREQFNNKTIVFTHSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWNDTEKSSGTEGNDTIILPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIKGQIRCSSNITGLLLTRDGGKNESEIEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKI`
`seq num:`	..92 102 112 122 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 ..322 332 342 352 363 373 383 393 403 417 427 437 447 457 467 477 487
`ASN_GLYCOSYLATION`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^*\| \|\| ^* \| \|\| ^* \| ^* \|\| ^*\| ^* \|^.. ^ \| ^\| ^ \|\|\| \| \|\|\| \| ^* ^*^\| \|\| \| ^ \| \| \| \| \| \| ^* \| ^***\|\| \| \| \| \|`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \|\|\| \| \| ^ \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| ^ \| \| .. \| ^ \|\|\| \| \|\|\| \| \| \|^ \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|^* \| \|\| \|\| \| \| .. \| \| \|^* \|\|\| \| ^* ^* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|^*** \| \| \| \|
`MYRISTYL`	.. \|\|\| \| \| ^*** \| \| \| \| \| \|^* \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| .. \| \| \| \| \| \|\|\| \| ^* \| \| \| \| ^* ^*** \|\|\|\|\| \| \| \| \|
`alphabetamotif`	.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| .. \| \| \| \| ***** \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \|
`asxturn`	.. * * \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ****\| \| \| .. \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| * \| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| **** \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \|
`gammaturn`	.. \| \| \| \| \| \| \| \| ***\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \|
`nest`	.. \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| ***** \| \|
`niche`	.. ** * ** *** * .. \| \| \| \| \| \| * **
`ststaple`	`.. .. *** \| \| ****`
`stturn`	`.. .. ***`

Assembly 3

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)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

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chain H : T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 member of: GENE3D:G3DSA_2.60.40.10, PANTHER:PTHR11422/PTHR11422_SF0, PFAM:PF05790/PF07686/PF09191, PROSITE PROFILES:PS50835, SMART:SM00406/SM00409, SUPERFAMILY:SSF48726, UniProt:P01730
`NAG` `511K`	`.. *`
`sec str:`	`....eeeee....eee............eee.....eeeeee..eeee........ee.hhhhhh.....eee...hhhhheeeeee....eeeeeeeeeeeee.............eeee.......eeeee.....eeee...............eeeeeeee..eeeeeeee...`
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`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| ^ \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ^\|\|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ^** \| \|\|\|\| \|\| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|^* \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ^*\|\| \|\| \|`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\| *******^ \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|\|\| \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| ^*** \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| ^* ^* \| ^* \|\|\|\| \|^***`
`AMIDATION`	`.. ^*** \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \|\|\|\| \|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \|\| \| *** \| \| \|\|**`
`gammaturn`	`.. \| \| \| \| * \|\| \| \| \| \| \| \|* \|`
`nest`	`.. * \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| * \|`
`niche`	`.. * \| \| **`
`stturn`	`.. ***`

chain I : PGT124 LIGHT CHAIN
`MAN` `510K`	`.. * *`
`MAN` `509K`	`.. * \|`
`MAN` `508K`	`.. \|\|\| \|**`
`MAN` `505K`	`.. \|\|\| \|\|\|`
`sec str:`	`....eeeeee....eeee........eeeeeeee......eeee.............ee...........eeee...hhhhheeeeeeeee...........eeeeeee.......eeeee..hhhhhhh..eeeeeeeeee.....eeeeee..ee....eee..........eeeeeeeeehhhhhhh...eeeeee....eeeeee...`
`sequence :`	`..YVSPLSVALGETARISCGRQALGSRAVQWYQHKPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTTATLTISGVEVGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVLSQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT`
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`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. ^ \|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| ^ \| \| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| ^*\| \|\| \| \| ^* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| ^***`
`MYRISTYL`	`.. \|\| \| \| \| \|\| \| \| ^*** ^*\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^*** \| \|\|\| \| \| \| \| \|`
`IG_MHC`	`.. \|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| ^**`
`asxturn`	`.. \|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \|`
`betabulge`	`.. ** \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \| **\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| **\| \| \|`
`gammaturn`	`.. * \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| * \| \|`
`niche`	`.. ****** \| \| * ****`
`stturn`	`.. ***`

chain J : PGT124 HEAVY CHAIN
`MAN` `509K`	`.. * ..`
`MAN` `508K`	`.. * ..`
`BMA` `503K`	`.. \|* ..`
`NAG` `502K`	`.. \|* *** ..`
`NAG` `501K`	`.. \|\| \|\|\| ..`
`MAN` `506K`	`.. *\|\| \|\|\| ..`
`sec str:`	`....eeee...ee.....eeeeeee...hhhhh.eeeeee.....eeeeeee.....eee.hhhh..eeeeee....eeeeee........eeeeeee.eeeeee..hhhhh.eeeeee.......eeeee........eeeee.......eeeeeeeee.......eeee.........ee.............eeeeeee.hhh....eeeeeee....eeeeeee..`
`sequence :`	`..VQLQESGPGLVRPSETLSVTCIVSGGSISNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRETTTYNPSLNSRAVISRDTSKNQLSLQLRSVTTADTAIYFCATARRGQRIYGVVSFGEFFYYYYMDVWGKGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPS..GGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP`
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`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\|\|\|\| \| \| \| ^\|\| \| \|\| \| \| \|^ \| \|\|\|\|\| ^ \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| ^ ^..\| \| \| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\|\|\|\| \| \| \| ^*\| \| \|\| \| \| \| \| \| ^\| \|\|^\| \| \| \| \| ..\| \| \| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\|^*`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\|\|\|\| \| *******^ \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| ..\| \| \| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\|`
`MYRISTYL`	`.. ^***\| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| ^* ..^* \| \|^***\| \| \|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\|`
`IG_MHC`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| .. \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \|\| ^**\| \|\|`
`asxturn`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \|\|\| ***\| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| .. \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|`
`betabulgeloop`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| ****** \|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| .. \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|`
`betaturn`	`.. \|\|\| \| \| \| **\| \| \| \| \| \| \|\|\| \| *\|\| \| \| .. \| \| \| \|\| \| \| \| **\|`
`gammaturn`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \|* \| \| .. \| \| *\| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \|\|\| \| \| \| * * * \|\|\| \| * \| \| .. \| \| \| \| * \| \| \| \|`
`niche`	`.. \|** * \|** * .. * * ** **`
`stturn`	`.. * * ..`

chain K : SURFACE PROTEIN GP160 member of: GENE3D:G3DSA_2.170.40.20, PFAM:PF00516, SUPERFAMILY:SSF56502, UniProt:P20871
`CL` `516K`	.. * .. * * *
`NAG` `515K`	.. \| .. \| * * * * \| \|
`NAG` `514K`	.. \| .. \| ** * \| \| \| * * \| \| \|
`NAG` `513K`	`.. * * \| .. \| **\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`NAG` `512K`	`.. * \| \| \| .. \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| `
`NAG` `511K`	`.. \| \|\| * ** \| \| \| .. \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|`
`NAG` `502K`	`.. \| \|\| \| \|\| \| \| \| .. * \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|`
`NAG` `501K`	`.. \| \|\| \| \|\| \| * \| .. \| * \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|`
`sec str:`	`..........hhhhhhhhhhhhhhhhh...eee.....ee....................eee.................................eee.........eee..........eeeeeeeeeeeeee...............eeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhhh....eee......hhhhhheeeee..eeeee.......eee.....ee......eeeeeeeee.eee......eee.........eeeeeeeeeeeee.........eeeee...hhhhhhhhhhh...eee.`
`sequence :`	`..DFNMWKNNMVEQMQEDVINLWDQSLKPCVKLTGGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGKGQCKNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKVVIRSDNFTDNAKTIIVQLNESVKINCTRPSNN..IIGDIRQAHCNISRAQWNNTLKQIVEKLREQFNNKTIVFTHSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWNDTEKSSGTEGNDTIILPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIKGQIRCSSNITGLLLTRDGGKNESEIEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKI`
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`ASN_GLYCOSYLATION`	`.. \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \| \| \| ^*\| \|\| ^* \| \|\| ^* \| ^* \| ^*\| ^* \|^.. \| \| ^ ^\| ^ \| \| \|\|\| \| ^* ^*^\| \|\| \| ^ \| \| \| \| ^* \|\| \| ^***\|\| \| \|\| \|\|`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \|\|\| \| \| \| \|\| ^ \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| ^ \| \| .. \| \| ^ \| \| \|\|\| \| \| \|^ \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \|\| \|\|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|^* \| \| \| \| \| .. \| \| ^* \|\|\| \| ^* ^* \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|^*** \| \|\| \|\|
`MYRISTYL`	.. \|\|\| \| \| \| \|\| \| ^*** \| \| \| \| \| \| \|^* \| \|\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \|\|\| \| ^* \| \| ^* ^***\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|
`alphabetamotif`	.. \|\|\| \| \| *** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| * \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ******
`asxturn`	.. * * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \|\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|
`betaturn`	.. \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| *****
`gammaturn`	.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ***\| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|
`nest`	.. \| \| \| \| * \| \| \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \| .. \| \| \| \| * \| \| * \|\| \|
`niche`	.. ** \| \| * *** * .. * \| \| *****
`ststaple`	`.. *** .. ****`

Assembly 4

View the assembly/model: (

)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain L : T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 member of: GENE3D:G3DSA_2.60.40.10, PANTHER:PTHR11422/PTHR11422_SF0, PFAM:PF05790/PF07686/PF09191, PROSITE PROFILES:PS50835, SMART:SM00406/SM00409, SUPERFAMILY:SSF48726, UniProt:P01730
`NAG` `516A`	`..`
`sec str:`	`...eeee....eee...........eeee.....eeeeee..eeee........ee.hhhhhhhh...eee...hhhhheeeeeee...eeeeeeeee...............eeee.........eeeee.....eeeee.eeee...hhhhheeeeeeeee..eeeeeeeee.`
`sequence :`	`..VVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIV`
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`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| *******^ \| \|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|^*** \| \|\| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| ^*\| \| ^* \| ^* \| \| \| \|^***`
`AMIDATION`	`.. ^*** \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`alphabetamotif`	`.. \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| ***** \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`asxturn`	`.. \| \| *** \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betabulge`	`.. \| \| \| \| ** \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \| **\| \| \| **\| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`gammaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \|`
`nest`	`.. \| \| * \| \| \| \|\| \| * \| \| \| \| \| \| \| \|`
`niche`	`.. * * \| \|** * ** **`
`stturn`	`.. ***`

chain M : PGT124 LIGHT CHAIN
`MAN` `510A`	`.. * * *`
`MAN` `509A`	`.. * \|`
`MAN` `508A`	`.. * \|\|\| \|**`
`MAN` `505A`	`.. \| \|\|\| \|\|\|`
`sec str:`	`...eeeeeee....eeee........eeeeeeee......eeee.............ee...........eeee...hhhhh.eeeeeeee...........eeeeeee.......eeeee..hhhhhh...eeeeeeeeee.....eeeeee..ee....eee...ee.....eeeeeeeeehhhhhhh...eeeeeee..eeeeeee...`
`sequence :`	`..YVSPLSVALGETARISCGRQALGSRAVQWYQHKPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTTATLTISGVEVGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVLSQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT`
`seq num:`	`..5 17 27 37 47 57 66 74 84 94 101 111 121 131 141 151 161 171 181 191 201`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. ^ \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| ^ \| \| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| ^*\| \|\| \| \| \| ^* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| ^***`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| ^*** ^*\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^*** \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|`
`IG_MHC`	`.. \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| ^**`
`betabulge`	`.. \| \| \| \| **\| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\|`
`betabulgeloop`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ***** \| \| \| \|\|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| \| **\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| **\| \| \| \| \|\|`
`nest`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \|\|`
`niche`	`.. * * **** * \| ** * * \| \| **`
`stmotif`	`.. \| \| ***** \|`
`ststaple`	`.. \| \| *****`
`stturn`	`.. ***`

chain N : PGT124 HEAVY CHAIN
`MAN` `509A`	`.. * ..`
`MAN` `508A`	`.. * ..`
`BMA` `503A`	`.. \|* ..`
`NAG` `502A`	`.. \|* *** ..`
`NAG` `501A`	`.. \|\| \|\|\| ..`
`MAN` `506A`	`.. *\|\| \|\|\| ..`
`sec str:`	`....eeeee...ee.....eeeeeeee........eeeeee.....eeeeeee.....eee.hhhh..eeeeee....eeeeee...hhhhheeeeeeeeeeeeee........eeeeeeeeee...eeeee........eeeee........eeeeeeeeeee.....eeee.hhhh...eee...ee.....eeeeeeeeee.........eeeeee....eeeeee...`
`sequence :`	`..QVQLQESGPGLVRPSETLSVTCIVSGGSISNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRETTTYNPSLNSRAVISRDTSKNQLSLQLRSVTTADTAIYFCATARRGQRIYGVVSFGEFFYYYYMDVWGKGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPSS..GGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP`
`seq num:`	`..1 11 21 31 41 51 61 71 81 88 98 100 102 112 140 ..151 161 171 181 191 201 211 221`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\|\|\|\| \| \| \| ^\|\| \|\|\|\|\|\| \| \|^ \| \| \|\|\|\|\|\| ^ \|\| \|\|\| \| \| ^ ^*..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\|\|\|\| \| \| \| ^*\| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|^\| \|^\| \| \| ..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \| ^*`
`TYR_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\|\|\|\| \| *******^ \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| ..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \|`
`MYRISTYL`	`.. ^***\| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| ^* ..^* \| \|^*** \| \|\|\| \| \|\| \| \| \| \| \|`
`IG_MHC`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| .. \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| ^** \|`
`asxturn`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| ***\|\|\| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| .. \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \|`
`betabulgeloop`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| ****** \| \|\|\|\|\|\| \| \| \| .. \| \| \| \| \|\|\| \| \|\| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| **\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| .. \| \| \| \| \| \|\| \| **`
`gammaturn`	`.. \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| *** .. \| \| \| \| \| \| \|\| \|`
`nest`	`.. \|\|\| \| \| \| \| * * * \| \|\|\|\| \| \| \| .. \| \| \| * \| \|*`
`niche`	`.. \|** \| \| \| .. ** \| \| ****`
`stmotif`	`.. \| \| \| \| ***** .. \| \|`
`stturn`	`.. * * * .. *`

chain A : SURFACE PROTEIN GP160 member of: GENE3D:G3DSA_2.170.40.20, PFAM:PF00516, SUPERFAMILY:SSF56502, UniProt:P20871
`CL` `521A`	.. .. * * *
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`NAG` `519A`	.. .. \| * * \| \| \|
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`NAG` `512A`	`.. \| \|\| \| \| .. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\|\|\|`
`NAG` `511A`	`.. \| \|\| \| \| * .. \| * \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\|\|\|`
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`NAG` `502A`	`.. \| \|\| \| \| \| .. \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\|\|\|`
`NAG` `501A`	`.. \| \|\| \| \| * .. \| * * \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| * \| \|\|\|\|\|`
`sec str:`	`...ee.hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh...eee....eee....................eeeeee.......ee....eeee.............eee.........eee..........eeeeeeeeeeeeeee.............eeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhhh...eeee......hhhhhheeeee..eeeee.......eee.............eeeeeeeee.eee......eee........eeeeeeeeeeeeee........eeeeee...hhhhhhhhhhh...eee.`
`sequence :`	`..DFNMWKNNMVEQMQEDVINLWDQSLKPCVKLTGGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGKGQCKNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKVVIRSDNFTDNAKTIIVQLNESVKINCTRPSNN..IGDIRQAHCNISRAQWNNTLKQIVEKLREQFNNKTIVFTHSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWNDTEKSSGTEGNDTIILPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIKGQIRCSSNITGLLLTRDGGKNESEIEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKI`
`seq num:`	..92 102 112 122 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 ..323 333 343 353 364 374 384 394 404 418 428 438 448 458 468 478 488
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`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \| \| ^ \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| ^ \| \| .. \| \| ^ \| \| \|\| \| \| \|^ \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\| \|
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