4pei: Sequences

PDBeMotif: 4pei

		Sequences				3D motifs				Ligand environment				Ligand bonds

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Classification:	hydrolase/rna \| release date: Wed, Apr 23, 2014
Title:	dbr1 in complex with synthetic branched rna analog
Authors:	A.B.TAYLOR, A.KATOLIK, D.J.COMBS, E.J.MONTEMAYOR, J.P.SCHUERMANN, M.J.DAMHA, N.E.CLARK, P.J, R.JOHNSSON, S.P.HOLLOWAY, S.W.STEVENS
Method:	X-RAY DIFFRACTION (resolution: 1.95Å)

PDBe Citation

Small molecules:

PG4

GOL

SO4

G46

Ligand bond colours:

covalent

ionic

hydrogen

electrostatic

van-der-waals

plane-atom

plane-plane

undefined

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Chains A,B,C,D,E sequence:
GAMATEQIQHIAIVGSVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKE
KAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTR
NYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAE
EGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELW
EKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELNIN

Residue colours: hydrophilic hydrophobic intermediate

Assembly 1

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chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

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chain A : RNA LARIAT DEBRANCHING ENZYME, PUTATIVE member of: GENE3D:G3DSA_3.60.21.10, PANTHER:PTHR12849, PFAM:PF00149, SUPERFAMILY:SSF56300, UniProt:C4M1P9
`GOL` `404A`	`.. * * ** *`
`GOL` `403A`	`.. * \| \| \|\| \|`
`SO4` `402A`	`.. * \|\|\| \|\| * * \| \| \|\| \|`
`NI` `401A`	`.. * \| \|\|\| \|\| * \| \| \| \| \|\| `
`G46` `510Q`	`.. * * \| \|\|\| \|\| \| \| \| \|\| * \| **`
`sec str:`	`...eeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhh..eeeeee........hhhhhhhh..hhhhh...hhhhhhh........eee......hhhhhhhh...eeee..eee...eeeeee..eeeeee....hhhhh...ee...hhhhhhh.....hhhhhhhh.........eeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhh..eeee......eeeee..eeeee.....hhh.eeeeeee.......eehhhhhhhhhhhhhhhh...ee.....hhhhhhhh.hhhhhhhhhhhhhhhh.........hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.`
`sequence :`	`..QIQHIAIVGSVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKEKAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTRNYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAEEGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELWEKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELNI`
`seq num:`	..5 15 25 35 45 55 65 75 85 95 105 115 125 135 145 155 165 175 185 195 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 305 315 325 335 345
`ASN_GLYCOSYLATION`	.. \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| ^*** \| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| ^\| \|\|\|^ \| \|\| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| ^ \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \|\| \|\|^ \| \|\|\| \|\|\|^ \|\|\| \| \| ^\| \| \| \|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| ^* ^* \|\|\|\| \| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|^* \| \| ^\| \| \| \| \|\| ^ \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|^* \| ^*\|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|^*\|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|
`TYR_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| \|\|\|\| *****^\| \|\| \|****^ \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| ****^ \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***^\| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \|\|\| \| \| *****^ \| \|
`MYRISTYL`	.. ^*** \| \| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| ^* \| ^* \| ^* \| \| ^*\| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|^*** \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|
`LEUCINE_ZIPPER`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \|**********************\| \| \| \| \|
`alphabetamotif`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| ***** \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`asxmotif`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***** \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`asxturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| ***\|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| ****\| * \|\|\|\| *** \| \| \| \| **** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|** \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`nest`	.. * * ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| * \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| *
`niche`	.. \| \| ** \| \| \| \| \| * ****** \| \| \| \| * ***
`stmotif`	.. \| \| *** * \| \| ***
`ststaple`	.. \| \| \| \| *****
`stturn`	`.. * *`

*chain V : RNA (5'-R(UPAPAPCPA)-3')**
`GOL` `404A`	`..`
`G46` `510Q`	`..*`
`sec str:`	`.....`
`sequence :`	`..ACA`
`seq num:`	`..501`

Assembly 2

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chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

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chain B : RNA LARIAT DEBRANCHING ENZYME, PUTATIVE member of: GENE3D:G3DSA_3.60.21.10, PANTHER:PTHR12849, PFAM:PF00149, SUPERFAMILY:SSF56300, UniProt:C4M1P9
`PG4` `403B`	`.. * **** * *`
`SO4` `402B`	`.. * * \|* \|\|\|\| \| \|`
`NI` `401B`	`.. * \| * \| \|\| \|\|\|\| \| \| * *`
`G46` `510R`	`.. * * \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| *`
`sec str:`	`...eeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhh..eeeeee........hhhhhhhh..hhhhh...hhhhhhh........eee......hhhhhhhh...eeee..eee...eeeeee..eeeeee....hhhhh...ee...hhhhhhh......hhhhhhh.........eeee.....hhhhhhhhhhhhhhh.hhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhh..eeee......eeeee..eeeee.....hhh.eeeeeee.......eehhhhhhhhhhhhhhh....ee.....hhhhhhhh.hhhhhhhhhhhhhhhh.........hhhhhhhhhhhhhhhhhhhh..`
`sequence :`	`..QIQHIAIVGSVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKEKAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTRNYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAEEGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELWEKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELNI`
`seq num:`	..5 15 25 35 45 55 65 75 85 95 105 115 125 135 145 155 165 175 185 195 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 305 315 325 335 345
`ASN_GLYCOSYLATION`	.. \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|^*** \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \|
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| ^\| \|\|\|^ \|\| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| ^ \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \| \|\| \|\|^ \| \| \|\| \|\|\|^ \|\|\| \| \| \| ^\| \| \| \|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| ^* ^* \|\|\|\| \| \|\| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|^* \| \| ^* \|\| \| \| \|\| \|\| ^* \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|^* \| ^*\| \| \|\| \|\| \| \| \| \|^*\|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \|
`TYR_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| \|\|\|\| *****^\| \|\| \|****^ \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| ****^ \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***^ \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \| *****^ \| \|
`MYRISTYL`	.. ^*** \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| ^* \| ^* \| ^* \| \| ^*\| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \| ^*** \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|
`LEUCINE_ZIPPER`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|**********************\| \| \| \| \| \| \|
`alphabetamotif`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ***** \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|
`asxturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| *** \| \| \| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| **\| * \|\|\|\| \| \| *** \| \| \| \| *** \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|** \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|
`gammaturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| *** \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|
`nest`	.. * * ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| ***
`niche`	.. \| \| ** \| \| \| \|\| \| * * **** \| \| *** \| \| * *** \| \|
`stmotif`	.. \| \| \| \| ***\| \| \| \| *** \| \|
`ststaple`	.. \| \| *** * * ***
`stturn`	`.. ***`

*chain W : RNA (5'-R(UPAPAPCPA)-3')**
`G46` `510R`	`..*`
`sec str:`	`.....`
`sequence :`	`..ACA`
`seq num:`	`..501`

Assembly 3

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chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

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chain C : RNA LARIAT DEBRANCHING ENZYME, PUTATIVE member of: GENE3D:G3DSA_3.60.21.10, PANTHER:PTHR12849, PFAM:PF00149, SUPERFAMILY:SSF56300, UniProt:C4M1P9
`GOL` `404C`	`.. ****`
`GOL` `403C`	.. * * \|\|\|\|
`SO4` `402C`	.. \| * \| * * \|\| * \|\|\|\| \|\|
`NI` `401C`	.. \| \| \| * \| \| \|\| \| * \|\|\|\| * \|\|
`sec str:`	`...eeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhh..eeeeee........hhhhhhhh..hhhhh...hhhhhhh........eee......hhhhhhhh...eeee..eee...eeeeee..eeeeee....hhhhh...ee...hhhhhhh......hhhhhhh.........eeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhh..eeee......eeeee..eeeee.........eeeeeee.......eehhhhhhhhhhhhhhhh...ee.....hhhhhhhh.hhhhhhhhhhhhhhhh.........hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.`
`sequence :`	`..QIQHIAIVGSVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKEKAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTRNYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAEEGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELWEKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELNI`
`seq num:`	..5 15 25 35 45 55 65 75 85 95 105 115 125 135 145 155 165 175 185 195 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 305 315 325 335 345
`ASN_GLYCOSYLATION`	.. \| \| \|\| \| \| \|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| ^*** \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| \|\| ^\| \|\|\|^ \|\| \|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| ^ \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\|^ \| \|\| \|\|\|^ \|\|\| \| \| ^\| \| \| \|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| ^* ^* \|\|\|\| \| \|\| \|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|^* \| \| ^* \| \| \| \| ^* \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|^* \| ^*\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|^*\|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|
`TYR_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\|\|\| *****^\| ****^\|\|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| ****^ \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***^\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \|\|\| \| \| *****^ \| \|
`MYRISTYL`	.. ^*** \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\| ^* ^* \| ^* \| \| ^*\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|^*** \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|
`LEUCINE_ZIPPER`	.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|**********************\| \| \| \| \|
`alphabetamotif`	.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| *****\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`asxmotif`	.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***** \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`asxturn`	.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| *** \| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| **\| ***\|\| \| \| \| *** \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| **\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`gammaturn`	.. \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| *** \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`nest`	.. * \| \| \| * ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| ***
`niche`	.. \| \| \| \| \| ** \| \| \| \|\| \| * * **** \| \| \| \| * ***
`schellmannloop`	.. \| \| \| \| \| ****** \| \|\| \| \| \| \| \|
`stmotif`	.. \| \| \| \| \| ***\| \| \| \| ***
`ststaple`	.. *** * \| * ***
`stturn`	`.. ***`

*chain X : RNA (5'-R(UPAPAPCPA)-3')**
`NI` `401C`	`.. *`
`G46` `510S`	`..* \|`
`sec str:`	`.....`
`sequence :`	`..ACA`
`seq num:`	`..501`

Assembly 4

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)

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chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

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chain D : RNA LARIAT DEBRANCHING ENZYME, PUTATIVE member of: GENE3D:G3DSA_3.60.21.10, PANTHER:PTHR12849, PFAM:PF00149, SUPERFAMILY:SSF56300, UniProt:C4M1P9
`GOL` `404D`	`.. * * *`
`GOL` `403D`	`.. ** * \| \|`
`SO4` `402D`	`.. * \|\| \| \| \| * * *`
`NI` `401D`	`.. * \| \|\| \| \| \| * \| \| \| * *`
`G46` `510T`	`.. * * \| \|\| \| \| \| ** \| \| \| \| * *`
`sec str:`	`...eeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhh..eeeeee........hhhhhhhh..hhhhh...hhhhhhh........eee......hhhhhhhh...eeee..eee...eeeeee..eeeeee....hhhhh...ee...hhhhh........hhhhhhh.........eeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhh..eeee......eeeee..eeeee.....hhh.eeeeeee.......eehhhhhhhhhhhhhhhh...ee.....hhhhhhh..hhhhhhhhhhhhhhhh.........hhhhhhhhhhhhhhhhhhhh..`
`sequence :`	`..QIQHIAIVGSVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKEKAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTRNYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAEEGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELWEKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELNI`
`seq num:`	..5 15 25 35 45 55 65 75 85 95 105 115 125 135 145 155 165 175 185 195 205 215 225 235 245 255 265 275 285 295 305 315 325 335 345
`ASN_GLYCOSYLATION`	.. \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|^*** \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \|
`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| ^\| \|\|\|^ \| \|\| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| ^ \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\|^ \| \| \|\| \|\|\|^\| \| \|\|\| \| \| ^\| \| \| \|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| ^* ^* \|\|\|\| \| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|^* \| \| ^\| \| \| \| \| \| ^ \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|^* \| ^*\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|^*\|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \|
`TYR_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| \|\|\|\| *****^\| \| ****^ \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| ****^ \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***^\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\| \| \| *****^ \| \|
`MYRISTYL`	.. ^*** \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| ^* \| ^* \| ^* \| \| ^*\| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|^*** \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|
`LEUCINE_ZIPPER`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|**********************\| \| \| \| \|
`asxmotif`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***** \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`asxturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \| * \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| * \| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| ** \|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ***** \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`gammaturn`	.. \| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| *** \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`nest`	.. * * ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \|\| \| * \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \|\| \| \| \| \| \| *
`niche`	.. \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| * ****** \| \| *** \| \|\| \| * ***
`schellmannloop`	.. \| \| ****** \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`stmotif`	.. \| \| *** \| \| *\| \| \| \| * ***
`ststaple`	.. \| \| \| \| *** * ***
`stturn`	`.. * *`

*chain Y : RNA (5'-R(UPAPAPCPA)-3')**
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Assembly 5

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)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain E : RNA LARIAT DEBRANCHING ENZYME, PUTATIVE member of: GENE3D:G3DSA_3.60.21.10, PANTHER:PTHR12849, PFAM:PF00149, SUPERFAMILY:SSF56300, UniProt:C4M1P9
`SO4` `402E`	`.. * * *`
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`sec str:`	`...eeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhh..eeeeee........hhhhhhhh..hhhhh...hhhhhhh........eee......hhhhhhhh...eeee..eee...eeeeee..eeeeee....hhhhh...ee...hhhhh........hhhhhhhhhhh.....eeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhh..eeee......eeeee..eeeee.....hhh.eeeeeee.......eehhhhhhhhhhhhhhhh...ee.....hhhhhhhh.hhhhhhhhhhhhhhhh.........hhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.`
`sequence :`	`..QIQHIAIVGSVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKEKAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTRNYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAEEGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELWEKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELN`
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`PKC_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \|\| ^\| \|\|\|^ \|\| \|\| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| ^ \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\|^ \| \| \|\|\| \|\|\|^ \|\|\| \| \| ^\| \| \|
`CK2_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| ^* ^* \|\|\|\| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|^* \| \| ^* \| \| \| \|\| ^* \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \|^* \| ^*\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|^*\|\| \| \|\|\| \| \| \| \| \|
`TYR_PHOSPHO_SITE`	.. \| \| \|\| \| \| \| \|\|\|\| *****^\| \| ****^ \|\|\|\| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| ****^ \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***^\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \|\| \| \|\|\| \| \| *****^ \|
`MYRISTYL`	.. ^*** \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\|\|\| ^* ^* \| ^* \| \| ^*\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|^*** \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|
`LEUCINE_ZIPPER`	.. \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \|**********************\| \| \| \| \|
`asxmotif`	.. \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| ***** \| \| \|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \|
`asxturn`	.. \| \| \| \| \| \|\|\|\| \|\| \|\| \| \| \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \| \| *\|\| \|\| \| \| \| * \| \|
`betaturn`	.. \| \| \| \| \| \|\|\|\| *** \|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| *** \| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| **
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*chain Z : RNA (5'-R(UPAPAPCPA)-3')**
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