3kdh: Sequences

PDBeMotif: 3kdh

		Sequences				3D motifs				Ligand environment				Ligand bonds

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Classification:	hormone receptor \| release date: Thu, Oct 22, 2009
Title:	structure of ligand-free pyl2
Authors:	H.FAN, N.YAN, P.YIN, Q.HAO, X.YUAN
Method:	X-RAY DIFFRACTION (resolution: 1.65Å)

PDBe Citation

Ligand bond colours:

covalent

ionic

hydrogen

electrostatic

van-der-waals

plane-atom

plane-plane

undefined

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Chains A,B,C sequence:
MSSSPAVKGLTDEEQKTLEPVIKTYHQFEPDPTTCTSLITQRIHAPASVVWPLIRRFDNPERYKHFVKRCRLISGDGDVG
SVREVTVISGLPASTSTERLEFVDDDHRVLSFRVVGGEHRLKNYKSVTSVNEFLNQDSGKVYTVVLESYTVDIPEGNTEE
DTKMFVDTVVKLNLQKLGVAATSAPMHDDE

Residue colours: hydrophilic hydrophobic intermediate

Assembly 1

View the assembly/model: (

)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain A : PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN AT2G26040 member of: CATH:3.30.530.20, GENE3D:G3DSA_3.30.530.20, PANTHER:PTHR31213/PTHR31213_SF7, PFAM:PF10604, SUPERFAMILY:SSF55961, UniProt:O80992
`sec str:`	`...........hhhhhhhhhhhhhhhh.......eeeeeeeeee..hhhhhhhhhhh..hhhhh...eeeeeeee.......eeeeee......eeeeeeeeeee....eeeeee..........eeeeeeeee........eeeeeeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh......`
`sequence :`	`..SSSPAVKGLTDEEQKTLEPVIKTYHQFEPDPTTCTSLITQRIHAPASVVWPLIRRFDNPERYKHFVKRCRLISGDGDVGSVREVTVISGLPASTSTERLEFVDDDHRVLSFRVVGGEHRLKNYKSVTSVNEFLNQDSGKVYTVVLESYTVDIPEGNTEEDTKMFVDTVVKLNLQKLGVAATSAPMHDDE`
`seq num:`	`..2 12 22 32 42 52 62 72 82 92 102 112 122 132 142 152 162 172 182`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \|\| ^ \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| ^\| \|\|\| \| ^ \|\| \| \|\| \| ^ \| \| \| \| \| \| ^** \| \|\| \| \|\| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|^* \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| ^* \|\|\| ^* \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| ^* \| \| \| \|^*** \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \|^*** \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ^***`
`alphabetamotif`	`.. \| \| \| \| \| \|\| ***** \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`asxturn`	`.. \| \| \| \| *\| \| \| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \|\| *\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betabulge`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \| \| \| \| \| ** \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`niche`	`.. ** *** * ****** * **** \| \|`
`ststaple`	`.. \| \| *****`
`stturn`	`.. ***`

chain B : PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN AT2G26040 member of: CATH:3.30.530.20, GENE3D:G3DSA_3.30.530.20, PANTHER:PTHR31213/PTHR31213_SF7, PFAM:PF10604, SUPERFAMILY:SSF55961, UniProt:O80992
`sec str:`	`.......hhhhhhhhhhhhhhhh.......eeeeeeeeee..hhhhhhhhhhh..hhhhh...eeeeeeee.......eeeeee......eeeeeeeeeee....eeeeeeee........eeeeeeeeee......eeeeeeeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.....`
`sequence :`	`..AVKGLTDEEQKTLEPVIKTYHQFEPDPTTCTSLITQRIHAPASVVWPLIRRFDNPERYKHFVKRCRLISGDGDVGSVREVTVISGLPASTSTERLEFVDDDHRVLSFRVVGGEHRLKNYKSVTSVNEFLNQDSGKVYTVVLESYTVDIPEGNTEEDTKMFVDTVVKLNLQKLGVAATSAPMHDD`
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`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\| \|\| \| \| \| \| \|\| ^ \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| ^\| \|\|\| \| ^ \|\| \| \|\| \| ^ \| \| \| \| \| \| \|^** \| \|\| \| \|\| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|^*\| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| ^* \|\|\| ^* \|\| \| \|\| \| \| \| \| ^* \| \|\| \| \| \|^*** \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \|^*** \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| ^***`
`alphabetamotif`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| ***** \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \|`
`asxturn`	`.. \| \|\| \| \| \| \| *\| \| \| \| \| \|\|\| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| **\| \| \| \| \| \|`
`betabulge`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| ** \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`niche`	`.. **\| \| \| *** * **** * **** \| \|`
`stmotif`	`.. ***** \| \| \| \| \| \|`
`ststaple`	`.. *** \| \| ***`
`stturn`	`.. ***`

Assembly 2

View the assembly/model: (

)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain C : PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN AT2G26040 member of: CATH:3.30.530.20, GENE3D:G3DSA_3.30.530.20, PANTHER:PTHR31213/PTHR31213_SF7, PFAM:PF10604, SUPERFAMILY:SSF55961, UniProt:O80992
`sec str:`	`...........hhhhhhhhhhhhhhhh.......eeeeeeeeee..hhhhhhhhhhh..hhhhh...eeeeeeee.......eeeeee......eeeeeeeeeee....eeeeee..........eeeeeeeeee......eeeeeeeeeeee.....hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.....`
`sequence :`	`..SSSPAVKGLTDEEQKTLEPVIKTYHQFEPDPTTCTSLITQRIHAPASVVWPLIRRFDNPERYKHFVKRCRLISGDGDVGSVREVTVISGLPASTSTERLEFVDDDHRVLSFRVVGGEHRLKNYKSVTSVNEFLNQDSGKVYTVVLESYTVDIPEGNTEEDTKMFVDTVVKLNLQKLGVAATSAPMHDD`
`seq num:`	`..2 12 22 32 42 52 62 72 82 92 102 112 122 132 142 152 162 172 182`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|\| \|\|\| \| \| \| \| \|\| ^ \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| ^\| \|\|\| \| ^ \|\| \| \|\| \| ^ \| \| \| \| \| \| \|^** \| \|\| \|\| \|\| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`.. \| \|^*\| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| ^* \|\|\| ^* \|\| \| \|\| \| \| \| \| ^* \| \|\| \| \| \|^***\| \|\| \|`
`MYRISTYL`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|^*** \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| ^***`
`alphabetamotif`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \|\| ***** \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|\| \| \| \|`
`asxturn`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| *\| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \| \| **\| \| \| \|\| \| \| \|`
`betabulge`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|`
`betaturn`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| ** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\| \| \| \|`
`nest`	`.. \| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| * \| \| \| *** \| \|\| \| \| \|`
`niche`	`.. **\| \| \| \| *** * **** \| \| **\| \| \| \|`
`stmotif`	`.. ***** \| \| \| \| \| \| \| \| \|`
`ststaple`	`.. *** \| \| \| \| * ***`
`stturn`	`.. * *`

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