1akz: Sequences

PDBeMotif: 1akz

		Sequences				3D motifs				Ligand environment				Ligand bonds

Help About

Enzyme:	3.2.2.
Classification:	glycosidase \| release date: Tue, May 27, 1997
Title:	human uracil-dna glycosylase
Authors:	C.D.MOL, J.A.TAINER
Method:	X-RAY DIFFRACTION (resolution: 1.57Å)

PDBe Citation

Ligand bond colours:

covalent

ionic

hydrogen

electrostatic

van-der-waals

plane-atom

plane-plane

undefined

- Click here to show 5Å bonds

Chain A sequence:
MEFFGESWKKHLSGEFGKPYFIKLMGFVAEERKHYTVYPPPHQVFTWTQMCDIKDVKVVILGQDPYHGPNQAHGLCFSVQ
RPVPPPPSLENIYKELSTDIEDFVHPGHGDLSGWAKQGVLLLNAVLTVRAHQANSHKERGWEQFTDAVVSWLNQNSNGLV
FLLWGSYAQKKGSAIDRKRHHVLQTAHPSPLSVYRGFFGCRHFSKTNELLQKSGKKPIDWKEL

Residue colours: hydrophilic hydrophobic intermediate

Assembly 1

View the assembly/model: (

)

Motif search

chain:

Sequence numbers:

Using:	φ/ψ residues code secondary structures
	coordinates of: Cαs Side-chain

View the fragment:

chain A : URACIL-DNA GLYCOSYLASE member of: CATH:3.40.470.10, GENE3D:G3DSA_3.40.470.10, HAMAP:MF_00148, PANTHER:PTHR11264/PTHR11264_SF0, PFAM:PF03167, PROSITE PATTERNS:PS00130, SMART:SM00986/SM00987, SUPERFAMILY:SSF52141, TIGRFAMS:TIGR00628, UniProt:P13051
`sec str:`	`.......hhhhhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhhhhhh......hhh..hhh....hhh..eeeee........................hhhhhhhhhhhhh............hhhhhh.eeeee.................hhhhhhhhhhhhhhh....eeeee.hhhhhhhhh......eeeee.......hhh......hhhhhhhhhhhh..........`
`sequence :`	`..MEFFGESWKKHLSGEFGKPYFIKLMGFVAEERKHYTVYPPPHQVFTWTQMCDIKDVKVVILGQDPYHGPNQAHGLCFSVQRPVPPPPSLENIYKELSTDIEDFVHPGHGDLSGWAKQGVLLLNAVLTVRAHQANSHKERGWEQFTDAVVSWLNQNSNGLVFLLWGSYAQKKGSAIDRKRHHVLQTAHPSPLSVYRGFFGCRHFSKTNELLQKSGKKPIDWKEL`
`seq num:`	`..82 92 102 112 122 132 142 152 162 172 182 192 202 212 222 232 242 252 262 272 282 292`
`CAMP_PHOSPHO_SITE`	`..\| \| \| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| *^ \|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \| \|`
`PKC_PHOSPHO_SITE`	`..\| \| ^ \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|\| \|\| \| \| \| \| \| \| \| ^ \| \|^\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| ^\| \| \|`
`CK2_PHOSPHO_SITE`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\| \| \| \|^* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|^\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|^**\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \| \|`
`MYRISTYL`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| ^***** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \| \|`
`AMIDATION`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| ^*** \| \|`
`U_DNA_GLYCOSYLASE`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|*****^ \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \| \|`
`alphabetamotif`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| ***** \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \| \|`
`asxmotif`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|***** \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \| \|`
`asxturn`	`..\| \| \| \|\| \| \| \| \|\| \|\| \|*\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \|\| \|*** \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \| \|`
`betaturn`	`..\| \| ** \| \| \| * \|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| ***\|\|\|\|\|\|\|\| **\| \| \|`
`gammaturn`	`..\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| ***`
`nest`	`..\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| * \| \| *\|* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|\|\| ***** *`
`niche`	`..** \| * ** * ***** * ** \| \| *** * \|\|\|`
`stmotif`	`.. \| \| \| \| *****`
`ststaple`	`.. \| *** ****`
`stturn`	`.. \| \| ***`
`Catalytic site`	`.. * *`

	New search	1akz:	Sequences	\|	3D motifs	\|	Ligand environment	\|	Ligand bonds	\|	SPICE view	\|	PDB	\|	XML	\|	Structure factors