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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF04560 phylogeny
for nucleotide alignment


 
(((((((((((((((((((((((((((((((Q9XCN1_9HELI/1-77,(Q9XCM8_WOLSU/1-77,Q9XCN6_9HELI/1-77)),Q9XCN2_HELMU/1-77),((Q9XCN7_9HELI/1-77,Q9XCM9_9HELI/1-77),Q9XCN4_9HELI/1-77)),(Q9XCN0_9HELI/1-77,(RPOBC_HELPJ/1298-1374,(Q9XCN5_HELPY/1-77,RPOBC_HELPY/1298-1374)))),Q9XCN3_9HELI/1-77),RPOB_CAMJE/1297-1373),((RPOB_CLOAB/1084-1160,(RPOB_BORBU/1061-1137,((((((((RPOB_DEIRA/1088-1164,RPOB_THEAQ/1028-1104),((RPOB_RHILO/1288-1364,RPOB_CAUCR/1280-1356),(RPOB_STRCO/1049-1125,(RPOB_AMYMD/1052-1128,(RPOB1_MYCSM/1055-1131,(RPOB_MYCTU/1064-1140,RPOB_MYCLE/1064-1140)))))),(RPOB_AQUPY/1377-1453,RPOB_AQUAE/1376-1452)),RPOB_PORCN/1196-1270),(Q9KK59_LEPBI/1123-1199,RPOB_TREPA/1080-1156)),RPOB_THEMA/1177-1253),(((RPOB_RICPR/1295-1371,((RPOB_RICMA/1295-1371,Q9RAA2_9RICK/1295-1371),RPOB_RICCN/1295-1371)),(((((RPOB_SHEVI/1267-1343,((RPOB_SALTY/1266-1342,RPOB_ECOLI/1266-1342),(RPOB_PSEPU/1281-1357,(RPOB_PSEAE/1281-1357,(RPOB_NEIMB/1316-1392,RPOB_NEIMA/1316-1392))))),(RPOB_PASMU/1266-1342,RPOB_HAEIN/1267-1343)),RPOB_LEGPN/1292-1368),(RPOB_XYLFA/1312-1388,RPOB_COXBU/1299-1375)),(RPOB_BUCAI/1266-1342,RPOB_BUCAP/1266-1342))),(RPOB_BARQU/1292-1368,RPOB_BARHE/1292-1368))),((((RPOB_STRPN/1067-1143,RPOB_STRPY/1067-1143),RPOB_LACLA/1067-1143),(RPOB_STAAU/1072-1148,RPOB_STAAW/1071-1147)),((RPOB_LISMO/1072-1148,RPOB_BACHD/1072-1148),RPOB_BACSU/1071-1147))))),(RPOB_MYCPU/1107-1183,((RPOB_CHLTR/1174-1250,RPOB_CHLMU/1174-1250),RPOB_CHLPN/1174-1250)))),RPOB_SPICI/1138-1214),((RPOB_MYCGE/1281-1357,RPOB_MYCPN/1282-1358),RPOB_MYCGA/1275-1351)),RPOB_UREPA/1302-1378),((((RPOB_NEPOL/1017-1093,RPOB_MESVI/989-1065),(RPOB_GUITH/978-1054,(RPOB_CYACA/981-1057,RPOB_PORPU/1025-1101))),(RPOB_ANASP/1013-1089,RPOB_SYNY3/983-1059)),((RPOB_ODOSI/1266-1342,RPOB_HETCA/965-1041),RPOB_CYAPA/985-1061))),(RPOB_MARPO/976-1053,(RPOB_PINTH/986-1063,(((((RPOB_SPIOL/981-1058,RPOB_TOBAC/981-1058),RPOB_OENHO/983-1060),(RPOB_ARATH/983-1060,RPOB_SINAL/989-1066)),RPOB_LOTJA/981-1058),((RPOB_MAIZE/986-1063,RPOB_ORYSA/986-1063),RPOB_WHEAT/987-1064))))),(RPOB_ASTLO/993-1069,RPOB_EUGGR/1000-1076)),(RPOB_CHLVU/1199-1274,O21237_RECAM/1399-1474)),(((Q9MTD3_TOXGO/959-1036,O97123_TOXGO/959-1036),Q9NJN5_NEOCA/958-1035),RPOB_PLAFA/931-1007)),(Q04387_SACKL/622-697,Q9HFH5_PICET/625-702)),Q98S96_GUITH/968-1048),O96236_PLAF7/1246-1338),Q98RY5_GUITH/1112-1204),Q27826_EUPOC/1100-1192),(RPB2_ARATH/1087-1179,RPB2_LYCES/1086-1178)),((RPB2_DROME/1084-1176,((Q9MZ21_PIG/289-381,RPB2_HUMAN/1082-1174),RPB2_CAEEL/1088-1180)),RPB2_SCHPO/1115-1207)),RPO2_ASFB7/1143-1235),(Q9UV91_9PEZI/933-1026,RPB2_YEAST/1126-1219)),((Q9BJ42_LEIMA/517-603,Q9N935_9TRYP/1038-1124),(((RPOB1_METTH/509-600,RPOB1_METTW/510-601),(Q9YAT8_AERPE/1063-1155,(Q980R1_SULSO/549-641,RPOB_SULAC/1023-1115))),(RPOB1_HALN1/512-604,(RPOB1_ARCFU/509-601,((O59226_PYRHO/1022-1114,Q9V115_PYRAB/1022-1114),RPOB_THECE/1027-1119)))))),(Q9LK40_ARATH/1071-1170,Q9LV32_ARATH/1018-1117)),Q9P6E7_NEUCR/1062-1148),(RPC2_SCHPO/1074-1160,RPC2_YEAST/1058-1144)),Q9FKF1_ARATH/1077-1168),(Q27492_CAEEL/1064-1150,(RPC2_HUMAN/1043-1129,Q9CSL3_MOUSE/22-108))),RPC2_DROME/1047-1133,Q9V649_DROME/1049-1135);
(((((((((((((((((((((((((((((((Q9XCN1_9HELI/1-77:0.10615,(Q9XCM8_WOLSU/1-77:0.15400,Q9XCN6_9HELI/1-77:0.13296):0.04752):0.04577,Q9XCN2_HELMU/1-77:0.15660):0.02131,((Q9XCN7_9HELI/1-77:0.13456,Q9XCM9_9HELI/1-77:0.07483):0.02017,Q9XCN4_9HELI/1-77:0.10150):0.07300):0.02721,(Q9XCN0_9HELI/1-77:0.14919,(RPOBC_HELPJ/1298-1374:0.01162,(Q9XCN5_HELPY/1-77:0.00869,RPOBC_HELPY/1298-1374:0.00883):0.01039):0.15068):0.04079):0.06810,Q9XCN3_9HELI/1-77:0.10119):0.11164,RPOB_CAMJE/1297-1373:0.14922):0.09101,((RPOB_CLOAB/1084-1160:0.14843,(RPOB_BORBU/1061-1137:0.24435,((((((((RPOB_DEIRA/1088-1164:0.14962,RPOB_THEAQ/1028-1104:0.12576):0.06893,((RPOB_RHILO/1288-1364:0.04164,RPOB_CAUCR/1280-1356:0.06391):0.13250,(RPOB_STRCO/1049-1125:0.05740,(RPOB_AMYMD/1052-1128:0.03090,(RPOB1_MYCSM/1055-1131:0.04442,(RPOB_MYCTU/1064-1140:0.03088,RPOB_MYCLE/1064-1140:0.06033):0.03362):0.02037):0.06008):0.05477):0.03235):0.09170,(RPOB_AQUPY/1377-1453:0.07120,RPOB_AQUAE/1376-1452:0.08249):0.16772):0.07599,RPOB_PORCN/1196-1270:0.22500):0.09196,(Q9KK59_LEPBI/1123-1199:0.20780,RPOB_TREPA/1080-1156:0.23571):0.09095):0.09643,RPOB_THEMA/1177-1253:0.26691):0.04738,(((RPOB_RICPR/1295-1371:0.03383,((RPOB_RICMA/1295-1371:0.00000,Q9RAA2_9RICK/1295-1371:0.00439):0.00900,RPOB_RICCN/1295-1371:0.01322):0.01602):0.16867,(((((RPOB_SHEVI/1267-1343:0.09255,((RPOB_SALTY/1266-1342:0.05495,RPOB_ECOLI/1266-1342:0.00718):0.01738,(RPOB_PSEPU/1281-1357:0.01636,(RPOB_PSEAE/1281-1357:0.05391,(RPOB_NEIMB/1316-1392:0.01982,RPOB_NEIMA/1316-1392:0.02865):0.16288):0.02919):0.09549):0.08029):0.04257,(RPOB_PASMU/1266-1342:0.05709,RPOB_HAEIN/1267-1343:0.08036):0.08037):0.04306,RPOB_LEGPN/1292-1368:0.13854):0.04595,(RPOB_XYLFA/1312-1388:0.13252,RPOB_COXBU/1299-1375:0.18059):0.07486):0.04516,(RPOB_BUCAI/1266-1342:0.08201,RPOB_BUCAP/1266-1342:0.04969):0.05170):0.13852):0.05774,(RPOB_BARQU/1292-1368:0.01473,RPOB_BARHE/1292-1368:0.03482):0.16539):0.12678):0.07805,((((RPOB_STRPN/1067-1143:0.07347,RPOB_STRPY/1067-1143:0.03986):0.11890,RPOB_LACLA/1067-1143:0.08444):0.08462,(RPOB_STAAU/1072-1148:0.00000,RPOB_STAAW/1071-1147:0.00437):0.13329):0.05781,((RPOB_LISMO/1072-1148:0.09902,RPOB_BACHD/1072-1148:0.15092):0.04041,RPOB_BACSU/1071-1147:0.07979):0.05624):0.07116):0.05684):0.01611):0.02666,(RPOB_MYCPU/1107-1183:0.30214,((RPOB_CHLTR/1174-1250:0.05200,RPOB_CHLMU/1174-1250:0.03412):0.09136,RPOB_CHLPN/1174-1250:0.05838):0.18611):0.05795):0.04858):0.02960,RPOB_SPICI/1138-1214:0.19454):0.06437,((RPOB_MYCGE/1281-1357:0.06868,RPOB_MYCPN/1282-1358:0.23137):0.08942,RPOB_MYCGA/1275-1351:0.20281):0.06187):0.06535,RPOB_UREPA/1302-1378:0.18378):0.07119,((((RPOB_NEPOL/1017-1093:0.23758,RPOB_MESVI/989-1065:0.07676):0.07025,(RPOB_GUITH/978-1054:0.13497,(RPOB_CYACA/981-1057:0.19576,RPOB_PORPU/1025-1101:0.07751):0.02818):0.02125):0.02673,(RPOB_ANASP/1013-1089:0.08079,RPOB_SYNY3/983-1059:0.16596):0.15317):0.04434,((RPOB_ODOSI/1266-1342:0.12570,RPOB_HETCA/965-1041:0.17823):0.02908,RPOB_CYAPA/985-1061:0.13389):0.01419):0.04382):0.04967,(RPOB_MARPO/976-1053:0.03137,(RPOB_PINTH/986-1063:0.03936,(((((RPOB_SPIOL/981-1058:0.03387,RPOB_TOBAC/981-1058:0.01079):0.01676,RPOB_OENHO/983-1060:0.03984):0.00445,(RPOB_ARATH/983-1060:0.00865,RPOB_SINAL/989-1066:0.00429):0.03151):0.00676,RPOB_LOTJA/981-1058:0.06521):0.02444,((RPOB_MAIZE/986-1063:0.01310,RPOB_ORYSA/986-1063:0.01746):0.01055,RPOB_WHEAT/987-1064:0.00679):0.08721):0.11527):0.14824):0.17439):0.06909,(RPOB_ASTLO/993-1069:0.17257,RPOB_EUGGR/1000-1076:0.15912):0.11972):0.02102,(RPOB_CHLVU/1199-1274:0.29179,O21237_RECAM/1399-1474:0.27220):0.10131):0.08471,(((Q9MTD3_TOXGO/959-1036:0.00000,O97123_TOXGO/959-1036:0.00000):0.01586,Q9NJN5_NEOCA/958-1035:0.03885):0.28100,RPOB_PLAFA/931-1007:0.11268):0.10858):0.22524,(Q04387_SACKL/622-697:0.24194,Q9HFH5_PICET/625-702:0.22013):0.27125):0.16894,Q98S96_GUITH/968-1048:0.33699):0.19367,O96236_PLAF7/1246-1338:0.19126):0.03204,Q98RY5_GUITH/1112-1204:0.29933):0.09018,Q27826_EUPOC/1100-1192:0.24524):0.12832,(RPB2_ARATH/1087-1179:0.12456,RPB2_LYCES/1086-1178:0.08449):0.05745):0.13158,((RPB2_DROME/1084-1176:0.12838,((Q9MZ21_PIG/289-381:0.05553,RPB2_HUMAN/1082-1174:0.06693):0.21290,RPB2_CAEEL/1088-1180:0.17576):0.06011):0.02826,RPB2_SCHPO/1115-1207:0.39324):0.06569):0.00000,RPO2_ASFB7/1143-1235:0.75812):0.07572,(Q9UV91_9PEZI/933-1026:0.09210,RPB2_YEAST/1126-1219:0.32672):0.10545):0.07695,((Q9BJ42_LEIMA/517-603:0.15624,Q9N935_9TRYP/1038-1124:0.28129):0.21940,(((RPOB1_METTH/509-600:0.06682,RPOB1_METTW/510-601:0.07841):0.22867,(Q9YAT8_AERPE/1063-1155:0.25843,(Q980R1_SULSO/549-641:0.07363,RPOB_SULAC/1023-1115:0.20768):0.25518):0.14563):0.09423,(RPOB1_HALN1/512-604:0.30212,(RPOB1_ARCFU/509-601:0.20856,((O59226_PYRHO/1022-1114:0.10329,Q9V115_PYRAB/1022-1114:0.05095):0.17788,RPOB_THECE/1027-1119:0.07882):0.11890):0.05234):0.11347):0.06625):0.12355):0.07393,(Q9LK40_ARATH/1071-1170:0.02222,Q9LV32_ARATH/1018-1117:0.02624):0.58376):0.12327,Q9P6E7_NEUCR/1062-1148:0.20949):0.09038,(RPC2_SCHPO/1074-1160:0.18085,RPC2_YEAST/1058-1144:0.20951):0.09771):0.064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