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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF00440 phylogeny
for restricted amino acid alignment


 
((((((((((((((((((BETI_ECOLI/14-60,BETI_RHIME/14-60),(O33453_PSEPU/19-65,(O86510_STRCO/15-61,Q55363_SYNY3/17-63))),(PKSA_BACSU/14-57,(Q53772_STAAU/14-60,YDH1_XANAU/20-66))),(((P96856_MYCTU/21-67,Y790_MYCBO/35-81),((O69909_STRCO/12-58,O54102_STRCO/20-66),Q9ZFC1_MYCSM/18-64)),((Q54288_STRHY/25-71,(O50423_MYCTU/23-69,P72185_9ACTO/45-91)),((O53317_MYCTU/26-72,Q51730_PSEFL/22-68),Y1581_MYCBO/25-71)))),(O53612_MYCTU/19-64,(((LUXR_VIBHA/21-67,O86312_MYCTU/12-57),Q9Z601_NOSPU/12-57),((Y3439_MYCBO/23-69,O33187_MYCTU/24-70),(YBIH_ECOLI/17-62,(YTTP_BACSU/9-55,O07252_MYCTU/11-57)))))),(((UIDR_ECOLI/16-62,O07001_BACSU/12-58),(O86852_STRCO/14-60,((AFRP_STRGR/14-60,(O24739_STRVG/15-61,O66121_STRCO/14-60)),Q9ZHP8_STRFR/13-59))),(((O69500_MYCLE/17-63,O27135_METTH/17-63),O05858_MYCTU/44-90),Q59306_CLOPA/8-54))),((QACR_STAAM/7-53,((O67157_AQUAE/7-53,((YPB3_LACLA/13-59,O85706_CLOAB/14-60),(YXAF_BACSU/11-58,O34619_BACSU/10-57))),(((P95100_MYCTU/26-72,P96222_MYCTU/29-75),((O66635_AQUAE/12-58,P96701_BACSU/12-58),Q9ZN97_ECOLI/22-68)),(O53054_LISIV/8-54,Q59213_BACME/8-54)))),(YWCC_BACSU/17-63,P96812_MYCTU/20-66))),(((Y893_HAEIN/12-58,P94548_BACSU/11-57),(YHGD_BACSU/9-55,(BM3R_BACME/11-57,O08335_BACSU/12-58))),((O31560_BACSU/17-63,O08377_MYCTU/24-70),(O66658_AQUAE/15-61,O32228_BACSU/5-50)))),((O27815_METTH/18-64,O34643_BACSU/8-54),(P73186_SYNY3/47-93,((O67930_AQUAE/8-54,(TTK_HAEIN/36-82,TTK_ECOLI/16-62)),O67927_AQUAE/18-64)))),(((Q51516_PSEAE/7-53,Q9Z3X8_9PSED/7-53),P94423_BACSU/8-54),(YUXN_BACSU/8-54,YERO_BACSU/8-54))),O28458_ARCFU/8-54),((((P95251_MYCTU/223-269,O53310_MYCTU/15-61),O07229_MYCTU/19-65),(O06169_MYCTU/30-76,P95251_MYCTU/19-65)),(P96839_MYCTU/15-61,((O86514_STRCO/19-65,O53323_MYCTU/22-68),O08306_NOCSI/21-64)))),TETC_ECOLI/18-64),(((ENVR_ECOLI/16-62,ACRR_ECOLI/16-62),MTRR_NEIGO/15-61),(O68442_9RHIZ/15-61,((((Y1388_MYCBO/21-67,(Q53901_STRCO/36-82,O52558_AMYMD/34-80)),(Q9Z480_9RHIZ/8-54,(((TER5_ECOLI/9-55,TER4_ECOLI/8-54),TER3_ECOLI/9-55),Q9Z551_STRCO/18-64))),(O53295_MYCTU/35-80,O87854_STRCO/12-58)),Q9ZGB7_STRCY/16-62)))),((O54185_STRCO/76-120,O07254_MYCTU/13-59),O53165_MYCTU/16-62)),P96821_MYCTU/93-139),P72624_SYNY3/24-70),O53623_MYCTU/19-65,O53119_MYCLE/19-65);
((((((((((((((((((BETI_ECOLI/14-60:0.55618,BETI_RHIME/14-60:0.43931):0.10152,(O33453_PSEPU/19-65:0.74573,(O86510_STRCO/15-61:0.47201,Q55363_SYNY3/17-63:0.64697):0.07671):0.11364):0.10793,(PKSA_BACSU/14-57:0.57443,(Q53772_STAAU/14-60:0.57284,YDH1_XANAU/20-66:0.61514):0.13988):0.11242):0.09783,(((P96856_MYCTU/21-67:0.37299,Y790_MYCBO/35-81:0.61500):0.08013,((O69909_STRCO/12-58:0.57102,O54102_STRCO/20-66:0.29919):0.19287,Q9ZFC1_MYCSM/18-64:0.54460):0.26713):0.01680,((Q54288_STRHY/25-71:0.44223,(O50423_MYCTU/23-69:0.37960,P72185_9ACTO/45-91:0.20992):0.05092):0.14075,((O53317_MYCTU/26-72:0.35546,Q51730_PSEFL/22-68:0.55335):0.14109,Y1581_MYCBO/25-71:0.46011):0.09978):0.38073):0.20266):0.19895,(O53612_MYCTU/19-64:0.53186,(((LUXR_VIBHA/21-67:0.65099,O86312_MYCTU/12-57:0.54909):0.12766,Q9Z601_NOSPU/12-57:0.49648):0.06752,((Y3439_MYCBO/23-69:0.40325,O33187_MYCTU/24-70:0.47434):0.17558,(YBIH_ECOLI/17-62:0.55392,(YTTP_BACSU/9-55:0.63644,O07252_MYCTU/11-57:0.52150):0.08989):0.26130):0.11579):0.08990):0.14726):0.11507,(((UIDR_ECOLI/16-62:0.33664,O07001_BACSU/12-58:0.56015):0.17986,(O86852_STRCO/14-60:0.18942,((AFRP_STRGR/14-60:0.24687,(O24739_STRVG/15-61:0.53674,O66121_STRCO/14-60:0.23726):0.16196):0.05368,Q9ZHP8_STRFR/13-59:0.25081):0.06386):0.31867):0.00000,(((O69500_MYCLE/17-63:0.43197,O27135_METTH/17-63:0.50886):0.18919,O05858_MYCTU/44-90:0.47451):0.07719,Q59306_CLOPA/8-54:0.43479):0.04030):0.03713):0.11031,((QACR_STAAM/7-53:0.49665,((O67157_AQUAE/7-53:0.27569,((YPB3_LACLA/13-59:0.63204,O85706_CLOAB/14-60:0.29439):0.12964,(YXAF_BACSU/11-58:0.19613,O34619_BACSU/10-57:0.05277):0.44276):0.37642):0.01606,(((P95100_MYCTU/26-72:0.51971,P96222_MYCTU/29-75:0.42087):0.41823,((O66635_AQUAE/12-58:0.22504,P96701_BACSU/12-58:0.52852):0.18565,Q9ZN97_ECOLI/22-68:0.64536):0.11395):0.05969,(O53054_LISIV/8-54:0.33147,Q59213_BACME/8-54:0.37163):0.15937):0.09195):0.09091):0.06777,(YWCC_BACSU/17-63:0.85845,P96812_MYCTU/20-66:0.56868):0.08604):0.14461):0.09131,(((Y893_HAEIN/12-58:0.55140,P94548_BACSU/11-57:0.39558):0.20916,(YHGD_BACSU/9-55:0.32513,(BM3R_BACME/11-57:0.11757,O08335_BACSU/12-58:0.25084):0.41337):0.11919):0.07137,((O31560_BACSU/17-63:0.55787,O08377_MYCTU/24-70:0.39585):0.22192,(O66658_AQUAE/15-61:0.25121,O32228_BACSU/5-50:0.68453):0.19343):0.05689):0.04516):0.06924,((O27815_METTH/18-64:0.54715,O34643_BACSU/8-54:0.17807):0.24335,(P73186_SYNY3/47-93:0.54040,((O67930_AQUAE/8-54:0.77359,(TTK_HAEIN/36-82:0.27001,TTK_ECOLI/16-62:0.23848):0.56953):0.16815,O67927_AQUAE/18-64:0.18220):0.15839):0.09424):0.16962):0.06963,(((Q51516_PSEAE/7-53:0.23650,Q9Z3X8_9PSED/7-53:0.00000):0.66463,P94423_BACSU/8-54:0.45667):0.03326,(YUXN_BACSU/8-54:0.12862,YERO_BACSU/8-54:0.28604):0.22482):0.16370):0.00000,O28458_ARCFU/8-54:0.62558):0.16043,((((P95251_MYCTU/223-269:0.65189,O53310_MYCTU/15-61:0.41700):0.03258,O07229_MYCTU/19-65:0.53169):0.21616,(O06169_MYCTU/30-76:0.26261,P95251_MYCTU/19-65:0.39037):0.16220):0.13257,(P96839_MYCTU/15-61:0.51719,((O86514_STRCO/19-65:0.34025,O53323_MYCTU/22-68:0.40682):0.29236,O08306_NOCSI/21-64:0.28833):0.09815):0.11465):0.08297):0.06470,TETC_ECOLI/18-64:0.64031):0.08285,(((ENVR_ECOLI/16-62:0.41871,ACRR_ECOLI/16-62:0.20588):0.10927,MTRR_NEIGO/15-61:0.33143):0.20592,(O68442_9RHIZ/15-61:0.50805,((((Y1388_MYCBO/21-67:0.68874,(Q53901_STRCO/36-82:0.27304,O52558_AMYMD/34-80:0.44777):0.43227):0.08780,(Q9Z480_9RHIZ/8-54:0.06075,(((TER5_ECOLI/9-55:0.43759,TER4_ECOLI/8-54:0.00000):0.21100,TER3_ECOLI/9-55:0.12408):0.11785,Q9Z551_STRCO/18-64:0.70384):0.09215):0.08878):0.18189,(O53295_MYCTU/35-80:0.85124,O87854_STRCO/12-58:0.44639):0.26553):0.25928,Q9ZGB7_STRCY/16-62:0.30389):0.22490):0.01828):0.06900):0.10396,((O54185_STRCO/76-120:0.57955,O07254_MYCTU/13-59:0.86283):0.20812,O53165_MYCTU/16-62:0.56917):0.00000):0.11493,P96821_MYCTU/93-139:0.54876):0.33791,P72624_SYNY3/24-70:0.35634):0.42779,O53623_MYCTU/19-65:0.00984,O53119_MYCLE/19-65:0.32480);