Array Design Name KTH_E.Coli_6k_Oligo_Microarray
Provider Ranno Nahku(ranno@tftak.org)
Comment[ArrayExpressAccession] A-GEOD-8067
Comment[SecondaryAccession] GPL8067
Comment[Description] Array Manufacturer: KTH Microarray Center, Sweden (Stockholm), Distribution: non-commercial, Technology: spotted oligonucleotide
Comment[ORF] = E. coli K12 ORF name LINK_PRE:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=gene&cmd=search&term=
Comment[ORF] = E. coli O157H7 EDL933 ORF name LINK_PRE:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=gene&cmd=search&term=
Comment[ORF] = E. coli O157H7 Sakai ORF name LINK_PRE:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=gene&cmd=search&term=
Comment[SubmittedName] KTH_E.Coli_6k_Oligo_Microarray
Comment[Organism] Escherichia coli
Printing Protocol The E. coli Genome Oligo Set Version 1.0 consists of 5978 70mer probes representing tree strains of Escherichia coli. The number of open reading frames (ORFs) represented is as follows: 4289 ORFs in K12; 5059 ORFs in O157:H7(EDL933); 4836 ORFs in O157:H7Sakai; All 5978 probes are designed within ORFs from both cloned genes and predicted ORFs. For our probe design, we use state-of-the-art methods and proprietary software. All probes are Tm normalized to 75ºC (±5ºC) and have a 5' amino linker. http://www.operon.com/arrays/oligosets_ecoli.php Array manufacturing The 5978 70mer probes were dissolved in Universal Spotting Solution (Corning) to a concentration of 18 µM. The microarrays were printed with a QArray (Genetix) instrument with 24 PT2500 pins (Point Technologies) on Ultra GAPS slides (Corning). The 5978 70mer probes were spotted in a 17x17 pattern within each block and with a feature center-to-center distance of 250 µm in two identical fields. The quality of the spotted slides was assessed by staining with Syto61 (Molecular Probes) and with hybridization with random nonamers. The slides were UV cross-linked at 150 mJ/cm2.
Surface Type
Substrate Type
Term Source Name
Comment[AdditionalFile:txt] A-GEOD-8067_comments.txt
[main]
Reporter Name Reporter Sequence
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E100000003 TTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGA
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E100000005 TGCGGAAATTACGTTAGTCCCGTCAGTAAAATTACAGATAGGCGATCGTGATAATCGTGGCTATTACTGG
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E100000022 TTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGG
E100000023 CATTCAGTCTGAAAAGGCTCGTAAGCACAACGCAAGCCGTCGCTCTATGATGCGTACTTTCATCAAGAAA
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E100000025 CAATGGACCTTTACGGTCGCCATATACAAGTAGTGCTGCGTAAAAAAATACGCAATGAGCAGCGATTTGC
E100000026 AAGATTCTGAAAGACATTATCGTGAAGTCCAAAGGGCTTTCCGGTTATGACTCGCCGTATGTGCCTGGCT
E100000027 CAAATACCTGATCCTCCAGAACTTTGCTCTGGGGGATACGGTCCCGCTGTTCCCGTCGCTTAATCTGCAT
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E100000029 TGATGTGATCGACGCGCTGCGTAAACGCTTCCCGAAAATTGTCGGTCCGCGCAAAGATGACATCTGCTAC
E100000030 TCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCAC
E100000031 TATTGAAGCACATCATAGACATAAAGTTGATGCGCCGTCAGGCACCGCACTGGCAATGGGAGAGGCGATC
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E100000033 AAGAATGGCGAATATACCTACATCATCAACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGA
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E100000036 AAAAGCAAAAATGGAGAAAAGGAATGAGTGAATCATTACATCTGACCCGCAATGGATCAATTCTGGAAAT
E100000037 GGAATTTTTCCGCTTCTGCGAACAAAATATGGCGAAATTTAAAGTGCCCTCTTATCTGGAGATCAGAAAA
E100000038 CTGGCGCGGAATGCCCTCACATGGCATGGACACGGCTGCCATTTTGAAAAATATCGGCTACAGCGAAAAC
E100000039 ATTCGCCCACATGGCGATCAAATTAAACTCCATGAAAAACATGCTGTATGAAGCAGCGTGGAAAGCAGAC
E100000040 GCCGTGGGCCACTTACAGCTTCCTTTCAGTCGCCTTCGCTTACTTCTTCTTTGTCCGCAAAATGGAAGTG
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E100000042 ATCCAGCTCGGCGCTAATCATGTCTGGAAATTAAACGGCAAACCGGACGATCGGATGATCGAAGATTACG
E100000043 AACGCCTGATCACCCATGAAAAACTCGCGTTTATGACGGAAAAGTCAGCGATGACTATGGACTACTGCAA
E100000044 ACGTCAAACTGGGCGTCAATAAATTCAATGTCGATGAAGAGCATCCGCACATTGTTGTGAAGGCCGATGC
E100000045 GACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTG
E100000046 TCGAAATTCGCTCTCTTTATCAACTCTATCCTGACTTCAATATCGATATTGCCGCCGAGCAGGAGGCGCT
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E100000049 AACTGATCGCATTGCTGCATAAAGTAGAATTTACCCCTGGGAAAGATACCCTCTGGCTGACGGGCGATCT
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E100000053 ACCAAATCATGGAACGTTTGATCATGGATCAAATCATCCTGCAGATGGGGCAGAAAATGGGAGTGAAAAT
E100000054 AAGCAAGCCGACTCTATGTTAGGTGTGCAATACAGCTCCTGCTGCTATGCAATTCGCGTCGGTTACGAGC
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E100000056 TTTATAAGATGGTGAGCGGGGACAAGATGGACGTGAAGATGAATATCTTTCAACGCTTGTGGGAGACGTT
E100000057 CTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCT
E100000058 TGTTACGAAACGGGTAAACCTGCGCAGACGGAATATGAAGTGGTGGAGTATGCGGCGGATAACACGGCAA
E100000059 TGGATGCGCGAACTGTCACTTTACTTTTCCCATCTACTGGTGAAAACCGTCTGTACGCACGCAGTGATTC
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E100000061 CTGGAAGAGGTCGCTTATATGGGGATATTCTGCCGTCAGTTAGCGCCGCAGTTACCGGATATGCAGCAAA
E100000062 TCGCCAGCTTGATTGATCTCGGCGATCGTTACCGTCTACTGGTTAACTGCATCGACACGGTGAAAACACC
E100000063 AAGGGCAATTTTGTGATGCCCCGAATAACCAGTTCCGTCATCATCCGCGTGACTACATTGAGTCAATGGA
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E100000065 GCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCC
E100000066 AGGAGATGTTGACGCTGGTGAGCACGAGCTGCCAGCAGCAAAAAATGACGCTATTGATGGTGTCGCACAG
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E100000069 CAGCAAGTCAGGGACTGGGTAAGCTATGTGCTTTCTCCAACTAATCTGGTCTATTTCGCTGAGGAACAGT
E100000070 CGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCT
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E100000077 GCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGA
E100000078 AGCGTGGCTACAACATTGAAAGCCTGACCGTTGCGCCAACCGACGATCCGACATTATCGCGTATGACCAT
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E100000083 GATCAGCAGAGTGACAGAAGCTCTAAGCAAAGTTAAAGGATCGATGGGAAGCCACGAGCGCCATGCATTG
E100000084 ATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGAT
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E100000086 TTTAAGCCAGTGCGGCAACACGCTTTATACGGCAGGCAATCTCAACAACGACATCGGTGTACCGATGACG
E100000087 CTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATTTGCAAAAACTTTCCTTTGGTCAGGTGG
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E100000112 TTTCTATATTGGTTCGTTAGCCGTTCTGCTCTCACTGATGCCGTGGACCCGCGTTACCGCCGATACCAGT
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E100000116 AACGTCGGCTGTATCCCTTCTAAAGCACTGCTGCACGTAGCAAAAGTTATCGAAGAAGCCAAAGCGCTGG
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E100000134 AACGTGCCGTTCCTGTATGTGGTCACTTAGGTTTAACACCACAGTCAGTGAATATTTTCGGTGGCTACAA
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E100000145 AAGGGCAAAACCGTAAAACATCGTCCCTGAGTATTCTCGCCATCGCTGGGGTGGAACCATATCAGGAGAA
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E100000375 ATGGTGATGAGTTACGGGAACTCCGAAGAGGATTCACAAGAACATACCGGCAGTCAGTTGCGTATTGCGG
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E100001147 CATTGCAAAAGAACGGCTGCAGATTATTGTTGCTGAACGCCGTCGCAGCGATGCAGAACCGCATTATCTG
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E100001149 TGTTACAAGCCACGTTAGCGCTGGGGCCGAATTGATTGCCGATGGGAACATTCATGTCTATGGCATGATG
E100001150 GCGGCGTTGTTTGCGACCCGTATATTTGTGTGAACTCAGATGGCATTTCCCCAGAGTTAACAAGGAAATA
E100001151 AATGTTGAGTTCAGAAAAGGCCATAGCAGCGCTCAGTACTCCGGCGAAATAAAGGGATACGATTACGATA
E100001152 CCTGGCATCTTAAAGAGTAAAAGTATGTTTTGTGTGATTTATCGAAGCAGCAAGCGTGACCAGACCTATT
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E100001177 GTTAGTCCCGACTACATTTATGAATCTCAGCGGCAAAGCCGTTGCGGCGATGGCCAGTTTTTTCCGCATT
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E100005014 AAGCGCTCGCACAGAATGCTGAACTGAAAACCGGTGAGTCCACAGGGAAGGTCGTACTCGATAAGGATAA
E100005015 ATCGTTTTACATACGCTACCTTTCGACAACGTGATTGTGTCAGGCTTTACGCAACGGGTCAGTAAGCGGA
E100005016 GATGGTTAAAAGCGCATTATGATCTTTCCGCTGTCGACGGGTTTGTGCTGCCTAAATTTACCCTCAGTTC
E100005017 CCAGCAGTTTGACCGCATTCTTGTGTGTACTGAGACACCCGCAGAAAGTATTGACACGCAGCTTCTTAAA
E100005018 CATTGAGTCCGCCATTTCCTTTACGGATAACTACGGGCTGGGCATCCCCAATTTTGTCTATAACGTCGCC
E100005019 TCTGAAGATATGGTACGCCAGAGCGCTAAAAACACCTTTTCTCCGGTTGCGGTGAGATCCATTACGGATG
E100005020 TTAAGAACCAGACGGTATCACTCAGCAAAGAATCATCTGCATTAAGCCAGCTTCATTTCGGTCTCGGTTG
E100005021 GTGATGCGGACATGGTGTTTTATGGTCAGCCACGTAACGATGATGGTACCGTCAGCCTGGTCAGTGAAGG
E100005022 GCGATTCAGATTTCATCTTCTATAACAACCTGACGTCATCCGACGGTTCCGTAACGCACACCGGCGATAA
E100005023 CGAAACCGCAATGGTCTTCGGTGAACTGTATCGCCATGGTACTGAGTGGAAGTTTAAAGCTGTTGGCCAG
E100005024 GCTTTAAAGGCGAACCCGATACCTGCCTGTTCATGCTTAATGCTCAGGGAAAGGTCAGTGGCGATTCTGA
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E100005026 GCCAGTTAACAGCTATCCGTATGGCGTGTTCGGTTTTGCGAATAAAAAATGGTTACTGTA
E100005027 GCCTGGTTTCAGGAAATAAGAAATACCCTTGGTTATTGTTCACTTAAAAGTATAATTTGTAATTCAAATC
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E100005029 CTTCAGATTATGACCAGATGGATTTCGCTGGACGCTTACGATTACATGCACCATATTGTCAACGATTACG
E100005030 AGTTCTTCGTTAGTCATTGTCTGCACCTGGGAAGCAATTTACCGGAGTACCTCACACTACGGCAAAAATG
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E100005033 AGATCGCTCTGTTAATGCAGAAATTGTTGCGAAGCGTGGGTGTGGGATTATTCCGGACAAGCATGGACTG
E100005034 CCGGCCTGGTTCATCAGGGCAATACGTGGCGTTAAAAACGGCTGTTCAGTCCTTTATGTCGCAGGTTATT
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