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PDBsum entry 5l65
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Top Page protein ligands metals Protein-protein interface(s) tunnels links
Tunnel analysis for: 5l65 calculated with MOLE 2.0 PDB id
5l65
Tunnels calculated on whole structure Tunnels calculated excluding ligands
View options
MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:
without HETATM:
 
15 tunnels, coloured by tunnel radius 69 tunnels, coloured by tunnel radius 69 tunnels, coloured as in
list below
Tunnels are interior spaces connected with the protein surrounding. Only channels longer than 15 Å are shown.
Tunnels
Free R
Length
HPathy
HPhob
Polar
Rel Mut
Residue..type
Ligands
Radius
1 1.30 1.45 114.7 -1.17 -0.31 10.8 84 8 2 13 9 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N 3BV 301 Y
2 1.31 1.45 115.0 -1.13 -0.29 10.9 84 8 2 13 9 10 0 0  3BV 301 K 3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
3 1.36 1.48 117.5 -0.93 -0.22 14.2 84 7 6 11 11 8 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
4 1.36 1.48 117.8 -0.88 -0.22 14.3 84 7 6 11 11 8 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
5 1.34 1.47 119.3 -0.92 -0.22 13.9 84 7 6 11 11 8 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
6 1.35 1.48 118.6 -0.98 -0.25 13.6 84 7 6 11 11 8 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
7 1.31 1.45 120.9 -1.18 -0.35 10.5 86 7 3 16 9 9 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 301 K 3BV 201 N
8 1.24 1.69 130.2 -1.26 -0.36 10.6 85 8 2 16 9 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 301 Y 3BV 201 b
9 1.29 1.45 135.5 -2.06 -0.29 24.0 81 13 5 11 8 7 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
10 1.29 1.43 135.5 -2.04 -0.30 23.6 81 13 5 11 8 7 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
11 1.32 1.52 139.1 -1.49 -0.22 17.6 81 12 4 15 8 10 1 1  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
12 1.29 1.46 142.3 -1.85 -0.28 19.9 83 11 3 15 7 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
13 1.30 1.43 140.8 -1.91 -0.26 20.7 84 11 3 15 7 9 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
14 1.30 1.48 141.7 -1.55 -0.23 18.4 81 13 4 14 8 11 0 1  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
15 1.29 1.44 141.9 -1.74 -0.26 19.6 82 11 3 14 7 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
16 1.29 1.46 145.2 -1.95 -0.25 22.1 83 13 5 15 7 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
17 1.31 1.52 146.9 -1.49 -0.20 18.1 82 13 5 13 9 8 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
18 1.30 1.48 148.1 -1.99 -0.26 23.9 83 16 5 13 8 10 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
19 1.30 1.46 147.2 -1.99 -0.30 23.9 82 16 5 13 7 10 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
20 1.34 1.53 151.6 -1.81 -0.27 21.7 82 14 7 15 9 8 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
21 1.30 1.49 150.0 -1.74 -0.21 21.7 82 13 6 13 9 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
22 1.30 1.51 152.8 -1.90 -0.31 20.4 85 12 6 16 6 8 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
23 1.29 1.49 153.0 -2.06 -0.35 22.3 82 15 4 12 8 7 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
24 1.29 1.49 152.1 -1.85 -0.31 19.8 85 12 6 16 6 8 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
25 1.29 1.44 151.0 -1.72 -0.24 20.6 82 13 6 14 8 11 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
26 1.22 1.22 151.8 -1.22 -0.21 15.8 81 11 2 15 9 10 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
27 1.29 1.45 151.4 -1.97 -0.29 22.1 79 15 6 11 5 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
28 1.31 1.52 154.2 -1.87 -0.29 21.4 81 14 7 16 9 9 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
29 1.29 1.44 151.9 -1.92 -0.31 21.9 80 15 6 11 5 9 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
30 1.33 1.52 153.9 -1.78 -0.17 20.3 82 14 6 14 7 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
31 1.30 1.48 153.6 -2.04 -0.34 22.6 82 15 5 12 8 7 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
32 1.20 1.33 156.2 -1.68 -0.39 19.9 84 13 4 14 6 7 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
33 1.30 1.52 154.9 -1.70 -0.28 19.7 82 13 7 13 7 8 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
34 1.32 1.52 156.5 -1.57 -0.28 17.2 82 14 4 16 8 10 1 1  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
35 1.24 1.23 156.1 -1.26 -0.22 16.0 81 11 2 16 9 11 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
36 1.23 1.27 157.5 -1.63 -0.34 18.7 82 12 4 14 7 8 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
37 1.31 1.52 156.8 -1.27 -0.12 16.1 78 11 5 14 11 10 3 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
38 1.35 1.45 159.9 -1.44 -0.19 20.4 84 13 7 15 12 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
39 1.29 1.44 158.3 -1.96 -0.34 19.6 85 13 3 16 7 9 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
40 1.31 1.50 159.8 -1.90 -0.34 19.2 83 13 3 16 7 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
41 1.31 1.52 160.0 -1.80 -0.32 19.1 83 13 3 15 7 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
42 1.31 1.52 157.9 -1.76 -0.19 19.9 82 14 7 14 7 11 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
43 1.31 1.52 159.8 -1.52 -0.28 16.9 82 15 4 15 8 11 0 1  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
44 1.26 1.41 163.5 -1.35 -0.18 17.4 81 14 4 15 11 9 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
45 1.26 1.40 164.3 -1.43 -0.21 17.4 80 14 4 14 12 9 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
46 1.32 1.51 162.1 -1.26 -0.11 15.7 79 12 5 15 10 10 3 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
47 1.31 1.53 163.3 -1.87 -0.31 20.2 84 15 5 16 7 10 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
48 1.31 1.53 165.6 -2.01 -0.34 22.4 83 18 5 14 8 10 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
49 1.31 1.53 165.2 -1.93 -0.34 22.0 83 18 5 14 7 10 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
50 1.31 1.53 167.5 -1.76 -0.26 20.6 83 15 6 14 9 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
51 1.32 1.50 165.0 -1.52 -0.27 16.7 83 15 5 14 9 8 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
52 1.33 1.49 169.0 -1.83 -0.31 20.2 83 16 7 16 9 8 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
53 1.33 1.53 170.2 -1.81 -0.36 18.6 85 14 6 16 6 8 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
54 1.20 1.18 169.9 -1.29 -0.27 14.8 82 13 2 16 9 10 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
55 1.29 1.49 168.9 -2.01 -0.36 21.5 80 17 6 12 5 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
56 1.32 1.53 170.3 -1.89 -0.38 19.0 85 14 6 17 6 8 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
57 1.30 1.52 169.1 -1.66 -0.30 18.6 83 15 6 15 8 11 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
58 1.33 1.49 172.3 -1.87 -0.34 20.4 82 16 7 17 9 9 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
59 1.33 1.48 171.4 -1.83 -0.26 19.2 83 16 6 15 7 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
60 1.30 1.52 170.0 -1.91 -0.38 20.6 81 17 6 12 5 9 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
61 1.32 1.52 172.3 -1.74 -0.34 18.4 83 15 7 14 7 8 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
62 1.22 1.19 173.6 -1.33 -0.28 14.9 82 13 2 17 9 11 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
63 1.15 1.30 174.3 -1.65 -0.43 18.2 85 15 4 15 6 7 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
64 1.32 1.32 175.0 -1.73 -0.40 18.2 83 14 4 15 7 8 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
65 1.37 1.43 177.3 -1.53 -0.27 19.2 84 15 7 16 12 10 0 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
66 1.36 1.50 176.0 -1.76 -0.26 18.5 82 16 7 15 7 11 0 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
67 1.29 1.49 181.8 -1.46 -0.27 16.2 81 16 4 15 12 9 1 0  3BV 301 H MES 302 H 3BV 201 N
68 1.25 1.41 181.5 -1.35 -0.22 16.5 81 16 4 15 11 9 1 0  3BV 301 V MES 302 V 3BV 201 b
69 1.55 1.62 16.6 -2.39 -0.24 35.4 78 3 4 0 1 2 0 0  

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C

Acknowledgement
Tunnels were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.
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