PDBsum entry 5jb3 Go to PDB code:  Pore analysis for: 5jb3 calculated with MOLE 2.0 PDB id 5jb3 Pores calculated on whole structure Pores calculated excluding ligands View options MOLEonline 2.0 manipulation and visualization with HETATM: without HETATM:   31 pores, coloured by radius 31 pores, coloured by radius 31 pores, coloured as in list below Pores are connected internal spaces going through the structure. Only pores longer than 25 Å are shown. Pores Free R Length HPathy HPhob Polar Rel Mut Residue..type Ligands Radius 1 3.51 3.51 40.9 -0.19 -0.58 7.3 97 1 1 2 2 0 0 0  C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 U 654 2 U 656 2 A 657 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 A 731 2 G 754 2 U 755 2 2 2.01 2.01 47.9 -0.97 -0.59 12.0 83 2 0 0 2 0 1 0  U 781 2 U 785 2 U 787 2 C 788 2 G 789 2 G 790 2 G 791 2 C 792 2 G 793 2 A 794 2 C 796 2 U 797 2 A 801 2 G 806 2 C 807 2 C 808 2 C 809 2 U 828 2 3 1.44 1.69 70.0 0.59 0.08 5.2 85 3 1 2 10 3 0 0  A 782 2 G 783 2 G 793 2 A 794 2 C 807 2 C 808 2 U 817 2 A 818 2 G 819 2 C 1028 2 G 1029 2 UNK 15 C UNK 16 C UNK 18 C UNK 19 C UNK 35 C UNK 36 C UNK 40 C 4 1.91 1.91 70.4 -0.79 -0.77 8.3 76 3 1 0 0 0 0 0  G 616 2 A 617 2 G 620 2 G 621 2 C 622 2 C 623 2 C 686 2 G 687 2 C 688 2 C 690 2 G 691 2 G 692 2 C 693 2 U 694 2 A 720 2 A 721 2 C 725 2 A 726 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 G 757 2 U 758 2 C 760 2 U 761 2 G 762 2 G 763 2 C 764 2 A 794 2 C 796 2 U 797 2 C 799 2 G 800 2 A 801 2 5 3.02 3.02 90.4 -0.69 -0.78 7.0 77 2 1 0 0 0 0 0  G 616 2 A 617 2 G 620 2 G 621 2 C 622 2 C 623 2 G 624 2 G 625 2 G 626 2 G 627 2 G 628 2 U 629 2 A 630 2 C 631 2 C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 U 656 2 A 657 2 A 658 2 U 659 2 C 660 2 C 661 2 C 662 2 G 663 2 G 664 2 G 665 2 G 666 2 G 667 2 G 668 2 A 669 2 C 670 2 C 688 2 C 689 2 C 690 2 G 691 2 G 692 2 C 693 2 U 694 2 C 760 2 A 794 2 C 796 2 U 797 2 C 799 2 G 800 2 A 801 2 6 2.09 2.09 99.4 -0.51 -0.37 11.1 85 5 0 3 7 0 0 0  U 785 2 G 786 2 U 787 2 C 788 2 G 789 2 G 790 2 G 791 2 C 792 2 A 794 2 C 796 2 U 797 2 A 801 2 U 804 2 C 805 2 G 806 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 A 1127 2 C 1494 2 U 1495 2 U 805 5 7 1.24 1.40 102.4 -1.58 -0.39 20.6 76 10 8 2 4 3 0 0  C 634 2 C 635 2 G 636 2 G 637 2 G 638 2 G 639 2 U 640 2 A 641 2 A 655 2 U 656 2 A 657 2 U 17 4 i:A 8 2.49 2.57 107.2 -0.77 -0.48 11.4 80 6 0 3 5 0 1 0  U 781 2 U 785 2 G 786 2 U 787 2 C 788 2 G 793 2 A 794 2 U 804 2 C 805 2 G 806 2 C 807 2 C 808 2 C 809 2 U 828 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 A 1127 2 C 1494 2 U 1495 2 U 805 5 9 1.90 1.90 122.3 -0.64 -0.70 7.1 76 5 1 0 2 0 1 0  A 619 2 C 622 2 C 670 2 C 671 2 G 672 2 G 678 2 G 679 2 C 680 2 G 681 2 A 683 2 G 685 2 C 686 2 G 687 2 A 720 2 A 721 2 C 725 2 A 726 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 G 757 2 U 758 2 C 759 2 C 760 2 U 761 2 G 762 2 G 763 2 C 764 2 G 772 2 G 777 2 G 778 2 G 779 2 C 780 2 U 781 2 G 793 2 A 794 2 C 807 2 C 808 2 C 809 2 U 812 2 G 813 2 U 828 2 U 829 2 A 830 2 G 1480 2 G 1481 2 C 1482 2 G 809 5 G 810 5 U 811 5 10 1.38 2.76 128.6 -0.52 -0.21 16.2 85 9 5 4 13 2 2 0  G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 A 736 2 C 737 2 C 738 2 U 755 2 A 756 2 11 1.28 1.42 137.7 -0.66 -0.31 13.1 81 5 7 3 6 3 0 0  C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 G 637 2 G 638 2 G 639 2 U 640 2 A 641 2 U 654 2 A 655 2 U 656 2 A 657 2 A 658 2 G 730 2 A 731 2 G 754 2 U 755 2 12 1.41 2.62 146.5 -0.31 -0.20 13.6 84 9 4 3 14 2 2 0  C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 C 652 2 C 653 2 U 654 2 U 656 2 A 657 2 C 738 2 G 739 2 G 753 2 G 754 2 13 2.99 3.10 149.3 -0.56 -0.72 5.8 77 4 0 0 2 0 1 0  A 619 2 C 623 2 G 624 2 G 625 2 G 626 2 G 627 2 G 628 2 U 629 2 A 630 2 C 631 2 C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 U 656 2 A 657 2 A 658 2 U 659 2 C 660 2 C 661 2 C 662 2 G 663 2 G 664 2 G 665 2 G 666 2 G 667 2 G 668 2 A 669 2 C 670 2 C 671 2 G 672 2 G 678 2 G 679 2 C 680 2 G 681 2 A 683 2 G 685 2 C 686 2 G 687 2 C 688 2 C 760 2 G 772 2 G 777 2 G 778 2 G 779 2 C 780 2 U 781 2 G 793 2 A 794 2 C 807 2 C 808 2 C 809 2 U 812 2 G 813 2 U 828 2 U 829 2 A 830 2 G 1480 2 G 1481 2 C 1482 2 G 809 5 G 810 5 U 811 5 14 1.45 1.69 153.7 -0.14 -0.28 7.7 85 5 1 4 10 3 0 0  U 785 2 G 786 2 U 787 2 C 788 2 G 789 2 G 790 2 G 791 2 C 792 2 A 794 2 C 796 2 U 797 2 A 801 2 U 804 2 C 805 2 G 806 2 G 816 2 U 817 2 A 818 2 G 819 2 G 821 2 G 824 2 C 825 2 C 1028 2 G 1029 2 U 1030 2 U 1052 2 A 1053 2 C 1494 2 U 1495 2 U 805 5 G 806 5 UNK 15 C UNK 16 C UNK 18 C 15 2.17 2.24 153.4 -1.11 -0.62 11.9 83 9 3 6 1 2 2 0  C 632 2 C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 G 644 2 G 645 2 G 647 2 C 653 2 U 654 2 U 656 2 A 657 2 A 658 2 U 659 2 C 660 2 G 753 2 G 887 2 A 888 2 G 889 2 C 890 2 U 1043 2 A 1044 2 C 1132 2 C 1133 2 G 1135 2 A 1136 2 G 1142 2 G 1143 2 A 1337 2 C 1338 2 G 1339 2 U 1340 2 C 1341 2 A 1489 2 G 812 5 A 813 5 U 814 5 16 1.96 1.96 155.1 -1.37 -0.63 14.7 71 12 3 1 1 5 1 0  G 38 2 U 39 2 C 40 2 G 291 2 U 292 2 G 293 2 A 294 2 G 295 2 A 296 2 G 303 2 G 387 2 G 519 2 G 520 2 G 521 2 C 522 2 U 563 2 C 564 2 C 565 2 G 570 2 C 576 2 C 577 2 G 578 2 G 583 2 G 775 2 C 776 2 G 777 2 G 778 2 G 779 2 C 780 2 U 781 2 G 793 2 A 794 2 C 807 2 C 808 2 C 809 2 U 828 2 U 829 2 A 830 2 A 831 2 G 832 2 C 833 2 C 834 2 17 2.11 2.37 165.6 -0.51 -0.49 9.3 85 8 2 5 7 1 1 0  C 632 2 C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 G 644 2 G 645 2 G 647 2 C 653 2 U 654 2 U 656 2 A 657 2 A 658 2 U 659 2 C 660 2 G 753 2 G 886 2 G 887 2 C 1038 2 C 1039 2 A 1040 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 A 1127 2 C 1349 2 A 1489 2 C 1490 2 C 1491 2 U 805 5 G 806 5 G 812 5 A 813 5 U 814 5 18 2.09 2.09 167.7 -0.47 -0.63 7.3 80 8 1 1 5 0 0 0  A 619 2 C 622 2 C 670 2 C 671 2 G 672 2 G 678 2 G 679 2 C 686 2 G 687 2 A 720 2 A 721 2 C 725 2 A 726 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 G 757 2 U 758 2 C 759 2 C 760 2 U 761 2 G 762 2 G 763 2 C 764 2 G 772 2 A 773 2 G 813 2 C 814 2 G 824 2 C 825 2 C 826 2 A 877 2 U 878 2 C 1028 2 G 1034 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 A 1053 2 A 1127 2 U 1351 2 G 1352 2 G 1480 2 G 1481 2 C 1482 2 C 1484 2 U 805 5 G 806 5 G 807 5 A 808 5 G 809 5 G 810 5 U 811 5 19 2.28 2.28 167.8 -0.97 -0.49 12.4 83 7 2 4 6 1 2 0  U 785 2 G 786 2 U 787 2 C 788 2 G 789 2 G 790 2 G 791 2 C 792 2 A 794 2 C 796 2 U 797 2 A 801 2 U 804 2 C 805 2 G 806 2 A 1040 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 G 1124 2 C 1125 2 G 1126 2 A 1127 2 C 1133 2 G 1134 2 G 1135 2 C 1494 2 U 1495 2 U 805 5 20 1.47 1.66 185.8 -0.10 -0.50 4.7 82 4 2 2 9 3 0 0  A 619 2 C 622 2 C 670 2 C 671 2 G 672 2 G 678 2 G 679 2 C 686 2 G 687 2 A 720 2 A 721 2 C 725 2 A 726 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 G 757 2 U 758 2 C 759 2 C 760 2 U 761 2 G 762 2 G 763 2 C 764 2 G 772 2 A 773 2 G 813 2 C 814 2 G 816 2 U 817 2 A 818 2 G 819 2 G 821 2 G 824 2 C 825 2 C 826 2 A 877 2 U 878 2 C 1028 2 G 1029 2 U 1030 2 G 1034 2 U 1351 2 G 1352 2 G 1480 2 G 1481 2 C 1482 2 C 1484 2 G 806 5 G 807 5 A 808 5 G 809 5 G 810 5 U 811 5 UNK 15 C UNK 16 C UNK 18 C 21 2.70 2.70 201.0 -1.01 -0.55 15.2 84 16 4 4 8 1 0 0  C 633 2 G 730 2 A 731 2 A 736 2 C 737 2 C 738 2 U 755 2 G 824 2 C 825 2 G 845 2 A 873 2 G 874 2 G 875 2 A 876 2 A 877 2 U 878 2 C 1028 2 G 1034 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 A 1053 2 A 1127 2 U 1351 2 G 1352 2 C 1353 2 A 1354 2 C 1364 2 G 1365 2 U 1366 2 C 1367 2 A 1368 2 C 1369 2 G 1441 2 G 1442 2 G 1443 2 G 1444 2 A 1445 2 G 1471 2 C 1484 2 G 1485 2 U 805 5 G 806 5 G 807 5 22 1.43 1.71 212.8 -0.05 -0.50 4.1 82 3 1 2 8 3 0 0  A 619 2 C 623 2 G 624 2 G 625 2 G 626 2 G 627 2 G 628 2 U 629 2 A 630 2 C 631 2 C 633 2 C 634 2 C 635 2 G 636 2 U 656 2 A 657 2 A 658 2 U 659 2 C 660 2 C 661 2 C 662 2 G 663 2 G 664 2 G 665 2 G 666 2 G 667 2 G 668 2 A 669 2 C 670 2 C 671 2 G 672 2 G 678 2 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220.9 -1.39 -0.69 18.0 77 13 11 2 3 3 0 0  C 25 2 G 38 2 U 39 2 C 40 2 C 44 2 A 46 2 G 101 2 U 240 2 G 282 2 U 283 2 A 284 2 C 290 2 G 291 2 G 300 2 G 301 2 A 302 2 G 303 2 G 387 2 C 395 2 G 507 2 G 570 2 C 576 2 C 577 2 G 578 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 A 736 2 C 737 2 C 738 2 U 755 2 A 756 2 C 851 2 G 852 2 G 853 2 G 856 2 A 858 2 A 865 2 C 1376 2 G 1377 2 A 1378 2 U 1432 2 C 1433 2 C 1434 2 G 1470 2 G 1471 2 25 2.15 2.16 231.8 -1.50 -0.67 14.6 81 17 2 7 2 3 2 0  G 112 2 U 113 2 A 114 2 C 116 2 C 117 2 U 118 2 A 119 2 A 134 2 U 135 2 G 152 2 G 153 2 C 160 2 C 161 2 C 219 2 G 220 2 A 221 2 G 222 2 G 223 2 A 224 2 U 225 2 C 227 2 A 294 2 G 295 2 U 319 2 G 320 2 A 321 2 G 519 2 G 520 2 G 521 2 C 522 2 C 554 2 U 555 2 G 556 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 G 582 2 G 583 2 C 584 2 G 775 2 C 776 2 G 777 2 G 778 2 G 779 2 C 780 2 U 781 2 G 793 2 A 794 2 C 807 2 C 808 2 C 809 2 U 828 2 U 829 2 A 830 2 A 831 2 G 832 2 C 833 2 C 834 2 C 1404 2 C 1405 2 U 1406 2 G 1411 2 26 1.22 1.38 241.8 -0.69 -0.22 15.7 82 15 10 5 19 4 3 0  G 638 2 G 639 2 U 640 2 A 641 2 A 655 2 U 656 2 C 738 2 C 3 4 G 4 4 G 5 4 U 17 4 i:A C 17 4 G 70 4 C 71 4 U 72 4 27 2.20 2.20 258.2 -1.04 -0.73 13.0 78 11 8 2 3 0 2 0  A 46 2 G 48 2 C 49 2 C 50 2 A 51 2 U 52 2 G 53 2 C 54 2 A 56 2 G 57 2 C 86 2 G 101 2 A 134 2 U 135 2 A 136 2 C 148 2 U 149 2 G 150 2 G 151 2 G 152 2 G 153 2 U 240 2 G 282 2 U 283 2 G 327 2 G 328 2 G 334 2 G 335 2 C 336 2 C 337 2 G 345 2 C 346 2 G 347 2 C 355 2 G 356 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 A 736 2 C 737 2 C 738 2 U 755 2 A 756 2 C 851 2 G 852 2 G 853 2 G 856 2 A 858 2 A 865 2 C 1376 2 G 1377 2 A 1378 2 G 1382 2 A 1383 2 C 1404 2 C 1405 2 U 1406 2 U 1432 2 C 1433 2 C 1434 2 G 1470 2 G 1471 2 28 2.19 2.19 267.1 -0.57 -0.78 5.4 70 4 1 0 0 0 2 0  A 46 2 G 48 2 C 49 2 C 50 2 A 51 2 U 52 2 G 53 2 C 54 2 G 55 2 A 56 2 G 57 2 C 86 2 G 101 2 A 134 2 U 135 2 A 136 2 C 148 2 U 149 2 G 150 2 G 151 2 G 152 2 G 153 2 U 241 2 A 242 2 G 243 2 G 244 2 C 280 2 G 281 2 G 282 2 U 283 2 G 327 2 G 328 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2 A 1127 2 U 1351 2 G 1352 2 G 1480 2 G 1481 2 C 1482 2 C 1484 2 U 805 5 G 806 5 G 807 5 A 808 5 G 809 5 G 810 5 U 811 5 30 1.30 2.11 328.5 -1.56 -0.60 19.0 81 24 10 5 6 4 2 0  U 9 2 G 10 2 G 480 2 C 481 2 G 727 2 G 728 2 G 729 2 G 730 2 A 736 2 C 737 2 C 738 2 U 755 2 A 756 2 A 873 2 C 907 2 G 908 2 G 999 2 G 1000 2 C 1011 2 C 1012 2 G 1150 2 A 1151 2 G 1153 2 G 1154 2 U 1155 2 A 1156 2 U 1163 2 A 1164 2 C 1177 2 C 1217 2 C 1218 2 C 1219 2 G 1220 2 A 1266 2 U 1267 2 C 1284 2 C 1285 2 G 1315 2 U 1316 2 C 1319 2 A 1320 2 U 1321 2 C 1322 2 A 1323 2 U 1324 2 C 1357 2 C 1363 2 C 1364 2 G 1365 2 U 1366 2 C 1367 2 A 1368 2 C 1369 2 G 1441 2 G 1442 2 G 1443 2 G 1444 2 A 1445 2 G 1446 2 A 1447 2 G 1471 2 31 1.17 2.75 28.0 0.91 0.36 9.4 77 2 2 0 6 1 2 0  G 342 2 Residue-type_colouring Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C Acknowledgement Pores were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.