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PDBsum entry 5jb3
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Top Page protein dna_rna ligands metals Protein-protein interface(s) tunnels links
Tunnel analysis for: 5jb3 calculated with MOLE 2.0 PDB id
5jb3
Tunnels calculated on whole structure Tunnels calculated excluding ligands
View options
MOLEonline 2.0 manipulation
and
visualization
with HETATM:
without HETATM:
 
38 tunnels, coloured by tunnel radius 38 tunnels, coloured by tunnel radius 38 tunnels, coloured as in
list below
Tunnels are interior spaces connected with the protein surrounding. Only channels longer than 15 Å are shown.
Tunnels
Free R
Length
HPathy
HPhob
Polar
Rel Mut
Residue..type
Ligands
Radius
1 1.26 1.38 69.0 -1.66 -0.58 17.9 68 4 0 0 0 1 2 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 A 119 2 C 120
2 C 121 2 C 122 2 U 123 2 C 213 2 C 214 2 C 215 2
G 216 2 C 217 2 U 225 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 G 382 2 A 385 2
2 1.26 1.38 73.0 -1.54 -0.47 19.5 73 5 1 0 1 1 2 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 A 119 2 C 120
2 C 121 2 C 122 2 U 123 2 C 214 2 C 215 2 G 216 2
U 225 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 376 2 G 382 2 A 385 2
3 1.27 1.39 73.8 -1.55 -0.66 16.1 73 3 0 0 0 0 2 0  G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 G 96 2
A 119 2 C 120 2 C 121 2 C 122 2 U 123 2 C 213 2 C
214 2 C 215 2 G 216 2 C 217 2 U 225 2 A 321 2 G
322 2 C 326 2 G 350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 376 2 G 382 2 C 383 2 A 385 2
4 1.27 1.39 77.8 -1.41 -0.57 17.6 77 4 1 0 1 0 2 0  G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 G 96 2
A 119 2 C 120 2 C 121 2 C 122 2 U 123 2 C 214 2 C
215 2 G 216 2 U 225 2 A 321 2 G 322 2 C 326 2 G
350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 G
382 2 C 383 2 A 385 2
5 1.24 1.36 84.9 -1.26 -0.62 13.2 66 3 0 0 0 1 2 0  A 56 2 C 59 2 A 60 2 A 61 2 G 62 2 G 63 2 G 64 2
G 79 2 A 80 2 G 88 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
A 119 2 C 120 2 C 121 2 U 158 2 G 202 2 A 203 2 G
216 2 C 217 2 U 225 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 A 377 2 G 382 2 A
385 2
6 1.24 1.34 89.8 -1.14 -0.70 11.4 70 2 0 0 0 0 2 0  G 55 2 A 56 2 C 59 2 A 60 2 A 61 2 G 62 2 G 63 2
G 64 2 G 79 2 A 80 2 G 88 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2
G 95 2 G 96 2 A 119 2 C 120 2 C 121 2 U 158 2 G
202 2 A 203 2 G 216 2 C 217 2 U 225 2 A 321 2 G
322 2 C 326 2 G 350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 376 2 A 377 2 G 382 2 C 383 2 A 385 2
7 1.26 1.37 89.9 -1.15 -0.65 12.0 66 3 0 0 0 1 2 0  A 56 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
A 119 2 C 120 2 C 121 2 G 131 2 G 132 2 A 157 2 U
158 2 C 159 2 C 160 2 C 161 2 A 198 2 A 199 2 C
217 2 C 218 2 U 225 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 G 382 2 A 385 2
8 1.24 1.36 94.7 -1.05 -0.72 10.4 70 2 0 0 0 0 2 0  G 55 2 A 56 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2
G 95 2 G 96 2 A 119 2 C 120 2 C 121 2 G 131 2 G
132 2 A 157 2 U 158 2 C 159 2 C 160 2 C 161 2 A
198 2 A 199 2 C 217 2 C 218 2 U 225 2 A 321 2 G
322 2 C 326 2 G 350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 376 2 G 382 2 C 383 2 A 385 2
9 1.29 1.43 102.8 -1.23 -0.64 12.9 70 5 0 0 0 1 2 0  A 56 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
A 119 2 C 120 2 C 121 2 G 126 2 G 127 2 A 128 2 C
159 2 C 161 2 U 165 2 A 166 2 G 167 2 G 196 2 A
197 2 A 198 2 C 217 2 C 218 2 C 219 2 U 225 2 A
321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G
376 2 G 382 2 A 385 2
10 1.26 1.45 107.3 -1.04 -0.63 10.8 69 5 0 0 0 1 1 0  C 41 2 G 42 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
G 96 2 C 97 2 U 98 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2 G
228 2 C 304 2 C 305 2 C 306 2 G 307 2 G 308 2 A
309 2 A 321 2 G 322 2 C 351 2 A 352 2 G 353 2 G
354 2 C 355 2 A 361 2 C 362 2 C 363 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 C 386 2
11 1.19 1.19 106.9 -1.16 -0.70 11.6 70 2 0 0 0 0 2 0  A 56 2 G 57 2 U 58 2 C 59 2 A 60 2 A 61 2 G 62 2
G 63 2 G 64 2 G 65 2 G 66 2 G 78 2 G 79 2 A 80 2
C 81 2 G 88 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 A 119 2
C 120 2 C 121 2 U 158 2 G 216 2 C 217 2 U 225 2 A
321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G
376 2 A 377 2 G 382 2 C 383 2
12 1.28 1.43 108.3 -1.11 -0.68 9.3 75 3 0 2 0 1 2 0  A 56 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
C 116 2 C 117 2 U 118 2 A 119 2 C 120 2 C 121 2 C
169 2 C 170 2 U 171 2 G 172 2 G 173 2 G 185 2 U
186 2 C 217 2 C 218 2 C 219 2 G 220 2 A 221 2 U
225 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 376 2 G 382 2 A 385 2
13 1.28 1.43 109.4 -1.02 -0.60 12.2 79 8 1 0 3 1 1 0  A 46 2 G 48 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
G 101 2 U 102 2 A 103 2 A 104 2 A 106 2 A 119 2 G
226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 C 280 2 G 281 2 G
282 2 U 283 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 G 1382 2 A 1383 2 G
1384 2 U 1385 2 C 1433 2 C 1434 2
14 1.22 1.22 114.6 -1.00 -0.71 9.7 73 4 0 0 0 0 1 0  C 41 2 G 42 2 A 56 2 G 57 2 U 58 2 G 91 2 G 92 2
C 94 2 G 95 2 G 96 2 C 97 2 U 98 2 A 119 2 G 226
2 C 227 2 G 228 2 C 304 2 C 305 2 C 306 2 G 307 2
G 308 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 C 351 2 A 352 2 G
353 2 G 354 2 C 355 2 G 356 2 G 358 2 A 361 2 C
362 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G 382 2 C
383 2 A 385 2 C 386 2
15 1.28 1.43 110.7 -1.19 -0.64 12.7 74 7 0 1 1 1 2 0  A 56 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
A 119 2 C 120 2 C 121 2 C 159 2 C 160 2 C 161 2 C
217 2 C 218 2 U 225 2 U 319 2 G 320 2 A 321 2 G
322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 G
382 2 A 385 2 C 1397 2 U 1398 2 G 1399 2 A 1400 2
G 1410 2 G 1411 2 A 1412 2 G 1413 2
16 1.30 1.39 112.1 -0.97 -0.71 9.3 73 4 0 0 0 0 1 0  C 41 2 G 42 2 G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2
G 95 2 G 96 2 C 97 2 U 98 2 A 119 2 G 226 2 C 227
2 G 228 2 C 304 2 C 305 2 C 306 2 G 307 2 G 308 2
A 309 2 A 321 2 G 322 2 C 326 2 G 350 2 C 351 2 A
352 2 G 353 2 G 354 2 C 355 2 A 361 2 C 362 2 C
363 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 C 383 2 A
385 2 C 386 2
17 1.26 1.45 113.8 -1.58 -0.55 17.7 75 12 3 1 0 4 1 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 C 107 2 G 108
2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 U 113 2 A 119 2 G 180 2
G 181 2 A 182 2 G 226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 A
309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
382 2 A 385 2 C 558 2 G 559 2
18 1.29 1.39 112.9 -1.29 -0.70 12.3 82 10 1 2 0 1 1 0  G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 G 96 2
C 107 2 G 108 2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G
226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 A 309 2 A 321 2 G
322 2 C 326 2 G 350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
382 2 C 383 2 A 385 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 G
582 2
19 1.17 1.17 113.1 -1.08 -0.73 8.7 81 2 0 2 0 0 2 0  A 56 2 G 57 2 U 58 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2
C 94 2 G 95 2 C 116 2 C 117 2 U 118 2 A 119 2 C
120 2 C 121 2 C 169 2 C 170 2 U 171 2 G 172 2 G
173 2 G 184 2 G 185 2 U 186 2 C 217 2 C 218 2 C
219 2 G 220 2 A 221 2 U 225 2 A 321 2 G 322 2 G
372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 G 382 2 C
383 2
20 1.27 1.42 113.1 -1.08 -0.73 8.9 81 2 0 2 0 0 2 0  G 55 2 A 56 2 G 89 2 C 90 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2
G 95 2 G 96 2 C 116 2 C 117 2 U 118 2 A 119 2 C
120 2 C 121 2 C 169 2 C 170 2 U 171 2 G 172 2 G
173 2 G 185 2 U 186 2 C 217 2 C 218 2 C 219 2 G
220 2 A 221 2 U 225 2 A 321 2 G 322 2 C 326 2 G
350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G 376 2 G
382 2 C 383 2 A 385 2
21 1.17 1.48 114.6 -0.97 -0.42 12.2 71 8 3 0 3 3 2 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 C 107 2 G 108
2 U 109 2 C 110 2 G 111 2 G 112 2 A 119 2 G 226 2
C 227 2 G 228 2 G 229 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 G
372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 G 556 2 G
557 2 C 558 2 G 559 2 G 590 2 G 591 2 G 592 2
22 1.22 1.22 116.1 -0.92 -0.65 10.8 82 7 1 0 3 0 1 0  A 46 2 G 48 2 A 56 2 G 57 2 U 58 2 G 91 2 G 92 2
C 94 2 G 95 2 G 101 2 U 102 2 A 103 2 A 104 2 A
106 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 C
280 2 G 281 2 G 282 2 U 283 2 A 309 2 A 321 2 G
322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 375 2 G 382 2 C
383 2 G 1382 2 A 1383 2 G 1384 2 U 1385 2 C 1433
2 C 1434 2
23 1.30 1.39 118.6 -1.51 -0.60 16.8 76 11 3 1 0 3 1 0  G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 G 96 2
C 107 2 G 108 2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 U 113 2 A
119 2 G 180 2 G 181 2 A 182 2 G 226 2 C 227 2 G
228 2 G 229 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 C 326 2 G
350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 C 383 2 A
385 2 C 558 2 G 559 2
24 1.28 1.40 119.6 -1.18 -0.61 12.6 66 7 2 0 0 4 1 0  G 38 2 U 39 2 C 40 2 C 41 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2
C 94 2 G 95 2 G 96 2 C 97 2 U 98 2 A 119 2 G 226
2 C 227 2 G 228 2 C 304 2 C 305 2 C 306 2 G 307 2
G 308 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G
374 2 G 382 2 A 385 2 C 386 2 G 387 2 G 388 2 G
570 2 C 577 2 G 578 2
25 1.26 1.43 142.1 -1.25 -0.61 12.6 79 11 2 4 2 3 1 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 C 107 2 G 108
2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2
G 228 2 G 229 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 C 558 2 G 559 2 A
561 2 A 562 2 U 563 2 C 564 2 C 565 2 C 566 2 A
567 2 C 568 2 G 569 2 G 570 2 C 573 2 A 574 2 A
575 2 C 577 2 U 579 2 G 581 2 G 582 2
26 1.33 1.46 143.9 -0.87 -0.62 11.1 81 8 1 0 5 0 1 0  G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 G 96 2
G 101 2 U 102 2 A 103 2 A 104 2 A 106 2 A 119 2 G
226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 C 280 2 G 281 2 G
282 2 U 283 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 C 326 2 G
350 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 C 383 2 A
385 2 C 1374 2 C 1375 2 C 1376 2 G 1377 2 G 1384
2 U 1385 2 C 1433 2 C 1434 2 G 1435 2 U 1436 2 G
1437 2 A 1438 2
27 1.31 1.47 152.8 -1.24 -0.66 12.9 79 11 2 2 1 3 1 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 C 107 2 G 108
2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2
G 228 2 G 229 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C
373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 A 548 2 A 549 2 G
550 2 U 551 2 C 552 2 C 553 2 C 554 2 U 555 2 G
556 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 G 582 2 G 583 2 C
584 2 U 589 2 G 590 2 G 591 2 G 592 2
28 1.27 1.51 162.3 -0.81 -0.73 7.9 81 6 0 1 0 0 1 0  G 34 2 G 35 2 G 36 2 G 38 2 U 39 2 C 40 2 C 41 2
G 55 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 G 96 2
C 97 2 U 98 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2 G 228 2 C
304 2 C 305 2 C 306 2 G 307 2 G 308 2 A 309 2 A
321 2 G 322 2 C 326 2 G 350 2 G 372 2 C 373 2 G
374 2 G 382 2 C 383 2 A 385 2 C 386 2 G 387 2 G
388 2 G 389 2 G 390 2 G 391 2 G 392 2 U 421 2 U
422 2 U 423 2 C 425 2 C 426 2 G 427 2 A 438 2 G
439 2 C 440 2 U 441 2 C 442 2 C 443 2 G 444 2 G
445 2 G 446 2
29 1.31 1.45 181.9 -1.54 -0.68 16.2 80 19 4 5 1 2 3 0  A 1 2 U 3 2 G 22 2 G 23 2 A 56 2 G 91 2 G 92 2 C
94 2 G 95 2 C 107 2 G 108 2 U 109 2 C 110 2 G 112
2 A 119 2 G 226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 U 292 2
G 293 2 G 295 2 A 296 2 A 309 2 A 321 2 G 322 2 G
372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 C 554 2 U
555 2 G 556 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 C 564 2 C
565 2 G 582 2 G 583 2 C 584 2
30 1.32 1.37 217.2 -1.49 -0.64 15.3 79 19 3 5 3 4 2 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 C 107 2 G 108
2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2
G 228 2 G 229 2 A 294 2 G 295 2 A 309 2 A 321 2 G
322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 G
519 2 G 520 2 G 521 2 C 522 2 C 554 2 U 555 2 G
556 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 G 582 2 G 583 2 C
584 2 G 775 2 C 776 2 G 777 2 G 778 2 G 779 2 C
780 2 U 781 2 C 808 2 C 809 2 U 828 2 U 829 2 A
830 2 A 831 2 G 832 2 C 833 2 C 834 2
31 1.27 1.58 232.3 -1.71 -0.62 17.8 81 24 3 8 3 4 1 0  A 56 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2 C 107 2 G 108
2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G 226 2 C 227 2
G 228 2 G 229 2 A 294 2 G 295 2 A 309 2 A 321 2 G
322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G 382 2 A 385 2 G
519 2 C 554 2 U 555 2 G 556 2 C 558 2 G 559 2 A
561 2 G 582 2 G 583 2 C 584 2 G 816 2 U 817 2 A
818 2 G 819 2 G 820 2 G 821 2 G 824 2 C 825 2 C
834 2 C 1028 2 G 1029 2 U 1030 2 U 1052 2 A 1053
2 U 805 5 G 806 5
32 1.24 1.24 254.1 -1.42 -0.67 14.4 81 18 3 6 3 3 1 0  A 56 2 G 57 2 U 58 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
C 107 2 G 108 2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G
226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 A 294 2 G 295 2 A
309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 382 2 C 383 2 G 519 2 G 520 2 G 521 2 C
522 2 C 554 2 U 555 2 G 556 2 C 558 2 G 559 2 A
561 2 G 582 2 G 583 2 C 584 2 G 616 2 G 775 2 C
776 2 G 777 2 G 778 2 G 779 2 C 780 2 U 781 2 U
785 2 U 787 2 C 788 2 G 789 2 G 790 2 G 791 2 C
792 2 A 801 2 G 802 2 G 806 2 C 807 2 C 808 2 C
809 2 G 810 2 U 828 2 U 829 2 A 830 2 A 831 2 G
832 2 C 833 2 C 834 2
33 1.27 1.27 257.5 -1.34 -0.43 16.7 82 23 7 11 11 6 1 0  A 56 2 G 57 2 U 58 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
C 107 2 G 108 2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G
226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 A 294 2 G 295 2 A
309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 382 2 C 383 2 G 519 2 C 554 2 U 555 2 G
556 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 G 582 2 G 583 2 C
584 2 G 819 2 G 820 2 C 834 2 C 1028 2 G 1029 2 U
1030 2 UNK 15 C UNK 16 C UNK 18 C
34 1.24 1.24 280.6 -1.43 -0.57 16.1 81 27 4 11 6 3 2 0  A 56 2 G 57 2 U 58 2 G 91 2 G 92 2 C 94 2 G 95 2
C 107 2 G 108 2 U 109 2 C 110 2 G 112 2 A 119 2 G
226 2 C 227 2 G 228 2 G 229 2 A 294 2 G 295 2 A
309 2 A 321 2 G 322 2 G 372 2 C 373 2 G 374 2 G
375 2 G 382 2 C 383 2 G 519 2 C 554 2 U 555 2 G
556 2 C 558 2 G 559 2 A 561 2 G 582 2 G 583 2 C
584 2 G 816 2 U 817 2 A 818 2 G 819 2 G 820 2 G
821 2 G 824 2 C 825 2 C 834 2 C 1028 2 G 1029 2 U
1030 2 G 1050 2 G 1051 2 U 1052 2 A 1053 2 G 1056
2 A 1127 2 U 805 5 G 806 5
35 1.15 3.30 17.9 1.57 0.44 3.0 80 1 1 0 6 1 1 0  
36 1.30 4.15 18.4 2.62 0.92 3.0 83 1 1 2 7 1 0 0  
37 1.18 1.74 21.5 -0.18 0.23 20.9 75 2 1 0 4 1 1 0  
38 1.31 2.79 17.4 2.49 0.58 4.6 84 0 1 1 7 0 0 0  

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C

Acknowledgement
Tunnels were calculated by MOLE 2.0 program version 2.5.13.11.08 and visualized using Pymol 0.97rc.
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