spacer
spacer

PDBsum entry 3tmj

Go to PDB code: 
Top Page protein ligands metals clefts links
Cleft analysis for: 3tmj PDB id
3tmj
View options
Binding-site(s)
Binding-surface(s)
Coloured by
 cleft (as in table below)
 closest atom type
 residue type
Clefts
R1
ratio
Accessible
vertices
Buried
vertices
Average
depth
Residue..type
Ligands
Volume
1 2865.38 2.28 62.48 3 10.78 1 10.87 1 10 7 8 6 4 9 0 DOD 1008[A], DOD 1013[A], DOD 
1032[A], DOD 1035[A], DOD 1040[A], D
OD 1045[A], DOD 1050[A], DOD 1056[
A], DOD 1068[A], DOD 1074[A], DOD 
1075[A], DOD 1078[A], DOD 1082[A], D
OD 1087[A], DOD 1089[A], DOD 1097[
A], DOD 1122[A], DOD 1129[A], DOD 
1133[A], DOD 1139[A], DOD 1154[A], D
OD 1156[A], DOD 1164[A], DOD 1165[
A], DOD 1172[A], DOD 1188[A], DOD 
1189[A] (72 atoms)
2 1257.61 0.00 58.69 9 7.44 5 8.55 2 6 3 4 4 4 1 0 DOD 1018[A], DOD 1054[A], DOD 
1055[A], DOD 1086[A], DOD 1092[A], D
OD 1112[A], DOD 1123[A], DOD 1135[
A], DOD 1150[A], DOD 1179[A], DOD 
1192[A] (25 atoms)
3 1066.92 0.00 63.69 2 9.98 2 7.18 4 6 2 7 2 3 6 0 DOD 1014[A], DOD 1033[A], DOD 
1091[A], DOD 1096[A], DOD 1116[A], D
OD 1140[A], DOD 1151[A] (19 atoms)
4 837.42 0.00 62.04 5 8.32 4 6.56 6 4 3 4 8 3 2 0 DOD 1057[A], DOD 1077[A], DOD 
1081[A], DOD 1118[A], DOD 1119[A], D
OD 1126[A], DOD 1146[A], DOD 1169[
A] (19 atoms)
5 425.67 0.00 62.23 4 5.96 6 5.49 8 3 2 5 2 2 0 0 DOD 908[A], DOD 1020[A], DOD 1103[
A], DOD 1108[A] (8 atoms)
6 345.52 0.00 55.85 10 3.61 10 7.52 3 2 2 2 1 0 3 0 DOD 1062[A], DOD 1065[A], DOD 
1173[A] (8 atoms)
7 303.75 0.00 59.68 8 3.61 9 6.58 5 2 2 1 3 1 1 0  
8 310.50 0.00 75.94 1 9.89 3 0.00 10 4 1 2 2 0 3 0 DOD 1026[A], DOD 1041[A], DOD 
1088[A] (8 atoms)
9 271.27 0.00 60.08 7 3.64 8 5.11 9 2 3 4 0 0 1 0 DOD 1030[A], DOD 1093[A], DOD 
1145[A], DOD 1176[A] (12 atoms)
10 201.66 0.00 60.93 6 4.05 7 6.26 7 2 1 2 0 0 1 0 DOD 1085[A] (2 atoms)
 Protein structure

Residue-type_colouring
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C
spacer
spacer