spacer
spacer

PDBsum entry 1smy

Go to PDB code: 
Top Page protein ligands metals Protein-protein interface(s) links
Protein chain D    -    representing identical chain: N PDB id
1smy
Protein chain D highlighted
(click to view)
 
Jmol
Motifs
Secondary structure
Wiring diagram
Residue conservation
ProMotif
16 sheets
2 beta alpha beta units
11 beta hairpins
2 psi loops
4 beta bulges
41 strands
56 helices
103 helix-helix interacs
116 beta turns
29 gamma turns
Chains 229 a.a.
Chains 1119 a.a.
Chains 1392 a.a.
Chains 95 a.a.
Chains 345 a.a.
  
Chain & (1392 residues)

UniProt code: Q8RQE8 (RPOC_THET8)   [Pfam]

Secondary structure:

Key:  
Sec. struc: Helices labelled H1, H2, ... and strands by their sheets A, B, ...
  Helix Strand  
Motifs:   
    beta turn     gamma turn     beta hairpin
Residue contacts:   
    to ligand     to metal
PDB SITE records:   
 AC1  AC2  AC3  AC4  AC5
 AC6  AC7  AC8  AC9  BC1
 BC2  BC3  BC4  BC5  BC6
 BC7  BC8  BC9  CC1  CC2
 CC3  CC4  CC5  CC6  CC7
 CC8  CC9  DC1  DC2  DC3
 DC4  DC5  DC6  DC7  DC8
 DC9  EC1  EC2  EC3  EC4
 EC5  EC6  EC7  EC8  EC9
 FC1  FC2  FC3  FC4  FC5
 FC6  FC7  FC8  FC9  GC1
 GC2  GC3  GC4  GC5  GC6
 GC7  GC8  GC9  HC1  HC2
 HC3  HC4  HC5  HC6  HC7
 HC8  HC9  IC1  IC2  IC3
 IC4  IC5  IC6  IC7  IC8
 IC9  JC1  JC2  JC3  JC4
 JC5  JC6  JC7  JC8  JC9
 KC1  KC2  KC3  KC4  KC5
 KC6  KC7  KC8  KC9  LC1
 LC2  LC3  LC4  LC5  LC6
 LC7  LC8  LC9  MC1  MC2
 MC3  MC4  MC5  MC6  MC7
 MC8  MC9  NC1  NC2  NC3
 NC4  NC5  NC6  NC7  NC8
 NC9  OC1  OC2  OC3  OC4
 OC5  OC6  OC7  OC8  OC9
 PC1  PC2  PC3  PC4  PC5
 PC6  PC7  PC8  PC9  QC1
 QC2  QC3  QC4  QC5  QC6
 QC7  QC8  QC9  RC1  RC2
 RC3  RC4  RC5  RC6  RC7
 RC8  RC9  SC1  SC2  SC3
 SC4  SC5  SC6  SC7  SC8
 SC9  TC1  TC2  TC3  TC4
 TC5  TC6  TC7  TC8  TC9
 UC1  UC2  UC3  UC4  UC5
 UC6  UC7  UC8  UC9  VC1
 VC2  VC3  VC4  VC5  VC6
 VC7  VC8  VC9  WC1  WC2
 WC3  WC4  WC5  WC6  WC7
 WC8  WC9  XC1  XC2  XC3
 XC4  XC5  XC6  XC7  XC8
 XC9  YC1  YC2  YC3  YC4
 YC5  YC6  YC7  YC8  YC9
 ZC1  ZC2  ZC3  ZC4  ZC5
 ZC6  ZC7  ZC8  ZC9  AD1
 AD2  AD3  AD4  AD5  AD6
 AD7  AD8  AD9  BD1  BD2
 BD3  BD4  BD5  BD6  BD7
 BD8  BD9  CD1  CD2  CD3
 CD4  CD5  CD6  CD7  CD8
 CD9  DD1  DD2  DD3  DD4
 DD5  DD6  DD7  DD8  DD9
 ED1  ED2  ED3  ED4  ED5
 ED6  ED7  ED8  ED9  FD1
 FD2  FD3  FD4  FD5  FD6
 FD7  FD8  FD9  GD1  GD2
 GD3  GD4  GD5  GD6  GD7
 GD8  GD9  HD1  HD2  HD3
 HD4  HD5  HD6  HD7  HD8
 HD9  ID1  ID2  ID3  ID4
 ID5  ID6  ID7  ID8  ID9
 JD1  JD2  JD3  JD4  JD5
 JD6  JD7  JD8  JD9  KD1
 KD2  KD3  KD4  KD5  KD6
 KD7  KD8  KD9  LD1  LD2
 LD3  LD4  LD5  LD6  LD7
 LD8  LD9  MD1  MD2  MD3
 MD4  MD5  MD6  MD7  MD8
 MD9  ND1  ND2  ND3


FASTA
file
Topology
Topology diagram




Hera


  Analysis of sequence's residue conservation
  Related protein sequences in the PDB
  
spacer
spacer