PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=864-6M-8IP)

Interfaces in PDB 5yv1 crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.09 Å

DNA POLYMERASE IV - DNA TERNARY COMPLEX 13

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`91`	`10`	`4069`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`108`	`35`	`17585`	`890.0`	`-17.2`	`0.350`	`22`	`0`	`0`	`0.596`
	`2`		G	`96`	`10`	`4100`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`101`	`35`	`17563`	`841.9`	`-14.6`	`0.432`	`18`	`0`	`0`	`0.596`
	*Average:*													`866.0`	`-15.9`	`0.391`	`20`	`0`	`0`	`0.596`
2	`3`		C	`88`	`10`	`4256`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`100`	`35`	`17585`	`714.7`	`-12.4`	`0.531`	`18`	`0`	`0`	`0.450`
3	`4`		F	`70`	`25`	`17563`	`x`	F	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`78`	`26`	`17563`	`703.1`	`-2.7`	`0.552`	`5`	`2`	`0`	`0.000`
	`5`		A	`67`	`23`	`17585`	`x`	A	-x-1,y-1/2,-z	`2_445`	`70`	`24`	`17585`	`625.5`	`-2.9`	`0.533`	`5`	`4`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`664.3`	`-2.8`	`0.542`	`5`	`3`	`0`	`0.000`
4	`6`		H	`82`	`10`	`3485`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`101`	`33`	`17563`	`697.4`	`-14.3`	`0.442`	`17`	`0`	`0`	`0.340`
5	`7`		C	`66`	`16`	`4256`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`66`	`15`	`4069`	`674.0`	`-10.0`	`0.627`	`47`	`0`	`0`	`1.000`
6	`8`		H	`63`	`15`	`3485`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`65`	`15`	`4100`	`665.0`	`-10.2`	`0.612`	`50`	`0`	`0`	`1.000`
7	`9`		C	`56`	`4`	`4256`	`◊`	F	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`69`	`19`	`17563`	`528.1`	`0.7`	`0.814`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
8	`10`		F	`26`	`7`	`17563`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`28`	`9`	`17585`	`215.8`	`1.4`	`0.790`	`4`	`2`	`0`	`0.000`
9	`11`		H	`24`	`4`	`3485`	`◊`	F	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`25`	`9`	`17563`	`185.9`	`-5.2`	`0.361`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
10	`12`		F	`19`	`7`	`17563`	`◊`	A	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`21`	`8`	`17585`	`183.8`	`0.3`	`0.679`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
11	`13`		C	`20`	`4`	`4256`	`◊`	A	-x-1,y-1/2,-z	`2_445`	`20`	`6`	`17585`	`176.4`	`-4.9`	`0.270`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
12	`14`		C	`21`	`2`	`4256`	`◊`	G	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`25`	`4`	`4100`	`165.5`	`-1.0`	`0.624`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		G	`16`	`3`	`4100`	`◊`	F	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`18`	`7`	`17563`	`161.2`	`-4.0`	`0.364`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		B	`20`	`4`	`4069`	`◊`	F	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`16`	`4`	`17563`	`153.5`	`-2.3`	`0.542`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
15	`17`		[DPO]A:903	`9`	`1`	`264`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`30`	`13`	`17585`	`127.4`	`-1.1`	`0.428`	`7`	`0`	`0`	`0.093`
16	`18`		G	`14`	`4`	`4100`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`5`	`17585`	`111.8`	`-2.9`	`0.417`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`19`		[PO4]F:904	`5`	`1`	`187`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`22`	`11`	`17563`	`96.9`	`-5.7`	`0.673`	`3`	`0`	`0`	`0.129`
18	`20`		H	`10`	`3`	`3485`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`3`	`17585`	`92.4`	`-1.8`	`0.507`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
19	`21`		A	`5`	`2`	`17585`	`x`	A	x,y-1,z	`1_545`	`8`	`3`	`17585`	`70.3`	`-1.5`	`0.185`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`22`		F	`3`	`1`	`17563`	`x`	F	x,y-1,z	`1_545`	`2`	`1`	`17563`	`38.3`	`-0.4`	`0.337`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`54.3`	`-1.0`	`0.261`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`23`		[PO4]F:903	`5`	`1`	`188`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`13`	`8`	`17563`	`61.8`	`-4.0`	`0.791`	`3`	`0`	`0`	`0.098`
21	`24`		[DPO]A:903	`5`	`1`	`264`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`4256`	`59.2`	`-0.1`	`0.485`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
22	`25`		F	`6`	`3`	`17563`	`◊`	B	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`5`	`1`	`4069`	`59.1`	`1.0`	`0.738`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
23	`26`		[PO4]F:903	`4`	`1`	`188`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`3485`	`46.3`	`-2.7`	`0.748`	`0`	`0`	`0`	`0.042`
24	`27`		G	`6`	`1`	`4100`	`x`	G	x,y-1,z	`1_545`	`4`	`1`	`4100`	`43.0`	`-0.3`	`0.498`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`28`		B	`2`	`1`	`4069`	`x`	B	x,y-1,z	`1_545`	`2`	`1`	`4069`	`11.7`	`-0.3`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`27.3`	`-0.3`	`0.468`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
25	`29`		[PO4]F:904	`4`	`1`	`187`	`f`	[PO4]F:903	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`188`	`36.2`	`-3.3`	`0.973`	`0`	`0`	`0`	`0.060`
26	`30`		[MG]F:902	`1`	`1`	`98`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`17563`	`30.4`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.107`
	`31`		[MG]A:902	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`17585`	`29.4`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.107`
	*Average:*													`29.9`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.107`
27	`32`		[MG]F:902	`1`	`1`	`98`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`3485`	`27.3`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
28	`33`		[MG]A:901	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`17585`	`27.0`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.088`
	`34`		[MG]F:901	`1`	`1`	`98`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`17563`	`26.2`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.088`
	*Average:*													`26.6`	`-3.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.088`
29	`35`		[MG]A:902	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4256`	`26.9`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.075`
30	`36`		[DPO]A:903	`5`	`1`	`264`	`f`	[MG]A:901	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`24.9`	`-2.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.050`
31	`37`		[MG]A:901	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`4256`	`22.9`	`-3.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.068`
32	`38`		[MG]F:901	`1`	`1`	`98`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`3485`	`21.1`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.043`
33	`39`		C	`2`	`1`	`4256`	`◊`	H	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`3`	`2`	`3485`	`18.7`	`-1.9`	`0.289`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`40`		[PO4]F:903	`3`	`1`	`188`	`f`	[MG]F:901	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`17.6`	`-2.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.048`
35	`41`		[PO4]F:904	`3`	`1`	`187`	`f`	[MG]F:901	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`16.2`	`-2.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.042`
36	`42`		[PO4]F:904	`3`	`1`	`187`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`3485`	`15.4`	`-1.4`	`0.602`	`0`	`0`	`0`	`0.022`
37	`43`		F	`2`	`1`	`17563`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`1`	`1`	`17585`	`13.7`	`-0.1`	`0.384`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`44`		[MG]A:902	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:901	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`12.4`	`-2.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
39	`45`		[MG]F:902	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]F:901	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`11.4`	`-2.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.042`
40	`46`		B	`2`	`1`	`4069`	`◊`	A	x,y-1,z	`1_545`	`1`	`1`	`17585`	`7.5`	`-0.4`	`0.306`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`47`		[DPO]A:903	`3`	`1`	`264`	`f`	[MG]A:902	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`7.5`	`-0.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
42	`48`		F	`1`	`1`	`17563`	`x`	F	-x-1,y-1/2,-z-1	`2_444`	`2`	`2`	`17563`	`7.4`	`0.5`	`0.856`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`49`		[PO4]F:903	`3`	`1`	`188`	`f`	[MG]F:902	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`3.6`	`-0.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
44	`50`		[PO4]F:904	`1`	`1`	`187`	`f`	[MG]F:902	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`1.7`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.005`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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