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Conversion scripts for NMR

The set of conversion scripts for NMR data formats consists of two layers:

  • A layer for reading/writing the NMR file formats (this layer is independent of the data model and can be used for file parsing only).

    For documentation on the Python code for this layer, click here.
  • A layer for import/export of the information from the read/write layer to the data model.

    For documentation on the Python code for this layer, click here.

The setup of the system is illustrated in the following figure:

Overview of the import/export setup used by the FormatConverter

List of formats and components are currently handled
Component Data format (I = Import, O = Export)
Ansig Auremol AutoAssign Azara Bruker Charmm Cns Concoord Csi Cyana Discover Dyana Fasta Felix Module Mol Mol2 Molmol Monte NmrDraw NmrPipe NmrStar NmrView Pdb Pipp Pistachio Pronto PseudoPdb Sparky Talos Varian XEasy
sequence I/O I I     I I   I I/O   I/O I/O       I I I/O     I I/O I   I I I I/O I   I/O
chemComps                               I I             I                
coordinates   I/O       I/O I/O     I/O   I/O           I/O           I/O       I/O        
shifts   I I       I/O   I/O I/O                 I     I I/O   I I I   I I   I/O
peaks I/O   I/O             I/O       I           I/O     I/O   I   I   I/O     I/O
peakAssignments                                                               I/O
distanceConstraints             I/O I/O   I/O I I/O                   I                    
hBondConstraints             I/O     I/O I I/O                   I                    
dihedralConstraints             I/O     I/O I I/O                   I               I    
rdcConstraints             I/O     I/O   I/O     I/O             I                    
acqPars         I                                                   I  
processingPars       I/O I                               O   I                  
processingScript       O                                 O                      
peopleAndCitations                                               I                
project I   I/O                                     I/O I           I/O I/O    
shiftsAndPeaks                                             I       I   I     I


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