EMBL-EBI > Goldman Group

PANDIT Home | Browse PANDIT | Help on PANDIT | Release notes | Pfam



PANDIT Homepage
pan•dit
PANDIT
Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees
(View summary and phylogenies for PF05316 - VAR1)
FAM  PF05316
PID  VAR1
DES  Mitochondrial ribosomal protein (VAR1)
IPR  IPR007980
ANO  5
ALN  415
AID  0.521713
APH  (((RMAR_WILMR/1-380:0.35314,RMAR_HANWI/1-386:0.32658):0.75642,RMAR_SACCA/15-326:0.49612):0.04590,RMAR_SACDO/27-373:0.17520,RMAR_CANGA/17-339:0.23311);
ATP  (((RMAR_WILMR/1-380,RMAR_HANWI/1-386),RMAR_SACCA/15-326),RMAR_SACDO/27-373,RMAR_CANGA/17-339);
ATL  2.38647
DNO  5
DLN  1245
DID  0.689819
DPH  ((RMAR_SACDO/27-373:0.08771,RMAR_CANGA/17-339:0.10730):0.05821,(RMAR_HANWI/1-386:0.15755,RMAR_WILMR/1-380:0.17912):0.29370,RMAR_SACCA/15-326:0.18491);
DTP  ((RMAR_SACDO/27-373,RMAR_CANGA/17-339),(RMAR_HANWI/1-386,RMAR_WILMR/1-380),RMAR_SACCA/15-326);
DTL  1.0685
RID  0.521713
RPH  (((RMAR_WILMR/1-380:0.35314,RMAR_HANWI/1-386:0.32658):0.75642,RMAR_SACCA/15-326:0.49612):0.04590,RMAR_SACDO/27-373:0.17520,RMAR_CANGA/17-339:0.23311);
RTP  (((RMAR_WILMR/1-380,RMAR_HANWI/1-386),RMAR_SACCA/15-326),RMAR_SACDO/27-373,RMAR_CANGA/17-339);
RTL  2.38647
LNK  RMAR_CANGA/17-339:P21358:AJ511533
LNK  RMAR_HANWI/1-386:P48849:D31785
LNK  RMAR_SACCA/15-326:Q8M355:AF437291
LNK  RMAR_SACDO/27-373:Q35905:U49822
LNK  RMAR_WILMR/1-380:P47906:X66594
AMK  xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
DMK  xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
NAM  RMAR_SACCA/15-326
ASQ  KNMLLKNMLLKMNINN-NN----MNTNNNNM.-KY------MNNKLQSINNMNNWSLQMYNYNKNNELNMMMMMNMMNKLLYKLMNMI--MINNMTMNVNNKNNNNIIMMKPMYQYMMNKLNIKFYY----YINN----NNMNTNYYMNMLYKLMNTLN-----NNNNMYMN-NMNNIMSMYINKNINIEMIKLNYVYNNKDIMNKYLSTMDIDTLNNNSTMN----LLNNMMTKMNNNNIIMNYMNNMNNMRNNKYINNM--.--------SSNYI------------------------MNMLMYKYLTGWTILLKGRLNKN--MTRTNKYILYNGSNKMNMYMKN-------------------------------NYKLNYISNNHFINNINNVN--KNGKYNIKVKLSYI
DSQ  AAAAACATATTATTAAAAAATATATTATTAAAAATAAATATTAATAAT---AATAAT------------ATAAATCTTAATAATAATAATATA...---AAATAT------------------ATAAATAATAAATTACAATCAATTAATAATATAAATAATTGATCATTACAAATATATAATTATAATAAAAATAATGAATTAAATATAATAATAATAATAAATATAATAAATAAATTATTATATAAATTAATAAATATAATT------ATAATTAATAATATACTTATAAATGTTAATAATAAAAATAATAATAATATTATTATAATGAAACCTATATATCAATATATGATAAATAAATTAAATATTAAATTTTATTAT------------TATATTAATAAT------------AATAATATAAATCTTAATTATTATATAAATATATTATATAAATTAATAAATCTATTAAAT---------------AATAATAATAATATATATATAAAT---AATATAAATAATATTATAAGTATATATATTAATAAAAATATTAATATTGAAATAATTAAATTAAATTATGTATATAATAATAAAGATATTATAAATAAATATTTATCTACTATAGATATTGATCTATTAAATAATAATTCACTTATAAAT------------TTATTAAATAATATGATACTTAAAATAAATAATAATAATATTATTATAAATTATATAAATAATATAAATAATATAAGAAATAATAAATATATTAATAATATA------...------------------------TCATCTAATTATATT------------------------------------------------------------------------ATAAATATATTAATATATAAATATTTAACAGGTTGAACTATTTTATTAAAAGGTAGATTAAATAAAAAT------ATAACAAGAACTAATAAATATATTTTATATAATGGAAGTAATAAAATAAATATGTATATGAAAAAT---------------------------------------------------------------------------------------------AATTATAAATTAAATTATATTTCTAATAATCATTTTATTAATAATATTAATAATGTTAAT------AAAAATGGTAAATATAATATTAAAGTAAAATTAAGTTATATT
TRN  00100000000000000
NAM  RMAR_SACDO/27-373
ASQ  KKLLLKNMLLDMNNKR-MN-NMKTMLKNNNM.--------NINNKLQHLNNMNNWNTQIYNYNKNMEIMNIMNDKLINKLLYKMMTLKLNNMNIN----------KIIMSKTINQHSLNKLNIKFYY---YYNNDINNMNNNNNNYYMNMMNKLMNIMN---------NNMNNSLCNILSYYYNKKVTIESIKLSYIYLNSDIFSKYISLNDMNKYNNGILTN-YQRMLNNIMPKLNDHNISMNYINNINNINNNKY-NNMINlLNNNNNNNNNN--NNNNNNYIDNINNIYNNMTIDNIPMDILMYKYLVGWSIKFKGRLNNN--NGRTSTTNLLNGTFNNKKYLWS---------------------------NINNNYKLNYIPSNHNLYNNSNIN--KNGKYNIKVKLNFI
DSQ  AAGAAATTATTATTAAAGAATATATTATTAGATATAAATAATAAAAGA---ATAAAT---AATATAAAAACAATATTAAAAAATAATAATATA...------------------------AATATTAATAATAAATTACAACATTTAAATAATATAAATAATTGAAATCTACAAATTTATAATTATAATAAAAATATAGAGATTATAAATATTATAAATGATAAATTAATTAATAAATTATTATATAAAATAATAACATTAAAATTAAATAATATAAATATTAAT------------------------------AAAATTATTATAAGTAAACTTATTAATCAACATAGTTTAAATAAATTAAATATTAAATTTTATTAT---------TATTATAATAATGATATTAATAATATAAATAATAATAATAATAATTATTATATAAATATAATAAATAAATTAATAAATATTATAAAT---------------------------AATAATATAAATAATAGTTTATGTAATATTTTAAGTTATTATTATAATAAAAAAGTAACTATTGAATCTATTAAATTATCATATATTTATTTAAATAGTGATATTTTTAGTAAATATATTAGTTTAAATGATATAAATAAATATAATAATGGTATTTTAACTAAT---TATCAACGTATATTAAATAATATTATACCTAAATTAAATGATCATAATATTTCTATAAATTATATTAATAATATTAATAATATTAATAATAATAAATAT---AATAATATAATTAATttaTTAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT------AATAATAATAATAATAATTATATTGATAATATTAATAATATTTATAATAATATAACTATTGATAATATTCCTATAGATATTTTAATATATAAATATTTAGTTGGTTGATCTATTAAATTTAAAGGTAGATTAAATAATAAT------AATGGTAGAACTAGTACACTTAATTTATTAAATGGTACTTTTAATAATAAAAAATATTTATGAAGT---------------------------------------------------------------------------------AATATTAATAATAATTATAAATTAAATTATATCCCTTCTAATCATAATTTATATAATAATTCTAATATTAAT------AAAAATGGTAAATATAATATTAAAGTTAAATTAAACTTTATT
TRN  00100000000000000
NAM  RMAR_CANGA/17-339
ASQ  NKLLLKNLLLLMNKNRLMN---KLSNN----.NKYLSELNNKGNSLQHLNNMNNWKLQNYNYNKNNTINNYINSKLINKLLYKLMSLK-----NN----------KIIISKPLYKINMNVINIRFYY----YNMN--NYNYNNNIYYINMINKLMNRLN---------INMN-NLSNILSYYYNKKVIIEPIKLKYLYNNNEIMTKYISLLDNNKYNNGLLME-YQRTLNNIMPKLNDHNISMNYINNINNINKLKY-NNIL-.L------NNNN-----------NINNIYNNININN-NMNLLMFKYLIGWSIMLKGRLNKN--ISRISTTYLNNGTFNNKKYLWG---------------------------NLNNNFKLNYINSNNNIYNYNNIN--KNGKYNIKVKLNYI
DSQ  AATAAATTATTATTAAAGAATTTATTATTATTAATAAATAAGAATAGATTAATAAAT---------AAATTAAGTAATAAT------------...AATAAATATTTAAGTGAATTAAATAATAAAGGTAATAGTTTACAACATTTAAATAATATAAATAATTGAAAATTACAGAATTATAATTATAATAAAAATAATCTTATTAATAATTATATTAATAGTAAATTAATTAATAAATTATTATATAAATTAATATCATTAAAA---------------AATAAT------------------------------AAAATTATTATTAGTAAACCATTATATAAAATTAATATAAATGTAATTAATATTAGATTTTATTAT------------TATAATATAAAT------AATTATAATTATAATAATAATATTTATTATATTAATATAATTAATAAATTAATAAATAGATTAAAT---------------------------ATTAATATAAAT---AATTTAAGTAATATTTTAAGTTATTATTATAATAAAAAAGTTATTATTGAACCTATTAAATTAAAATATTTATATAATAATAATGAAATTATAACTAAATATATTAGTTTATTAGATAATAATAAATATAATAATGGTTTATTAATAGAA---TATCAAAGACTATTAAATAATATTATGCCTAAATTAAATGATCATAATATCTCTATAAATTATATTAATAATATTAATAATATTAATAAATTAAAATAT---AATAATATTTTA---...TTA------------------AATAATAATAAT---------------------------------AATATTAATAATATTTATAATAATATTAATATTAATAAT---AATATAAATTTATTAATGTTTAAATATTTAATTGGTTGATCTATTATGTTAAAAGGTAGATTAAATAAAAAT------ATTAGTAGAATTAGTACTCTATATTTAAATAATGGTACTTTTAATAATAAAAAATATTTATGAGGT---------------------------------------------------------------------------------AATTTAAATAATAATTTTAAATTAAATTATATTAATAGTAATAATAATATCTATAACTATAATAATATTAAT------AAAAATGGTAAATATAATATTAAAGTTAAATTAAATTATATT
TRN  00100000000000000
NAM  RMAR_HANWI/1-386
ASQ  MKRINKDYLYKLTNNY-IK-NIDISIK----.DHYINEYNNKGTKLQRINKINSWDNQLYKFNKKNVINTWILDRLVSKLLIKIFKVRVNIINNN--IINNGQIKDIYINKPKFKHTINKVYINFNYILSSNNITINDIDNNMNKYYTSIINDINNILGISNNNNNNIINKD-NISNYLSKLYNKKVIIESNRLIYHYNDNTILNKMI-INNMEKHKGGLSGK-YSKILRTNIPVNNSILIRNKYISSIINNNYIKL-NHIIN.L------TSYNNL---------NILNIYNTLNLNKISKDLLINKYIIGLNVLYKGKNLNTAGISRSIKDRLLLGSLSNKLYGKYSNFLSSSLINNNNNNLKLGSSNINTNLNINKSYKLNYIPNHHNIITNNKVNKVKTGTFGITTKLNTI
DSQ  ATGAAAAGAATAAATAAAGATTATTTATATAAATTAACAAATAATTAT---ATAAAA---AATATAGATATATCTATAAAG------------...GATCATTATATAAATGAGTATAATAATAAAGGTACTAAATTACAAAGAATAAATAAGATTAATAGTTGAGATAATCAATTATATAAATTTAATAAAAAGAATGTAATAAATACATGAATATTAGATAGATTAGTATCTAAATTATTAATAAAGATATTTAAAGTAAGAGTAAATATAATTAATAATAAT------ATAATAAATAATGGTCAAATAAAAGATATATATATAAATAAACCTAAATTTAAACATACAATAAATAAGGTATATATTAATTTTAATTATATATTATCATCAAATAATATAACTATAAATGATATAGATAATAATATGAATAAATATTATACATCAATAATAAATGATATAAATAATATATTAGGTATATCAAATAATAATAATAATAATATAATAAATAAAGAT---AATATATCAAATTATTTAAGTAAATTATATAATAAAAAAGTTATTATAGAATCAAATAGATTAATATATCATTATAATGATAATACAATATTAAATAAAATGATT---ATAAATAATATGGAGAAACATAAAGGTGGATTATCAGGTAAA---TATAGTAAAATATTAAGAACAAATATACCAGTTAATAATAGTATATTAATAAGAAATAAATATATATCAAGTATAATAAATAATAATTATATTAAATTA---AATCATATAATAAAT...TTA------------------ACATCATATAATAATTTA---------------------------AATATATTAAATATATATAATACATTAAATTTAAATAAAATAAGTAAAGATTTATTAATAAATAAATATATAATAGGATTAAATGTTTTATATAAAGGTAAAAATTTAAATACAGCAGGTATATCAAGATCTATAAAAGATAGATTATTATTAGGATCATTATCAAATAAATTATATGGTAAATATAGTAATTTTTTATCATCATCATTAATTAATAATAATAATAATAATTTAAAATTAGGATCATCTAATATAAATACTAATTTAAATATTAATAAATCATATAAATTAAATTATATACCTAATCATCATAATATTATAACTAATAATAAAGTTAATAAAGTTAAAACAGGTACATTTGGTATAACAACTAAATTAAATACTATT
TRN  00010000000000000
NAM  RMAR_WILMR/1-380
ASQ  MTNNKKLYLYKLSSKA-MNYSMDKNERNVLYlNKYLHEYNNKGTKLQNSNMMNSWNNQLYKFNKNEVINTLLTDKLVSKLLVKLFVIKEMGINNPSYLQGSQMGRRIFINRPKFKHTINTVYINFNY----NDTNMKMINNKHTLYYGSLIKDINNILGCFNYKNHNN-ELF-NIATYLSGLYNKKVMIMPNKMKYNYNDNVIFNSSI-SYDLDKYKGGLAGKTYSKLLRDNIPMNNSLSIKNNYMTNIINNNNIKY-NNMI-.--------SNNSL---------NIKDIYKSFDINKITNELLVNKYLIGLSMLFKGKNIKKAGVSRSIKEKLLFGSLSNKLYRKNSGLL---VYKNNNNTTKYLNF----DININKKYKLNYMPNHHAISQLSKVNKAKTGVYGISVKLNTI
DSQ  ATGACAAACAATAAAAAATTGTATTTATACAAATTATCAAGTAAAGCT---ATAAATTATAGTATAGATAAGAATGAAAGAAATGTATTATATttaAATAAATATTTACATGAATATAATAATAAAGGTACAAAATTACAAAATTCAAATATGATGAATAGTTGAAATAATCAATTATATAAATTTAATAAGAATGAAGTAATTAATACTTTATTACTAGATAAATTAGTAAGTAAATTATTAGTAAAATTATTTGTTATTAAAGAAATGGGTATTAATAATCCTTCATATTTACAAGGATCTCAAATAGGAAGAAGAATTTTTATTAATAGACCGAAATTTAAACATACAATTAATACAGTTTATATTAATTTCAATTAT------------AATGATACAAATATGAAAATAATTAATAATAAACATACTTTATATTATGGATCTTTAATTAAAGATATTAATAATATTTTAGGATGTTTTAATTATAAAAATCATAATAAT---GAATTATTT---AATATTGCAACTTATTTAAGTGGATTATATAATAAAAAAGTTATAATTATACCTAATAAAATAAAATATAATTATAATGATAATGTTATTTTTAATTCAAGTATT---AGTTATGATTTAGATAAATATAAAGGAGGATTAGCTGGTAAAACTTATAGTAAATTATTAAGAGATAATATTCCTATGAATAATTCATTAAGTATTAAAAATAACTATATAACAAATATTATTAATAATAATAATATTAAATAT---AATAATATAATT---...------------------------TCAAATAATTCTTTA---------------------------AATATTAAAGACATTTATAAATCATTTGATATTAATAAAATTACTAATGAGTTATTAGTAAATAAATATTTAATCGGTTTAAGTATATTATTTAAAGGTAAAAATATTAAAAAAGCAGGTGTATCTCGTTCTATTAAAGAAAAATTATTATTTGGTTCTTTATCTAATAAATTATATAGAAAAAATAGTGGTTTATTA---------GTATATAAAAATAATAATAATACTACTAAATACTTAAATTTT------------GATATTAATATTAACAAAAAATATAAATTAAATTATATACCTAATCATCATGCTATTAGTCAATTAAGTAAAGTTAATAAAGCTAAAACAGGTGTATATGGTATTTCAGTTAAATTAAATACTATT
TRN  00100000000000000
//