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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF04560 phylogeny
for restricted amino acid alignment


 
(((((((((((((((((((((((((RPOB_AQUPY/1377-1453,RPOB_AQUAE/1376-1452),((((RPOB_RHILO/1288-1364,(RPOB_BARQU/1292-1368,RPOB_BARHE/1292-1368)),RPOB_CAUCR/1280-1356),(RPOB_RICPR/1295-1371,(RPOB_RICMA/1295-1371,(RPOB_RICCN/1295-1371,Q9RAA2_9RICK/1295-1371)))),((RPOB_NEIMB/1316-1392,RPOB_NEIMA/1316-1392),(((RPOB_XYLFA/1312-1388,(((RPOB_SHEVI/1267-1343,(RPOB_PASMU/1266-1342,RPOB_HAEIN/1267-1343)),(RPOB_SALTY/1266-1342,RPOB_ECOLI/1266-1342)),(RPOB_BUCAI/1266-1342,RPOB_BUCAP/1266-1342))),(RPOB_PSEAE/1281-1357,RPOB_PSEPU/1281-1357)),(RPOB_LEGPN/1292-1368,RPOB_COXBU/1299-1375))))),(RPOB_BORBU/1061-1137,(Q9KK59_LEPBI/1123-1199,RPOB_TREPA/1080-1156))),((RPOB_CHLTR/1174-1250,RPOB_CHLPN/1174-1250),RPOB_CHLMU/1174-1250)),(RPOB_SPICI/1138-1214,RPOB_PORCN/1196-1270)),(RPOB_THEMA/1177-1253,(((((((RPOBC_HELPJ/1298-1374,Q9XCN5_HELPY/1-77),RPOBC_HELPY/1298-1374),(Q9XCN4_9HELI/1-77,(Q9XCM9_9HELI/1-77,Q9XCN7_9HELI/1-77))),Q9XCN2_HELMU/1-77),(Q9XCN1_9HELI/1-77,(((Q9XCM8_WOLSU/1-77,Q9XCN3_9HELI/1-77),Q9XCN6_9HELI/1-77),Q9XCN0_9HELI/1-77))),RPOB_CAMJE/1297-1373),(RPOB_THEAQ/1028-1104,RPOB_DEIRA/1088-1164)))),((((RPOB_STRPN/1067-1143,RPOB_STRPY/1067-1143),RPOB_LACLA/1067-1143),(RPOB_STAAU/1072-1148,RPOB_STAAW/1071-1147)),((RPOB_LISMO/1072-1148,(RPOB_BACHD/1072-1148,RPOB_BACSU/1071-1147)),(RPOB_CLOAB/1084-1160,(RPOB_STRCO/1049-1125,((RPOB_MYCTU/1064-1140,(RPOB_MYCLE/1064-1140,RPOB1_MYCSM/1055-1131)),RPOB_AMYMD/1052-1128)))))),((RPOB_MYCGA/1275-1351,(RPOB_MYCGE/1281-1357,RPOB_MYCPN/1282-1358)),RPOB_UREPA/1302-1378)),RPOB_MYCPU/1107-1183),(((RPOB_CYACA/981-1057,(((RPOB_ANASP/1013-1089,RPOB_SYNY3/983-1059),RPOB_PORPU/1025-1101),((RPOB_NEPOL/1017-1093,RPOB_MESVI/989-1065),RPOB_GUITH/978-1054))),RPOB_CYAPA/985-1061),(RPOB_ODOSI/1266-1342,RPOB_HETCA/965-1041))),(((RPOB_OENHO/983-1060,(((RPOB_LOTJA/981-1058,((RPOB_SPIOL/981-1058,((RPOB_MAIZE/986-1063,RPOB_ORYSA/986-1063),RPOB_WHEAT/987-1064)),RPOB_TOBAC/981-1058)),RPOB_SINAL/989-1066),RPOB_ARATH/983-1060)),RPOB_PINTH/986-1063),RPOB_MARPO/976-1053)),(RPOB_ASTLO/993-1069,RPOB_EUGGR/1000-1076)),((((Q9MTD3_TOXGO/959-1036,O97123_TOXGO/959-1036),Q9NJN5_NEOCA/958-1035),RPOB_PLAFA/931-1007),RPOB_CHLVU/1199-1274)),O21237_RECAM/1399-1474),RPO2_ASFB7/1143-1235),(Q04387_SACKL/622-697,Q9HFH5_PICET/625-702)),(Q9LK40_ARATH/1071-1170,Q9LV32_ARATH/1018-1117)),((Q98S96_GUITH/968-1048,(((Q27492_CAEEL/1064-1150,(Q9FKF1_ARATH/1077-1168,((RPC2_SCHPO/1074-1160,RPC2_YEAST/1058-1144),Q9P6E7_NEUCR/1062-1148))),(RPC2_HUMAN/1043-1129,Q9CSL3_MOUSE/22-108)),(RPC2_DROME/1047-1133,Q9V649_DROME/1049-1135))),(Q9BJ42_LEIMA/517-603,Q9N935_9TRYP/1038-1124))),(O96236_PLAF7/1246-1338,((Q98RY5_GUITH/1112-1204,(Q9UV91_9PEZI/933-1026,RPB2_YEAST/1126-1219)),(((((RPB2_CAEEL/1088-1180,RPB2_DROME/1084-1176),(Q9MZ21_PIG/289-381,RPB2_HUMAN/1082-1174)),RPB2_SCHPO/1115-1207),Q27826_EUPOC/1100-1192),(RPB2_ARATH/1087-1179,RPB2_LYCES/1086-1178))))),(Q9YAT8_AERPE/1063-1155,(Q980R1_SULSO/549-641,RPOB_SULAC/1023-1115))),(RPOB1_METTH/509-600,RPOB1_METTW/510-601)),RPOB1_ARCFU/509-601),RPOB1_HALN1/512-604),RPOB_THECE/1027-1119),O59226_PYRHO/1022-1114,Q9V115_PYRAB/1022-1114);
(((((((((((((((((((((((((RPOB_AQUPY/1377-1453:0.03379,RPOB_AQUAE/1376-1452:0.02014):0.18103,((((RPOB_RHILO/1288-1364:0.00000,(RPOB_BARQU/1292-1368:0.00000,RPOB_BARHE/1292-1368:0.00000):0.05236):0.01247,RPOB_CAUCR/1280-1356:0.01345):0.04341,(RPOB_RICPR/1295-1371:0.00000,(RPOB_RICMA/1295-1371:0.00000,(RPOB_RICCN/1295-1371:0.00000,Q9RAA2_9RICK/1295-1371:0.00000):0.00000):0.00000):0.19751):0.03899,((RPOB_NEIMB/1316-1392:0.00000,RPOB_NEIMA/1316-1392:0.00000):0.05389,(((RPOB_XYLFA/1312-1388:0.08738,(((RPOB_SHEVI/1267-1343:0.05693,(RPOB_PASMU/1266-1342:0.05262,RPOB_HAEIN/1267-1343:0.05452):0.05297):0.03046,(RPOB_SALTY/1266-1342:0.00000,RPOB_ECOLI/1266-1342:0.00000):0.00000):0.00625,(RPOB_BUCAI/1266-1342:0.01264,RPOB_BUCAP/1266-1342:0.00000):0.01914):0.03982):0.03208,(RPOB_PSEAE/1281-1357:0.00000,RPOB_PSEPU/1281-1357:0.03834):0.02583):0.02029,(RPOB_LEGPN/1292-1368:0.07730,RPOB_COXBU/1299-1375:0.05127):0.01001):0.07331):0.13335):0.09804):0.06449,(RPOB_BORBU/1061-1137:0.14268,(Q9KK59_LEPBI/1123-1199:0.13585,RPOB_TREPA/1080-1156:0.09918):0.07559):0.16246):0.06233,((RPOB_CHLTR/1174-1250:0.00000,RPOB_CHLPN/1174-1250:0.00000):0.00000,RPOB_CHLMU/1174-1250:0.00000):0.24732):0.05863,(RPOB_SPICI/1138-1214:0.20934,RPOB_PORCN/1196-1270:0.23070):0.03076):0.04556,(RPOB_THEMA/1177-1253:0.18095,(((((((RPOBC_HELPJ/1298-1374:0.00000,Q9XCN5_HELPY/1-77:0.00000):0.00000,RPOBC_HELPY/1298-1374:0.00000):0.05071,(Q9XCN4_9HELI/1-77:0.06871,(Q9XCM9_9HELI/1-77:0.04870,Q9XCN7_9HELI/1-77:0.02346):0.03454):0.03822):0.03006,Q9XCN2_HELMU/1-77:0.07435):0.02629,(Q9XCN1_9HELI/1-77:0.06575,(((Q9XCM8_WOLSU/1-77:0.03053,Q9XCN3_9HELI/1-77:0.05215):0.02346,Q9XCN6_9HELI/1-77:0.09845):0.03149,Q9XCN0_9HELI/1-77:0.08980):0.01608):0.01830):0.11114,RPOB_CAMJE/1297-1373:0.13682):0.13851,(RPOB_THEAQ/1028-1104:0.05263,RPOB_DEIRA/1088-1164:0.20402):0.06937):0.05067):0.05797):0.03494,((((RPOB_STRPN/1067-1143:0.02650,RPOB_STRPY/1067-1143:0.00000):0.09406,RPOB_LACLA/1067-1143:0.06205):0.09664,(RPOB_STAAU/1072-1148:0.00000,RPOB_STAAW/1071-1147:0.00000):0.08290):0.04634,((RPOB_LISMO/1072-1148:0.02664,(RPOB_BACHD/1072-1148:0.00000,RPOB_BACSU/1071-1147:0.06639):0.01215):0.04908,(RPOB_CLOAB/1084-1160:0.06514,(RPOB_STRCO/1049-1125:0.03997,((RPOB_MYCTU/1064-1140:0.00000,(RPOB_MYCLE/1064-1140:0.00000,RPOB1_MYCSM/1055-1131:0.00000):0.00000):0.01306,RPOB_AMYMD/1052-1128:0.00000):0.05325):0.05665):0.01848):0.03512):0.06019):0.06780,((RPOB_MYCGA/1275-1351:0.16496,(RPOB_MYCGE/1281-1357:0.01324,RPOB_MYCPN/1282-1358:0.00000):0.12855):0.02194,RPOB_UREPA/1302-1378:0.25852):0.08395):0.05503,RPOB_MYCPU/1107-1183:0.46469):0.14024,(((RPOB_CYACA/981-1057:0.15221,(((RPOB_ANASP/1013-1089:0.00000,RPOB_SYNY3/983-1059:0.05254):0.04689,RPOB_PORPU/1025-1101:0.02522):0.01900,((RPOB_NEPOL/1017-1093:0.24287,RPOB_MESVI/989-1065:0.05188):0.06759,RPOB_GUITH/978-1054:0.05838):0.01372):0.01334):0.03810,RPOB_CYAPA/985-1061:0.13626):0.00000,(RPOB_ODOSI/1266-1342:0.15921,RPOB_HETCA/965-1041:0.14290):0.05594):0.05144):0.08800,(((RPOB_OENHO/983-1060:0.04050,(((RPOB_LOTJA/981-1058:0.03957,((RPOB_SPIOL/981-1058:0.00000,((RPOB_MAIZE/986-1063:0.01094,RPOB_ORYSA/986-1063:0.00598):0.02206,RPOB_WHEAT/987-1064:0.00000):0.17716):0.01305,RPOB_TOBAC/981-1058:0.00000):0.01310):0.00000,RPOB_SINAL/989-1066:0.00000):0.00000,RPOB_ARATH/983-1060:0.01308):0.00000):0.17734,RPOB_PINTH/986-1063:0.05593):0.07511,RPOB_MARPO/976-1053:0.02552):0.30798):0.10745,(RPOB_ASTLO/993-1069:0.10974,RPOB_EUGGR/1000-1076:0.22706):0.17912):0.05756,((((Q9MTD3_TOXGO/959-1036:0.00000,O97123_TOXGO/959-1036:0.00000):0.01406,Q9NJN5_NEOCA/958-1035:0.01172):0.49220,RPOB_PLAFA/931-1007:0.16665):0.26333,RPOB_CHLVU/1199-1274:0.43964):0.13287):0.29136,O21237_RECAM/1399-1474:0.29786):0.49882,RPO2_ASFB7/1143-1235:1.13783):0.07860,(Q04387_SACKL/622-697:0.17891,Q9HFH5_PICET/625-702:0.21129):0.84316):0.16550,(Q9LK40_ARATH/1071-1170:0.02213,Q9LV32_ARATH/1018-1117:0.00000):0.57739):0.15937,((Q98S96_GUITH/968-1048:0.43932,(((Q27492_CAEEL/1064-1150:0.24816,(Q9FKF1_ARATH/1077-1168:0.43406,((RPC2_SCHPO/1074-1160:0.08978,RPC2_YEAST/1058-1144:0.15056):0.02513,Q9P6E7_NEUCR/1062-1148:0.22832):0.09616):0.00000):0.06435,(RPC2_HUMAN/1043-1129:0.01229,Q9CSL3_MOUSE/22-108:0.00000):0.10147):0.04539,(RPC2_DROME/1047-1133:0.00000,Q9V649_DROME/1049-1135:0.00000):0.23030):0.14040):0.11798,(Q9BJ42_LEIMA/517-603:0.28005,Q9N935_9TRYP/1038-1124:0.02575):0.32095):0.17705):0.13844,(O96236_PLAF7/1246-1338:0.20008,((Q98RY5_GUITH/1112-1204:0.36490,(Q9UV91_9PEZI/933-1026:0.07311,RPB2_YEAST/1126-1219:0.16962):0.16605):0.05798,(((((RPB2_CAEEL/1088-1180:0.12371,RPB2_DROME/1084-1176:0.07410):0.03148,(Q9MZ21_PIG/289-381:0.01091,RPB2_HUMAN/1082-1174:0.00000):0.16150):0.10640,RPB2_SCHPO/1115-1207:0.21740):0.03559,Q27826_EUPOC/1100-1192:0.24646):0.02355,(RPB2_ARATH/1087-1179:0.00000,RPB2_LYCES/1086-1178:0.03348):0.12115):0.03519):0.09680):0.13197):0.23270,(Q9YAT8_AERPE/1063-1155:0.38431,(Q980R1_SULSO/549-641:0.06735,RPOB_SULAC/1023-1115:0.12751):0.15563):0.10379):0.11282,(RPOB1_METTH/509-600:0.00000,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